32 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ajs_4078 on replicon NC_008782
Organism: Acidovorax sp. JS42



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002977  MCA0551  hypothetical protein  62.54 
 
 
889 aa  1092    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.830331  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4078  hypothetical protein  100 
 
 
938 aa  1930    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.862006 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4690  type III restriction protein res subunit  35.36 
 
 
999 aa  438  1e-121  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.553282  normal  0.43699 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0199  type III restriction enzyme, res subunit  33.56 
 
 
1021 aa  432  1e-119  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4168  type III restriction enzyme, res subunit  33.07 
 
 
1020 aa  420  1e-116  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0263776  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2855  type III restriction enzyme, res subunit  32.71 
 
 
1018 aa  422  1e-116  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1468  type III restriction protein res subunit  31.88 
 
 
1025 aa  415  1e-114  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.780281  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0242  Type III restriction enzyme, res subunit  33.08 
 
 
1014 aa  411  1e-113  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2946  type III restriction enzyme, res subunit  31.61 
 
 
1018 aa  404  1e-111  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2421  type III restriction protein res subunit  30.88 
 
 
1039 aa  361  3e-98  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0934  type III restriction enzyme, res subunit  30.85 
 
 
1039 aa  355  2e-96  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0549  type III restriction protein res subunit  24.89 
 
 
890 aa  158  5.0000000000000005e-37  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.170064  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2792  type III restriction protein res subunit  24.85 
 
 
908 aa  149  2.0000000000000003e-34  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3191  type III restriction-modification system, Res subunit  24.85 
 
 
908 aa  149  2.0000000000000003e-34  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1044  type III restriction enzyme, res subunit  22.58 
 
 
893 aa  147  9e-34  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0198  hypothetical protein  27.64 
 
 
832 aa  144  7e-33  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1492  type III restriction-modification enzyme helicase subunit  25.75 
 
 
905 aa  136  1.9999999999999998e-30  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.510635  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0435  type III restriction protein res subunit  27.09 
 
 
977 aa  127  1e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.137797  normal  0.564629 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5437  type III restriction protein res subunit  22.97 
 
 
893 aa  112  3e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.463119 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3655  Type III restriction-modification enzyme helicase subunit  23.21 
 
 
911 aa  70.9  0.0000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  decreased coverage  0.00000324142  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0026  type III restriction-modification system, R subunit, putative  22.69 
 
 
882 aa  68.9  0.0000000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.352538  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0937  hypothetical protein  22.04 
 
 
911 aa  61.2  0.00000009  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.000206148  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3802  type III restriction protein res subunit  24.57 
 
 
894 aa  56.6  0.000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1086  type III restriction enzyme, res subunit  37.5 
 
 
840 aa  55.1  0.000007  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.865892  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1979  type III restriction protein res subunit  42.03 
 
 
896 aa  53.9  0.00001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.284653  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2178  Type III restriction enzyme, res subunit  54 
 
 
873 aa  53.5  0.00002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4167  type III restriction protein res subunit  41.43 
 
 
912 aa  51.6  0.00007  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3325  type III restriction enzyme, res subunit  23.73 
 
 
930 aa  48.5  0.0006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.16803  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1025  type III restriction enzyme, res subunit  26.95 
 
 
753 aa  48.5  0.0006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0344  type III restriction protein res subunit  24.31 
 
 
893 aa  47.4  0.001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0347  type III restriction protein res subunit  24.43 
 
 
865 aa  46.2  0.003  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_52330  Type III restriction enzyme, res subunit  52.5 
 
 
923 aa  44.7  0.008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.232434  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>