64 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gmet_0675 on replicon NC_007517
Organism: Geobacter metallireducens GS-15



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_0304  type III restriction protein res subunit  41.87 
 
 		 890 aa  692    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0675  Type III restriction enzyme, res subunit  100 
 
 		 898 aa  1843    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.564365 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0868  type III restriction enzyme, res subunit  39.1 
 
 		 864 aa  603  1.0000000000000001e-171  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4095  type III restriction enzyme, res subunit  41.32 
 
 		 899 aa  597  1e-169  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.18343  normal  0.460419 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4389  type III restriction enzyme, res subunit  34.44 
 
 		 858 aa  397  1e-109  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0850  type III restriction protein res subunit  32.69 
 
 		 877 aa  369  1e-100  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0973  type III restriction enzyme, res subunit family  35.43 
 
 		 892 aa  250  9e-65  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0241934  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2275  hypothetical protein  35.58 
 
 		 902 aa  245  3e-63  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2778  type III restriction enzyme, res subunit  31.46 
 
 		 885 aa  212  2e-53  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.223386 
 
 
-
 
NC_013207  Aaci_3087  type III restriction protein res subunit  30.56 
 
 		 835 aa  209  2e-52  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2739  hypothetical protein  33.09 
 
 		 881 aa  191  5.999999999999999e-47  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0746674  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1086  type III restriction enzyme, res subunit  28.64 
 
 		 840 aa  70.5  0.0000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.865892  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1979  type III restriction protein res subunit  23.71 
 
 		 896 aa  62.8  0.00000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.284653  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5300  type III restriction enzyme, res subunit family  25.88 
 
 		 729 aa  60.5  0.0000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.0000000832274  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3325  type III restriction enzyme, res subunit  24.14 
 
 		 930 aa  59.3  0.0000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.16803  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_52330  Type III restriction enzyme, res subunit  22.42 
 
 		 923 aa  59.3  0.0000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.232434  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0026  type III restriction-modification system, R subunit, putative  24.34 
 
 		 882 aa  57  0.000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.352538  n/a   
 
 
-
 
NC_011879  Achl_4044  type III restriction protein res subunit  23.46 
 
 		 867 aa  57.4  0.000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.856779 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1462  superfamily II DNA/RNA helicase  24.77 
 
 		 736 aa  57  0.000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0344  type III restriction protein res subunit  25.52 
 
 		 893 aa  56.2  0.000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3655  Type III restriction-modification enzyme helicase subunit  25.33 
 
 		 911 aa  55.1  0.000006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  decreased coverage  0.00000324142  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3802  type III restriction protein res subunit  26.75 
 
 		 894 aa  54.7  0.000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0849  Type III site-specific deoxyribonuclease  33.66 
 
 		 998 aa  54.3  0.00001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0937  hypothetical protein  23.17 
 
 		 911 aa  53.9  0.00001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.000206148  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1418  type III restriction protein res subunit  24.17 
 
 		 751 aa  53.1  0.00002  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3046  Type III site-specific deoxyribonuclease  30.77 
 
 		 994 aa  52.8  0.00003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1948  type III restriction protein res subunit  40.38 
 
 		 982 aa  52.8  0.00003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4167  type III restriction protein res subunit  23.85 
 
 		 912 aa  53.1  0.00003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0042  type III restriction-modification system, res subunit  42.22 
 
 		 1009 aa  50.4  0.0001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_05380  restriction endonuclease  33.75 
 
 		 1001 aa  49.7  0.0002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.224122  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0515  type III restriction enzyme, res subunit  35.19 
 
 		 877 aa  49.7  0.0003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1393  type III restriction protein res subunit  39.13 
 
 		 993 aa  49.7  0.0003  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0566  Type III site-specific deoxyribonuclease  41.3 
 
 		 891 aa  48.9  0.0004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0796023 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0579  Type III site-specific deoxyribonuclease  41.3 
 
 		 891 aa  49.3  0.0004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.193547  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0028  type III restriction protein res subunit  39.13 
 
 		 1008 aa  48.5  0.0005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.511623  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3212  Type III restriction enzyme, res subunit  39.13 
 
 		 1008 aa  48.5  0.0005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.505736  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0046  type III restriction protein res subunit  39.13 
 
 		 1008 aa  48.5  0.0005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0043  type III restriction enzyme, res subunit  39.13 
 
 		 1008 aa  48.5  0.0005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.855331  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0028  type III restriction protein res subunit  39.13 
 
 		 1004 aa  48.5  0.0005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0019  type III restriction enzyme, res subunit  39.13 
 
 		 1011 aa  48.5  0.0005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0027  type III restriction enzyme, res subunit  39.13 
 
 		 1008 aa  48.5  0.0005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3281  type III restriction-modification system, res subunit  39.13 
 
 		 1009 aa  48.5  0.0006  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2673  type III restriction-modification system, res subunit  39.13 
 
 		 1009 aa  48.5  0.0006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0260  type III restriction system endonuclease  39.13 
 
 		 1009 aa  48.5  0.0006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1261  type III restriction enzyme, res subunit  31.25 
 
 		 861 aa  48.5  0.0006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.392356  normal  0.0808521 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1846  type III restriction-modification system, res subunit  39.13 
 
 		 1009 aa  48.5  0.0006  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0047  Type III restriction enzyme, res subunit  39.13 
 
 		 1009 aa  48.5  0.0006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2706  Type III restriction enzyme, res subunit  39.13 
 
 		 1009 aa  48.5  0.0006  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0047  Type III restriction enzyme, res subunit  39.13 
 
 		 1009 aa  48.5  0.0006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.678865  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4204  type III restriction protein res subunit  36.96 
 
 		 1001 aa  48.1  0.0007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.416822  normal  0.0251436 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4002  hypothetical protein  26.75 
 
 		 767 aa  48.1  0.0007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2927  Type III restriction enzyme, res subunit  24.78 
 
 		 1010 aa  48.1  0.0007  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00341327  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0226  type III restriction protein res subunit  39.22 
 
 		 887 aa  48.1  0.0008  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000256753 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2101  hypothetical protein  41.67 
 
 		 864 aa  47.4  0.001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.460219  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3485  type III restriction enzyme, res subunit  29 
 
 		 1019 aa  47  0.001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.340393  normal  0.439729 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0162  type III restriction enzyme, res subunit  37.25 
 
 		 998 aa  47.4  0.001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000922186 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0362  type III restriction-modification system, res subunit  33.93 
 
 		 1054 aa  47  0.001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.262363  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1200  hypothetical protein  36.17 
 
 		 1076 aa  46.6  0.002  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.563874  normal  0.0639023 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4592  Type III site-specific deoxyribonuclease  35.29 
 
 		 997 aa  46.6  0.002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1547  type III restriction system endonuclease  41.3 
 
 		 989 aa  46.2  0.003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1130  type III restriction system endonuclease  36.96 
 
 		 991 aa  45.8  0.004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008738  Maqu_4239  type III restriction enzyme, res subunit  23.68 
 
 		 907 aa  45.1  0.006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0365  type III restriction protein res subunit  35.29 
 
 		 978 aa  44.3  0.01  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000898416 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2486  type III restriction enzyme, res subunit  26.26 
 
 		 1010 aa  44.3  0.01  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.252383  decreased coverage  0.0052761 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>