111 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_0937 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002977  MCA0026  type III restriction-modification system, R subunit, putative  85.83 
 
 		 882 aa  1545    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.352538  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0937  hypothetical protein  100 
 
 		 911 aa  1869    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.000206148  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3655  Type III restriction-modification enzyme helicase subunit  89.1 
 
 		 911 aa  1675    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  decreased coverage  0.00000324142  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3325  type III restriction enzyme, res subunit  45.19 
 
 		 930 aa  736    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.16803  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4167  type III restriction protein res subunit  66.01 
 
 		 912 aa  1221    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3802  type III restriction protein res subunit  46.54 
 
 		 894 aa  766    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0344  type III restriction protein res subunit  56.72 
 
 		 893 aa  1013    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1979  type III restriction protein res subunit  41.52 
 
 		 896 aa  643    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.284653  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_52330  Type III restriction enzyme, res subunit  76.44 
 
 		 923 aa  1420    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.232434  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3324  type III restriction enzyme, res subunit  44.92 
 
 		 272 aa  192  2.9999999999999997e-47  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1086  type III restriction enzyme, res subunit  29.37 
 
 		 840 aa  160  7e-38  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.865892  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0198  hypothetical protein  25.93 
 
 		 832 aa  112  4.0000000000000004e-23  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0435  type III restriction protein res subunit  26.53 
 
 		 977 aa  105  3e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.137797  normal  0.564629 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1492  type III restriction-modification enzyme helicase subunit  24.79 
 
 		 905 aa  92.4  4e-17  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.510635  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0549  type III restriction protein res subunit  25.77 
 
 		 890 aa  91.7  5e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.170064  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5437  type III restriction protein res subunit  24.84 
 
 		 893 aa  86.7  0.000000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.463119 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1044  type III restriction enzyme, res subunit  25.05 
 
 		 893 aa  84.3  0.000000000000009  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2792  type III restriction protein res subunit  24.83 
 
 		 908 aa  82  0.00000000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3191  type III restriction-modification system, Res subunit  24.83 
 
 		 908 aa  82  0.00000000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2178  Type III restriction enzyme, res subunit  27.52 
 
 		 873 aa  79.7  0.0000000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0304  type III restriction protein res subunit  23.69 
 
 		 890 aa  63.2  0.00000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2275  hypothetical protein  24.62 
 
 		 902 aa  62  0.00000005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4078  hypothetical protein  22.04 
 
 		 938 aa  61.2  0.00000009  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.862006 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4095  type III restriction enzyme, res subunit  25.3 
 
 		 899 aa  60.8  0.0000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.18343  normal  0.460419 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0973  type III restriction enzyme, res subunit family  22.9 
 
 		 892 aa  60.8  0.0000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0241934  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2739  hypothetical protein  24.18 
 
 		 881 aa  59.7  0.0000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0746674  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0849  Type III site-specific deoxyribonuclease  30.7 
 
 		 998 aa  58.2  0.0000006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1827  type III restriction enzyme, res subunit  35.14 
 
 		 1032 aa  57.4  0.000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0566  Type III site-specific deoxyribonuclease  36.36 
 
 		 891 aa  57.8  0.000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0796023 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0579  Type III site-specific deoxyribonuclease  34.94 
 
 		 891 aa  56.6  0.000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.193547  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_05380  restriction endonuclease  38.75 
 
 		 1001 aa  56.6  0.000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.224122  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2683  type III restriction enzyme, res subunit  24.47 
 
 		 1149 aa  56.2  0.000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0219186  normal  0.206239 
 
 
-
 
NC_013207  Aaci_3087  type III restriction protein res subunit  22.9 
 
 		 835 aa  56.2  0.000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0515  type III restriction enzyme, res subunit  33.33 
 
 		 877 aa  55.5  0.000004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2673  type III restriction-modification system, res subunit  32.06 
 
 		 1009 aa  55.1  0.000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0260  type III restriction system endonuclease  32.06 
 
 		 1009 aa  55.5  0.000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0362  type III restriction-modification system, res subunit  36.49 
 
 		 1054 aa  55.5  0.000005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.262363  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3281  type III restriction-modification system, res subunit  32.06 
 
 		 1009 aa  55.1  0.000005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1846  type III restriction-modification system, res subunit  32.06 
 
 		 1009 aa  55.1  0.000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0047  Type III restriction enzyme, res subunit  32.06 
 
 		 1009 aa  55.1  0.000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0047  Type III restriction enzyme, res subunit  32.06 
 
 		 1009 aa  55.5  0.000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.678865  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2706  Type III restriction enzyme, res subunit  32.06 
 
 		 1009 aa  55.1  0.000005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3046  Type III site-specific deoxyribonuclease  34.31 
 
 		 994 aa  55.1  0.000006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0551  hypothetical protein  23.38 
 
 		 889 aa  54.7  0.000007  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.830331  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2080  helicase  25.25 
 
 		 588 aa  54.7  0.000007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.453275  normal  0.977675 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0675  Type III restriction enzyme, res subunit  23.17 
 
 		 898 aa  53.9  0.00001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.564365 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2486  type III restriction enzyme, res subunit  25.83 
 
 		 1010 aa  54.3  0.00001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.252383  decreased coverage  0.0052761 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0868  type III restriction enzyme, res subunit  23.84 
 
 		 864 aa  53.9  0.00001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1130  type III restriction system endonuclease  24.15 
 
 		 991 aa  53.9  0.00001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5226  type III restriction protein res subunit  33.33 
 
