More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Namu_5011 on replicon NC_013235
Organism: Nakamurella multipartita DSM 44233



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013235  Namu_5011  diguanylate cyclase  100 
 
 		 349 aa  689    Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4907  diguanylate cyclase  42.25 
 
 		 308 aa  124  2e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0301785  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4965  diguanylate cyclase  42.25 
 
 		 308 aa  124  2e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00367568  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4959  diguanylate cyclase  42.25 
 
 		 354 aa  125  2e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.179086  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4872  diguanylate cyclase  42.25 
 
 		 308 aa  124  2e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000065621  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3218  diguanylate cyclase  38.46 
 
 		 532 aa  124  3e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1109  diguanylate cyclase  38.65 
 
 		 532 aa  124  3e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1014  diguanylate cyclase  45.4 
 
 		 552 aa  122  9.999999999999999e-27  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.737518 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4804  diguanylate cyclase  41.71 
 
 		 304 aa  122  9.999999999999999e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0452209  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2422  diguanylate cyclase  41.18 
 
 		 532 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.257185  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2041  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.01 
 
 		 317 aa  117  3e-25  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0655  diguanylate cyclase  40 
 
 		 172 aa  117  3e-25  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00000725118  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2067  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.01 
 
 		 317 aa  117  3e-25  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1759  GGDEF domain-containing protein  39.66 
 
 		 355 aa  116  5e-25  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.538539  normal  0.0215764 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2413  response regulator PleD  42.05 
 
 		 457 aa  116  5e-25  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.592932  normal  0.173821 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3010  diguanylate cyclase  41.86 
 
 		 377 aa  116  6e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0798808  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0651  diguanylate cyclase  38.59 
 
 		 574 aa  116  6e-25  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000777615  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0820  GGDEF domain-containing protein  38.92 
 
 		 333 aa  115  7.999999999999999e-25  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0694  diguanylate cyclase  39.8 
 
 		 536 aa  115  1.0000000000000001e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2365  diguanylate cyclase  41.34 
 
 		 467 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0108211  normal  0.148457 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1536  diguanylate cyclase  38.29 
 
 		 278 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.370191  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3851  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.43 
 
 		 634 aa  114  2.0000000000000002e-24  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0571122  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4930  diguanylate cyclase  45.51 
 
 		 530 aa  114  2.0000000000000002e-24  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.22973 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0785  diguanylate cyclase with GAF sensor  45.91 
 
 		 367 aa  114  3e-24  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1497  putative GAF sensor protein  43.21 
 
 		 689 aa  114  3e-24  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3631  GGDEF domain-containing protein  39.88 
 
 		 722 aa  113  5e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.770761  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3541  response regulator PleD  41.48 
 
 		 457 aa  113  5e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6208  diguanylate cyclase  34.3 
 
 		 467 aa  113  6e-24  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.355403  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01027  predicted diguanylate cyclase  35.79 
 
 		 452 aa  112  7.000000000000001e-24  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2571  diguanylate cyclase  35.79 
 
 		 452 aa  112  7.000000000000001e-24  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0240912 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01034  hypothetical protein  35.79 
 
 		 452 aa  112  7.000000000000001e-24  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1267  diguanylate cyclase (GGDEF) domain protein  35.79 
 
 		 476 aa  112  7.000000000000001e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.413897 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1145  diguanylate cyclase  35.79 
 
 		 476 aa  112  7.000000000000001e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1143  diguanylate cyclase  35.79 
 
 		 476 aa  112  7.000000000000001e-24  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.011762  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2617  diguanylate cyclase  35.79 
 
 		 452 aa  112  8.000000000000001e-24  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.885697  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3038  response regulator PleD  41.76 
 
 		 457 aa  112  9e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.372566  normal  0.319547 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3476  diguanylate cyclase  36.36 
 
 		 298 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00597173 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0528  diguanylate cyclase  40.83 
 
 		 354 aa  112  1.0000000000000001e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0243341  normal  0.0197143 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3973  hypothetical protein  39.13 
 
 		 355 aa  112  1.0000000000000001e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0517181  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0638  diguanylate cyclase  38.86 
 
 		 569 aa  112  1.0000000000000001e-23  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2679  diguanylate cyclase  40.66 
 
 		 459 aa  112  1.0000000000000001e-23  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2293  diguanylate cyclase  37.5 
 
 		 467 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000112238  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0130  diguanylate cyclase  41.18 
 
 		 392 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.922006  normal  0.941747 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3922  GGDEF domain-containing protein  36.93 
 
 		 364 aa  111  2.0000000000000002e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1346  sensory box/GGDEF domain protein  35.64 
 
 		 425 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2333  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.27 
 
 		 578 aa  111  2.0000000000000002e-23  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2035  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.95 
 
 		 790 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0244946 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1178  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  42.7 
 
 		 754 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.578414 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0495  diguanylate cyclase  42.05 
 
