139 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GSU1533 on replicon NC_002939
Organism: Geobacter sulfurreducens PCA



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002939  GSU1533  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  100 
 
 		 1054 aa  2080    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0345  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  45.79 
 
 		 1074 aa  847    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0996  exodeoxyribonuclease V, RecC subunit  43.65 
 
 		 1075 aa  787    Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.958514 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0763  exodeoxyribonuclease V, RecC subunit  46.3 
 
 		 1127 aa  885    Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1894  exodeoxyribonuclease V, RecC subunit  59.32 
 
 		 1060 aa  1211    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000000000000164621 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2148  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  51.09 
 
 		 1061 aa  1030    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1402  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  46.29 
 
 		 1077 aa  885    Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.937343  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1360  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  46.33 
 
 		 1077 aa  881    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1434  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  49.43 
 
 		 1068 aa  978    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.686584  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0582  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  48.38 
 
 		 1091 aa  944    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0325  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  45.56 
 
 		 1071 aa  835    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00559956 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1054  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  40.9 
 
 		 1085 aa  701    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3816  exonuclease V subunit gamma  36.75 
 
 		 1123 aa  630  1e-179  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.826552  normal  0.163807 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1458  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  33.69 
 
 		 1149 aa  625  1e-177  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3265  exonuclease V subunit gamma  35.72 
 
 		 1124 aa  618  1e-175  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.625608  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0869  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  36.06 
 
 		 1122 aa  610  1e-173  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3142  exonuclease V subunit gamma  36.06 
 
 		 1122 aa  610  1e-173  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0893  exonuclease V subunit gamma  36.06 
 
 		 1122 aa  610  1e-173  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02670  exonuclease V (RecBCD complex), gamma chain  35.97 
 
 		 1122 aa  608  9.999999999999999e-173  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02631  hypothetical protein  35.97 
 
 		 1122 aa  608  9.999999999999999e-173  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4087  exonuclease V subunit gamma  35.97 
 
 		 1122 aa  607  9.999999999999999e-173  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.459792  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2968  exonuclease V subunit gamma  35.97 
 
 		 1122 aa  607  9.999999999999999e-173  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2969  exonuclease V subunit gamma  35.76 
 
 		 1122 aa  604  1.0000000000000001e-171  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.481674  normal  0.0228423 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3040  exonuclease V subunit gamma  35.79 
 
 		 1122 aa  602  1e-170  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1905  exonuclease V subunit gamma  36.27 
 
 		 1148 aa  602  1e-170  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3222  exonuclease V subunit gamma  36.46 
 
 		 1123 aa  596  1e-169  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.790994  normal  0.118959 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3159  exonuclease V subunit gamma  36.46 
 
 		 1123 aa  598  1e-169  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3322  exonuclease V subunit gamma  36.36 
 
 		 1123 aa  594  1e-168  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.056399 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3208  exonuclease V subunit gamma  36.27 
 
 		 1123 aa  593  1e-168  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.330224 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3142  exonuclease V subunit gamma  36.36 
 
 		 1123 aa  594  1e-168  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1041  exonuclease V subunit gamma  35.92 
 
 		 1123 aa  593  1e-168  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0989  exonuclease V subunit gamma  35.83 
 
 		 1123 aa  590  1e-167  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3233  exonuclease V subunit gamma  35.92 
 
 		 1123 aa  592  1e-167  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03302  exonuclease V subunit gamma  34.81 
 
 		 1164 aa  584  1.0000000000000001e-165  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0912  exonuclease V subunit gamma  35.86 
 
 		 1132 aa  583  1.0000000000000001e-165  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.986553  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3391  exonuclease V subunit gamma  36.08 
 
 		 1132 aa  581  1e-164  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.884703  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0680  exonuclease V subunit gamma  34.96 
 
 		 1127 aa  570  1e-161  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0257765  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002684  exodeoxyribonuclease V gamma chain  34.27 
 
 		 1163 aa  572  1e-161  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0373  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  37.73 
 
 		 1064 aa  567  1e-160  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2110  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  34.13 
 
 		 1226 aa  566  1e-160  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3009  exonuclease V subunit gamma  36.09 
 
 		 1128 aa  565  1.0000000000000001e-159  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1937  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  33.53 
 
 		 1187 aa  556  1e-157  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2129  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  33.05 
 
 		 1192 aa  547  1e-154  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4674  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  38.02 
 
 		 1160 aa  546  1e-153  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0516374 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2351  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  31.25 
 
 		 1375 aa  542  9.999999999999999e-153  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1775  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  33.61 
 
 		 1236 aa  538  1e-151  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2245  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  33.39 
 
 		 1234 aa  537  1e-151  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.965648 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4538  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  38.84 
 
