210 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_3695 on replicon NC_009955
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010333  Caul_5449  type III restriction protein res subunit  61.07 
 
 		 815 aa  929    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.788934  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2039  type III restriction protein res subunit  48.28 
 
 		 809 aa  699    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1457  type III restriction protein res subunit  43.33 
 
 		 971 aa  701    Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2488  hypothetical protein  49.8 
 
 		 925 aa  814    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2493  DEAD/DEAH box helicase-like  47.86 
 
 		 799 aa  707    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04056  DNA helicase of superfamily II  43.28 
 
 		 796 aa  662    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1306  type III restriction enzyme, res subunit family  46.33 
 
 		 786 aa  695    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.986066 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3271  type III restriction enzyme, res subunit  57.16 
 
 		 785 aa  847    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.581193  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1316  type III restriction enzyme, res subunit  48.2 
 
 		 796 aa  697    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.262236  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0307  type III restriction protein res subunit  48.74 
 
 		 784 aa  723    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0006  type III restriction enzyme, res subunit  48.2 
 
 		 768 aa  703    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2244  type III restriction protein res subunit  49.07 
 
 		 788 aa  707    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.450731  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0717  type III restriction protein res subunit  47.73 
 
 		 794 aa  719    Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000142618 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3695  type III restriction protein res subunit  100 
 
 		 813 aa  1656    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2408  DEAD/DEAH box helicase, putative  48.28 
 
 		 809 aa  699    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0789  type III restriction protein res subunit  47.24 
 
 		 795 aa  719    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.891259  n/a   
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4007  type III restriction protein res subunit  100 
 
 		 813 aa  1656    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.527137  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01111  hypothetical protein  40.91 
 
 		 778 aa  620  1e-176  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_03900  hypothetical protein  41.77 
 
 		 998 aa  578  1.0000000000000001e-163  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.114045  normal  0.665551 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1416  type III restriction protein, res subunit  32.08 
 
 		 920 aa  379  1e-103  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1355  type III restriction protein res subunit  31.36 
 
 		 455 aa  192  2e-47  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.914304  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1032  type III restriction protein res subunit  29.66 
 
 		 479 aa  147  7.0000000000000006e-34  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0896  type III restriction protein res subunit  29.03 
 
 		 479 aa  144  6e-33  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0819  type III restriction protein res subunit  29.03 
 
 		 479 aa  142  3e-32  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0708  type III restriction protein res subunit  28.81 
 
 		 479 aa  141  4.999999999999999e-32  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.922597 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1533  helicase  44.83 
 
 		 154 aa  128  4.0000000000000003e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.881721  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1534  hypothetical protein  55.46 
 
 		 195 aa  126  2e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.609176  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1218  type III restriction protein res subunit  29.19 
 
 		 485 aa  119  1.9999999999999998e-25  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00150525 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0773  type III restriction protein res subunit  27.92 
 
 		 463 aa  119  1.9999999999999998e-25  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0952838  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0960  type III restriction protein res subunit  28.98 
 
 		 485 aa  118  3.9999999999999997e-25  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0364  type III restriction enzyme, res subunit  25.21 
 
 		 473 aa  114  8.000000000000001e-24  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.913598 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0521  DNA or RNA helicase of superfamily II  52.33 
 
 		 279 aa  96.3  2e-18  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0605  type III restriction enzyme, res subunit  31.45 
 
 		 647 aa  90.9  8e-17  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1646  type III restriction enzyme, res subunit  32.54 
 
 		 654 aa  89.4  3e-16  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.0299889 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0100  type III restriction protein res subunit  33.15 
 
 		 440 aa  86.7  0.000000000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000273539  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2154  type III restriction enzyme, res subunit  36.47 
 
 		 650 aa  85.5  0.000000000000004  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.508076  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1936  type III restriction protein res subunit  25.55 
 
 		 551 aa  84.3  0.000000000000009  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.0298009  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0670  type III restriction protein res subunit  29.18 
 
 		 652 aa  82.8  0.00000000000002  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1235  type III restriction enzyme, res subunit  25.61 
 
 		 560 aa  81.3  0.00000000000007  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.159231 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2770  type III restriction enzyme, res subunit  25.88 
 
 		 560 aa  80.9  0.00000000000008  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.547342  normal  0.44654 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2074  type III restriction enzyme, res subunit  24.93 
 
 		 560 aa  80.5  0.0000000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.432643  normal  0.155491 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2653  type III restriction enzyme, res subunit  24.93 
 
 		 398 aa  79.7  0.0000000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.154004  normal  1 
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_3185  type III restriction protein res subunit  32.75 
 
 		 466 aa  79  0.0000000000004  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0308  type III restriction protein res subunit  32.93 
 
 		 449 aa  79  0.0000000000004  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1762  type III restriction enzyme, res subunit  35.19 
 
 		 451 aa  78.2  0.0000000000006  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010507  Mrad2831_6521  type III restriction protein res subunit  27.89 
 
 		 462 aa  77.8  0.0000000000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1300  type III restriction enzyme, res subunit  24.45 
 
 		 560 aa  77.8  0.0000000000007  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.49268  normal  0.27314 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2845  type III restriction enzyme, res subunit  24.45 
 
 		 560 aa  77  0.000000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.651077 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0583  DNA repair helicase RAD25  27.23 
 
 		 443 aa  77.4  0.000000000001  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.71742  normal  0.481027 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1455  type III restriction protein res subunit  26.95 
 
 		 444 aa  75.9  0.000000000003  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.437061  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0299  DNA repair helicase RAD25  34.52 
 
 		 456 aa  75.9  0.000000000003  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0652  type III restriction enzyme, res subunit  27.14 
 
