168 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcE24377A_3325 on replicon NC_009801
Organism: Escherichia coli E24377A



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011060  Ppha_0344  type III restriction protein res subunit  43.83 
 
 		 893 aa  716    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0026  type III restriction-modification system, R subunit, putative  45.22 
 
 		 882 aa  724    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.352538  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0937  hypothetical protein  45.19 
 
 		 911 aa  736    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.000206148  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3655  Type III restriction-modification enzyme helicase subunit  45.71 
 
 		 911 aa  734    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  decreased coverage  0.00000324142  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3802  type III restriction protein res subunit  47.17 
 
 		 894 aa  823    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4167  type III restriction protein res subunit  43.99 
 
 		 912 aa  693    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_52330  Type III restriction enzyme, res subunit  43.82 
 
 		 923 aa  719    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.232434  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3325  type III restriction enzyme, res subunit  100 
 
 		 930 aa  1941    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.16803  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1979  type III restriction protein res subunit  38.72 
 
 		 896 aa  577  1.0000000000000001e-163  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.284653  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3324  type III restriction enzyme, res subunit  44.9 
 
 		 272 aa  220  1e-55  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1086  type III restriction enzyme, res subunit  32.27 
 
 		 840 aa  178  5e-43  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.865892  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0549  type III restriction protein res subunit  27.61 
 
 		 890 aa  117  1.0000000000000001e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.170064  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0198  hypothetical protein  25.14 
 
 		 832 aa  107  9e-22  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5437  type III restriction protein res subunit  26.13 
 
 		 893 aa  107  1e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.463119 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3191  type III restriction-modification system, Res subunit  27.27 
 
 		 908 aa  107  2e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2792  type III restriction protein res subunit  27.27 
 
 		 908 aa  107  2e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1492  type III restriction-modification enzyme helicase subunit  26.09 
 
 		 905 aa  103  1e-20  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.510635  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0435  type III restriction protein res subunit  27.15 
 
 		 977 aa  91.3  7e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.137797  normal  0.564629 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1044  type III restriction enzyme, res subunit  23.94 
 
 		 893 aa  90.5  1e-16  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4095  type III restriction enzyme, res subunit  28.02 
 
 		 899 aa  75.1  0.000000000006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.18343  normal  0.460419 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0304  type III restriction protein res subunit  26.1 
 
 		 890 aa  73.2  0.00000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0362  type III restriction-modification system, res subunit  23.53 
 
 		 1054 aa  72.4  0.00000000004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.262363  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2275  hypothetical protein  25 
 
 		 902 aa  69.3  0.0000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0551  hypothetical protein  25.42 
 
 		 889 aa  67.8  0.000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.830331  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2178  Type III restriction enzyme, res subunit  28.15 
 
 		 873 aa  67  0.000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1457  type III restriction protein res subunit  24.62 
 
 		 454 aa  66.6  0.000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0747485 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2739  hypothetical protein  27.67 
 
 		 881 aa  66.6  0.000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0746674  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4389  type III restriction enzyme, res subunit  22.45 
 
 		 858 aa  65.5  0.000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0850  type III restriction protein res subunit  24.15 
 
 		 877 aa  63.9  0.00000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013207  Aaci_3087  type III restriction protein res subunit  23.36 
 
 		 835 aa  64.3  0.00000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0973  type III restriction enzyme, res subunit family  23.82 
 
 		 892 aa  64.3  0.00000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0241934  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1438  type III restriction enzyme, res subunit  26.64 
 
 		 1077 aa  62.8  0.00000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.977948  hitchhiker  0.0058487 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0868  type III restriction enzyme, res subunit  24.9 
 
 		 864 aa  62.8  0.00000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0821  type III restriction protein res subunit  26.83 
 
 		 1042 aa  62.4  0.00000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0473136 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2537  type III restriction protein res subunit  25.67 
 
 		 586 aa  62.4  0.00000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2744  helicase  23.8 
 
 		 590 aa  62  0.00000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1827  type III restriction enzyme, res subunit  33.33 
 
 		 1032 aa  61.2  0.00000009  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2573  hypothetical protein  23.27 
 
 		 906 aa  60.8  0.0000001  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0732  type III restriction-modification enzyme  24.71 
 
 		 853 aa  59.7  0.0000003  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0675  Type III restriction enzyme, res subunit  24.14 
 
 		 898 aa  59.3  0.0000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.564365 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2778  type III restriction enzyme, res subunit  24.7 
 
 		 885 aa  58.5  0.0000006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.223386 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3456  type III restriction enzyme, res subunit  25.68 
 
 		 597 aa  57.4  0.000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2363  type III restriction enzyme, res subunit  25.67 
 
 		 590 aa  57  0.000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0989425  normal  0.0932294 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1200  hypothetical protein  30.08 
 
 		 1076 aa  57.4  0.000001  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.563874  normal  0.0639023 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2533  type III restriction protein res subunit  28.52 
 
 		 584 aa  57.8  0.000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.10242  hitchhiker  0.000564265 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1751  type III restriction protein res subunit  28.52 
 
 		 584 aa  56.6  0.000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1747  type III restriction protein res subunit  27.63 
 
 		 584 aa  56.6  0.000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0541375  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1790  type III restriction protein res subunit  28.52 
 
 		 584 aa  56.6  0.000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.766528  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0566  Type III site-specific deoxyribonuclease  36.14 
 
 		 891 aa  55.8  0.000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0796023 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0579  Type III site-specific deoxyribonuclease  36.14 
 
 		 891 aa  56.2  0.000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.193547  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1030  type III restriction enzyme, res subunit  26.67 
 
