48 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_2778 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009483  Gura_2739  hypothetical protein  63.86 
 
 		 881 aa  1175    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0746674  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2778  type III restriction enzyme, res subunit  100 
 
 		 885 aa  1830    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.223386 
 
 
-
 
NC_013207  Aaci_3087  type III restriction protein res subunit  38.04 
 
 		 835 aa  573  1.0000000000000001e-162  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0973  type III restriction enzyme, res subunit family  33.79 
 
 		 892 aa  253  1e-65  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0241934  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2275  hypothetical protein  33.46 
 
 		 902 aa  248  3e-64  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0850  type III restriction protein res subunit  30.71 
 
 		 877 aa  229  1e-58  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4389  type III restriction enzyme, res subunit  35.53 
 
 		 858 aa  225  2e-57  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4095  type III restriction enzyme, res subunit  35 
 
 		 899 aa  223  9.999999999999999e-57  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.18343  normal  0.460419 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0675  Type III restriction enzyme, res subunit  31.46 
 
 		 898 aa  212  2e-53  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.564365 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0868  type III restriction enzyme, res subunit  30.62 
 
 		 864 aa  204  4e-51  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0304  type III restriction protein res subunit  29.58 
 
 		 890 aa  204  8e-51  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5300  type III restriction enzyme, res subunit family  29.73 
 
 		 729 aa  75.9  0.000000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.0000000832274  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1418  type III restriction protein res subunit  26.09 
 
 		 751 aa  74.3  0.000000000009  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1462  superfamily II DNA/RNA helicase  26.81 
 
 		 736 aa  73.9  0.00000000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3802  type III restriction protein res subunit  24.48 
 
 		 894 aa  65.1  0.000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03954  hypothetical protein  27.91 
 
 		 833 aa  60.1  0.0000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1086  type III restriction enzyme, res subunit  23.11 
 
 		 840 aa  59.7  0.0000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.865892  n/a   
 
 
-
 
NC_011879  Achl_4044  type III restriction protein res subunit  21.41 
 
 		 867 aa  58.9  0.0000004  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.856779 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3325  type III restriction enzyme, res subunit  24.7 
 
 		 930 aa  58.5  0.0000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.16803  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0344  type III restriction protein res subunit  23.9 
 
 		 893 aa  56.6  0.000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2101  hypothetical protein  35.14 
 
 		 864 aa  55.8  0.000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.460219  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1261  type III restriction enzyme, res subunit  36.84 
 
 		 861 aa  55.1  0.000006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.392356  normal  0.0808521 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0884  hypothetical protein  27.92 
 
 		 840 aa  54.7  0.000009  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1979  type III restriction protein res subunit  22.76 
 
 		 896 aa  53.9  0.00001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.284653  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4002  hypothetical protein  25.9 
 
 		 767 aa  51.2  0.00008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3046  Type III site-specific deoxyribonuclease  41.38 
 
 		 994 aa  51.2  0.00008  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0026  type III restriction-modification system, R subunit, putative  21.13 
 
 		 882 aa  51.2  0.00008  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.352538  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0937  hypothetical protein  20.69 
 
 		 911 aa  51.2  0.00009  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.000206148  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1827  type III restriction enzyme, res subunit  37.5 
 
 		 1032 aa  51.2  0.00009  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0849  Type III site-specific deoxyribonuclease  36.36 
 
 		 998 aa  50.8  0.0001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_05380  restriction endonuclease  41.82 
 
 		 1001 aa  50.8  0.0001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.224122  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1350  type III restriction protein res subunit  25.66 
 
 		 967 aa  50.4  0.0001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.810752  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1406  type III restriction protein res subunit  25.56 
 
 		 848 aa  50.1  0.0002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1001  superfamily II DNA/RNA helicase  23.93 
 
 		 773 aa  50.1  0.0002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3655  Type III restriction-modification enzyme helicase subunit  23.48 
 
 		 911 aa  50.1  0.0002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  decreased coverage  0.00000324142  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_52330  Type III restriction enzyme, res subunit  22.62 
 
 		 923 aa  49.3  0.0003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.232434  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0362  type III restriction-modification system, res subunit  36.25 
 
 		 1054 aa  49.7  0.0003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.262363  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1200  hypothetical protein  40.74 
 
 		 1076 aa  48.5  0.0005  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.563874  normal  0.0639023 
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0533  type III restriction enzyme, res subunit family  26.98 
 
 		 825 aa  48.1  0.0006  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  0.100371  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0790  type III restriction enzyme, res subunit  46 
 
 		 992 aa  47.4  0.001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.186387 
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4078  type III restriction enzyme, res subunit  28.66 
 
 		 913 aa  46.2  0.003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.778545  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3077  type III restriction protein res subunit  26.46 
 
 		 980 aa  46.2  0.003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1742  type III restriction system endonuclease  46 
 
 		 990 aa  46.2  0.003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.109484  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1408  helicase, putative  23.38 
 
 		 987 aa  45.8  0.004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0515  type III restriction enzyme, res subunit  42.31 
 
 		 877 aa  45.4  0.005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008738  Maqu_4239  type III restriction enzyme, res subunit  27.95 
 
 		 907 aa  44.7  0.007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0579  Type III site-specific deoxyribonuclease  40.38 
 
 		 891 aa  44.7  0.009  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.193547  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1130  type III restriction system endonuclease  40.38 
 
 		 991 aa  44.3  0.01  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>