287 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_2244 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011138  MADE_04056  DNA helicase of superfamily II  45.08 
 
 		 796 aa  655    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0789  type III restriction protein res subunit  59.59 
 
 		 795 aa  977    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.891259  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5449  type III restriction protein res subunit  51.32 
 
 		 815 aa  717    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.788934  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2488  hypothetical protein  47.18 
 
 		 925 aa  717    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2493  DEAD/DEAH box helicase-like  65.47 
 
 		 799 aa  1039    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4007  type III restriction protein res subunit  49.07 
 
 		 813 aa  723    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.527137  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2244  type III restriction protein res subunit  100 
 
 		 788 aa  1620    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.450731  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2408  DEAD/DEAH box helicase, putative  78.15 
 
 		 809 aa  1268    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0307  type III restriction protein res subunit  84.1 
 
 		 784 aa  1370    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3271  type III restriction enzyme, res subunit  50.98 
 
 		 785 aa  714    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.581193  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1457  type III restriction protein res subunit  42.67 
 
 		 971 aa  694    Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1316  type III restriction enzyme, res subunit  64.05 
 
 		 796 aa  1047    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.262236  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0717  type III restriction protein res subunit  58.7 
 
 		 794 aa  972    Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000142618 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0006  type III restriction enzyme, res subunit  69.22 
 
 		 768 aa  1091    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2039  type III restriction protein res subunit  78.15 
 
 		 809 aa  1268    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3695  type III restriction protein res subunit  49.07 
 
 		 813 aa  723    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1306  type III restriction enzyme, res subunit family  70.51 
 
 		 786 aa  1145    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.986066 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01111  hypothetical protein  42.01 
 
 		 778 aa  623  1e-177  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_03900  hypothetical protein  40.39 
 
 		 998 aa  536  1e-151  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.114045  normal  0.665551 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1416  type III restriction protein, res subunit  32.15 
 
 		 920 aa  405  1e-111  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1533  helicase  75.35 
 
 		 154 aa  230  7e-59  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.881721  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1355  type III restriction protein res subunit  33.57 
 
 		 455 aa  197  6e-49  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.914304  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1534  hypothetical protein  75.21 
 
 		 195 aa  191  7e-47  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.609176  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1032  type III restriction protein res subunit  30.96 
 
 		 479 aa  149  2.0000000000000003e-34  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0896  type III restriction protein res subunit  30.29 
 
 		 479 aa  147  5e-34  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0708  type III restriction protein res subunit  30.5 
 
 		 479 aa  146  2e-33  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.922597 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0773  type III restriction protein res subunit  30.11 
 
 		 463 aa  144  5e-33  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0952838  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0960  type III restriction protein res subunit  31.13 
 
 		 485 aa  144  5e-33  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0819  type III restriction protein res subunit  30.07 
 
 		 479 aa  143  9.999999999999999e-33  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1218  type III restriction protein res subunit  30.7 
 
 		 485 aa  140  7e-32  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00150525 
 
 
-
 
NC_010660  SbBS512_A0021  hypothetical protein  69.84 
 
 		 105 aa  102  4e-20  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2770  type III restriction enzyme, res subunit  26.72 
 
 		 560 aa  98.6  4e-19  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.547342  normal  0.44654 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0364  type III restriction enzyme, res subunit  25.27 
 
 		 473 aa  98.2  6e-19  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.913598 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1646  type III restriction enzyme, res subunit  27.13 
 
 		 654 aa  98.2  6e-19  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.0299889 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1235  type III restriction enzyme, res subunit  26.45 
 
 		 560 aa  95.5  4e-18  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.159231 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0670  type III restriction protein res subunit  27.13 
 
 		 652 aa  93.2  2e-17  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0069  Type III restriction enzyme, res subunit  27.73 
 
 		 629 aa  92  4e-17  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1455  type III restriction protein res subunit  27.49 
 
 		 444 aa  90.1  1e-16  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.437061  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2606  type III restriction enzyme, res subunit  25.89 
 
 		 560 aa  90.1  1e-16  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0605  type III restriction enzyme, res subunit  29.33 
 
 		 647 aa  89.4  2e-16  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0583  DNA repair helicase RAD25  34.62 
 
 		 443 aa  89.4  3e-16  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.71742  normal  0.481027 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0521  DNA or RNA helicase of superfamily II  45.16 
 
 		 279 aa  89.4  3e-16  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2154  type III restriction enzyme, res subunit  30.34 
 
 		 650 aa  87.4  9e-16  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.508076  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1001  superfamily II DNA/RNA helicase  26.37 
 
 		 773 aa  86.3  0.000000000000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010507  Mrad2831_6521  type III restriction protein res subunit  27.61 
 
 		 462 aa  85.9  0.000000000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0100  type III restriction protein res subunit  27.49 
 
 		 440 aa  84.3  0.000000000000008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000273539  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1743  DNA repair helicase RAD25  24.94 
 
 		 531 aa  84  0.00000000000001  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  0.763617 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1300  type III restriction enzyme, res subunit  24.04 
 
 		 560 aa  84  0.00000000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.49268  normal  0.27314 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2074  type III restriction enzyme, res subunit  24.41 
 
 		 560 aa  83.6  0.00000000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.432643  normal  0.155491 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2845  type III restriction enzyme, res subunit  24.32 
 
 		 560 aa  84  0.00000000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.651077 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2653  type III restriction enzyme, res subunit  24.41 
 
 		 398 aa  82.8  0.00000000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.154004  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3039  type III restriction protein res subunit  32.28 
 
