More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_0590 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012850  Rleg_2023  DEAD/DEAH box helicase domain protein  53.71 
 
 
651 aa  647    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.995582  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1574  DEAD/DEAH box helicase-like  66.86 
 
 
706 aa  694    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.226882  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0850  DEAD/DEAH box helicase domain protein  55.65 
 
 
730 aa  675    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.00336665  normal  0.272992 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0590  DEAD/DEAH box helicase-like  100 
 
 
710 aa  1424    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00331406 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2871  cold-shock dead-box protein A  53.49 
 
 
673 aa  662    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.975529  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1826  DEAD/DEAH box helicase domain protein  52.84 
 
 
659 aa  632  1e-180  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00351087 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0067  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  57.58 
 
 
626 aa  613  9.999999999999999e-175  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.237297  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2893  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  49.54 
 
 
764 aa  598  1e-170  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0135  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  50.26 
 
 
793 aa  597  1e-169  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.776582  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0900  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  50.79 
 
 
787 aa  593  1e-168  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  decreased coverage  0.00172468  normal  0.0499652 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0138  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  52.25 
 
 
644 aa  569  1e-161  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.113541  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0120  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  55.85 
 
 
626 aa  570  1e-161  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.352683  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0124  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  55.66 
 
 
626 aa  567  1e-160  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.232236  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4366  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  58.19 
 
 
687 aa  565  1e-160  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1485  ATP-dependent RNA helicase  62.55 
 
 
602 aa  549  1e-155  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.16789  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0876  DEAD/DEAH box helicase-like  50.7 
 
 
659 aa  533  1e-150  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0179  DEAD/DEAH box helicase  54.08 
 
 
679 aa  526  1e-148  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.970165  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2184  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  51.77 
 
 
776 aa  526  1e-148  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.383881 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2584  DEAD/DEAH box helicase-like  56.3 
 
 
590 aa  522  1e-147  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.780763  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3218  DEAD/DEAH box helicase-like  54.02 
 
 
691 aa  525  1e-147  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2928  DEAD/DEAH box helicase domain protein  54.81 
 
 
545 aa  523  1e-147  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4667  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  54.83 
 
 
545 aa  519  1e-146  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.528462  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4525  DEAD/DEAH box helicase domain protein  47.87 
 
 
691 aa  521  1e-146  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1119  DEAD/DEAH box helicase domain protein  53.04 
 
 
596 aa  520  1e-146  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.538016 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3798  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  53.58 
 
 
593 aa  518  1.0000000000000001e-145  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.172046 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4919  putative DEAD-box cold-shock protein, ATP-independent RNA helicase  48.21 
 
 
656 aa  516  1.0000000000000001e-145  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.730754  normal  0.525378 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1589  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  48.13 
 
 
609 aa  518  1.0000000000000001e-145  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1844  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  55.82 
 
 
574 aa  513  1e-144  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.360564  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1386  DEAD/DEAH box helicase  52.83 
 
 
677 aa  512  1e-144  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4450  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  55.06 
 
 
568 aa  512  1e-143  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.181916 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4914  DEAD/DEAH box helicase domain protein  54.67 
 
 
568 aa  508  9.999999999999999e-143  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.67964 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4964  DEAD/DEAH box helicase domain protein  55.66 
 
 
567 aa  499  1e-140  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.323707  normal  0.0708927 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1832  DEAD/DEAH box helicase-like protein  49.57 
 
 
610 aa  498  1e-139  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  hitchhiker  0.00214348  normal  0.596692 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3396  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  54.62 
 
 
583 aa  495  9.999999999999999e-139  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.112042 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0260  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  53.23 
 
 
577 aa  491  1e-137  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2913  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  52.94 
 
 
585 aa  487  1e-136  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.898805  normal  0.138469 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3142  DEAD/DEAH box helicase domain protein  50.5 
 
 
565 aa  443  1e-123  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0223  DEAD/DEAH box helicase domain protein  59.85 
 
 
505 aa  443  1e-123  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.295607 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3243  DEAD/DEAH box helicase domain protein  50.7 
 
 
565 aa  444  1e-123  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.629149  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3044  DEAD/DEAH box helicase-like  50.4 
 
 
565 aa  440  9.999999999999999e-123  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4213  DEAD/DEAH box helicase-like  57.54 
 
 
340 aa  302  2e-80  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.985867  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0508  DEAD/DEAH box helicase domain protein  35.76 
 
 
558 aa  289  1e-76  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.000000225477  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3818  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  36.36 
 
 
527 aa  272  2e-71  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00215503  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03693  ATP-dependent RNA helicase  32.59 
 
 
589 aa  263  1e-68  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28600  DNA/RNA helicase, superfamily II  36.87 
 
 
570 aa  263  1e-68  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.219312 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2820  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  34.93 
 
 
556 aa  262  2e-68  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00179058  normal  0.0521879 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0250  DEAD/DEAH box helicase domain protein  36.19 
 
 
643 aa  259  9e-68  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.173354  decreased coverage  0.00154512 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2267  DEAD/DEAH box helicase domain protein  35.45 
 
 
561 aa  258  3e-67  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1760  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  35.67 
 