 		 1018 aa  54.3  0.00001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.310365  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0432  type III restriction protein res subunit  24.02 
 
 		 619 aa  53.1  0.00002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0042  type III restriction-modification system, res subunit  31.3 
 
 		 1009 aa  52.8  0.00003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1522  type III restriction protein res subunit  34.09 
 
 		 1008 aa  52.8  0.00003  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.0000221168  hitchhiker  0.00161886 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1543  type III restriction protein res subunit  24.68 
 
 		 979 aa  52.8  0.00003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4592  Type III site-specific deoxyribonuclease  27.03 
 
 		 997 aa  52.4  0.00004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0043  type III restriction enzyme, res subunit  32 
 
 		 1008 aa  52  0.00005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.855331  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0027  type III restriction enzyme, res subunit  32 
 
 		 1008 aa  52  0.00005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0850  type III restriction protein res subunit  22.19 
 
 		 877 aa  52  0.00005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3212  Type III restriction enzyme, res subunit  33.33 
 
 		 1008 aa  51.6  0.00006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.505736  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1200  hypothetical protein  33.77 
 
 		 1076 aa  51.6  0.00006  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.563874  normal  0.0639023 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2778  type III restriction enzyme, res subunit  20.69 
 
 		 885 aa  51.2  0.00009  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.223386 
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6679  hypothetical protein  21.83 
 
 		 881 aa  50.4  0.0001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.00000129559  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2089  type III restriction enzyme, res subunit  21.86 
 
 		 616 aa  50.4  0.0001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.553683  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0790  type III restriction enzyme, res subunit  32.32 
 
 		 992 aa  50.8  0.0001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.186387 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0162  type III restriction enzyme, res subunit  33.71 
 
 		 998 aa  50.8  0.0001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000922186 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1457  type III restriction protein res subunit  26.59 
 
 		 454 aa  50.1  0.0002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0747485 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0046  type III restriction protein res subunit  30.53 
 
 		 1008 aa  50.1  0.0002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1393  type III restriction protein res subunit  30.47 
 
 		 993 aa  50.4  0.0002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0019  type III restriction enzyme, res subunit  32.32 
 
 		 1011 aa  49.7  0.0003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0028  type III restriction protein res subunit  30.83 
 
 		 1008 aa  49.7  0.0003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.511623  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0028  type III restriction protein res subunit  32.29 
 
 		 1004 aa  49.7  0.0003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1467  type III restriction enzyme, res subunit  21.57 
 
 		 583 aa  48.9  0.0004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.387336  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1406  type III restriction protein res subunit  22.13 
 
 		 848 aa  49.3  0.0004  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0929  type III restriction protein res subunit  28.57 
 
 		 1060 aa  48.9  0.0004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4389  type III restriction enzyme, res subunit  22.84 
 
 		 858 aa  48.9  0.0005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1948  type III restriction protein res subunit  34.92 
 
 		 982 aa  48.5  0.0005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1463  restriction endonuclease  37.35 
 
 		 991 aa  48.5  0.0006  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4204  type III restriction protein res subunit  31.97 
 
 		 1001 aa  48.1  0.0007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.416822  normal  0.0251436 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2855  type III restriction enzyme, res subunit  26.62 
 
 		 1018 aa  48.1  0.0008  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0270  DEAD/DEAH box helicase  25.2 
 
 		 790 aa  47.4  0.001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.113163  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2729  restriction endonuclease  31.58 
 
 		 909 aa  47.4  0.001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2180  Type III site-specific deoxyribonuclease  32.94 
 
 		 984 aa  47.8  0.001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1438  type III restriction enzyme, res subunit  25.91 
 
 		 1077 aa  47.4  0.001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.977948  hitchhiker  0.0058487 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0226  type III restriction protein res subunit  33.75 
 
 		 887 aa  47.4  0.001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000256753 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2082  putative helicase (DEAD/DEAH box helicase)  22.88 
 
 		 574 aa  47.4  0.001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0357  type III restriction protein res subunit  24.89 
 
 		 1053 aa  47.8  0.001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0732  type III restriction-modification enzyme  22.54 
 
 		 853 aa  47  0.002  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2927  Type III restriction enzyme, res subunit  30.11 
 
 		 1010 aa  46.6  0.002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00341327  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0236  type III restriction enzyme, res subunit  26.79 
 
 		 991 aa  47  0.002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1532  type III restriction enzyme, res subunit  22.39 
 
 		 579 aa  47  0.002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.413566  normal  1 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1682  putative type III restriction enzyme R protein  24.27 
 
 		 947 aa  47  0.002  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.00043962  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0199  type III restriction enzyme, res subunit  26.57 
 
 		 1021 aa  47  0.002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1350  type III restriction protein res subunit  23.38 
 
 		 967 aa  47  0.002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.810752  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0347  type III restriction protein res subunit  37.33 
 
 		 865 aa  45.8  0.003  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1547  type III restriction system endonuclease  33.73 
 
 		 989 aa  45.8  0.004  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0518  type III restriction enzyme, res subunit  31.33 
 
 		 991 aa  45.4  0.004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4439  type III restriction protein res subunit  22.78 
 
 		 510 aa  45.8  0.004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.226232  normal  0.536892 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2573  hypothetical protein  25.68 
 
 		 906 aa  45.4  0.005  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014214  Mesil_3640  type III restriction protein res subunit  27.12 
 
 		 524 aa  45.4  0.005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3307  type III restriction protein res subunit  25 
 
 		 536 aa  45.4  0.005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>