81 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_1130 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013172  Bfae_05380  restriction endonuclease  39.04 
 
 		 1001 aa  640    Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.224122  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0027  type III restriction enzyme, res subunit  62.97 
 
 		 1008 aa  1266    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0790  type III restriction enzyme, res subunit  69.24 
 
 		 992 aa  1422    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.186387 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0236  type III restriction enzyme, res subunit  71.52 
 
 		 991 aa  1467    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0162  type III restriction enzyme, res subunit  72.17 
 
 		 998 aa  1480    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000922186 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2180  Type III site-specific deoxyribonuclease  49.39 
 
 		 984 aa  928    Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3281  type III restriction-modification system, res subunit  62.1 
 
 		 1009 aa  1284    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1846  type III restriction-modification system, res subunit  62.1 
 
 		 1009 aa  1284    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0047  Type III restriction enzyme, res subunit  62.2 
 
 		 1009 aa  1286    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0047  Type III restriction enzyme, res subunit  62.3 
 
 		 1009 aa  1290    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.678865  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2706  Type III restriction enzyme, res subunit  62.1 
 
 		 1009 aa  1284    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0518  type III restriction enzyme, res subunit  52.5 
 
 		 991 aa  991    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1393  type III restriction protein res subunit  74.95 
 
 		 993 aa  1518    Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4204  type III restriction protein res subunit  76.33 
 
 		 1001 aa  1564    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.416822  normal  0.0251436 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0028  type III restriction protein res subunit  62.24 
 
 		 1008 aa  1275    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.511623  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0046  type III restriction protein res subunit  62.69 
 
 		 1008 aa  1266    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0028  type III restriction protein res subunit  62.68 
 
 		 1004 aa  1265    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0365  type III restriction protein res subunit  50.51 
 
 		 978 aa  946    Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000898416 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1130  type III restriction system endonuclease  100 
 
 		 991 aa  2047    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4592  Type III site-specific deoxyribonuclease  72.06 
 
 		 997 aa  1479    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1948  type III restriction protein res subunit  40.59 
 
 		 982 aa  705    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0019  type III restriction enzyme, res subunit  62.59 
 
 		 1011 aa  1266    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1547  type III restriction system endonuclease  51.5 
 
 		 989 aa  914    Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2673  type III restriction-modification system, res subunit  62.1 
 
 		 1009 aa  1284    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0043  type III restriction enzyme, res subunit  62.97 
 
 		 1008 aa  1266    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.855331  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0042  type III restriction-modification system, res subunit  62.1 
 
 		 1009 aa  1272    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1742  type III restriction system endonuclease  64.39 
 
 		 990 aa  1300    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.109484  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0260  type III restriction system endonuclease  62.3 
 
 		 1009 aa  1290    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2927  Type III restriction enzyme, res subunit  62.51 
 
 		 1010 aa  1276    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00341327  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3212  Type III restriction enzyme, res subunit  62.59 
 
 		 1008 aa  1262    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.505736  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0849  Type III site-specific deoxyribonuclease  38.86 
 
 		 998 aa  633  1e-180  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3046  Type III site-specific deoxyribonuclease  38.23 
 
 		 994 aa  616  1e-175  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2486  type III restriction enzyme, res subunit  37.15 
 
 		 1010 aa  571  1e-161  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.252383  decreased coverage  0.0052761 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5226  type III restriction protein res subunit  37.4 
 
 		 1018 aa  568  1e-160  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.310365  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0544  type III restriction enzyme, res subunit  36.89 
 
 		 1012 aa  561  1e-158  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1114  type III restriction-modification system, restriction endonuclease subunit  36.86 
 
 		 1019 aa  553  1e-156  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.189519  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0155  type III restriction protein res subunit  36.39 
 
 		 1009 aa  555  1e-156  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.156015  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2246  type III restriction enzyme, res subunit  35.65 
 
 		 1033 aa  546  1e-154  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.428313  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1149  type III restriction protein res subunit  35.96 
 
 		 1024 aa  531  1e-149  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.511254  normal  0.0779427 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1522  type III restriction protein res subunit  34.88 
 
 		 1008 aa  525  1e-147  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.0000221168  hitchhiker  0.00161886 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3485  type III restriction enzyme, res subunit  34.89 
 
 		 1019 aa  517  1.0000000000000001e-145  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.340393  normal  0.439729 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0929  type III restriction protein res subunit  33.89 
 
 		 1060 aa  494  9.999999999999999e-139  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0515  type III restriction enzyme, res subunit  45.99 
 
