114 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_3802 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002977  MCA0026  type III restriction-modification system, R subunit, putative  46.43 
 
 		 882 aa  724    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.352538  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0937  hypothetical protein  46.54 
 
 		 911 aa  766    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.000206148  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3655  Type III restriction-modification enzyme helicase subunit  45.72 
 
 		 911 aa  758    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  decreased coverage  0.00000324142  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3325  type III restriction enzyme, res subunit  47.17 
 
 		 930 aa  823    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.16803  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4167  type III restriction protein res subunit  46.31 
 
 		 912 aa  753    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3802  type III restriction protein res subunit  100 
 
 		 894 aa  1843    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0344  type III restriction protein res subunit  46.84 
 
 		 893 aa  770    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_52330  Type III restriction enzyme, res subunit  44.82 
 
 		 923 aa  741    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.232434  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1979  type III restriction protein res subunit  38.96 
 
 		 896 aa  606  9.999999999999999e-173  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.284653  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3324  type III restriction enzyme, res subunit  52.87 
 
 		 272 aa  283  1e-74  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1086  type III restriction enzyme, res subunit  35.9 
 
 		 840 aa  185  3e-45  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.865892  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0198  hypothetical protein  27.67 
 
 		 832 aa  114  1.0000000000000001e-23  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2792  type III restriction protein res subunit  25.45 
 
 		 908 aa  107  1e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3191  type III restriction-modification system, Res subunit  25.45 
 
 		 908 aa  107  1e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0549  type III restriction protein res subunit  26.32 
 
 		 890 aa  105  4e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.170064  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1492  type III restriction-modification enzyme helicase subunit  26.82 
 
 		 905 aa  100  1e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.510635  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5437  type III restriction protein res subunit  24.51 
 
 		 893 aa  91.7  5e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.463119 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0435  type III restriction protein res subunit  27.57 
 
 		 977 aa  88.2  6e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.137797  normal  0.564629 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1044  type III restriction enzyme, res subunit  23.09 
 
 		 893 aa  87.8  8e-16  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0304  type III restriction protein res subunit  22.11 
 
 		 890 aa  82.8  0.00000000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4095  type III restriction enzyme, res subunit  30.25 
 
 		 899 aa  77.8  0.0000000000008  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.18343  normal  0.460419 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0973  type III restriction enzyme, res subunit family  23.32 
 
 		 892 aa  75.9  0.000000000004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0241934  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2178  Type III restriction enzyme, res subunit  24.87 
 
 		 873 aa  71.2  0.00000000008  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4389  type III restriction enzyme, res subunit  23.22 
 
 		 858 aa  70.1  0.0000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2275  hypothetical protein  23.72 
 
 		 902 aa  69.3  0.0000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1457  type III restriction protein res subunit  24.94 
 
 		 454 aa  69.3  0.0000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0747485 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0732  type III restriction-modification enzyme  23.12 
 
 		 853 aa  68.9  0.0000000004  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0551  hypothetical protein  25.38 
 
 		 889 aa  68.6  0.0000000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.830331  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2778  type III restriction enzyme, res subunit  24.48 
 
 		 885 aa  65.1  0.000000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.223386 
 
 
-
 
NC_013207  Aaci_3087  type III restriction protein res subunit  21.35 
 
 		 835 aa  63.2  0.00000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2739  hypothetical protein  21.62 
 
 		 881 aa  63.2  0.00000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0746674  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0850  type III restriction protein res subunit  22.7 
 
 		 877 aa  62.8  0.00000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0362  type III restriction-modification system, res subunit  45.9 
 
 		 1054 aa  62.4  0.00000004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.262363  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0579  Type III site-specific deoxyribonuclease  27.82 
 
 		 891 aa  61.6  0.00000007  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.193547  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0365  type III restriction protein res subunit  33.05 
 
 		 978 aa  61.2  0.00000009  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000898416 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0566  Type III site-specific deoxyribonuclease  27.72 
 
 		 891 aa  60.1  0.0000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0796023 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0868  type III restriction enzyme, res subunit  23.83 
 
 		 864 aa  59.3  0.0000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1827  type III restriction enzyme, res subunit  42.42 
 
 		 1032 aa  58.9  0.0000004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1438  type III restriction enzyme, res subunit  25.79 
 
 		 1077 aa  58.5  0.0000006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.977948  hitchhiker  0.0058487 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1200  hypothetical protein  41.94 
 
 		 1076 aa  58.5  0.0000006  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.563874  normal  0.0639023 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4078  hypothetical protein  24.57 
 
 		 938 aa  56.6  0.000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.862006 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0515  type III restriction enzyme, res subunit  36.47 
 
 		 877 aa  56.6  0.000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2486  type III restriction enzyme, res subunit  32.06 
 
 		 1010 aa  55.8  0.000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.252383  decreased coverage  0.0052761 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1948  type III restriction protein res subunit  32.54 
 
 		 982 aa  55.5  0.000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1406  type III restriction protein res subunit  25.2 
 
 		 848 aa  55.1  0.000006  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0675  Type III restriction enzyme, res subunit  26.75 
 
 		 898 aa  54.7  0.000008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.564365 
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6679  hypothetical protein  21.64 
 
 		 881 aa  54.3  0.000009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.00000129559  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2573  hypothetical protein  27.06 
 
 		 906 aa  54.3  0.00001  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1258  type III restriction protein res subunit  22.99 
 
 		 787 aa  54.3  0.00001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.377183  n/a   
 
 
-
 
NC_009974  Haur_5278  type III restriction protein res subunit  23.46 
 
 		 899 aa  54.3  0.00001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2927  Type III restriction enzyme, res subunit  34.78 
 
