More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lferr_2039 on replicon NC_011206
Organism: Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009955  Dshi_3695  type III restriction protein res subunit  48 
 
 		 813 aa  706    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2488  hypothetical protein  46.83 
 
 		 925 aa  726    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5449  type III restriction protein res subunit  50.2 
 
 		 815 aa  694    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.788934  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0789  type III restriction protein res subunit  58.79 
 
 		 795 aa  957    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.891259  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2493  DEAD/DEAH box helicase-like  65.22 
 
 		 799 aa  1039    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04056  DNA helicase of superfamily II  44.53 
 
 		 796 aa  647    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1457  type III restriction protein res subunit  44.19 
 
 		 971 aa  684    Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2244  type III restriction protein res subunit  78.15 
 
 		 788 aa  1249    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.450731  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0307  type III restriction protein res subunit  78.42 
 
 		 784 aa  1279    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0717  type III restriction protein res subunit  58.54 
 
 		 794 aa  956    Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000142618 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3271  type III restriction enzyme, res subunit  50.78 
 
 		 785 aa  713    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.581193  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1306  type III restriction enzyme, res subunit family  66.92 
 
 		 786 aa  1077    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.986066 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1316  type III restriction enzyme, res subunit  63.76 
 
 		 796 aa  1025    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.262236  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2408  DEAD/DEAH box helicase, putative  100 
 
 		 809 aa  1665    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4007  type III restriction protein res subunit  48 
 
 		 813 aa  706    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.527137  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2039  type III restriction protein res subunit  100 
 
 		 809 aa  1665    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0006  type III restriction enzyme, res subunit  67.37 
 
 		 768 aa  1063    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01111  hypothetical protein  43.6 
 
 		 778 aa  621  1e-176  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_03900  hypothetical protein  40.18 
 
 		 998 aa  533  1e-150  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.114045  normal  0.665551 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1416  type III restriction protein, res subunit  32.77 
 
 		 920 aa  400  9.999999999999999e-111  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1533  helicase  78.01 
 
 		 154 aa  233  9e-60  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.881721  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1534  hypothetical protein  76.92 
 
 		 195 aa  194  4e-48  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.609176  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1355  type III restriction protein res subunit  30.47 
 
 		 455 aa  187  6e-46  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.914304  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0896  type III restriction protein res subunit  29.63 
 
 		 479 aa  160  1e-37  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1032  type III restriction protein res subunit  30.15 
 
 		 479 aa  157  5.0000000000000005e-37  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0708  type III restriction protein res subunit  29.72 
 
 		 479 aa  155  2.9999999999999998e-36  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.922597 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0819  type III restriction protein res subunit  29.5 
 
 		 479 aa  152  2e-35  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0773  type III restriction protein res subunit  28.38 
 
 		 463 aa  145  4e-33  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0952838  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0960  type III restriction protein res subunit  29.35 
 
 		 485 aa  144  8e-33  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1218  type III restriction protein res subunit  29.13 
 
 		 485 aa  141  3.9999999999999997e-32  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00150525 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1646  type III restriction enzyme, res subunit  28.01 
 
 		 654 aa  106  2e-21  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.0299889 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0670  type III restriction protein res subunit  31.65 
 
 		 652 aa  100  8e-20  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2154  type III restriction enzyme, res subunit  32.49 
 
 		 650 aa  99.8  2e-19  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.508076  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0605  type III restriction enzyme, res subunit  29.33 
 
 		 647 aa  99.4  3e-19  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010660  SbBS512_A0021  hypothetical protein  77.19 
 
 		 105 aa  98.2  5e-19  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0364  type III restriction enzyme, res subunit  23.76 
 
 		 473 aa  97.8  7e-19  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.913598 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0521  DNA or RNA helicase of superfamily II  46.74 
 
 		 279 aa  94  1e-17  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1455  type III restriction protein res subunit  35 
 
 		 444 aa  93.2  2e-17  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.437061  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2770  type III restriction enzyme, res subunit  27.2 
 
 		 560 aa  93.2  2e-17  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.547342  normal  0.44654 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0583  DNA repair helicase RAD25  32.76 
 
 		 443 aa  91.7  5e-17  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.71742  normal  0.481027 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1235  type III restriction enzyme, res subunit  26.91 
 
 		 560 aa  91.7  5e-17  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.159231 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1743  DNA repair helicase RAD25  24.88 
 
 		 531 aa  91.7  6e-17  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  0.763617 
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_3083  type III restriction protein res subunit  30.29 
 
 		 466 aa  87  0.000000000000001  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_3185  type III restriction protein res subunit  29.88 
 
 		 466 aa  86.7  0.000000000000001  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0100  type III restriction protein res subunit  35.56 
 
 		 440 aa  86.3  0.000000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000273539  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1762  type III restriction enzyme, res subunit  35 
 
 		 451 aa  85.9  0.000000000000003  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2354  type III restriction protein res subunit  26.08 
 
 		 586 aa  85.1  0.000000000000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0079  type III restriction protein res subunit  28.31 
 
 		 499 aa  84.7  0.000000000000006  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.288486 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0652  type III restriction enzyme, res subunit  28.78 
 
 		 630 aa  84.7  0.000000000000006  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  unclonable  0.000000732435  n/a   
 
 
-
 
NC_010507  Mrad2831_6521  type III restriction protein res subunit  29.28 
 
 		 462 aa  84.7  0.000000000000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0659  type III restriction protein res subunit  33.86 
 
 		 531 aa  84.3  0.000000000000008  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2049  helicase domain protein  29.46 
 
 		 558 aa  84.3  0.000000000000009  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2482  putative helicase  26.54 
 