 		 893 aa  56.2  0.000003  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.0182402  normal  0.455384 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2350  type III restriction enzyme, res subunit  27.8 
 
 		 602 aa  55.8  0.000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0162  type III restriction enzyme, res subunit  32.77 
 
 		 998 aa  55.5  0.000005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000922186 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1406  type III restriction protein res subunit  23.9 
 
 		 848 aa  55.5  0.000005  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2927  Type III restriction enzyme, res subunit  32.23 
 
 		 1010 aa  55.1  0.000006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00341327  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2435  type III restriction enzyme, res subunit  24.81 
 
 		 590 aa  55.1  0.000007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.248011 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_05380  restriction endonuclease  34.09 
 
 		 1001 aa  54.7  0.000008  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.224122  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0515  type III restriction enzyme, res subunit  34.94 
 
 		 877 aa  54.7  0.000008  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0365  type III restriction protein res subunit  29.91 
 
 		 978 aa  54.3  0.00001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000898416 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0849  Type III site-specific deoxyribonuclease  36.14 
 
 		 998 aa  53.5  0.00002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1742  type III restriction system endonuclease  29.1 
 
 		 990 aa  53.1  0.00002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.109484  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4592  Type III site-specific deoxyribonuclease  34.62 
 
 		 997 aa  53.1  0.00002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2524  type III restriction enzyme, res subunit  25 
 
 		 590 aa  52.8  0.00003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.251269  normal  0.0163499 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2205  type III restriction protein res subunit  23.24 
 
 		 993 aa  52.4  0.00004  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5226  type III restriction protein res subunit  29.66 
 
 		 1018 aa  52.4  0.00004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.310365  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1920  type III restriction enzyme, res subunit  25.53 
 
 		 946 aa  52.4  0.00004  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1948  type III restriction protein res subunit  41.27 
 
 		 982 aa  52.4  0.00004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2747  type I restriction-modification system, R subunit  22.91 
 
 		 934 aa  52  0.00005  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.504328  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2486  type III restriction enzyme, res subunit  31.25 
 
 		 1010 aa  52  0.00005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.252383  decreased coverage  0.0052761 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2080  helicase  24.71 
 
 		 588 aa  52  0.00006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.453275  normal  0.977675 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2726  type III restriction protein res subunit  22.87 
 
 		 580 aa  51.6  0.00007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.219655  hitchhiker  0.000185767 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1463  restriction endonuclease  45.57 
 
 		 991 aa  51.6  0.00007  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1130  type III restriction system endonuclease  32.77 
 
 		 991 aa  51.2  0.00008  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0226  type III restriction protein res subunit  27.27 
 
 		 887 aa  50.4  0.0001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000256753 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3077  type III restriction protein res subunit  25.75 
 
 		 980 aa  50.8  0.0001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0790  type III restriction enzyme, res subunit  29.1 
 
 		 992 aa  50.8  0.0001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.186387 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2618  EcoEI R domain-containing protein  24.12 
 
 		 817 aa  50.4  0.0001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0707543 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0518  type III restriction enzyme, res subunit  34.94 
 
 		 991 aa  50.8  0.0001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3046  Type III site-specific deoxyribonuclease  34.94 
 
 		 994 aa  51.2  0.0001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3530  transposase, IS4 family protein  24.14 
 
 		 956 aa  50.4  0.0001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.793252  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1543  type III restriction protein res subunit  25 
 
 		 979 aa  50.4  0.0001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2683  type III restriction enzyme, res subunit  25.78 
 
 		 1149 aa  50.1  0.0002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0219186  normal  0.206239 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1393  type III restriction protein res subunit  30.25 
 
 		 993 aa  50.4  0.0002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0731  type III restriction enzyme, res subunit  26.89 
 
 		 899 aa  50.4  0.0002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009974  Haur_5278  type III restriction protein res subunit  25.28 
 
 		 899 aa  50.1  0.0002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3307  type III restriction protein res subunit  22.59 
 
 		 536 aa  49.3  0.0003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3212  Type III restriction enzyme, res subunit  38.36 
 
 		 1008 aa  49.7  0.0003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.505736  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1193  EcoEI R domain protein  24.12 
 
 		 827 aa  49.3  0.0003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.325861  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0042  type III restriction-modification system, res subunit  38.55 
 
 		 1009 aa  49.3  0.0003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0043  type III restriction enzyme, res subunit  38.36 
 
 		 1008 aa  49.7  0.0003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.855331  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0027  type III restriction enzyme, res subunit  38.36 
 
 		 1008 aa  49.7  0.0003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2523  type III restriction enzyme, res subunit  25 
 
 		 967 aa  49.3  0.0003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0698946  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0357  type III restriction protein res subunit  25.32 
 
 		 1053 aa  49.3  0.0003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3192  type III restriction enzyme, res subunit  24.14 
 
 		 928 aa  49.3  0.0003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.245022  normal  1 
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6679  hypothetical protein  20.31 
 
 		 881 aa  49.7  0.0003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.00000129559  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0028  type III restriction protein res subunit  38.36 
 
 		 1004 aa  48.9  0.0004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2673  type III restriction-modification system, res subunit  38.55 
 
 		 1009 aa  49.3  0.0004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0046  type III restriction protein res subunit  38.36 
 
 		 1008 aa  49.3  0.0004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3281  type III restriction-modification system, res subunit  38.55 
 
 		 1009 aa  49.3  0.0004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1846  type III restriction-modification system, res subunit  38.55 
 
 		 1009 aa  49.3  0.0004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>