70 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DET1114 on replicon NC_002936
Organism: Dehalococcoides ethenogenes 195



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002936  DET1114  type III restriction-modification system, restriction endonuclease subunit  100 
 
 
1019 aa  2097    Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.189519  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2486  type III restriction enzyme, res subunit  47.86 
 
 
1010 aa  924    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.252383  decreased coverage  0.0052761 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1149  type III restriction protein res subunit  46.85 
 
 
1024 aa  879    Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.511254  normal  0.0779427 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0365  type III restriction protein res subunit  38.44 
 
 
978 aa  655    Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000898416 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1522  type III restriction protein res subunit  46.71 
 
 
1008 aa  859    Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.0000221168  hitchhiker  0.00161886 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2729  restriction endonuclease  46.27 
 
 
909 aa  799    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0929  type III restriction protein res subunit  44.3 
 
 
1060 aa  820    Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5226  type III restriction protein res subunit  46.68 
 
 
1018 aa  909    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.310365  normal 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0155  type III restriction protein res subunit  42.4 
 
 
1009 aa  770    Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.156015  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3485  type III restriction enzyme, res subunit  47.4 
 
 
1019 aa  918    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.340393  normal  0.439729 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0544  type III restriction enzyme, res subunit  49.61 
 
 
1012 aa  955    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2246  type III restriction enzyme, res subunit  48.18 
 
 
1033 aa  913    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.428313  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2180  Type III site-specific deoxyribonuclease  39.54 
 
 
984 aa  632  1e-180  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0518  type III restriction enzyme, res subunit  38.02 
 
 
991 aa  625  1e-177  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1547  type III restriction system endonuclease  38.37 
 
 
989 aa  619  1e-175  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1393  type III restriction protein res subunit  38.3 
 
 
993 aa  598  1e-169  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0162  type III restriction enzyme, res subunit  36.39 
 
 
998 aa  585  1.0000000000000001e-165  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000922186 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0790  type III restriction enzyme, res subunit  36.11 
 
 
992 aa  577  1.0000000000000001e-163  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.186387 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4204  type III restriction protein res subunit  35.41 
 
 
1001 aa  571  1e-161  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.416822  normal  0.0251436 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0236  type III restriction enzyme, res subunit  36.39 
 
 
991 aa  571  1e-161  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2927  Type III restriction enzyme, res subunit  36.68 
 
 
1010 aa  568  1e-160  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00341327  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4592  Type III site-specific deoxyribonuclease  36.04 
 
 
997 aa  557  1e-157  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1948  type III restriction protein res subunit  36.07 
 
 
982 aa  551  1e-155  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1742  type III restriction system endonuclease  35.24 
 
 
990 aa  550  1e-155  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.109484  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1130  type III restriction system endonuclease  36.76 
 
 
991 aa  545  1e-153  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0260  type III restriction system endonuclease  34.41 
 
 
1009 aa  534  1e-150  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0047  Type III restriction enzyme, res subunit  34.41 
 
 
1009 aa  534  1e-150  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0047  Type III restriction enzyme, res subunit  34.41 
 
 
1009 aa  534  1e-150  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.678865  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3281  type III restriction-modification system, res subunit  34.32 
 
 
1009 aa  531  1e-149  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2673  type III restriction-modification system, res subunit  34.32 
 
 
1009 aa  531  1e-149  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0042  type III restriction-modification system, res subunit  34.65 
 
 
1009 aa  532  1e-149  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2706  Type III restriction enzyme, res subunit  34.32 
 
 
1009 aa  531  1e-149  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1846  type III restriction-modification system, res subunit  34.32 
 
 
1009 aa  531  1e-149  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0028  type III restriction protein res subunit  32.91 
 
 
1008 aa  504  1e-141  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.511623  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0019  type III restriction enzyme, res subunit  32.98 
 
 
1011 aa  500  1e-140  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0046  type III restriction protein res subunit  33.04 
 
