57 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_0304 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009253  Dred_0868  type III restriction enzyme, res subunit  41.97 
 
 		 864 aa  679    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0304  type III restriction protein res subunit  100 
 
 		 890 aa  1850    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0675  Type III restriction enzyme, res subunit  41.87 
 
 		 898 aa  692    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.564365 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4095  type III restriction enzyme, res subunit  36.83 
 
 		 899 aa  555  1e-156  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.18343  normal  0.460419 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4389  type III restriction enzyme, res subunit  34.81 
 
 		 858 aa  457  1e-127  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0850  type III restriction protein res subunit  31.6 
 
 		 877 aa  404  1e-111  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0973  type III restriction enzyme, res subunit family  26.57 
 
 		 892 aa  247  6.999999999999999e-64  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0241934  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2275  hypothetical protein  32.57 
 
 		 902 aa  220  8.999999999999998e-56  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013207  Aaci_3087  type III restriction protein res subunit  29.24 
 
 		 835 aa  206  1e-51  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2778  type III restriction enzyme, res subunit  29.58 
 
 		 885 aa  204  8e-51  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.223386 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2739  hypothetical protein  29.82 
 
 		 881 aa  189  2e-46  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0746674  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3802  type III restriction protein res subunit  22.11 
 
 		 894 aa  82.8  0.00000000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1086  type III restriction enzyme, res subunit  23.39 
 
 		 840 aa  76.3  0.000000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.865892  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3325  type III restriction enzyme, res subunit  26.1 
 
 		 930 aa  73.2  0.00000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.16803  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1979  type III restriction protein res subunit  23.35 
 
 		 896 aa  72.8  0.00000000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.284653  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_52330  Type III restriction enzyme, res subunit  24.1 
 
 		 923 aa  70.1  0.0000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.232434  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0937  hypothetical protein  23.69 
 
 		 911 aa  63.2  0.00000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.000206148  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0344  type III restriction protein res subunit  23.98 
 
 		 893 aa  60.1  0.0000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0026  type III restriction-modification system, R subunit, putative  23.69 
 
 		 882 aa  59.7  0.0000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.352538  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3655  Type III restriction-modification enzyme helicase subunit  24.1 
 
 		 911 aa  59.3  0.0000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  decreased coverage  0.00000324142  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4167  type III restriction protein res subunit  23.6 
 
 		 912 aa  59.3  0.0000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0849  Type III site-specific deoxyribonuclease  31.58 
 
 		 998 aa  53.5  0.00002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3046  Type III site-specific deoxyribonuclease  31.58 
 
 		 994 aa  52.4  0.00003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4002  hypothetical protein  25.52 
 
 		 767 aa  51.6  0.00006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008738  Maqu_4239  type III restriction enzyme, res subunit  24.92 
 
 		 907 aa  49.7  0.0002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5300  type III restriction enzyme, res subunit family  19.85 
 
 		 729 aa  49.3  0.0003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.0000000832274  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_05380  restriction endonuclease  38.78 
 
 		 1001 aa  49.3  0.0003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.224122  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0362  type III restriction-modification system, res subunit  39.29 
 
 		 1054 aa  48.1  0.0007  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.262363  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2673  type III restriction-modification system, res subunit  34.62 
 
 		 1009 aa  47.8  0.001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0047  Type III restriction enzyme, res subunit  34.62 
 
 		 1009 aa  47.8  0.001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.678865  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3281  type III restriction-modification system, res subunit  34.62 
 
 		 1009 aa  47.8  0.001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1846  type III restriction-modification system, res subunit  34.62 
 
 		 1009 aa  47.8  0.001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0047  Type III restriction enzyme, res subunit  34.62 
 
 		 1009 aa  47.8  0.001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0260  type III restriction system endonuclease  34.62 
 
 		 1009 aa  47.8  0.001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0042  type III restriction-modification system, res subunit  34.62 
 
 		 1009 aa  47.4  0.001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2706  Type III restriction enzyme, res subunit  34.62 
 
 		 1009 aa  47.8  0.001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1200  hypothetical protein  34.43 
 
 		 1076 aa  47.4  0.001  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.563874  normal  0.0639023 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0046  type III restriction protein res subunit  36.17 
 
 		 1008 aa  47  0.002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011879  Achl_4044  type III restriction protein res subunit  23.31 
 
 		 867 aa  46.6  0.002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.856779 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3212  Type III restriction enzyme, res subunit  36.17 
 
 		 1008 aa  47  0.002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.505736  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0028  type III restriction protein res subunit  36.17 
 
 		 1004 aa  47  0.002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0043  type III restriction enzyme, res subunit  36.17 
 
 		 1008 aa  47  0.002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.855331  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1827  type III restriction enzyme, res subunit  36.36 
 
 		 1032 aa  46.6  0.002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0028  type III restriction protein res subunit  36.17 
 
 		 1008 aa  47  0.002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.511623  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0019  type III restriction enzyme, res subunit  36.17 
 
 		 1011 aa  47  0.002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0027  type III restriction enzyme, res subunit  36.17 
 
 		 1008 aa  47  0.002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4078  type III restriction enzyme, res subunit  23.92 
 
 		 913 aa  46.2  0.003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.778545  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0162  type III restriction enzyme, res subunit  35.56 
 
 		 998 aa  45.4  0.004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000922186 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1130  type III restriction system endonuclease  34.04 
 
 		 991 aa  45.8  0.004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1948  type III restriction protein res subunit  30.77 
 
 		 982 aa  45.4  0.005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4592  Type III site-specific deoxyribonuclease  33.33 
 
 		 997 aa  45.1  0.005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2927  Type III restriction enzyme, res subunit  36.17 
 
 		 1010 aa  44.7  0.007  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00341327  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1261  type III restriction enzyme, res subunit  40.82 
 
 		 861 aa  44.7  0.007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.392356  normal  0.0808521 
 
 
-
 
NC_002936  DET1114  type III restriction-modification system, restriction endonuclease subunit  41.3 
 
 		 1019 aa  44.7  0.007  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.189519  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2101  hypothetical protein  38.78 
 
 		 864 aa  44.7  0.009  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.460219  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2486  type III restriction enzyme, res subunit  27.45 
 
 		 1010 aa  44.3  0.01  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.252383  decreased coverage  0.0052761 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0515  type III restriction enzyme, res subunit  36.96 
 
 		 877 aa  44.3  0.01  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>