 		 630 aa  75.1  0.000000000005  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  unclonable  0.000000732435  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1901  type III restriction enzyme, res subunit  34.55 
 
 		 451 aa  75.1  0.000000000005  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3039  type III restriction protein res subunit  34.16 
 
 		 649 aa  74.3  0.000000000008  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1191  type III restriction protein res subunit  35.15 
 
 		 451 aa  73.6  0.00000000001  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0563  type III restriction protein res subunit  29.21 
 
 		 509 aa  73.6  0.00000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_3083  type III restriction protein res subunit  33.33 
 
 		 466 aa  73.9  0.00000000001  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0580  type III restriction protein res subunit  26.94 
 
 		 509 aa  72.8  0.00000000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0846  type III restriction protein res subunit  28.62 
 
 		 548 aa  73.6  0.00000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0849054  normal  0.0359313 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0079  type III restriction protein res subunit  30 
 
 		 499 aa  73.2  0.00000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.288486 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4412  type III restriction enzyme, res subunit  33.33 
 
 		 590 aa  73.2  0.00000000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.307944  normal  1 
 
 
-
 
NC_013747  Htur_5118  type III restriction protein res subunit  31.61 
 
 		 666 aa  72.8  0.00000000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0649  type III restriction enzyme, res subunit  33.33 
 
 		 462 aa  72.4  0.00000000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.674278  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_07930  DNA/RNA helicase, superfamily II  30.94 
 
 		 555 aa  72.8  0.00000000003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.181797  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2015  type III restriction protein res subunit  33.02 
 
 		 488 aa  72.8  0.00000000003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1709  type III restriction protein res subunit  34.64 
 
 		 494 aa  72  0.00000000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.17082  normal  0.0133576 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2932  type III restriction protein res subunit  33.16 
 
 		 558 aa  69.3  0.0000000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.406282  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0659  type III restriction protein res subunit  29.57 
 
 		 531 aa  69.3  0.0000000002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2089  type III restriction enzyme, res subunit  26.06 
 
 		 616 aa  70.1  0.0000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.553683  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1001  superfamily II DNA/RNA helicase  22.83 
 
 		 773 aa  70.1  0.0000000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0810  helicase domain protein  31.41 
 
 		 550 aa  69.3  0.0000000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1432  type III restriction enzyme, res subunit  34.55 
 
 		 451 aa  68.9  0.0000000003  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.503563  normal  0.0109836 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2843  type III restriction protein res subunit  31.98 
 
 		 444 aa  69.3  0.0000000003  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.109265  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5056  type III restriction enzyme, res subunit  31.61 
 
 		 549 aa  68.9  0.0000000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_21590  DNA/RNA helicase, superfamily II  30 
 
 		 550 aa  68.6  0.0000000005  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.515357  hitchhiker  0.0079461 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1743  DNA repair helicase RAD25  28.44 
 
 		 531 aa  68.6  0.0000000005  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  0.763617 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6094  type III restriction protein res subunit  31.32 
 
 		 549 aa  68.2  0.0000000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4485  type III restriction enzyme, res subunit  31.77 
 
 		 549 aa  67.8  0.0000000009  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.111108  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4572  type III restriction enzyme, res subunit  31.77 
 
 		 549 aa  67.8  0.0000000009  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0637895 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4868  type III restriction enzyme, res subunit  31.77 
 
 		 549 aa  67.8  0.0000000009  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.712757  normal  0.131426 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_31430  DNA/RNA helicase, superfamily II  27.47 
 
 		 558 aa  67.4  0.000000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0658169  normal  0.0482356 
 
 
-
 
NC_013206  Aaci_3020  type III restriction protein res subunit  25.65 
 
 		 581 aa  67.4  0.000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0803  type III restriction protein res subunit  32.42 
 
 		 561 aa  67  0.000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.310817  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1467  type III restriction enzyme, res subunit  25.93 
 
 		 583 aa  66.2  0.000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.387336  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8907  hypothetical protein  32.62 
 
 		 548 aa  66.6  0.000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1697  type III restriction enzyme, res subunit  31.61 
 
 		 549 aa  66.6  0.000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.859108 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0725  helicase domain protein  25.74 
 
 		 548 aa  66.6  0.000000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.013884  hitchhiker  0.0000273082 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4503  type III restriction enzyme, res subunit  25.83 
 
 		 1052 aa  66.6  0.000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000814753 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0992  type III restriction protein res subunit  24.66 
 
 		 938 aa  66.2  0.000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.942343 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1918  DEAD/DEAH box helicase-like  25.56 
 
 		 602 aa  65.9  0.000000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0105236  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2049  helicase domain protein  30.18 
 
 		 558 aa  65.9  0.000000003  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2606  type III restriction enzyme, res subunit  23.29 
 
 		 560 aa  65.5  0.000000004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2643  DNA repair helicase RAD25  33.12 
 
 		 491 aa  65.1  0.000000005  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.0920189 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4288  type III restriction protein res subunit  25.34 
 
 		 1058 aa  65.1  0.000000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4175  type III restriction protein res subunit  31.25 
 
 		 479 aa  64.3  0.000000008  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.776953  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0453  type III restriction protein res subunit  32.61 
 
 		 550 aa  64.3  0.000000008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4794  helicase domain protein  30.48 
 
 		 554 aa  64.3  0.000000009  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.767422 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0809  type III restriction protein res subunit  27.15 
 
 		 556 aa  63.5  0.00000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1210  helicase domain protein  28.17 
 
 		 555 aa  63.5  0.00000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10878  DNA helicase ercc3  30.73 
 
 		 542 aa  63.9  0.00000001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000621155  normal  0.128196 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>