 		 574 aa  110  3e-23  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.355875  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3194  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  41.81 
 
 		 726 aa  110  3e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.178802  normal  0.0329837 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2287  diguanylate cyclase  42.35 
 
 		 764 aa  110  3e-23  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3638  diguanylate cyclase  40.57 
 
 		 378 aa  110  4.0000000000000004e-23  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.882001  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6549  diguanylate cyclase  38.76 
 
 		 546 aa  110  4.0000000000000004e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.530699 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1576  diguanylate cyclase  42.35 
 
 		 764 aa  110  4.0000000000000004e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2375  diguanylate cyclase  42.35 
 
 		 764 aa  110  4.0000000000000004e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0843  diguanylate cyclase  40.57 
 
 		 384 aa  110  4.0000000000000004e-23  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1161  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  42.37 
 
 		 754 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.268415  normal  0.0126902 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3509  diguanylate cyclase  40.57 
 
 		 384 aa  110  4.0000000000000004e-23  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.604082  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1085  diguanylate cyclase  38.6 
 
 		 357 aa  110  4.0000000000000004e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1806  diguanylate cyclase  41.01 
 
 		 473 aa  110  5e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.782438  hitchhiker  0.00449211 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3391  diguanylate cyclase  44.58 
 
 		 360 aa  110  5e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.372073  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1231  diguanylate cyclase  34.55 
 
 		 345 aa  109  5e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1742  diguanylate cyclase  43.27 
 
 		 259 aa  110  5e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0534167  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0413  diguanylate cyclase  41.99 
 
 		 373 aa  109  6e-23  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.191775  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0498  diguanylate cyclase  37.97 
 
 		 624 aa  109  6e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1157  PAS:GGDEF  39.39 
 
 		 418 aa  109  7.000000000000001e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.958814  normal  0.862731 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2409  diguanylate cyclase  40.96 
 
 		 381 aa  109  7.000000000000001e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4273  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  42.7 
 
 		 754 aa  109  8.000000000000001e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3308  response regulator PleD  42.22 
 
 		 457 aa  109  8.000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.268667  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3711  diguanylate cyclase  37.14 
 
 		 320 aa  109  9.000000000000001e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.336724  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0802  diguanylate cyclase  36.65 
 
 		 321 aa  108  9.000000000000001e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3210  GGDEF domain-containing protein  38.38 
 
 		 624 aa  108  1e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0131  diguanylate cyclase  42.19 
 
 		 392 aa  108  1e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0926  response regulator PleD  40.86 
 
 		 455 aa  108  1e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.773886 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1357  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.1 
 
 		 901 aa  108  1e-22  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000351362  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3851  diguanylate cyclase  39.08 
 
 		 380 aa  108  1e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.344739 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1348  response regulator PleD  40 
 
 		 457 aa  108  1e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4746  response regulator PleD  38.42 
 
 		 466 aa  108  1e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0979514  normal  0.753316 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3733  diguanylate cyclase  38.12 
 
 		 625 aa  108  1e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1144  GGDEF domain-containing protein  41.57 
 
 		 754 aa  108  2e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.252885 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00176  diguanylate cyclase  42.7 
 
 		 354 aa  108  2e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0148  diguanylate cyclase and serine/threonine protein kinase with TPR repeats  41.1 
 
 		 560 aa  107  2e-22  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.189493 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1405  diguanylate cyclase  42.35 
 
 		 464 aa  107  2e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3087  diguanylate cyclase  40.76 
 
 		 361 aa  108  2e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003591  GGDEF family protein  39.76 
 
 		 489 aa  108  2e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6003  diguanylate cyclase  41.01 
 
 		 371 aa  107  2e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.753958  normal  0.321238 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3225  diguanylate cyclase  38.73 
 
 		 599 aa  108  2e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0309  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.16 
 
 		 827 aa  108  2e-22  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0510078  normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6137  diguanylate cyclase  39.33 
 
 		 551 aa  108  2e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.11555  normal  0.0857113 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2483  diguanylate cyclase  37.05 
 
 		 467 aa  108  2e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3348  GGDEF domain-containing protein  41.28 
 
 		 381 aa  107  3e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0299  hypothetical protein  41.04 
 
 		 609 aa  107  3e-22  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1432  response regulator PleD  40.8 
 
 		 457 aa  107  3e-22  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2463  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.74 
 
 		 301 aa  107  3e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4141  diguanylate cyclase  40.83 
 
 		 312 aa  107  3e-22  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00274749 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5831  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.61 
 
 		 777 aa  107  4e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.36212 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3406  diguanylate cyclase  40.64 
 
 		 388 aa  107  4e-22  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0283  hypothetical protein  41.04 
 
 		 709 aa  107  4e-22  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2253  diguanylate cyclase  38.59 
 
 		 545 aa  107  4e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.346813  normal  0.544502 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4589  diguanylate cyclase  41.36 
 
 		 409 aa  107  4e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.365756  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>