77 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_2275 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007404  Tbd_2275  hypothetical protein  100 
 
 		 902 aa  1856    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0973  type III restriction enzyme, res subunit family  42.21 
 
 		 892 aa  717    Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0241934  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0850  type III restriction protein res subunit  29.22 
 
 		 877 aa  259  2e-67  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013207  Aaci_3087  type III restriction protein res subunit  32.93 
 
 		 835 aa  254  6e-66  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4095  type III restriction enzyme, res subunit  27.89 
 
 		 899 aa  248  2e-64  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.18343  normal  0.460419 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2739  hypothetical protein  33.33 
 
 		 881 aa  249  2e-64  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0746674  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2778  type III restriction enzyme, res subunit  33.03 
 
 		 885 aa  249  2e-64  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.223386 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0675  Type III restriction enzyme, res subunit  35.12 
 
 		 898 aa  247  6e-64  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.564365 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0868  type III restriction enzyme, res subunit  33.48 
 
 		 864 aa  239  2e-61  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4389  type III restriction enzyme, res subunit  33.49 
 
 		 858 aa  230  1e-58  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0304  type III restriction protein res subunit  32.57 
 
 		 890 aa  220  1e-55  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5300  type III restriction enzyme, res subunit family  24.94 
 
 		 729 aa  78.6  0.0000000000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.0000000832274  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1086  type III restriction enzyme, res subunit  26.15 
 
 		 840 aa  75.5  0.000000000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.865892  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_52330  Type III restriction enzyme, res subunit  25.62 
 
 		 923 aa  71.6  0.00000000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.232434  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3802  type III restriction protein res subunit  23.72 
 
 		 894 aa  69.3  0.0000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3325  type III restriction enzyme, res subunit  25 
 
 		 930 aa  69.3  0.0000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.16803  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4167  type III restriction protein res subunit  25 
 
 		 912 aa  66.6  0.000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0937  hypothetical protein  21.74 
 
 		 911 aa  64.7  0.000000008  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.000206148  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0344  type III restriction protein res subunit  25.86 
 
 		 893 aa  63.9  0.00000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0026  type III restriction-modification system, R subunit, putative  21.9 
 
 		 882 aa  63.2  0.00000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.352538  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2486  type III restriction enzyme, res subunit  26 
 
 		 1010 aa  62.4  0.00000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.252383  decreased coverage  0.0052761 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1418  type III restriction protein res subunit  25.29 
 
 		 751 aa  62.4  0.00000004  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1462  superfamily II DNA/RNA helicase  23.95 
 
 		 736 aa  62  0.00000005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2729  restriction endonuclease  25 
 
 		 909 aa  58.9  0.0000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4002  hypothetical protein  26.72 
 
 		 767 aa  58.9  0.0000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008738  Maqu_4239  type III restriction enzyme, res subunit  24.25 
 
 		 907 aa  57.8  0.0000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4078  type III restriction enzyme, res subunit  24.94 
 
 		 913 aa  57.4  0.000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.778545  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3655  Type III restriction-modification enzyme helicase subunit  26.73 
 
 		 911 aa  57.4  0.000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  decreased coverage  0.00000324142  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2246  type III restriction enzyme, res subunit  26.03 
 
 		 1033 aa  56.2  0.000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.428313  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_05380  restriction endonuclease  26.2 
 
 		 1001 aa  57  0.000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.224122  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1979  type III restriction protein res subunit  24.55 
 
 		 896 aa  55.5  0.000005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.284653  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0544  type III restriction enzyme, res subunit  23.92 
 
 		 1012 aa  52.8  0.00003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03954  hypothetical protein  23.54 
 
 		 833 aa  52.8  0.00003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0515  type III restriction enzyme, res subunit  39.68 
 
 		 877 aa  52.4  0.00004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1522  type III restriction protein res subunit  25.57 
 
 		 1008 aa  52  0.00005  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.0000221168  hitchhiker  0.00161886 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0884  hypothetical protein  23.53 
 
 		 840 aa  51.6  0.00007  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0849  Type III site-specific deoxyribonuclease  42.31 
 
 		 998 aa  50.4  0.0001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0365  type III restriction protein res subunit  24 
 
 		 978 aa  50.4  0.0001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000898416 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3485  type III restriction enzyme, res subunit  23.44 
 
