60 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lferr_2792 on replicon NC_011206
Organism: Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009455  DehaBAV1_1044  type III restriction enzyme, res subunit  57.52 
 
 
893 aa  1071    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5437  type III restriction protein res subunit  61.39 
 
 
893 aa  1141    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.463119 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1492  type III restriction-modification enzyme helicase subunit  76.27 
 
 
905 aa  1458    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.510635  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0549  type III restriction protein res subunit  56.22 
 
 
890 aa  1019    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.170064  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3191  type III restriction-modification system, Res subunit  100 
 
 
908 aa  1874    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2792  type III restriction protein res subunit  100 
 
 
908 aa  1874    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0198  hypothetical protein  31.51 
 
 
832 aa  397  1e-109  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0435  type III restriction protein res subunit  26.39 
 
 
977 aa  204  7e-51  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.137797  normal  0.564629 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4078  hypothetical protein  24.56 
 
 
938 aa  149  3e-34  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.862006 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0934  type III restriction enzyme, res subunit  26.53 
 
 
1039 aa  121  6e-26  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2421  type III restriction protein res subunit  28.31 
 
 
1039 aa  118  5e-25  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0551  hypothetical protein  26.53 
 
 
889 aa  108  5e-22  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.830331  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3325  type III restriction enzyme, res subunit  26.54 
 
 
930 aa  107  1e-21  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.16803  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3802  type III restriction protein res subunit  25.45 
 
 
894 aa  107  1e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1979  type III restriction protein res subunit  26.63 
 
 
896 aa  104  6e-21  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.284653  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0242  Type III restriction enzyme, res subunit  27.56 
 
 
1014 aa  101  5e-20  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4690  type III restriction protein res subunit  27.22 
 
 
999 aa  99.4  2e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.553282  normal  0.43699 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2855  type III restriction enzyme, res subunit  26.65 
 
 
1018 aa  94.7  6e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2946  type III restriction enzyme, res subunit  26.48 
 
 
1018 aa  92.4  4e-17  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0199  type III restriction enzyme, res subunit  27.49 
 
 
1021 aa  90.9  1e-16  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1468  type III restriction protein res subunit  26.72 
 
 
1025 aa  85.9  0.000000000000003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.780281  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0026  type III restriction-modification system, R subunit, putative  25.57 
 
 
882 aa  83.6  0.00000000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.352538  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4168  type III restriction enzyme, res subunit  25.47 
 
 
1020 aa  82.8  0.00000000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0263776  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3655  Type III restriction-modification enzyme helicase subunit  25.35 
 
 
911 aa  82  0.00000000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  decreased coverage  0.00000324142  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0937  hypothetical protein  24.83 
 
 
911 aa  81.6  0.00000000000005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.000206148  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_52330  Type III restriction enzyme, res subunit  25.41 
 
 
923 aa  81.3  0.00000000000008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.232434  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0344  type III restriction protein res subunit  26 
 
 
893 aa  81.3  0.00000000000009  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4167  type III restriction protein res subunit  23.67 
 
 
912 aa  78.6  0.0000000000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1086  type III restriction enzyme, res subunit  25.75 
 
 
840 aa  73.9  0.00000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.865892  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2178  Type III restriction enzyme, res subunit  25.09 
 
 
873 aa  60.5  0.0000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6679  hypothetical protein  22.2 
 
 
881 aa  57.4  0.000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.00000129559  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0162  type III restriction enzyme, res subunit  28.08 
 
 
998 aa  53.9  0.00001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000922186 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1547  type III restriction system endonuclease  33.33 
 
 
989 aa  51.2  0.00008  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1130  type III restriction system endonuclease  29.14 
 
 
991 aa  51.2  0.00009  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1393  type III restriction protein res subunit  30.7 
 
 
993 aa  50.8  0.0001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0042  type III restriction-modification system, res subunit  27.98 
 
 
1009 aa  49.7  0.0003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0790  type III restriction enzyme, res subunit  27.97 
 
 
992 aa  48.9  0.0004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.186387 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4204  type III restriction protein res subunit  27.12 
 
 
1001 aa  48.5  0.0006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.416822  normal  0.0251436 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0028  type III restriction protein res subunit  30.7 
 
 
1008 aa  48.1  0.0008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.511623  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4592  Type III site-specific deoxyribonuclease  26.82 
 
 
997 aa  47  0.001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2927  Type III restriction enzyme, res subunit  28.4 
 
 
1010 aa  47.4  0.001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00341327  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0028  type III restriction protein res subunit  33.33 
 
 
1004 aa  46.6  0.002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2673  type III restriction-modification system, res subunit  32.11 
 
 
1009 aa  46.6  0.002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0260  type III restriction system endonuclease  32.11 
 
 
1009 aa  46.6  0.002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3212  Type III restriction enzyme, res subunit  33.33 
 
 
1008 aa  46.6  0.002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.505736  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0043  type III restriction enzyme, res subunit  33.33 
 
 
1008 aa  46.6  0.002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.855331  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0019  type III restriction enzyme, res subunit  33.33 
 
 
1011 aa  46.6  0.002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2706  Type III restriction enzyme, res subunit  32.11 
 
 
1009 aa  46.6  0.002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0027  type III restriction enzyme, res subunit  33.33 
 
 
1008 aa  46.6  0.002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0046  type III restriction protein res subunit  33.33 
 
 
1008 aa  46.6  0.002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3281  type III restriction-modification system, res subunit  32.11 
 
 
1009 aa  46.6  0.002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1846  type III restriction-modification system, res subunit  32.11 
 
 
1009 aa  46.6  0.002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0047  Type III restriction enzyme, res subunit  32.11 
 
 
1009 aa  46.6  0.002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0047  Type III restriction enzyme, res subunit  32.11 
 
 
1009 aa  46.6  0.002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.678865  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0365  type III restriction protein res subunit  31.4 
 
 
978 aa  46.2  0.003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000898416 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1742  type III restriction system endonuclease  25.9 
 
 
990 aa  46.2  0.003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.109484  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0515  type III restriction enzyme, res subunit  31.4 
 
 
877 aa  46.2  0.003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1200  hypothetical protein  38.03 
 
 
1076 aa  45.8  0.004  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.563874  normal  0.0639023 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_05380  restriction endonuclease  31.71 
 
 
1001 aa  44.7  0.007  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.224122  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0236  type III restriction enzyme, res subunit  30.21 
 
 
991 aa  44.7  0.008  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>