36 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_5437 on replicon NC_009621
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011206  Lferr_2792  type III restriction protein res subunit  61.39 
 
 		 908 aa  1120    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0549  type III restriction protein res subunit  59.41 
 
 		 890 aa  1137    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.170064  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1492  type III restriction-modification enzyme helicase subunit  61.79 
 
 		 905 aa  1160    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.510635  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5437  type III restriction protein res subunit  100 
 
 		 893 aa  1847    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.463119 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1044  type III restriction enzyme, res subunit  73.09 
 
 		 893 aa  1386    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3191  type III restriction-modification system, Res subunit  61.39 
 
 		 908 aa  1120    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0198  hypothetical protein  33.18 
 
 		 832 aa  427  1e-118  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0435  type III restriction protein res subunit  25.45 
 
 		 977 aa  174  5e-42  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.137797  normal  0.564629 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0242  Type III restriction enzyme, res subunit  23.06 
 
 		 1014 aa  120  9.999999999999999e-26  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4168  type III restriction enzyme, res subunit  22.86 
 
 		 1020 aa  117  7.999999999999999e-25  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0263776  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1979  type III restriction protein res subunit  26.46 
 
 		 896 aa  112  3e-23  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.284653  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4078  hypothetical protein  22.97 
 
 		 938 aa  112  3e-23  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.862006 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0934  type III restriction enzyme, res subunit  27.01 
 
 		 1039 aa  108  4e-22  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3325  type III restriction enzyme, res subunit  26.13 
 
 		 930 aa  107  1e-21  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.16803  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2421  type III restriction protein res subunit  26.68 
 
 		 1039 aa  103  2e-20  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4690  type III restriction protein res subunit  27.3 
 
 		 999 aa  94  1e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.553282  normal  0.43699 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3802  type III restriction protein res subunit  24.51 
 
 		 894 aa  91.7  5e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0199  type III restriction enzyme, res subunit  25.81 
 
 		 1021 aa  90.9  9e-17  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0026  type III restriction-modification system, R subunit, putative  25.6 
 
 		 882 aa  87  0.000000000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.352538  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0937  hypothetical protein  24.84 
 
 		 911 aa  86.7  0.000000000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.000206148  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0344  type III restriction protein res subunit  26.73 
 
 		 893 aa  84.3  0.000000000000008  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3655  Type III restriction-modification enzyme helicase subunit  25.22 
 
 		 911 aa  84.3  0.00000000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  decreased coverage  0.00000324142  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_52330  Type III restriction enzyme, res subunit  25.84 
 
 		 923 aa  82.8  0.00000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.232434  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1468  type III restriction protein res subunit  24.38 
 
 		 1025 aa  82.4  0.00000000000004  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.780281  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1086  type III restriction enzyme, res subunit  33.33 
 
 		 840 aa  81.3  0.00000000000007  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.865892  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4167  type III restriction protein res subunit  24.51 
 
 		 912 aa  80.9  0.0000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2855  type III restriction enzyme, res subunit  24.86 
 
 		 1018 aa  77.8  0.0000000000008  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2946  type III restriction enzyme, res subunit  24 
 
 		 1018 aa  77.8  0.0000000000009  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0551  hypothetical protein  24.57 
 
 		 889 aa  70.9  0.0000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.830331  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2178  Type III restriction enzyme, res subunit  26.32 
 
 		 873 aa  57.8  0.0000008  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_05380  restriction endonuclease  30.07 
 
 		 1001 aa  50.4  0.0001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.224122  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0162  type III restriction enzyme, res subunit  35.48 
 
 		 998 aa  49.7  0.0002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000922186 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3046  Type III site-specific deoxyribonuclease  29.46 
 
 		 994 aa  47.4  0.001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1130  type III restriction system endonuclease  34.41 
 
 		 991 aa  46.2  0.002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4592  Type III site-specific deoxyribonuclease  33.33 
 
 		 997 aa  45.8  0.003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0849  Type III site-specific deoxyribonuclease  32.58 
 
 		 998 aa  45.1  0.006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>