 		 1019 aa  50.4  0.0001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.340393  normal  0.439729 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2927  Type III restriction enzyme, res subunit  35.96 
 
 		 1010 aa  50.8  0.0001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00341327  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0790  type III restriction enzyme, res subunit  34.09 
 
 		 992 aa  50.1  0.0002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.186387 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0579  Type III site-specific deoxyribonuclease  38.98 
 
 		 891 aa  48.9  0.0004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.193547  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3046  Type III site-specific deoxyribonuclease  28.77 
 
 		 994 aa  48.9  0.0005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0566  Type III site-specific deoxyribonuclease  38.98 
 
 		 891 aa  48.5  0.0005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0796023 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5226  type III restriction protein res subunit  20.47 
 
 		 1018 aa  48.5  0.0006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.310365  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0042  type III restriction-modification system, res subunit  29.5 
 
 		 1009 aa  48.1  0.0006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1130  type III restriction system endonuclease  39.66 
 
 		 991 aa  48.1  0.0007  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3212  Type III restriction enzyme, res subunit  27.21 
 
 		 1008 aa  48.1  0.0007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.505736  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1200  hypothetical protein  37.1 
 
 		 1076 aa  48.1  0.0008  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.563874  normal  0.0639023 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0028  type III restriction protein res subunit  41.38 
 
 		 1008 aa  47.4  0.001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.511623  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0260  type III restriction system endonuclease  32.95 
 
 		 1009 aa  47.8  0.001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3281  type III restriction-modification system, res subunit  32.95 
 
 		 1009 aa  47.8  0.001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1846  type III restriction-modification system, res subunit  32.95 
 
 		 1009 aa  47.8  0.001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0047  Type III restriction enzyme, res subunit  32.95 
 
 		 1009 aa  47.8  0.001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0047  Type III restriction enzyme, res subunit  32.95 
 
 		 1009 aa  47.8  0.001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.678865  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2706  Type III restriction enzyme, res subunit  32.95 
 
 		 1009 aa  47.8  0.001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0362  type III restriction-modification system, res subunit  36.54 
 
 		 1054 aa  47  0.001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.262363  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1827  type III restriction enzyme, res subunit  41.67 
 
 		 1032 aa  47  0.001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2673  type III restriction-modification system, res subunit  32.95 
 
 		 1009 aa  47.8  0.001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1114  type III restriction-modification system, restriction endonuclease subunit  42.62 
 
 		 1019 aa  46.6  0.002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.189519  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1393  type III restriction protein res subunit  31.46 
 
 		 993 aa  47  0.002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4592  Type III site-specific deoxyribonuclease  30.09 
 
 		 997 aa  46.6  0.002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2180  Type III site-specific deoxyribonuclease  34.44 
 
 		 984 aa  47  0.002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0046  type III restriction protein res subunit  41.38 
 
 		 1008 aa  47  0.002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0028  type III restriction protein res subunit  41.38 
 
 		 1004 aa  47  0.002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0043  type III restriction enzyme, res subunit  41.38 
 
 		 1008 aa  47  0.002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.855331  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0019  type III restriction enzyme, res subunit  41.38 
 
 		 1011 aa  47  0.002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0027  type III restriction enzyme, res subunit  41.38 
 
 		 1008 aa  47  0.002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0929  type III restriction protein res subunit  23.42 
 
 		 1060 aa  45.8  0.003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0518  type III restriction enzyme, res subunit  24.11 
 
 		 991 aa  46.2  0.003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0236  type III restriction enzyme, res subunit  31.82 
 
 		 991 aa  46.2  0.003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4204  type III restriction protein res subunit  29.6 
 
 		 1001 aa  45.8  0.004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.416822  normal  0.0251436 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1261  type III restriction enzyme, res subunit  36.84 
 
 		 861 aa  45.8  0.004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.392356  normal  0.0808521 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2101  hypothetical protein  29.76 
 
 		 864 aa  45.4  0.005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.460219  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1547  type III restriction system endonuclease  34.92 
 
 		 989 aa  45.4  0.005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0162  type III restriction enzyme, res subunit  29.23 
 
 		 998 aa  45.1  0.005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000922186 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1948  type III restriction protein res subunit  38.46 
 
 		 982 aa  44.7  0.009  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>