 		 586 aa  84  0.00000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.00182337  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0774  putative helicase  26.54 
 
 		 586 aa  83.6  0.00000000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0469791  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3039  type III restriction protein res subunit  30.26 
 
 		 649 aa  83.6  0.00000000000001  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3322  putative helicase  26.54 
 
 		 586 aa  83.6  0.00000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0433993  normal  0.803545 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2606  type III restriction enzyme, res subunit  24.92 
 
 		 560 aa  83.6  0.00000000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02114  predicted ATP-dependet helicase  26.54 
 
 		 586 aa  82.8  0.00000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0523071  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1473  type III restriction protein res subunit  26.54 
 
 		 586 aa  82.8  0.00000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.00000087246  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1463  type III restriction protein res subunit  26.54 
 
 		 586 aa  82.8  0.00000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000557084  normal  0.860353 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1543  type III restriction protein res subunit  27.86 
 
 		 979 aa  82.8  0.00000000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2333  putative helicase  26.54 
 
 		 586 aa  82.4  0.00000000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.00564696  normal  0.0326725 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1994  type III restriction enzyme, res subunit  36.9 
 
 		 468 aa  82.4  0.00000000000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.143159  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1535  type III restriction protein res subunit  34.21 
 
 		 658 aa  81.6  0.00000000000005  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1350  type III restriction protein res subunit  25.46 
 
 		 967 aa  81.6  0.00000000000005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.810752  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2463  putative helicase  27.73 
 
 		 586 aa  81.3  0.00000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.863309 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1300  type III restriction enzyme, res subunit  24.5 
 
 		 560 aa  81.3  0.00000000000007  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.49268  normal  0.27314 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0308  type III restriction protein res subunit  34.16 
 
 		 449 aa  81.3  0.00000000000008  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0069  Type III restriction enzyme, res subunit  26.52 
 
 		 629 aa  80.5  0.0000000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2372  putative helicase  27.73 
 
 		 586 aa  80.1  0.0000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.010081  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2574  putative helicase  26.81 
 
 		 586 aa  80.5  0.0000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.452066  hitchhiker  0.00320977 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2015  type III restriction protein res subunit  32.97 
 
 		 488 aa  80.5  0.0000000000001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1001  superfamily II DNA/RNA helicase  24.54 
 
 		 773 aa  80.1  0.0000000000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0787  helicase domain-containing protein  28.46 
 
 		 551 aa  80.5  0.0000000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2845  type III restriction enzyme, res subunit  25.36 
 
 		 560 aa  80.5  0.0000000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.651077 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2417  putative helicase  26.81 
 
 		 586 aa  80.5  0.0000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.011156  normal  0.197081 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2515  type III restriction enzyme, res subunit  25 
 
 		 953 aa  79.7  0.0000000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2074  type III restriction enzyme, res subunit  24.22 
 
 		 560 aa  79.7  0.0000000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.432643  normal  0.155491 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2653  type III restriction enzyme, res subunit  23.73 
 
 		 398 aa  80.1  0.0000000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.154004  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2460  putative helicase  27.73 
 
 		 586 aa  80.1  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000666895 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2959  type III restriction enzyme, res subunit  24.11 
 
 		 585 aa  79.7  0.0000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2567  type III restriction protein res subunit  25 
 
 		 953 aa  79.7  0.0000000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_31430  DNA/RNA helicase, superfamily II  29.39 
 
 		 558 aa  79.7  0.0000000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0658169  normal  0.0482356 
 
 
-
 
NC_013747  Htur_5118  type III restriction protein res subunit  26.25 
 
 		 666 aa  79.3  0.0000000000003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2941  type III restriction protein res subunit  25.29 
 
 		 815 aa  79.3  0.0000000000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2322  putative helicase  26.27 
 
 		 586 aa  79.3  0.0000000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0410169  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1901  type III restriction enzyme, res subunit  34.38 
 
 		 451 aa  79  0.0000000000003  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2034  type III restriction protein res subunit  24.49 
 
 		 813 aa  79.3  0.0000000000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1191  type III restriction protein res subunit  35 
 
 		 451 aa  78.6  0.0000000000004  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2524  type III restriction enzyme, res subunit  25.98 
 
 		 590 aa  78.2  0.0000000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.251269  normal  0.0163499 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2683  type III restriction enzyme, res subunit  24.23 
 
 		 1149 aa  78.6  0.0000000000005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0219186  normal  0.206239 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1438  type III restriction enzyme, res subunit  25.28 
 
 		 1077 aa  78.2  0.0000000000006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.977948  hitchhiker  0.0058487 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2932  type III restriction protein res subunit  30.77 
 
 		 558 aa  78.2  0.0000000000006  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.406282  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_21590  DNA/RNA helicase, superfamily II  27.59 
 
 		 550 aa  77.8  0.0000000000007  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.515357  hitchhiker  0.0079461 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1040  type III restriction enzyme, res subunit  26.88 
 
 		 385 aa  77.8  0.0000000000008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.343931  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0299  DNA repair helicase RAD25  35.62 
 
 		 456 aa  77.8  0.0000000000008  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1936  type III restriction protein res subunit  24.29 
 
 		 551 aa  77.4  0.000000000001  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.0298009  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_07930  DNA/RNA helicase, superfamily II  34.71 
 
 		 555 aa  76.6  0.000000000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.181797  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0810  helicase domain protein  28.18 
 
 		 550 aa  77.4  0.000000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1709  type III restriction protein res subunit  34.62 
 
 		 494 aa  76.3  0.000000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.17082  normal  0.0133576 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>