78 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_1948 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010002  Daci_4204  type III restriction protein res subunit  41.52 
 
 		 1001 aa  762    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.416822  normal  0.0251436 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0236  type III restriction enzyme, res subunit  42.38 
 
 		 991 aa  739    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0162  type III restriction enzyme, res subunit  41.89 
 
 		 998 aa  753    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000922186 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3281  type III restriction-modification system, res subunit  38.94 
 
 		 1009 aa  666    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1846  type III restriction-modification system, res subunit  38.94 
 
 		 1009 aa  666    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0518  type III restriction enzyme, res subunit  46.96 
 
 		 991 aa  850    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0047  Type III restriction enzyme, res subunit  39.04 
 
 		 1009 aa  671    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.678865  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2706  Type III restriction enzyme, res subunit  38.94 
 
 		 1009 aa  666    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0515  type III restriction enzyme, res subunit  56.5 
 
 		 877 aa  658    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_05380  restriction endonuclease  41.08 
 
 		 1001 aa  703    Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.224122  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1393  type III restriction protein res subunit  42.01 
 
 		 993 aa  743    Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0047  Type III restriction enzyme, res subunit  39.04 
 
 		 1009 aa  670    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0028  type III restriction protein res subunit  39.66 
 
 		 1008 aa  706    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.511623  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0849  Type III site-specific deoxyribonuclease  40 
 
 		 998 aa  661    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0046  type III restriction protein res subunit  39.68 
 
 		 1008 aa  699    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3046  Type III site-specific deoxyribonuclease  39.54 
 
 		 994 aa  665    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0028  type III restriction protein res subunit  39.48 
 
 		 1004 aa  692    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0365  type III restriction protein res subunit  48.48 
 
 		 978 aa  868    Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000898416 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4592  Type III site-specific deoxyribonuclease  43 
 
 		 997 aa  763    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1130  type III restriction system endonuclease  40.59 
 
 		 991 aa  694    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1948  type III restriction protein res subunit  100 
 
 		 982 aa  2017    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0027  type III restriction enzyme, res subunit  39.58 
 
 		 1008 aa  696    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2673  type III restriction-modification system, res subunit  38.94 
 
 		 1009 aa  666    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0260  type III restriction system endonuclease  39.04 
 
 		 1009 aa  671    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2180  Type III site-specific deoxyribonuclease  49.04 
 
 		 984 aa  873    Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2927  Type III restriction enzyme, res subunit  41.3 
 
 		 1010 aa  695    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00341327  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3212  Type III restriction enzyme, res subunit  39.28 
 
 		 1008 aa  692    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.505736  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1742  type III restriction system endonuclease  42.14 
 
 		 990 aa  727    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.109484  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0042  type III restriction-modification system, res subunit  38.88 
 
 		 1009 aa  669    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0043  type III restriction enzyme, res subunit  39.58 
 
 		 1008 aa  696    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.855331  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1547  type III restriction system endonuclease  46.3 
 
 		 989 aa  818    Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0019  type III restriction enzyme, res subunit  39.48 
 
 		 1011 aa  692    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0790  type III restriction enzyme, res subunit  42.02 
 
 		 992 aa  734    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.186387 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0226  type III restriction protein res subunit  52.14 
 
 		 887 aa  623  1e-177  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000256753 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0579  Type III site-specific deoxyribonuclease  53.72 
 
 		 891 aa  611  1e-173  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.193547  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0566  Type III site-specific deoxyribonuclease  53.07 
 
 		 891 aa  601  1e-170  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0796023 
 
 
-
 
NC_002936  DET1114  type III restriction-modification system, restriction endonuclease subunit  36.07 
 
 		 1019 aa  551  1e-155  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.189519  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0544  type III restriction enzyme, res subunit  35.87 
 
 		 1012 aa  518  1.0000000000000001e-145  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1149  type III restriction protein res subunit  35.84 
 
 		 1024 aa  516  1e-144  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.511254  normal  0.0779427 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5226  type III restriction protein res subunit  34.69 
 
 		 1018 aa  507  9.999999999999999e-143  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.310365  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2246  type III restriction enzyme, res subunit  34.68 
 
 		 1033 aa  504  1e-141  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.428313  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1522  type III restriction protein res subunit  33.62 
 
