223 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noca_1086 on replicon NC_008699
Organism: Nocardioides sp. JS614



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008699  Noca_1086  type III restriction enzyme, res subunit  100 
 
 		 840 aa  1699    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.865892  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3802  type III restriction protein res subunit  34.74 
 
 		 894 aa  195  4e-48  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0344  type III restriction protein res subunit  31.3 
 
 		 893 aa  181  5.999999999999999e-44  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1979  type III restriction protein res subunit  30.22 
 
 		 896 aa  179  2e-43  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.284653  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_52330  Type III restriction enzyme, res subunit  31.11 
 
 		 923 aa  178  4e-43  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.232434  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3325  type III restriction enzyme, res subunit  32.27 
 
 		 930 aa  178  4e-43  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.16803  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0026  type III restriction-modification system, R subunit, putative  25.69 
 
 		 882 aa  170  1e-40  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.352538  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4167  type III restriction protein res subunit  29.88 
 
 		 912 aa  165  3e-39  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3655  Type III restriction-modification enzyme helicase subunit  30.23 
 
 		 911 aa  163  1e-38  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  decreased coverage  0.00000324142  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0937  hypothetical protein  29.37 
 
 		 911 aa  161  5e-38  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.000206148  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0973  type III restriction enzyme, res subunit family  26.56 
 
 		 892 aa  96.7  2e-18  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0241934  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0868  type III restriction enzyme, res subunit  27.15 
 
 		 864 aa  86.7  0.000000000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0549  type III restriction protein res subunit  25.71 
 
 		 890 aa  84.3  0.000000000000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.170064  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2178  Type III restriction enzyme, res subunit  27.04 
 
 		 873 aa  82.8  0.00000000000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5437  type III restriction protein res subunit  33.33 
 
 		 893 aa  81.3  0.00000000000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.463119 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0850  type III restriction protein res subunit  23.85 
 
 		 877 aa  79  0.0000000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4095  type III restriction enzyme, res subunit  29.31 
 
 		 899 aa  77.8  0.0000000000008  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.18343  normal  0.460419 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0198  hypothetical protein  28.36 
 
 		 832 aa  77  0.000000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2275  hypothetical protein  26.15 
 
 		 902 aa  75.9  0.000000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0304  type III restriction protein res subunit  23.39 
 
 		 890 aa  75.9  0.000000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2792  type III restriction protein res subunit  25.71 
 
 		 908 aa  74.7  0.000000000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3191  type III restriction-modification system, Res subunit  25.71 
 
 		 908 aa  74.7  0.000000000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1044  type III restriction enzyme, res subunit  31.97 
 
 		 893 aa  73.2  0.00000000002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4389  type III restriction enzyme, res subunit  25.63 
 
 		 858 aa  72.8  0.00000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0732  type III restriction-modification enzyme  23.08 
 
 		 853 aa  71.6  0.00000000005  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1492  type III restriction-modification enzyme helicase subunit  28.04 
 
 		 905 aa  71.6  0.00000000006  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.510635  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0675  Type III restriction enzyme, res subunit  28.64 
 
 		 898 aa  70.5  0.0000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.564365 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0551  hypothetical protein  22.15 
 
 		 889 aa  69.7  0.0000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.830331  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0347  type III restriction protein res subunit  22.99 
 
 		 865 aa  65.1  0.000000005  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2739  hypothetical protein  27 
 
 		 881 aa  63.9  0.00000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0746674  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2573  hypothetical protein  24.35 
 
 		 906 aa  63.5  0.00000002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2618  EcoEI R domain-containing protein  24.94 
 
 		 817 aa  63.2  0.00000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0707543 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1908  type III restriction protein res subunit  26.67 
 
 		 586 aa  63.2  0.00000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1193  EcoEI R domain protein  24.94 
 
 		 827 aa  62  0.00000004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.325861  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1948  type III restriction protein res subunit  27.16 
 
 		 982 aa  62  0.00000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2780  type III restriction enzyme, res subunit  28.74 
 
 		 586 aa  61.6  0.00000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0188494  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1547  type III restriction system endonuclease  30.83 
 
 		 989 aa  61.2  0.00000008  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3253  type III restriction protein res subunit  26.07 
 
 		 585 aa  60.5  0.0000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.503255  normal  0.463212 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1637  type III restriction protein res subunit  26.04 
 
 		 586 aa  60.8  0.0000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.726226  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2778  type III restriction enzyme, res subunit  23.11 
 
 		 885 aa  59.3  0.0000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.223386 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1438  type III restriction enzyme, res subunit  25.77 
 
 		 1077 aa  59.3  0.0000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.977948  hitchhiker  0.0058487 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2034  type III restriction protein res subunit  22.82 
 
 		 813 aa  59.3  0.0000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1309  EcoEI R domain-containing protein  24.2 
 
 		 824 aa  58.9  0.0000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1475  type I restriction-modification system, R subunit  25.06 
 
 		 761 aa  58.9  0.0000004  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1416  EcoEI R domain protein  24.49 
 
 		 800 aa  58.5  0.0000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3273  hypothetical protein  22.08 
 
 		 776 aa  58.5  0.0000006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.246841 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1489  putative helicase  25.2 
 
 		 585 aa  58.2  0.0000006  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.931099  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0046  type III restriction protein res subunit  31.3 
 
 		 1008 aa  58.2  0.0000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0019  type III restriction enzyme, res subunit  31.3 
 
 		 1011 aa  58.2  0.0000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3324  type III restriction enzyme, res subunit  34.07 
 