 		 877 aa  496  9.999999999999999e-139  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2729  restriction endonuclease  37.56 
 
 		 909 aa  492  1e-137  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0579  Type III site-specific deoxyribonuclease  46.15 
 
 		 891 aa  490  1e-137  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.193547  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0226  type III restriction protein res subunit  42.19 
 
 		 887 aa  492  1e-137  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000256753 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0566  Type III site-specific deoxyribonuclease  45.72 
 
 		 891 aa  487  1e-136  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0796023 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1200  hypothetical protein  32.96 
 
 		 1076 aa  442  9.999999999999999e-123  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.563874  normal  0.0639023 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1827  type III restriction enzyme, res subunit  34.08 
 
 		 1032 aa  438  1e-121  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0362  type III restriction-modification system, res subunit  30.7 
 
 		 1054 aa  378  1e-103  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.262363  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1019  type III restriction-modification system enzyme, R subunit  26.41 
 
 		 987 aa  189  2e-46  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0411  type III restriction-modification system StyLTI enzyme res  25.97 
 
 		 989 aa  183  1e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.63396  hitchhiker  0.00000141502 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0393  type III restriction-modification system StyLTI enzyme res  25.92 
 
 		 989 aa  184  1e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.00360009  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0390  type III restriction-modification system StyLTI enzyme res  25.87 
 
 		 989 aa  182  2.9999999999999997e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.264054  hitchhiker  1.42432e-23 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0453  type III restriction-modification system StyLTI enzyme res  25.82 
 
 		 989 aa  181  4e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.985709  hitchhiker  1.2237e-22 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0398  type III restriction-modification system StyLTI enzyme res  25.82 
 
 		 989 aa  181  4.999999999999999e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.982266  hitchhiker  7.86285e-19 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1463  restriction endonuclease  26.28 
 
 		 991 aa  169  2.9999999999999998e-40  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2728  putative transposase  42.7 
 
 		 441 aa  77.4  0.000000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0937  hypothetical protein  24.15 
 
 		 911 aa  54.3  0.00001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.000206148  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0344  type III restriction protein res subunit  27.61 
 
 		 893 aa  53.5  0.00002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3655  Type III restriction-modification enzyme helicase subunit  29.32 
 
 		 911 aa  52  0.00006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  decreased coverage  0.00000324142  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1492  type III restriction-modification enzyme helicase subunit  30 
 
 		 905 aa  51.6  0.00008  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.510635  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1086  type III restriction enzyme, res subunit  29.08 
 
 		 840 aa  51.2  0.00009  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.865892  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4167  type III restriction protein res subunit  32.32 
 
 		 912 aa  51.2  0.00009  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3325  type III restriction enzyme, res subunit  32.77 
 
 		 930 aa  51.2  0.00009  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.16803  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0026  type III restriction-modification system, R subunit, putative  26.23 
 
 		 882 aa  50.8  0.0001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.352538  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3191  type III restriction-modification system, Res subunit  29.14 
 
 		 908 aa  51.2  0.0001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2792  type III restriction protein res subunit  29.14 
 
 		 908 aa  51.2  0.0001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_52330  Type III restriction enzyme, res subunit  32.22 
 
 		 923 aa  48.5  0.0007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.232434  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1979  type III restriction protein res subunit  24.12 
 
 		 896 aa  48.5  0.0007  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.284653  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2275  hypothetical protein  39.66 
 
 		 902 aa  48.1  0.0008  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3802  type III restriction protein res subunit  36.25 
 
 		 894 aa  47.4  0.001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0549  type III restriction protein res subunit  31.36 
 
 		 890 aa  47  0.002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.170064  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5437  type III restriction protein res subunit  34.41 
 
 		 893 aa  46.6  0.002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.463119 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1044  type III restriction enzyme, res subunit  36.9 
 
 		 893 aa  46.2  0.003  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0304  type III restriction protein res subunit  34.04 
 
 		 890 aa  45.8  0.004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0675  Type III restriction enzyme, res subunit  36.96 
 
 		 898 aa  45.8  0.004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.564365 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0765  hypothetical protein  63.89 
 
 		 37 aa  45.4  0.005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4095  type III restriction enzyme, res subunit  33.33 
 
 		 899 aa  45.4  0.005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.18343  normal  0.460419 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0973  type III restriction enzyme, res subunit family  42 
 
 		 892 aa  45.1  0.006  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0241934  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0822  type III restriction-modification system restriction subunit  43.64 
 
 		 52 aa  44.7  0.009  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.442132  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>