139 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_0345 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002939  GSU1533  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  45.79 
 
 		 1054 aa  852    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0996  exodeoxyribonuclease V, RecC subunit  42.3 
 
 		 1075 aa  784    Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.958514 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0763  exodeoxyribonuclease V, RecC subunit  43.59 
 
 		 1127 aa  838    Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1894  exodeoxyribonuclease V, RecC subunit  48.7 
 
 		 1060 aa  931    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000000000000164621 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1434  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  46.15 
 
 		 1068 aa  902    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.686584  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2148  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  45.86 
 
 		 1061 aa  877    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1402  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  41.72 
 
 		 1077 aa  783    Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.937343  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0582  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  58.14 
 
 		 1091 aa  1219    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1360  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  42.18 
 
 		 1077 aa  778    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1054  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  37.39 
 
 		 1085 aa  686    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0345  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  100 
 
 		 1074 aa  2180    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0325  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  95.52 
 
 		 1071 aa  2063    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00559956 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3265  exonuclease V subunit gamma  34.89 
 
 		 1124 aa  598  1e-169  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.625608  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1458  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  32.9 
 
 		 1149 aa  593  1e-168  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2969  exonuclease V subunit gamma  34.61 
 
 		 1122 aa  589  1e-167  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.481674  normal  0.0228423 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02670  exonuclease V (RecBCD complex), gamma chain  34.43 
 
 		 1122 aa  588  1e-166  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0869  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  34.34 
 
 		 1122 aa  588  1e-166  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02631  hypothetical protein  34.43 
 
 		 1122 aa  588  1e-166  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2968  exonuclease V subunit gamma  34.26 
 
 		 1122 aa  587  1e-166  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3142  exonuclease V subunit gamma  34.34 
 
 		 1122 aa  588  1e-166  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0893  exonuclease V subunit gamma  34.34 
 
 		 1122 aa  588  1e-166  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4087  exonuclease V subunit gamma  34.34 
 
 		 1122 aa  586  1e-166  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.459792  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3816  exonuclease V subunit gamma  34.77 
 
 		 1123 aa  586  1.0000000000000001e-165  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.826552  normal  0.163807 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0373  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  37 
 
 		 1064 aa  582  1e-164  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3222  exonuclease V subunit gamma  34.05 
 
 		 1123 aa  580  1e-164  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.790994  normal  0.118959 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3233  exonuclease V subunit gamma  34.34 
 
 		 1123 aa  580  1e-164  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3040  exonuclease V subunit gamma  34.17 
 
 		 1122 aa  579  1e-164  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3142  exonuclease V subunit gamma  34.05 
 
 		 1123 aa  578  1.0000000000000001e-163  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3208  exonuclease V subunit gamma  34.08 
 
 		 1123 aa  578  1.0000000000000001e-163  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.330224 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3159  exonuclease V subunit gamma  33.6 
 
 		 1123 aa  576  1.0000000000000001e-163  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3322  exonuclease V subunit gamma  34.05 
 
 		 1123 aa  578  1.0000000000000001e-163  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.056399 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0989  exonuclease V subunit gamma  34.26 
 
 		 1123 aa  578  1.0000000000000001e-163  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03302  exonuclease V subunit gamma  35.62 
 
 		 1164 aa  577  1.0000000000000001e-163  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1041  exonuclease V subunit gamma  34.26 
 
 		 1123 aa  577  1.0000000000000001e-163  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002684  exodeoxyribonuclease V gamma chain  35.2 
 
 		 1163 aa  570  1e-161  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3233  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  34.09 
 
 		 1131 aa  566  1e-160  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.911528 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0912  exonuclease V subunit gamma  33.1 
 
 		 1132 aa  558  1e-157  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.986553  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1905  exonuclease V subunit gamma  34.9 
 
 		 1148 aa  556  1e-157  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3391  exonuclease V subunit gamma  32.92 
 
 		 1132 aa  555  1e-156  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.884703  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0680  exonuclease V subunit gamma  33.33 
 
 		 1127 aa  549  1e-154  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0257765  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3009  exonuclease V subunit gamma  32.17 
 
 		 1128 aa  543  1e-153  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2110  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  32.58 
 
 		 1226 aa  540  9.999999999999999e-153  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4564  hypothetical protein  33.17 
 
 		 1260 aa  531  1e-149  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2278  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  33.17 
 
 		 1260 aa  531  1e-149  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1900  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  34.63 
 
 		 1163 aa  529  1e-148  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2129  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  33.02 
 
 		 1192 aa  529  1e-148  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2290  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  32.17 
 
 		 1274 aa  527  1e-148  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1937  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  33.28 
 
 		 1187 aa  523  1e-147  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2095  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  32.15 
 