 		 1160 aa  537  1e-151  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.483988  normal  0.0568406 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2095  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  33.44 
 
 		 1270 aa  537  1e-151  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1900  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  35.09 
 
 		 1163 aa  533  1e-150  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4564  hypothetical protein  33.67 
 
 		 1260 aa  534  1e-150  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2278  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  33.67 
 
 		 1260 aa  534  1e-150  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2048  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  33.52 
 
 		 1270 aa  535  1e-150  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0760  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  37.69 
 
 		 1158 aa  534  1e-150  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0191191 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2290  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  33.2 
 
 		 1274 aa  534  1e-150  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2149  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  33.2 
 
 		 1270 aa  532  1e-149  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0680  exodeoxyribonuclease V, RecC subunit  36.51 
 
 		 1157 aa  532  1e-149  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0688  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  35.8 
 
 		 1150 aa  530  1e-149  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.131155  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55690  exodeoxyribonuclease V gamma chain  36.52 
 
 		 1171 aa  530  1e-149  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2641  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  33.14 
 
 		 1190 aa  529  1e-149  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.144342 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1853  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  33.5 
 
 		 1234 aa  528  1e-148  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1985  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  36.64 
 
 		 1158 aa  526  1e-148  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.18739  normal  0.278857 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2533  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  31.13 
 
 		 1270 aa  523  1e-147  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.568964  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3233  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  34.06 
 
 		 1131 aa  524  1e-147  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.911528 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2419  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  31.72 
 
 		 1269 aa  525  1e-147  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0776  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  35.16 
 
 		 1158 aa  520  1e-146  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0268  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  32.79 
 
 		 1144 aa  520  1e-146  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4852  exodeoxyribonuclease V gamma chain  36.13 
 
 		 1156 aa  516  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4672  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  36.76 
 
 		 1159 aa  518  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000155523 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51720  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  40.61 
 
 		 1168 aa  510  1e-143  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2024  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  36.34 
 
 		 1162 aa  509  9.999999999999999e-143  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.93867  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0803  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  34.09 
 
 		 1184 aa  499  1e-139  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.316931  normal  1 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0545  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  30.04 
 
 		 1098 aa  495  9.999999999999999e-139  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.444064  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4322  exodeoxyribonuclease V, RecC subunit  34.67 
 
 		 1112 aa  480  1e-134  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1625  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  35.14 
 
 		 1173 aa  481  1e-134  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.158099  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0012  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  35.43 
 
 		 1197 aa  481  1e-134  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0690  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  36.19 
 
 		 1138 aa  478  1e-133  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1271  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  34.89 
 
 		 1164 aa  478  1e-133  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0520  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  36.38 
 
 		 1174 aa  475  1e-132  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.318804  normal  0.0360548 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2769  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  29.96 
 
 		 1198 aa  469  9.999999999999999e-131  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1756  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  29.65 
 
 		 1166 aa  469  9.999999999999999e-131  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0563  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  36.04 
 
 		 1183 aa  462  9.999999999999999e-129  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.480964  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0734  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  34.43 
 
 		 1112 aa  457  1e-127  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1214  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  34.43 
 
 		 1112 aa  457  1e-127  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1187  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  34.34 
 
 		 1112 aa  456  1e-127  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.720814  normal  0.579184 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01027  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  33.64 
 
 		 1206 aa  452  1e-125  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1613  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  32.62 
 
 		 1124 aa  447  1.0000000000000001e-124  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.913537  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1097  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  34.53 
 
 		 1112 aa  447  1.0000000000000001e-124  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.145118  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2089  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  34.56 
 
 		 1112 aa  447  1.0000000000000001e-124  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1097  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  34.44 
 
 		 1112 aa  447  1.0000000000000001e-124  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0967574  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1769.1  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  34.5 
 
 		 1114 aa  444  1e-123  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.368918  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2839  exodeoxyribonuclease V, RecC subunit  33.01 
 
 		 1133 aa  444  1e-123  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.601793  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0681  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  34.5 
 
 		 1114 aa  444  1e-123  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1385  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  34.5 
 
 		 1114 aa  444  1e-123  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1389  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  34.5 
 
 		 1197 aa  443  1e-123  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.454262  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0471  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  34.5 
 
 		 1114 aa  444  1e-123  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0516412  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1188  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  34.26 
 
 		 1354 aa  441  9.999999999999999e-123  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.572849  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1749  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  32.91 
 
 		 1121 aa  438  1e-121  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.246728  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2852  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  33.81 
 
 		 1149 aa  427  1e-118  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.481141  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1168  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  36.98 
 
 		 1210 aa  426  1e-117  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>