101 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ccel_0066 on replicon NC_011898
Organism: Clostridium cellulolyticum H10



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007406  Nwi_2131  DEAD/DEAH box helicase  54.78 
 
 		 1099 aa  1180    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.812467  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0066  type III restriction protein res subunit  100 
 
 		 1100 aa  2281    Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1985  type III restriction enzyme, res subunit  34.68 
 
 		 1116 aa  506  9.999999999999999e-143  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3974  type III restriction enzyme, res subunit  32.54 
 
 		 1093 aa  494  9.999999999999999e-139  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.361688  normal  0.0160055 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2984  type III restriction protein res subunit  31.72 
 
 		 1113 aa  486  1e-135  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.135376  normal  0.189592 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5222  type III restriction protein res subunit  33.04 
 
 		 995 aa  478  1e-133  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.276942  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5781  type III restriction protein res subunit  31.37 
 
 		 978 aa  474  1e-132  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0358672  normal  1 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4408  type III restriction enzyme, res subunit  26.09 
 
 		 976 aa  241  4e-62  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2754  hypothetical protein  26.79 
 
 		 526 aa  160  1e-37  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0432  type III restriction protein res subunit  25.58 
 
 		 619 aa  102  5e-20  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3695  putative helicase  27.32 
 
 		 676 aa  96.7  2e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.783104  n/a   
 
 
-
 
NC_010514  Mrad2831_6393  type III restriction protein res subunit  27.2 
 
 		 609 aa  90.5  2e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1416  type III restriction protein, res subunit  25.81 
 
 		 920 aa  69.7  0.0000000003  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2941  type III restriction protein res subunit  24.86 
 
 		 815 aa  67.4  0.000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_03900  hypothetical protein  25.37 
 
 		 998 aa  64.7  0.00000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.114045  normal  0.665551 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2034  type III restriction protein res subunit  24.07 
 
 		 813 aa  63.2  0.00000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1543  type III restriction protein res subunit  24.83 
 
 		 979 aa  60.1  0.0000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0366  type III restriction protein res subunit  25.71 
 
 		 1012 aa  58.2  0.0000008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.64384  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0006  type III restriction enzyme, res subunit  26.32 
 
 		 768 aa  57.4  0.000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2515  type III restriction enzyme, res subunit  26.36 
 
 		 953 aa  57  0.000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2567  type III restriction protein res subunit  26.36 
 
 		 953 aa  57  0.000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3530  transposase, IS4 family protein  26.25 
 
 		 956 aa  56.2  0.000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.793252  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3809  type III restriction enzyme, res subunit  23.01 
 
 		 1033 aa  55.5  0.000006  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1406  type III restriction protein res subunit  26.46 
 
 		 848 aa  55.5  0.000006  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3192  type III restriction enzyme, res subunit  26.25 
 
 		 928 aa  55.1  0.000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.245022  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1994  type III restriction enzyme, res subunit  24.22 
 
 		 468 aa  54.3  0.00001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.143159  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2052  helicase, putative  23.1 
 
 		 952 aa  53.5  0.00002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0035  superfamily II DNA/RNA helicase  24.64 
 
 		 949 aa  53.9  0.00002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.0259774  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0759  type III restriction protein res subunit  24.55 
 
 		 812 aa  53.9  0.00002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.535387  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0789  type III restriction protein res subunit  24.46 
 
 		 795 aa  53.9  0.00002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.891259  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1457  type III restriction protein res subunit  28.18 
 
 		 971 aa  53.5  0.00002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2322  putative helicase  24.32 
 
 		 586 aa  52.8  0.00003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0410169  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3374  putative helicase  26.38 
 
 		 1017 aa  52.4  0.00004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.175998  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2482  putative helicase  24.32 
 
 		 586 aa  52.8  0.00004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.00182337  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0774  putative helicase  24.32 
 
 		 586 aa  52.4  0.00004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0469791  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04056  DNA helicase of superfamily II  25 
 
 		 796 aa  52  0.00006  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1258  type III restriction protein res subunit  23.75 
 
 		 787 aa  51.6  0.00008  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.377183  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02114  predicted ATP-dependet helicase  24.32 
 
 		 586 aa  51.2  0.0001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0523071  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1473  type III restriction protein res subunit  24.32 
 
 		 586 aa  51.2  0.0001  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.00000087246  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1001  superfamily II DNA/RNA helicase  27.49 
 
 		 773 aa  50.8  0.0001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1463  type III restriction protein res subunit  24.32 
 
 		 586 aa  51.2  0.0001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000557084  normal  0.860353 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3322  putative helicase  24.04 
 
 		 586 aa  50.8  0.0001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0433993  normal  0.803545 
 
 
-
 
NC_014214  Mesil_3640  type III restriction protein res subunit  22.89 
 
 		 524 aa  51.2  0.0001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2488  hypothetical protein  23.04 
 
 		 925 aa  50.4  0.0002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4412  type III restriction enzyme, res subunit  23.56 
 
 		 590 aa  50.1  0.0002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.307944  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3253  type III restriction protein res subunit  23.64 
 
 		 585 aa  50.4  0.0002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.503255  normal  0.463212 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2333  putative helicase  23.77 
 
 		 586 aa  50.8  0.0002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.00564696  normal  0.0326725 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3249  type III restriction protein res subunit  30.56 
 
 		 884 aa  50.4  0.0002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2460  putative helicase  28.65 
 
 		 586 aa  50.1  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000666895 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2463  putative helicase  28.65 
 
 		 586 aa  50.1  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.863309 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1355  type III restriction protein res subunit  23.74 
 
