101 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_1985 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007964  Nham_1985  type III restriction enzyme, res subunit  100 
 
 		 1116 aa  2293    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5222  type III restriction protein res subunit  48.39 
 
 		 995 aa  940    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.276942  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2984  type III restriction protein res subunit  36.42 
 
 		 1113 aa  575  1.0000000000000001e-162  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.135376  normal  0.189592 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3974  type III restriction enzyme, res subunit  34.74 
 
 		 1093 aa  503  1e-141  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.361688  normal  0.0160055 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0066  type III restriction protein res subunit  34.68 
 
 		 1100 aa  506  1e-141  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5781  type III restriction protein res subunit  34.45 
 
 		 978 aa  499  1e-140  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0358672  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2131  DEAD/DEAH box helicase  34.49 
 
 		 1099 aa  464  1e-129  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.812467  normal  1 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4408  type III restriction enzyme, res subunit  27.22 
 
 		 976 aa  306  2.0000000000000002e-81  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2754  hypothetical protein  29.84 
 
 		 526 aa  177  9e-43  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0432  type III restriction protein res subunit  26.9 
 
 		 619 aa  122  3e-26  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3695  putative helicase  24.87 
 
 		 676 aa  105  4e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.783104  n/a   
 
 
-
 
NC_010514  Mrad2831_6393  type III restriction protein res subunit  24.88 
 
 		 609 aa  100  1e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1438  type III restriction enzyme, res subunit  24.23 
 
 		 1077 aa  70.5  0.0000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.977948  hitchhiker  0.0058487 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2034  type III restriction protein res subunit  23.01 
 
 		 813 aa  67  0.000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1416  type III restriction protein, res subunit  23.27 
 
 		 920 aa  64.3  0.00000001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014214  Mesil_3640  type III restriction protein res subunit  34.97 
 
 		 524 aa  64.3  0.00000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0977  type III restriction enzyme, res subunit  23.22 
 
 		 1063 aa  62  0.00000007  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0992  type III restriction protein res subunit  25.19 
 
 		 938 aa  62  0.00000007  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.942343 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0759  type III restriction protein res subunit  23.01 
 
 		 812 aa  60.8  0.0000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.535387  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1406  type III restriction protein res subunit  22.62 
 
 		 848 aa  59.3  0.0000004  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0006  type III restriction enzyme, res subunit  26.69 
 
 		 768 aa  59.3  0.0000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3307  type III restriction protein res subunit  24.89 
 
 		 536 aa  57.8  0.000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1089  type III restriction protein res subunit  23.7 
 
 		 1051 aa  57  0.000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2941  type III restriction protein res subunit  23.81 
 
 		 815 aa  56.2  0.000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12931  hypothetical protein  24.32 
 
 		 626 aa  55.5  0.000006  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.129963  normal  0.499246 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0366  type III restriction protein res subunit  23.05 
 
 		 1012 aa  54.7  0.000009  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.64384  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3192  type III restriction enzyme, res subunit  23.83 
 
 		 928 aa  54.7  0.00001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.245022  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1543  type III restriction protein res subunit  24.52 
 
 		 979 aa  54.7  0.00001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3809  type III restriction enzyme, res subunit  23.72 
 
 		 1033 aa  53.5  0.00002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2523  type III restriction enzyme, res subunit  21.81 
 
 		 967 aa  53.5  0.00002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0698946  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1511  transcription-repair coupling factor  22.77 
 
 		 1059 aa  53.9  0.00002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_03900  hypothetical protein  24.54 
 
 		 998 aa  53.9  0.00002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.114045  normal  0.665551 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1707  type III restriction protein res subunit  23.5 
 
 		 1287 aa  52.8  0.00004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.730362  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3182  type III restriction protein res subunit  23.3 
 
 		 1029 aa  52  0.00006  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3530  transposase, IS4 family protein  24.84 
 
 		 956 aa  52  0.00007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.793252  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2893  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  29.5 
 
 		 764 aa  51.2  0.00009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1432  type III restriction enzyme, res subunit  25.32 
 
 		 451 aa  50.8  0.0001  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.503563  normal  0.0109836 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0174  type III restriction protein, res subunit  22.87 
 
 		 949 aa  49.7  0.0003  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.927728  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1350  type III restriction protein res subunit  19.68 
 
 		 967 aa  49.7  0.0003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.810752  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1306  type III restriction enzyme, res subunit family  23.99 
 
 		 786 aa  49.7  0.0003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.986066 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1355  type III restriction protein res subunit  28.32 
 
 		 455 aa  50.1  0.0003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.914304  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0135  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  28.06 
 
 		 793 aa  49.3  0.0004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.776582  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2039  type III restriction protein res subunit  24.9 
 
 		 809 aa  49.3  0.0004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2408  DEAD/DEAH box helicase, putative  24.9 
 
 		 809 aa  49.3  0.0004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0896  type III restriction protein res subunit  23.63 
 
 		 479 aa  49.3  0.0004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1485  ATP-dependent RNA helicase  28.06 
 
 		 602 aa  48.9  0.0005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.16789  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1513  transcription-repair coupling factor  24.68 
 
 		 1174 aa  48.9  0.0006  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.696907  normal  0.0197286 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2053  transcription-repair coupling factor  25.11 
 
 		 1173 aa  48.5  0.0006  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0242332  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1001  superfamily II DNA/RNA helicase  23.8 
 
 		 773 aa  48.5  0.0007  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008696  Tpen_1875  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  24.14 
 
 		 633 aa  48.5  0.0007  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2850  transcription-repair coupling factor  25.11 
 
