57 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gura_2739 on replicon NC_009483
Organism: Geobacter uraniireducens Rf4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009483  Gura_2739  hypothetical protein  100 
 
 		 881 aa  1816    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0746674  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2778  type III restriction enzyme, res subunit  63.86 
 
 		 885 aa  1175    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.223386 
 
 
-
 
NC_013207  Aaci_3087  type III restriction protein res subunit  40.36 
 
 		 835 aa  575  1.0000000000000001e-162  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0973  type III restriction enzyme, res subunit family  32.5 
 
 		 892 aa  256  2.0000000000000002e-66  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0241934  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2275  hypothetical protein  33.33 
 
 		 902 aa  249  1e-64  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4095  type III restriction enzyme, res subunit  34.81 
 
 		 899 aa  223  9.999999999999999e-57  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.18343  normal  0.460419 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0850  type III restriction protein res subunit  31.87 
 
 		 877 aa  213  1e-53  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0868  type III restriction enzyme, res subunit  31.11 
 
 		 864 aa  206  1e-51  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4389  type III restriction enzyme, res subunit  32.86 
 
 		 858 aa  204  8e-51  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0675  Type III restriction enzyme, res subunit  33.09 
 
 		 898 aa  191  5.999999999999999e-47  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.564365 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0304  type III restriction protein res subunit  29.82 
 
 		 890 aa  189  2e-46  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1418  type III restriction protein res subunit  22.68 
 
 		 751 aa  80.5  0.0000000000001  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5300  type III restriction enzyme, res subunit family  27.94 
 
 		 729 aa  72.8  0.00000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.0000000832274  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1462  superfamily II DNA/RNA helicase  26.5 
 
 		 736 aa  68.2  0.0000000006  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3325  type III restriction enzyme, res subunit  27.67 
 
 		 930 aa  66.6  0.000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.16803  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1086  type III restriction enzyme, res subunit  27 
 
 		 840 aa  63.5  0.00000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.865892  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3802  type III restriction protein res subunit  21.62 
 
 		 894 aa  63.2  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03954  hypothetical protein  23.11 
 
 		 833 aa  62.4  0.00000004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0026  type III restriction-modification system, R subunit, putative  25.59 
 
 		 882 aa  61.2  0.00000008  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.352538  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3655  Type III restriction-modification enzyme helicase subunit  25.31 
 
 		 911 aa  60.5  0.0000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  decreased coverage  0.00000324142  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0344  type III restriction protein res subunit  24.19 
 
 		 893 aa  59.7  0.0000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0937  hypothetical protein  24.18 
 
 		 911 aa  59.7  0.0000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.000206148  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_52330  Type III restriction enzyme, res subunit  24.11 
 
 		 923 aa  58.9  0.0000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.232434  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1979  type III restriction protein res subunit  22.49 
 
 		 896 aa  58.2  0.0000007  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.284653  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4167  type III restriction protein res subunit  25.2 
 
 		 912 aa  56.2  0.000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0515  type III restriction enzyme, res subunit  37 
 
 		 877 aa  53.9  0.00001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011879  Achl_4044  type III restriction protein res subunit  36.23 
 
 		 867 aa  53.5  0.00002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.856779 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2101  hypothetical protein  35.14 
 
 		 864 aa  52.8  0.00003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.460219  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0884  hypothetical protein  31.87 
 
 		 840 aa  52.8  0.00003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_05380  restriction endonuclease  43.86 
 
 		 1001 aa  52  0.00005  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.224122  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1019  type III restriction-modification system enzyme, R subunit  26.69 
 
 		 987 aa  52  0.00005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4002  hypothetical protein  41.67 
 
 		 767 aa  51.6  0.00007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1827  type III restriction enzyme, res subunit  36.25 
 
 		 1032 aa  50.8  0.0001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1261  type III restriction enzyme, res subunit  34.57 
 
 		 861 aa  50.8  0.0001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.392356  normal  0.0808521 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1001  superfamily II DNA/RNA helicase  23.12 
 
 		 773 aa  49.7  0.0002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0849  Type III site-specific deoxyribonuclease  43.64 
 
 		 998 aa  48.9  0.0004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1200  hypothetical protein  40.74 
 
 		 1076 aa  48.9  0.0004  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.563874  normal  0.0639023 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3046  Type III site-specific deoxyribonuclease  43.64 
 
 		 994 aa  48.1  0.0006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1114  type III restriction-modification system, restriction endonuclease subunit  26.59 
 
 		 1019 aa  48.1  0.0007  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.189519  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0929  type III restriction protein res subunit  38.71 
 
 		 1060 aa  48.1  0.0008  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0566  Type III site-specific deoxyribonuclease  42.59 
 
 		 891 aa  47.4  0.001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0796023 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0579  Type III site-specific deoxyribonuclease  42.59 
 
 		 891 aa  47.8  0.001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.193547  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1522  type III restriction protein res subunit  35.71 
 
 		 1008 aa  47.4  0.001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.0000221168  hitchhiker  0.00161886 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0226  type III restriction protein res subunit  44.23 
 
 		 887 aa  47.4  0.001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000256753 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0035  superfamily II DNA/RNA helicase  25.46 
 
 		 949 aa  47.4  0.001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.0259774  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1948  type III restriction protein res subunit  42.59 
 
 		 982 aa  47  0.002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0362  type III restriction-modification system, res subunit  40.38 
 
 		 1054 aa  46.6  0.002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.262363  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2695  helicase, C-terminal:Type III restriction enzyme, res subunit:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  27.04 
 
 		 504 aa  46.6  0.002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.089972  hitchhiker  0.000356695 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3485  type III restriction enzyme, res subunit  42.31 
 
 		 1019 aa  45.8  0.003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.340393  normal  0.439729 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0357  type III restriction protein res subunit  24.66 
 
 		 1053 aa  45.4  0.004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1406  type III restriction protein res subunit  25.91 
 
 		 848 aa  45.4  0.004  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2486  type III restriction enzyme, res subunit  25.17 
 
 		 1010 aa  45.8  0.004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.252383  decreased coverage  0.0052761 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2729  restriction endonuclease  40.38 
 
 		 909 aa  45.4  0.005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0544  type III restriction enzyme, res subunit  40.38 
 
 		 1012 aa  45.4  0.005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0790  type III restriction enzyme, res subunit  38.71 
 
 		 992 aa  45.1  0.006  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.186387 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4503  type III restriction enzyme, res subunit  25.22 
 
 		 1052 aa  44.7  0.008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000814753 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0518  type III restriction enzyme, res subunit  38.71 
 
 		 991 aa  44.7  0.008  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>