 		 1008 aa  487  1e-136  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.0000221168  hitchhiker  0.00161886 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2486  type III restriction enzyme, res subunit  33.72 
 
 		 1010 aa  485  1e-135  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.252383  decreased coverage  0.0052761 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3485  type III restriction enzyme, res subunit  33.62 
 
 		 1019 aa  480  1e-134  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.340393  normal  0.439729 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0929  type III restriction protein res subunit  34.29 
 
 		 1060 aa  482  1e-134  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0155  type III restriction protein res subunit  33.69 
 
 		 1009 aa  471  1.0000000000000001e-131  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.156015  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2729  restriction endonuclease  35.04 
 
 		 909 aa  437  1e-121  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1827  type III restriction enzyme, res subunit  33.82 
 
 		 1032 aa  423  1e-117  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1200  hypothetical protein  31.74 
 
 		 1076 aa  398  1e-109  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.563874  normal  0.0639023 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0362  type III restriction-modification system, res subunit  30.67 
 
 		 1054 aa  340  8e-92  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.262363  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0453  type III restriction-modification system StyLTI enzyme res  29.66 
 
 		 989 aa  173  1e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.985709  hitchhiker  1.2237e-22 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0390  type III restriction-modification system StyLTI enzyme res  29.48 
 
 		 989 aa  172  2e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.264054  hitchhiker  1.42432e-23 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1019  type III restriction-modification system enzyme, R subunit  29.34 
 
 		 987 aa  172  3e-41  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0398  type III restriction-modification system StyLTI enzyme res  29.48 
 
 		 989 aa  172  3e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.982266  hitchhiker  7.86285e-19 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0393  type III restriction-modification system StyLTI enzyme res  29.31 
 
 		 989 aa  171  7e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.00360009  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0411  type III restriction-modification system StyLTI enzyme res  29.31 
 
 		 989 aa  171  8e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.63396  hitchhiker  0.00000141502 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1463  restriction endonuclease  30.21 
 
 		 991 aa  170  1e-40  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2728  putative transposase  37.96 
 
 		 441 aa  79.3  0.0000000000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1086  type III restriction enzyme, res subunit  27.16 
 
 		 840 aa  62  0.00000006  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.865892  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0822  type III restriction-modification system restriction subunit  52.08 
 
 		 52 aa  57  0.000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.442132  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3802  type III restriction protein res subunit  32.54 
 
 		 894 aa  55.5  0.000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0675  Type III restriction enzyme, res subunit  40.38 
 
 		 898 aa  52.8  0.00003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.564365 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1979  type III restriction protein res subunit  42.62 
 
 		 896 aa  53.1  0.00003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.284653  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3325  type III restriction enzyme, res subunit  41.27 
 
 		 930 aa  52.4  0.00004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.16803  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4389  type III restriction enzyme, res subunit  41.82 
 
 		 858 aa  50.1  0.0002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4095  type III restriction enzyme, res subunit  30.28 
 
 		 899 aa  50.4  0.0002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.18343  normal  0.460419 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4167  type III restriction protein res subunit  36.51 
 
 		 912 aa  49.3  0.0004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0868  type III restriction enzyme, res subunit  36.54 
 
 		 864 aa  48.9  0.0005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0937  hypothetical protein  34.92 
 
 		 911 aa  48.5  0.0006  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.000206148  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_52330  Type III restriction enzyme, res subunit  29.87 
 
 		 923 aa  48.1  0.0007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.232434  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0344  type III restriction protein res subunit  34.92 
 
 		 893 aa  47.4  0.001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3655  Type III restriction-modification enzyme helicase subunit  34.92 
 
 		 911 aa  47.8  0.001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  decreased coverage  0.00000324142  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0026  type III restriction-modification system, R subunit, putative  35.48 
 
 		 882 aa  47.4  0.001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.352538  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4002  hypothetical protein  35.37 
 
 		 767 aa  47  0.002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2739  hypothetical protein  42.59 
 
 		 881 aa  47  0.002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0746674  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0973  type III restriction enzyme, res subunit family  25.45 
 
 		 892 aa  45.4  0.005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0241934  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0549  type III restriction protein res subunit  36.05 
 
 		 890 aa  45.4  0.005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.170064  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0304  type III restriction protein res subunit  30.77 
 
 		 890 aa  45.4  0.006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>