 
527 aa  256  1.0000000000000001e-66  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1725  DEAD/DEAH box helicase domain protein  33.64 
 
 
595 aa  256  1.0000000000000001e-66  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0368  ATP-independent RNA helicase  35.83 
 
 
561 aa  255  2.0000000000000002e-66  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0603  DEAD/DEAH box helicase-like protein  34.21 
 
 
591 aa  254  4.0000000000000004e-66  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.365924 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0528  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  31.62 
 
 
622 aa  254  4.0000000000000004e-66  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1365  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  31.99 
 
 
529 aa  254  5.000000000000001e-66  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1774  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  33.4 
 
 
589 aa  253  8.000000000000001e-66  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3424  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  31.62 
 
 
622 aa  253  9.000000000000001e-66  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0152  DEAD/DEAH box helicase-like  33.4 
 
 
572 aa  252  1e-65  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0233  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  35.73 
 
 
528 aa  252  2e-65  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.714358  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0219  DEAD/DEAH box helicase  35.73 
 
 
528 aa  252  2e-65  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0247  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  35.73 
 
 
528 aa  252  2e-65  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1472  DEAD/DEAH box helicase domain protein  33.27 
 
 
541 aa  252  2e-65  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  unclonable  0.000000440496  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3595  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  31.46 
 
 
619 aa  251  2e-65  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0259  ATP-dependent RNA helicase, DEAD/DEAH box family  35.73 
 
 
528 aa  252  2e-65  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0267  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  36.32 
 
 
525 aa  251  3e-65  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0221  DEAD/DEAH box helicase  35.73 
 
 
528 aa  251  3e-65  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.983114  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0281  ATP-dependent RNA helicase, DEAD/DEAH box family  36.32 
 
 
525 aa  251  3e-65  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0262  DEAD/DEAH box helicase  35.73 
 
 
533 aa  251  3e-65  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0577  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  29.8 
 
 
640 aa  251  4e-65  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.0430169 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1989  DEAD/DEAH box helicase domain protein  37.87 
 
 
597 aa  250  6e-65  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.805069  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3753  DEAD/DEAH box helicase domain protein  39.57 
 
 
908 aa  249  8e-65  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.237591  normal  0.30492 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1087  DEAD/DEAH box helicase domain protein  36.18 
 
 
467 aa  250  8e-65  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1650  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  33.07 
 
 
528 aa  250  8e-65  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  unclonable  0.00000109109  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1389  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  33.07 
 
 
528 aa  250  8e-65  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  unclonable  0.0000000667125  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0225  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  35.57 
 
 
538 aa  249  1e-64  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3757  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  29.66 
 
 
640 aa  249  1e-64  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0371  hypothetical protein  32.01 
 
 
656 aa  249  1e-64  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0552  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  29.66 
 
 
640 aa  249  1e-64  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0583  DEAD/DEAH box helicase domain protein  29.66 
 
 
640 aa  249  1e-64  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0637  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  29.66 
 
 
640 aa  249  2e-64  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3590  ATP-dependent RNA helicase DeaD  31.29 
 
 
664 aa  249  2e-64  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1116  DEAD/DEAH box helicase-like  36.65 
 
 
640 aa  249  2e-64  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3724  ATP-dependent RNA helicase DeaD  31.29 
 
 
664 aa  249  2e-64  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4001  ATP-dependent RNA helicase DeaD  31.29 
 
 
664 aa  249  2e-64  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5063  DEAD/DEAH box helicase  35.51 
 
 
529 aa  248  3e-64  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2752  DEAD/DEAH box helicase domain protein  34.37 
 
 
694 aa  248  3e-64  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0117058 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1598  ATP-dependent RNA helicase (cold-shock DEAD-box protein A)  38.61 
 
 
580 aa  248  3e-64  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.602418 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3048  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  33.33 
 
 
747 aa  248  3e-64  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0649  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  33.4 
 
 
532 aa  248  3e-64  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4969  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  37.36 
 
 
584 aa  248  4e-64  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.465149  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1305  DEAD/DEAH box helicase domain protein  37.75 
 
 
602 aa  248  4e-64  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0531  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  33.58 
 
 
599 aa  248  4e-64  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0948  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  30.45 
 
 
530 aa  247  4.9999999999999997e-64  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1477  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  34.82 
 
 
559 aa  247  6e-64  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.682084  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0722  DEAD/DEAH box helicase domain protein  33.4 
 
 
607 aa  247  6e-64  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.017054  normal  0.720031 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2250  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  35.7 
 
 
574 aa  247  6.999999999999999e-64  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.460178  normal  0.714612 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0512  ATP-dependent RNA helicase DeaD  36.67 
 
 
637 aa  246  9e-64  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.782929 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0202  DEAD/DEAH box helicase domain protein  35.34 
 
 
590 aa  246  9.999999999999999e-64  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.940477  normal  0.073291 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0234  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  38.59 
 
 
511 aa  246  9.999999999999999e-64  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0704  ATP-dependent RNA helicase  31.68 
 
 
601 aa  246  9.999999999999999e-64  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1648  DEAD/DEAH box helicase-like  37.5 
 
 
607 aa  245  1.9999999999999999e-63  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>