 		 272 aa  57.8  0.0000007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2719  putative helicase  25.2 
 
 		 585 aa  57.8  0.0000008  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.00330465  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0028  type III restriction protein res subunit  31.3 
 
 		 1004 aa  57.8  0.0000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2794  type III restriction protein res subunit  25.2 
 
 		 585 aa  57.8  0.0000008  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.183482  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0028  type III restriction protein res subunit  30.43 
 
 		 1008 aa  57  0.000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.511623  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3984  type III restriction protein res subunit  25.83 
 
 		 1418 aa  57.4  0.000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2080  helicase  26.75 
 
 		 588 aa  57  0.000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.453275  normal  0.977675 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1457  type III restriction protein res subunit  23.46 
 
 		 454 aa  57  0.000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0747485 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0515  type III restriction enzyme, res subunit  31.52 
 
 		 877 aa  57.4  0.000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0435  type III restriction protein res subunit  25.54 
 
 		 977 aa  56.6  0.000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.137797  normal  0.564629 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2744  helicase  25.4 
 
 		 590 aa  56.2  0.000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1255  DEAD/DEAH box helicase  23.63 
 
 		 811 aa  55.8  0.000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.171092  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0503  EcoEI R domain-containing protein  21.75 
 
 		 824 aa  55.8  0.000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000156579  normal  0.0688429 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0683  type I restriction-modification system, R subunit  22.33 
 
 		 784 aa  55.8  0.000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0832  EcoEI R domain protein  22.33 
 
 		 784 aa  55.8  0.000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.916446  normal  0.633032 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2537  type III restriction protein res subunit  26.98 
 
 		 586 aa  55.8  0.000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0824  EcoEI R domain-containing protein  25.41 
 
 		 783 aa  55.5  0.000004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3322  putative helicase  27.45 
 
 		 586 aa  55.5  0.000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0433993  normal  0.803545 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2350  type III restriction enzyme, res subunit  26.51 
 
 		 602 aa  55.5  0.000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4078  hypothetical protein  41.33 
 
 		 938 aa  55.1  0.000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.862006 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0774  putative helicase  27.45 
 
 		 586 aa  55.1  0.000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0469791  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2460  putative helicase  27.06 
 
 		 586 aa  55.1  0.000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000666895 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2482  putative helicase  27.45 
 
 		 586 aa  55.1  0.000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.00182337  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2463  putative helicase  27.06 
 
 		 586 aa  55.1  0.000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.863309 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2673  type III restriction-modification system, res subunit  31.3 
 
 		 1009 aa  55.1  0.000006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1283  EcoEI R domain-containing protein  24.23 
 
 		 765 aa  55.1  0.000006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0260  type III restriction system endonuclease  31.3 
 
 		 1009 aa  54.7  0.000006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0362  type III restriction-modification system, res subunit  27.73 
 
 		 1054 aa  55.1  0.000006  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.262363  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2574  putative helicase  27.06 
 
 		 586 aa  54.7  0.000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.452066  hitchhiker  0.00320977 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3281  type III restriction-modification system, res subunit  31.3 
 
 		 1009 aa  55.1  0.000006  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1846  type III restriction-modification system, res subunit  31.3 
 
 		 1009 aa  55.1  0.000006  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0047  Type III restriction enzyme, res subunit  31.3 
 
 		 1009 aa  54.7  0.000006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.678865  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2706  Type III restriction enzyme, res subunit  31.3 
 
 		 1009 aa  55.1  0.000006  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2417  putative helicase  27.06 
 
 		 586 aa  54.7  0.000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.011156  normal  0.197081 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1234  type III restriction enzyme, res subunit  22.73 
 
 		 829 aa  54.7  0.000007  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2435  type III restriction enzyme, res subunit  25.1 
 
 		 590 aa  54.7  0.000007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.248011 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20230  EcoEI R domain protein  23.17 
 
 		 770 aa  54.7  0.000007  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.601124  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0047  Type III restriction enzyme, res subunit  31.3 
 
 		 1009 aa  54.7  0.000007  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3695  putative helicase  22.14 
 
 		 676 aa  54.7  0.000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.783104  n/a   
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4457  EcoEI R domain protein  21.82 
 
 		 771 aa  54.7  0.000007  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3212  Type III restriction enzyme, res subunit  30.43 
 
 		 1008 aa  54.3  0.000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.505736  normal  1 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0344  type I restriction-modification system, R subunit  25.91 
 
 		 770 aa  54.7  0.000008  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  decreased coverage  0.00000108762  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0042  type III restriction-modification system, res subunit  31.3 
 
 		 1009 aa  54.7  0.000008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0043  type III restriction enzyme, res subunit  30.43 
 
 		 1008 aa  54.7  0.000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.855331  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0027  type III restriction enzyme, res subunit  30.43 
 
 		 1008 aa  54.7  0.000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2946  type III restriction enzyme, res subunit  60.47 
 
 		 1018 aa  54.7  0.000008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2440  type III restriction protein res subunit  26.52 
 
 		 591 aa  54.3  0.000009  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1473  type III restriction protein res subunit  27.06 
 
 		 586 aa  53.9  0.00001  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.00000087246  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1790  type III restriction protein res subunit  25.7 
 
 		 584 aa  53.5  0.00001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.766528  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1976  EcoEI R domain-containing protein  22.56 
 
 		 825 aa  54.3  0.00001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.411939  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2533  type III restriction protein res subunit  25.7 
 
 		 584 aa  54.3  0.00001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.10242  hitchhiker  0.000564265 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>