 
1008 aa  499  1e-140  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0028  type III restriction protein res subunit  32.88 
 
 
1004 aa  500  1e-140  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0027  type III restriction enzyme, res subunit  33.04 
 
 
1008 aa  499  1e-139  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0043  type III restriction enzyme, res subunit  33.04 
 
 
1008 aa  499  1e-139  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.855331  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3212  Type III restriction enzyme, res subunit  32.95 
 
 
1008 aa  497  1e-139  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.505736  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_05380  restriction endonuclease  31.6 
 
 
1001 aa  464  1e-129  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.224122  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0849  Type III site-specific deoxyribonuclease  32.49 
 
 
998 aa  454  1.0000000000000001e-126  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3046  Type III site-specific deoxyribonuclease  32 
 
 
994 aa  452  1e-125  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0226  type III restriction protein res subunit  42.23 
 
 
887 aa  441  9.999999999999999e-123  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000256753 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1827  type III restriction enzyme, res subunit  32.83 
 
 
1032 aa  434  1e-120  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0515  type III restriction enzyme, res subunit  40.99 
 
 
877 aa  431  1e-119  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0579  Type III site-specific deoxyribonuclease  40.79 
 
 
891 aa  425  1e-117  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.193547  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0566  Type III site-specific deoxyribonuclease  41.11 
 
 
891 aa  426  1e-117  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.0796023 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1200  hypothetical protein  30.24 
 
 
1076 aa  377  1e-103  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.563874  normal  0.0639023 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0362  type III restriction-modification system, res subunit  31.74 
 
 
1054 aa  375  1e-102  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.262363  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1463  restriction endonuclease  31.26 
 
 
991 aa  185  4.0000000000000006e-45  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1019  type III restriction-modification system enzyme, R subunit  30.16 
 
 
987 aa  184  1e-44  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0453  type III restriction-modification system StyLTI enzyme res  30 
 
 
989 aa  174  1e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.985709  hitchhiker  1.2237e-22 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0411  type III restriction-modification system StyLTI enzyme res  29.82 
 
 
989 aa  173  1e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.63396  hitchhiker  0.00000141502 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0393  type III restriction-modification system StyLTI enzyme res  29.82 
 
 
989 aa  173  1e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.00360009  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0398  type III restriction-modification system StyLTI enzyme res  29.82 
 
 
989 aa  172  2e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.982266  hitchhiker  7.86285e-19 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0390  type III restriction-modification system StyLTI enzyme res  29.82 
 
 
989 aa  172  3e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.264054  hitchhiker  1.42432e-23 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2728  putative transposase  56.9 
 
 
441 aa  137  9.999999999999999e-31  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3802  type III restriction protein res subunit  27.97 
 
 
894 aa  51.6  0.00007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4095  type III restriction enzyme, res subunit  38.46 
 
 
899 aa  50.8  0.0001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.18343  normal  0.460419 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0973  type III restriction enzyme, res subunit family  24.77 
 
 
892 aa  49.3  0.0004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0241934  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2739  hypothetical protein  26.59 
 
 
881 aa  48.1  0.0008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0746674  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1979  type III restriction protein res subunit  36.76 
 
 
896 aa  47  0.002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.284653  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2275  hypothetical protein  42.62 
 
 
902 aa  46.6  0.003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3325  type III restriction enzyme, res subunit  25.84 
 
 
930 aa  45.8  0.004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.16803  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1086  type III restriction enzyme, res subunit  44.64 
 
 
840 aa  45.8  0.004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.865892  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_52330  Type III restriction enzyme, res subunit  27.35 
 
 
923 aa  45.4  0.006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.232434  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4389  type III restriction enzyme, res subunit  44.19 
 
 
858 aa  44.7  0.008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0304  type III restriction protein res subunit  41.3 
 
 
890 aa  44.7  0.008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0549  type III restriction protein res subunit  28.1 
 
 
890 aa  44.7  0.009  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.170064  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>