 		 1270 aa  524  1e-147  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4674  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  34.42 
 
 		 1160 aa  521  1e-146  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0516374 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0776  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  33.91 
 
 		 1158 aa  521  1e-146  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0688  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  34.38 
 
 		 1150 aa  522  1e-146  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.131155  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1775  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  33.47 
 
 		 1236 aa  521  1e-146  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55690  exodeoxyribonuclease V gamma chain  33.9 
 
 		 1171 aa  520  1e-146  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2048  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  31.91 
 
 		 1270 aa  522  1e-146  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0760  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  34.89 
 
 		 1158 aa  521  1e-146  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0191191 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2024  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  35 
 
 		 1162 aa  520  1e-146  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.93867  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2351  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  30 
 
 		 1375 aa  518  1.0000000000000001e-145  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1853  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  33.77 
 
 		 1234 aa  518  1.0000000000000001e-145  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2533  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  30.52 
 
 		 1270 aa  516  1.0000000000000001e-145  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.568964  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2641  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  33.03 
 
 		 1190 aa  518  1.0000000000000001e-145  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.144342 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0680  exodeoxyribonuclease V, RecC subunit  34.11 
 
 		 1157 aa  515  1e-144  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1625  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  34.85 
 
 		 1173 aa  513  1e-144  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.158099  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2245  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  33.5 
 
 		 1234 aa  514  1e-144  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.965648 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4538  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  34.87 
 
 		 1160 aa  513  1e-144  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.483988  normal  0.0568406 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2149  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  31.81 
 
 		 1270 aa  504  1e-141  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1985  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  34.4 
 
 		 1158 aa  502  1e-140  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.18739  normal  0.278857 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4852  exodeoxyribonuclease V gamma chain  34.32 
 
 		 1156 aa  501  1e-140  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4672  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  33.91 
 
 		 1159 aa  501  1e-140  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000155523 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1756  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  31.76 
 
 		 1166 aa  499  1e-139  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1271  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  33.92 
 
 		 1164 aa  491  1e-137  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2419  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  30.78 
 
 		 1269 aa  491  1e-137  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0803  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  32.97 
 
 		 1184 aa  489  1e-136  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.316931  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0690  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  33.25 
 
 		 1138 aa  481  1e-134  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0545  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  28.7 
 
 		 1098 aa  474  1e-132  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.444064  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0012  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  31.64 
 
 		 1197 aa  474  1e-132  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0268  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  30.56 
 
 		 1144 aa  468  9.999999999999999e-131  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0563  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  35.61 
 
 		 1183 aa  463  1e-129  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.480964  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2769  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  30.59 
 
 		 1198 aa  462  9.999999999999999e-129  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51720  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  36.84 
 
 		 1168 aa  451  1e-125  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1613  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  31.8 
 
 		 1124 aa  439  1e-121  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.913537  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0520  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  36.86 
 
 		 1174 aa  432  1e-119  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.318804  normal  0.0360548 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3372  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  31.55 
 
 		 1143 aa  429  1e-118  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.369157  normal  0.661883 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01027  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  32.4 
 
 		 1206 aa  428  1e-118  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2170  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  30.58 
 
 		 1063 aa  423  1e-117  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.411228  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1849  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  31.95 
 
 		 1218 aa  423  1e-117  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.013439  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1749  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  31.96 
 
 		 1121 aa  426  1e-117  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.246728  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2839  exodeoxyribonuclease V, RecC subunit  31.27 
 
 		 1133 aa  422  1e-116  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.601793  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4322  exodeoxyribonuclease V, RecC subunit  31.96 
 
 		 1112 aa  418  9.999999999999999e-116  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4569  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  32.14 
 
 		 1169 aa  419  9.999999999999999e-116  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1168  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  34.5 
 
 		 1210 aa  416  1e-114  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0251  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  29.88 
 
 		 1113 aa  406  1.0000000000000001e-112  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0907  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  30.28 
 
 		 1080 aa  404  1e-111  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00623789 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_4015  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  30.93 
 
 		 1114 aa  404  1e-111  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.186712  normal  0.268037 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0681  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  31.83 
 
 		 1114 aa  401  9.999999999999999e-111  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1385  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  31.83 
 
 		 1114 aa  401  9.999999999999999e-111  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1389  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  31.83 
 
 		 1197 aa  402  9.999999999999999e-111  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.454262  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0471  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  31.83 
 
 		 1114 aa  401  9.999999999999999e-111  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0516412  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5129  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  28.93 
 
 		 1083 aa  402  9.999999999999999e-111  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0179444  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1187  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  32.49 
 
 		 1112 aa  400  9.999999999999999e-111  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.720814  normal  0.579184 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>