 		 455 aa  50.4  0.0002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.914304  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1408  helicase, putative  24.41 
 
 		 987 aa  49.7  0.0003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2125  Type III restriction enzyme, res subunit  23.95 
 
 		 842 aa  49.7  0.0003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2780  type III restriction enzyme, res subunit  23.22 
 
 		 586 aa  49.7  0.0003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0188494  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2417  putative helicase  28.65 
 
 		 586 aa  50.1  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.011156  normal  0.197081 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2372  putative helicase  28.65 
 
 		 586 aa  50.1  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.010081  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2574  putative helicase  28.65 
 
 		 586 aa  50.1  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.452066  hitchhiker  0.00320977 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0896  type III restriction protein res subunit  24.22 
 
 		 479 aa  49.7  0.0003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0337  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  23.64 
 
 		 979 aa  49.3  0.0004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2616  type III restriction enzyme, res subunit  21.19 
 
 		 459 aa  48.9  0.0005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0606315  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1432  type III restriction protein, res subunit  25.68 
 
 		 1108 aa  48.9  0.0005  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0301  type III restriction enzyme, res subunit  25.7 
 
 		 1051 aa  48.5  0.0006  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.177385  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0844  type III restriction enzyme, res subunit  23.62 
 
 		 613 aa  48.5  0.0006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3842  type III restriction enzyme, res subunit  24.9 
 
 		 1061 aa  48.9  0.0006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1910  type III restriction enzyme, res subunit  25.63 
 
 		 1043 aa  48.5  0.0006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1306  type III restriction enzyme, res subunit family  25.93 
 
 		 786 aa  48.5  0.0006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.986066 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3307  type III restriction protein res subunit  23.38 
 
 		 536 aa  48.5  0.0006  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2354  type III restriction protein res subunit  23.77 
 
 		 586 aa  48.9  0.0006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010507  Mrad2831_6521  type III restriction protein res subunit  23.08 
 
 		 462 aa  48.5  0.0007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0204  reverse gyrase  32.37 
 
 		 1231 aa  48.5  0.0007  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0819  type III restriction protein res subunit  24 
 
 		 479 aa  48.5  0.0007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl314  DNA repair DNA/RNA helicase  27.73 
 
 		 905 aa  48.1  0.0008  Mesoplasma florum L1  Bacteria  decreased coverage  4.84028e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4503  type III restriction enzyme, res subunit  26.32 
 
 		 1052 aa  48.1  0.0009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000814753 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0902  Type I site-specific restriction-modification system, R (restriction) subunit related helicase  29.39 
 
 		 1113 aa  47.8  0.001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.164801  hitchhiker  0.00000563993 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1245  reverse gyrase  31.91 
 
 		 1237 aa  47.4  0.001  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  unclonable  0.000744005  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1920  type III restriction enzyme, res subunit  21.65 
 
 		 946 aa  48.1  0.001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0100  type III restriction protein res subunit  27.98 
 
 		 440 aa  47.8  0.001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000273539  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0106  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  23.48 
 
 		 484 aa  48.1  0.001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.298821 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0951  Type III restriction enzyme, res subunit  22.72 
 
 		 517 aa  47  0.002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.12396  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0977  type III restriction enzyme, res subunit  23.29 
 
 		 1063 aa  47  0.002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2719  putative helicase  23.64 
 
 		 585 aa  47  0.002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.00330465  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1489  putative helicase  23.64 
 
 		 585 aa  46.6  0.002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.931099  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2794  type III restriction protein res subunit  23.64 
 
 		 585 aa  47  0.002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.183482  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1089  type III restriction protein res subunit  23.23 
 
 		 1051 aa  47.4  0.002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1637  type III restriction protein res subunit  22.4 
 
 		 586 aa  46.6  0.002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.726226  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2747  type I restriction-modification system, R subunit  25 
 
 		 934 aa  46.6  0.003  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.504328  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0652  type III restriction enzyme, res subunit  23.5 
 
 		 630 aa  45.8  0.004  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  unclonable  0.000000732435  n/a   
 
 
-
 
NC_009042  PICST_75833  pre-mRNA splicing factor RNA helicase of DEAD box family  23.27 
 
 		 482 aa  45.8  0.004  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.0446965  normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1743  DNA repair helicase RAD25  25.19 
 
 		 531 aa  45.8  0.004  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  0.763617 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0174  type III restriction protein, res subunit  23.94 
 
 		 949 aa  45.8  0.004  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.927728  n/a   
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4457  EcoEI R domain protein  23.1 
 
 		 771 aa  45.8  0.004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1412  type III restriction protein res subunit  23.55 
 
 		 556 aa  46.2  0.004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.00105152  normal  0.0540272 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1032  type III restriction protein res subunit  23.36 
 
 		 479 aa  45.4  0.005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8756  type III restriction enzyme, res subunit  25.11 
 
 		 1028 aa  45.8  0.005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.999301  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01111  hypothetical protein  22.51 
 
 		 778 aa  45.4  0.006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0708  type III restriction protein res subunit  23.38 
 
 		 479 aa  45.4  0.006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.922597 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0960  type III restriction protein res subunit  22.09 
 
 		 485 aa  45.4  0.006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0725  DEAD/DEAH box helicase-like  23.95 
 
 		 469 aa  45.1  0.007  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11440  DNA/RNA helicase, superfamily II  27.04 
 
 		 974 aa  45.1  0.007  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  unclonable  0.000321567  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2963  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  23.21 
 
 		 1167 aa  45.1  0.008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>