 		 649 aa  83.6  0.00000000000002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0370  type III restriction protein res subunit  27.6 
 
 		 1055 aa  82.4  0.00000000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0484136  hitchhiker  0.000113274 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3842  type III restriction enzyme, res subunit  26.46 
 
 		 1061 aa  82  0.00000000000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0360  type III restriction protein res subunit  27.6 
 
 		 1055 aa  81.3  0.00000000000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0362  type III restriction enzyme, res subunit  27.6 
 
 		 1055 aa  81.3  0.00000000000006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0759  type III restriction protein res subunit  25.51 
 
 		 812 aa  80.9  0.00000000000008  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.535387  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11440  DNA/RNA helicase, superfamily II  25.3 
 
 		 974 aa  80.9  0.00000000000009  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  unclonable  0.000321567  normal  1 
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_3185  type III restriction protein res subunit  29.1 
 
 		 466 aa  80.1  0.0000000000001  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2941  type III restriction protein res subunit  26.22 
 
 		 815 aa  80.5  0.0000000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1762  type III restriction enzyme, res subunit  32.98 
 
 		 451 aa  80.5  0.0000000000001  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1191  type III restriction protein res subunit  33.7 
 
 		 451 aa  79.3  0.0000000000002  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1543  type III restriction protein res subunit  27.65 
 
 		 979 aa  79.7  0.0000000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0787  helicase domain-containing protein  28.77 
 
 		 551 aa  79.7  0.0000000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013747  Htur_5118  type III restriction protein res subunit  29.72 
 
 		 666 aa  79.3  0.0000000000003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1936  type III restriction protein res subunit  25.37 
 
 		 551 aa  78.2  0.0000000000005  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.0298009  n/a   
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_3083  type III restriction protein res subunit  35.22 
 
 		 466 aa  78.2  0.0000000000005  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0659  type III restriction protein res subunit  37.5 
 
 		 531 aa  77.8  0.0000000000007  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2034  type III restriction protein res subunit  24.93 
 
 		 813 aa  77.8  0.0000000000007  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2683  type III restriction enzyme, res subunit  25.08 
 
 		 1149 aa  77.8  0.0000000000007  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0219186  normal  0.206239 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1901  type III restriction enzyme, res subunit  32.6 
 
 		 451 aa  77.8  0.0000000000008  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0368  helicase  28.15 
 
 		 982 aa  77.4  0.0000000000009  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1994  type III restriction enzyme, res subunit  32.26 
 
 		 468 aa  77.4  0.0000000000009  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.143159  n/a   
 
 
-
 
NC_013206  Aaci_3020  type III restriction protein res subunit  25.38 
 
 		 581 aa  76.6  0.000000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1910  type III restriction enzyme, res subunit  25.58 
 
 		 1043 aa  76.6  0.000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3993  type III restriction protein res subunit  27.13 
 
 		 1348 aa  76.6  0.000000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1535  type III restriction protein res subunit  35.5 
 
 		 658 aa  76.6  0.000000000002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0299  DNA repair helicase RAD25  31.91 
 
 		 456 aa  76.3  0.000000000002  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1350  type III restriction protein res subunit  25.15 
 
 		 967 aa  75.5  0.000000000004  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.810752  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0905  helicase domain protein  28.12 
 
 		 548 aa  75.5  0.000000000004  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.223145 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2523  type III restriction enzyme, res subunit  23.62 
 
 		 967 aa  74.3  0.000000000008  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0698946  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0079  type III restriction protein res subunit  34.62 
 
 		 499 aa  73.9  0.000000000009  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.288486 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3374  putative helicase  26.82 
 
 		 1017 aa  73.6  0.00000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.175998  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0301  type III restriction enzyme, res subunit  24.87 
 
 		 1051 aa  73.6  0.00000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.177385  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2463  putative helicase  26.08 
 
 		 586 aa  73.6  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.863309 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4288  type III restriction protein res subunit  29.1 
 
 		 1058 aa  73.9  0.00000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0357  type III restriction protein res subunit  24.85 
 
 		 1053 aa  73.9  0.00000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2372  putative helicase  26.47 
 
 		 586 aa  72.8  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.010081  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0308  type III restriction protein res subunit  34.27 
 
 		 449 aa  73.2  0.00000000002  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2574  putative helicase  26.08 
 
 		 586 aa  73.2  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.452066  hitchhiker  0.00320977 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3307  type III restriction protein res subunit  25.61 
 
 		 536 aa  72.8  0.00000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2417  putative helicase  26.08 
 
 		 586 aa  73.2  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.011156  normal  0.197081 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2460  putative helicase  26.08 
 
 		 586 aa  72.8  0.00000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000666895 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_31430  DNA/RNA helicase, superfamily II  33.14 
 
 		 558 aa  72.4  0.00000000003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0658169  normal  0.0482356 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3869  type III restriction enzyme, res subunit  31.07 
 
 		 1033 aa  72.4  0.00000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1438  type III restriction enzyme, res subunit  25.51 
 
 		 1077 aa  72.4  0.00000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.977948  hitchhiker  0.0058487 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_07930  DNA/RNA helicase, superfamily II  32.6 
 
 		 555 aa  72  0.00000000004  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.181797  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2932  type III restriction protein res subunit  33.73 
 
 		 558 aa  72  0.00000000004  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.406282  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2015  type III restriction protein res subunit  32.4 
 
 		 488 aa  71.6  0.00000000005  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1709  type III restriction protein res subunit  36.84 
 
 		 494 aa  71.6  0.00000000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.17082  normal  0.0133576 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>