More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rxyl_1994 on replicon NC_008148
Organism: Rubrobacter xylanophilus DSM 9941



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008148  Rxyl_1994  type III restriction enzyme, res subunit  100 
 
 		 468 aa  923    Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.143159  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0951  Type III restriction enzyme, res subunit  46.78 
 
 		 517 aa  400  9.999999999999999e-111  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.12396  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0580  type III restriction protein res subunit  46.9 
 
 		 509 aa  400  9.999999999999999e-111  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_3083  type III restriction protein res subunit  46.04 
 
 		 466 aa  398  1e-109  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0563  type III restriction protein res subunit  46.68 
 
 		 509 aa  397  1e-109  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4412  type III restriction enzyme, res subunit  45.33 
 
 		 590 aa  389  1e-107  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.307944  normal  1 
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_3185  type III restriction protein res subunit  45.49 
 
 		 466 aa  389  1e-107  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0079  type III restriction protein res subunit  44.35 
 
 		 499 aa  387  1e-106  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.288486 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4175  type III restriction protein res subunit  46.12 
 
 		 479 aa  386  1e-106  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.776953  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4977  type III restriction protein res subunit  47.93 
 
 		 479 aa  383  1e-105  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.313567  normal  0.389941 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2643  DNA repair helicase RAD25  45.32 
 
 		 491 aa  376  1e-103  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.0920189 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1709  type III restriction protein res subunit  44.2 
 
 		 494 aa  376  1e-103  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.17082  normal  0.0133576 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0308  type III restriction protein res subunit  48.67 
 
 		 449 aa  369  1e-101  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1762  type III restriction enzyme, res subunit  48.11 
 
 		 451 aa  371  1e-101  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2843  type III restriction protein res subunit  46.56 
 
 		 444 aa  365  1e-100  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.109265  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0649  type III restriction enzyme, res subunit  43.88 
 
 		 462 aa  362  6e-99  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.674278  normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0583  DNA repair helicase RAD25  44.08 
 
 		 443 aa  352  8e-96  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.71742  normal  0.481027 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1455  type III restriction protein res subunit  41.27 
 
 		 444 aa  344  2e-93  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.437061  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2015  type III restriction protein res subunit  44.56 
 
 		 488 aa  338  9e-92  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1556  type III restriction protein res subunit  47.83 
 
 		 470 aa  337  1.9999999999999998e-91  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0659  type III restriction protein res subunit  41.74 
 
 		 531 aa  331  2e-89  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0100  type III restriction protein res subunit  44.79 
 
 		 440 aa  300  4e-80  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000273539  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1901  type III restriction enzyme, res subunit  41.19 
 
 		 451 aa  294  2e-78  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1191  type III restriction protein res subunit  41.27 
 
 		 451 aa  283  5.000000000000001e-75  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0299  DNA repair helicase RAD25  39.82 
 
 		 456 aa  279  8e-74  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1432  type III restriction enzyme, res subunit  38.89 
 
 		 451 aa  273  5.000000000000001e-72  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.503563  normal  0.0109836 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1936  type III restriction protein res subunit  33.18 
 
 		 551 aa  251  1e-65  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.0298009  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1743  DNA repair helicase RAD25  36.64 
 
 		 531 aa  236  9e-61  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  0.763617 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0670  type III restriction protein res subunit  37.4 
 
 		 652 aa  194  2e-48  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1646  type III restriction enzyme, res subunit  33.51 
 
 		 654 aa  181  2.9999999999999997e-44  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.0299889 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2154  type III restriction enzyme, res subunit  33.17 
 
 		 650 aa  173  5e-42  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.508076  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2049  helicase domain protein  32.38 
 
 		 558 aa  173  5.999999999999999e-42  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0605  type III restriction enzyme, res subunit  32.73 
 
 		 647 aa  172  1e-41  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0725  helicase domain protein  33.68 
 