 		 1010 aa  53.1  0.00002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00341327  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2537  type III restriction protein res subunit  24.12 
 
 		 586 aa  52.8  0.00003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0849  Type III site-specific deoxyribonuclease  29.82 
 
 		 998 aa  52.8  0.00003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0518  type III restriction enzyme, res subunit  30.7 
 
 		 991 aa  52.4  0.00004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3212  Type III restriction enzyme, res subunit  36.84 
 
 		 1008 aa  52  0.00005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.505736  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0043  type III restriction enzyme, res subunit  36.84 
 
 		 1008 aa  52  0.00005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.855331  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0027  type III restriction enzyme, res subunit  36.84 
 
 		 1008 aa  52  0.00005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0046  type III restriction protein res subunit  36.84 
 
 		 1008 aa  52  0.00005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1149  type III restriction protein res subunit  32.26 
 
 		 1024 aa  52  0.00005  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.511254  normal  0.0779427 
 
 
-
 
NC_002936  DET1114  type III restriction-modification system, restriction endonuclease subunit  27.97 
 
 		 1019 aa  51.6  0.00006  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.189519  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0019  type III restriction enzyme, res subunit  36.84 
 
 		 1011 aa  51.6  0.00006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0162  type III restriction enzyme, res subunit  36.36 
 
 		 998 aa  52  0.00006  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000922186 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0028  type III restriction protein res subunit  36.84 
 
 		 1004 aa  51.6  0.00006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0821  type III restriction protein res subunit  25.61 
 
 		 1042 aa  51.2  0.00007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0473136 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1393  type III restriction protein res subunit  28.79 
 
 		 993 aa  51.6  0.00007  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0028  type III restriction protein res subunit  36.84 
 
 		 1008 aa  51.6  0.00007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.511623  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_05380  restriction endonuclease  37.18 
 
 		 1001 aa  50.8  0.0001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.224122  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5226  type III restriction protein res subunit  32.14 
 
 		 1018 aa  50.4  0.0002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.310365  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2096  type III restriction protein res subunit  24.51 
 
 		 889 aa  50.1  0.0002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0226  type III restriction protein res subunit  40.32 
 
 		 887 aa  50.1  0.0002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000256753 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1030  type III restriction enzyme, res subunit  24.9 
 
 		 893 aa  49.7  0.0003  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.0182402  normal  0.455384 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3046  Type III site-specific deoxyribonuclease  39.68 
 
 		 994 aa  49.7  0.0003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1742  type III restriction system endonuclease  32.89 
 
 		 990 aa  48.9  0.0004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.109484  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1463  restriction endonuclease  58.33 
 
 		 991 aa  48.5  0.0005  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4592  Type III site-specific deoxyribonuclease  40.98 
 
 		 997 aa  48.9  0.0005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2673  type III restriction-modification system, res subunit  36.36 
 
 		 1009 aa  48.1  0.0006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0042  type III restriction-modification system, res subunit  36.36 
 
 		 1009 aa  48.5  0.0006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0035  superfamily II DNA/RNA helicase  26.51 
 
 		 949 aa  48.5  0.0006  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.0259774  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0902  Type I site-specific restriction-modification system, R (restriction) subunit related helicase  22.56 
 
 		 1113 aa  48.1  0.0006  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.164801  hitchhiker  0.00000563993 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3281  type III restriction-modification system, res subunit  36.36 
 
 		 1009 aa  48.1  0.0006  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1846  type III restriction-modification system, res subunit  36.36 
 
 		 1009 aa  48.1  0.0006  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2706  Type III restriction enzyme, res subunit  36.36 
 
 		 1009 aa  48.1  0.0006  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1993  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  23.57 
 
 		 1082 aa  48.5  0.0006  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.000937848  normal  0.215415 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0260  type III restriction system endonuclease  36.36 
 
 		 1009 aa  48.1  0.0007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0047  Type III restriction enzyme, res subunit  36.36 
 
 		 1009 aa  48.1  0.0007  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0047  Type III restriction enzyme, res subunit  36.36 
 
 		 1009 aa  48.1  0.0007  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.678865  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1522  type III restriction protein res subunit  33.33 
 
 		 1008 aa  47.8  0.0009  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.0000221168  hitchhiker  0.00161886 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1467  type III restriction enzyme, res subunit  25.65 
 
 		 583 aa  47  0.001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.387336  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1130  type III restriction system endonuclease  36.25 
 
 		 991 aa  47.4  0.001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1350  type III restriction-modification enzyme, helicase subunit  27.27 
 
 		 188 aa  46.2  0.002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.00000266294  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2089  type III restriction enzyme, res subunit  24.19 
 
 		 616 aa  47  0.002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.553683  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0790  type III restriction enzyme, res subunit  35 
 
 		 992 aa  47  0.002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.186387 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2683  type III restriction enzyme, res subunit  23.26 
 
 		 1149 aa  47  0.002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0219186  normal  0.206239 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3485  type III restriction enzyme, res subunit  35.71 
 
 		 1019 aa  46.6  0.002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.340393  normal  0.439729 
 
 
-
 
NC_010514  Mrad2831_6393  type III restriction protein res subunit  26.07 
 
 		 609 aa  47  0.002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1468  type III restriction protein res subunit  24.71 
 
 		 1025 aa  46.6  0.002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.780281  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2180  Type III site-specific deoxyribonuclease  29.91 
 
 		 984 aa  45.8  0.003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0432  type III restriction protein res subunit  25 
 
 		 619 aa  46.2  0.003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0884  hypothetical protein  25.72 
 
 		 840 aa  46.2  0.003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0929  type III restriction protein res subunit  28.93 
 
 		 1060 aa  45.8  0.003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>