 		 1171 aa  48.5  0.0008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.334437  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0590  DEAD/DEAH box helicase-like  31.07 
 
 		 710 aa  48.1  0.0008  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00331406 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2622  transcription-repair coupling factor  30.43 
 
 		 1172 aa  48.1  0.0009  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.153021  hitchhiker  0.000463296 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1359  helicase, putative  22.48 
 
 		 1041 aa  47.8  0.001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_10301  transcriptional-repair coupling factor  27.62 
 
 		 1170 aa  47.8  0.001  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0145  type III restriction enzyme, res subunit  26.4 
 
 		 574 aa  47.8  0.001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3844  type III restriction enzyme, res subunit  22.74 
 
 		 1020 aa  47.4  0.001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.65672  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2913  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  20.94 
 
 		 585 aa  48.1  0.001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.898805  normal  0.138469 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0850  DEAD/DEAH box helicase domain protein  23.66 
 
 		 730 aa  47.8  0.001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.00336665  normal  0.272992 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_24400  DNA/RNA helicase, superfamily II  25.8 
 
 		 592 aa  47.8  0.001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.21286 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2255  transcription-repair coupling factor  24.26 
 
 		 1164 aa  47  0.002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2610  transcription-repair coupling factor  25.11 
 
 		 1172 aa  47  0.002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.776583  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1730  transcription-repair coupling factor  24.68 
 
 		 1160 aa  47  0.002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00119053  normal  0.38574 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1810  transcription-repair coupling factor  24.68 
 
 		 1160 aa  46.6  0.002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.540051  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2289  transcription-repair coupling factor  24.68 
 
 		 1160 aa  47  0.002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00423432  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1086  type III restriction enzyme, res subunit  26.29 
 
 		 840 aa  46.6  0.002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.865892  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3253  type III restriction protein res subunit  21.56 
 
 		 585 aa  47  0.002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.503255  normal  0.463212 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5135  type III restriction protein res subunit  24.2 
 
 		 622 aa  47.4  0.002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0782203 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2938  transcription-repair coupling factor  24.66 
 
 		 1172 aa  47  0.002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3142  DEAD/DEAH box helicase domain protein  25.53 
 
 		 565 aa  46.2  0.003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0307  type III restriction protein res subunit  24.71 
 
 		 784 aa  46.2  0.003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0737  transcription-repair coupling factor  22.44 
 
 		 985 aa  45.8  0.004  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  decreased coverage  0.00351961  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_10301  transcriptional-repair coupling factor  26.67 
 
 		 1169 aa  45.8  0.004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2780  type III restriction enzyme, res subunit  22.34 
 
 		 586 aa  46.2  0.004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0188494  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1498  ATP-dependent DNA helicase RecG  23.85 
 
 		 819 aa  46.2  0.004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3243  DEAD/DEAH box helicase domain protein  25.53 
 
 		 565 aa  46.2  0.004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.629149  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2158  transcription-repair coupling factor  25.48 
 
 		 1162 aa  45.8  0.005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0247263  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1844  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  23.5 
 
 		 574 aa  45.4  0.005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.360564  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1920  type III restriction enzyme, res subunit  21.52 
 
 		 946 aa  45.8  0.005  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11440  DNA/RNA helicase, superfamily II  19.57 
 
 		 974 aa  45.4  0.005  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  unclonable  0.000321567  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1408  helicase, putative  24.88 
 
 		 987 aa  45.4  0.006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0717  type III restriction protein res subunit  23.16 
 
 		 794 aa  45.4  0.006  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000142618 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3044  DEAD/DEAH box helicase-like  27.83 
 
 		 565 aa  45.1  0.007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2399  transcription-repair coupling factor  25.16 
 
 		 1178 aa  45.1  0.007  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00178528  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0362  type III restriction enzyme, res subunit  24.36 
 
 		 1055 aa  45.1  0.007  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2406  transcription-repair coupling factor  25.48 
 
 		 1162 aa  45.1  0.007  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00482386  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0360  type III restriction protein res subunit  24.36 
 
 		 1055 aa  45.4  0.007  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1218  type III restriction protein res subunit  24.61 
 
 		 485 aa  45.4  0.007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00150525 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1574  DEAD/DEAH box helicase-like  27.64 
 
 		 706 aa  45.1  0.008  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.226882  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0035  superfamily II DNA/RNA helicase  22.75 
 
 		 949 aa  45.1  0.008  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.0259774  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2511  transcription-repair coupling factor  25.48 
 
 		 1165 aa  45.1  0.008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00100471  normal  0.47703 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2792  ATP-dependent DNA helicase, RecQ family  23.95 
 
 		 552 aa  45.1  0.008  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.825053 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2244  type III restriction protein res subunit  25.2 
 
 		 788 aa  45.1  0.008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.450731  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1525  ATP-dependent DNA helicase RecG  23.39 
 
 		 819 aa  45.1  0.008  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0961  transcriptional-repair coupling factor  24.76 
 
 		 1174 aa  44.7  0.009  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.489301  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3798  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  25.18 
 
 		 593 aa  44.7  0.009  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.172046 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2395  transcription-repair coupling factor  25.48 
 
 		 1162 aa  44.7  0.009  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000829473  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1952  transcription-repair coupling factor  25.48 
 
 		 1162 aa  44.7  0.009  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00516748  normal  0.328047 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_10511  transcriptional-repair coupling factor  25.53 
 
 		 1167 aa  44.7  0.01  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00605187 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_14371  transcriptional-repair coupling factor  25.2 
 
 		 1193 aa  44.7  0.01  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>