 		 548 aa  168  2e-40  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.013884  hitchhiker  0.0000273082 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_31430  DNA/RNA helicase, superfamily II  34.28 
 
 		 558 aa  167  4e-40  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0658169  normal  0.0482356 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0787  helicase domain-containing protein  32.38 
 
 		 551 aa  165  2.0000000000000002e-39  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0905  helicase domain protein  33.42 
 
 		 548 aa  165  2.0000000000000002e-39  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.223145 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2932  type III restriction protein res subunit  33.25 
 
 		 558 aa  164  4.0000000000000004e-39  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.406282  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3296  helicase domain-containing protein  34.2 
 
 		 551 aa  163  6e-39  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.553593 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_07930  DNA/RNA helicase, superfamily II  32.38 
 
 		 555 aa  162  1e-38  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.181797  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0846  type III restriction protein res subunit  34.2 
 
 		 548 aa  160  7e-38  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0849054  normal  0.0359313 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4190  helicase domain protein  34.02 
 
 		 548 aa  159  9e-38  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0173  helicase domain-containing protein  33.42 
 
 		 545 aa  159  9e-38  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0878922 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0810  helicase domain protein  33.68 
 
 		 550 aa  156  7e-37  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4400  helicase-like  32.47 
 
 		 545 aa  156  1e-36  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.116832  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_21590  DNA/RNA helicase, superfamily II  31.87 
 
 		 550 aa  155  1e-36  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.515357  hitchhiker  0.0079461 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4341  helicase domain-containing protein  32.12 
 
 		 559 aa  155  2e-36  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1697  type III restriction enzyme, res subunit  32.99 
 
 		 549 aa  155  2e-36  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.859108 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3950  helicase domain-containing protein  32.12 
 
 		 581 aa  153  5e-36  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.626862  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3947  helicase domain-containing protein  33.42 
 
 		 546 aa  153  8e-36  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3612  helicase domain protein  32.64 
 
 		 557 aa  152  8.999999999999999e-36  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.175264  normal  0.0680888 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1210  helicase domain protein  31.35 
 
 		 555 aa  152  1e-35  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8907  hypothetical protein  32.22 
 
 		 548 aa  152  1e-35  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0652  type III restriction enzyme, res subunit  30.08 
 
 		 630 aa  152  1e-35  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  unclonable  0.000000732435  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10878  DNA helicase ercc3  31.35 
 
 		 542 aa  151  2e-35  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000621155  normal  0.128196 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8107  helicase domain protein  31.61 
 
 		 548 aa  151  3e-35  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6094  type III restriction protein res subunit  30.83 
 
 		 549 aa  150  6e-35  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1918  DEAD/DEAH box helicase-like  32.14 
 
 		 602 aa  149  1.0000000000000001e-34  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0105236  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5056  type III restriction enzyme, res subunit  31.61 
 
 		 549 aa  149  1.0000000000000001e-34  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0803  type III restriction protein res subunit  31.09 
 
 		 561 aa  148  2.0000000000000003e-34  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.310817  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34360  DNA/RNA helicase, superfamily II  31.09 
 
 		 548 aa  147  3e-34  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4485  type III restriction enzyme, res subunit  31.35 
 
 		 549 aa  146  7.0000000000000006e-34  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.111108  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4572  type III restriction enzyme, res subunit  31.35 
 
 		 549 aa  146  7.0000000000000006e-34  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0637895 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4868  type III restriction enzyme, res subunit  31.35 
 
 		 549 aa  146  7.0000000000000006e-34  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.712757  normal  0.131426 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0453  type III restriction protein res subunit  31.61 
 
 		 550 aa  145  1e-33  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4794  helicase domain protein  30.83 
 
 		 554 aa  146  1e-33  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.767422 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2721  helicase domain-containing protein  28.89 
 
 		 590 aa  142  9.999999999999999e-33  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0809  type III restriction protein res subunit  30.15 
 
 		 556 aa  141  3e-32  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1040  type III restriction enzyme, res subunit  30.49 
 
 		 385 aa  139  1e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.343931  n/a   
 
 
-
 
NC_013747  Htur_5118  type III restriction protein res subunit  29.65 
 
 		 666 aa  138  3.0000000000000003e-31  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0819  type III restriction protein res subunit  31.13 
 
 		 479 aa  130  4.0000000000000003e-29  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_3146  type III restriction protein res subunit  28.5 
 
 		 630 aa  129  9.000000000000001e-29  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.0164842  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0708  type III restriction protein res subunit  31.14 
 
 		 479 aa  129  1.0000000000000001e-28  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.922597 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1032  type III restriction protein res subunit  31.52 
 
 		 479 aa  128  2.0000000000000002e-28  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0896  type III restriction protein res subunit  31.28 
 
 		 479 aa  128  3e-28  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2739  helicase domain protein  27.37 
 
 		 564 aa  127  5e-28  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.628328  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3039  type III restriction protein res subunit  31.15 
 
 		 649 aa  126  9e-28  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0960  type III restriction protein res subunit  31.03 
 
 		 485 aa  125  1e-27  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0773  type III restriction protein res subunit  30.89 
 
 		 463 aa  125  2e-27  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0952838  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1218  type III restriction protein res subunit  31.03 
 
 		 485 aa  125  2e-27  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00150525 
 
 
-
 
NC_011879  Achl_4437  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  32.17 
 
 		 951 aa  124  5e-27  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.118841 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1769  type III restriction enzyme, res subunit  28.03 
 
 		 464 aa  122  9.999999999999999e-27  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1686  type III restriction enzyme, res subunit  27.95 
 
 		 698 aa  122  9.999999999999999e-27  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.025526  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2481  type III restriction enzyme, res subunit  30.66 
 
 		 706 aa  116  7.999999999999999e-25  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.839221  n/a   
 
 
-
 
NC_008696  Tpen_1875  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  31.5 
 
 		 633 aa  116  7.999999999999999e-25  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1535  type III restriction protein res subunit  28.5 
 
 		 658 aa  113  9e-24  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009043  PICST_82790  DNA helicase  25.55 
 
 		 838 aa  110  5e-23  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  0.179856 
 
 
-
 
NC_006670  CNA05940  general RNA polymerase II transcription factor, putative  27.6 
 
 		 866 aa  110  6e-23  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.687804  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0497  type III restriction protein res subunit  27.49 
 
 		 696 aa  108  2e-22  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.154157  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2052  type III restriction protein res subunit  26.22 
 
 		 489 aa  107  5e-22  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2026  type III restriction protein res subunit  26.22 
 
 		 489 aa  106  7e-22  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1374  type III restriction protein res subunit  26.59 
 
 		 707 aa  104  3e-21  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.304908  normal  0.550958 
 
 
-
 
BN001302  ANIA_08201  component of the holoenzyme form of RNA polymerase transcription factor (Eurofung)  25.6 
 
 		 818 aa  102  2e-20  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.0920251 
 
 
-
 
NC_011677  PHATRDRAFT_20574  predicted protein  28.3 
 
 		 720 aa  100  5e-20  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  decreased coverage  0.000077682  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1355  type III restriction protein res subunit  26.54 
 
 		 455 aa  99.4  1e-19  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.914304  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04056  DNA helicase of superfamily II  33.33 
 
 		 796 aa  95.9  1e-18  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009357  OSTLU_34480  predicted protein  24.76 
 
 		 781 aa  96.3  1e-18  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2087  type III restriction enzyme, res subunit  26.47 
 
 		 715 aa  90.5  6e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.167702  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2205  type III restriction protein res subunit  24.44 
 
 		 993 aa  90.5  6e-17  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00119  Type III restriction enzyme, res subunit  24.59 
 
 		 744 aa  90.1  8e-17  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.431054  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>