132 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mchl_1388 on replicon NC_011757
Organism: Methylobacterium chloromethanicum CM4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011757  Mchl_1388  LmbE family protein  100 
 
 		 245 aa  486  1e-136  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0664971  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1227  LmbE family protein  97.54 
 
 		 245 aa  444  1.0000000000000001e-124  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.986351 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1164  LmbE family protein  88.93 
 
 		 245 aa  404  1.0000000000000001e-112  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.147674  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3660  LmbE family protein  64.08 
 
 		 245 aa  254  1.0000000000000001e-66  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.364651  normal  0.122228 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3594  LmbE family protein  55.14 
 
 		 246 aa  237  1e-61  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0576  LmbE-like protein  46.94 
 
 		 261 aa  211  1e-53  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.627816  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0797  LmbE family protein  51.1 
 
 		 244 aa  210  2e-53  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.34049  normal  0.5646 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4099  LmbE-like protein  44.03 
 
 		 246 aa  203  2e-51  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.149754  normal  0.14336 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5977  LmbE family protein  40.73 
 
 		 447 aa  151  1e-35  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2921  LmbE family protein  38.05 
 
 		 264 aa  146  2.0000000000000003e-34  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2542  LmbE-like protein  36.77 
 
 		 252 aa  119  3e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.439463 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2999  LmbE-like protein  34.32 
 
 		 257 aa  105  8e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3570  LmbE-like protein  27.95 
 
 		 265 aa  104  2e-21  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.839683  decreased coverage  0.00474608 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2637  LmbE family protein  36.28 
 
 		 250 aa  100  3e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.338459  normal  0.600261 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3114  LmbE family protein  29.7 
 
 		 260 aa  99  7e-20  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3271  LmbE family protein  36.49 
 
 		 462 aa  99  7e-20  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000861736  hitchhiker  0.0000637715 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3132  hypothetical protein  33.76 
 
 		 257 aa  97.8  1e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.226704  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2653  LmbE family protein  33.18 
 
 		 251 aa  92.8  4e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.327123  normal  0.817849 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0556  LmbE family protein  36.57 
 
 		 464 aa  90.9  2e-17  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1800  LmbE-like protein  29.68 
 
 		 286 aa  90.1  3e-17  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.14671 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3258  LmbE family protein  36.4 
 
 		 251 aa  89.4  4e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2503  LmbE family protein  35.96 
 
 		 251 aa  88.2  1e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0511  LmbE family protein  37.33 
 
 		 464 aa  88.2  1e-16  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.211712  decreased coverage  0.000000388452 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2160  LmbE family protein  32.35 
 
 		 292 aa  87.8  2e-16  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0201  LmbE family protein  35.6 
 
 		 277 aa  87  3e-16  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.910977  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_20100  uncharacterized LmbE-like protein  33.19 
 
 		 502 aa  85.9  5e-16  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.153307  normal  0.245779 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0697  LmbE family protein  33.33 
 
 		 193 aa  85.1  8e-16  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1304  LmbE family protein  28.44 
 
 		 207 aa  84.7  0.000000000000001  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.528408  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2568  LmbE family protein  35.45 
 
 		 427 aa  84  0.000000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.219184  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2539  LmbE-like protein  33.65 
 
 		 253 aa  82.4  0.000000000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.448814 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4069  LmbE-like protein  35.68 
 
 		 260 aa  82  0.000000000000008  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.64995  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5872  LmbE family protein  32.39 
 
 		 252 aa  75.9  0.0000000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.359965 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0336  LmbE family protein  32 
 
 		 471 aa  73.9  0.000000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0453  LmbE-like protein  30.36 
 
 		 693 aa  70.9  0.00000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4346  LmbE-like protein  30.93 
 
 		 302 aa  68.9  0.00000000006  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_193  LmbE  29.71 
 
 		 265 aa  66.2  0.0000000005  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.599254  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0020  LmbE family protein  34.67 
 
 		 255 aa  65.1  0.0000000009  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.128438  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0216  hypothetical protein  27.67 
 
 		 277 aa  64.3  0.000000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1431  LmbE family protein  37.63 
 
 		 124 aa  63.2  0.000000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000369213  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0312  LmbE family protein  35.35 
 
 		 487 aa  62.4  0.000000006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1010  LmbE family protein  37.89 
 
 		 469 aa  61.6  0.00000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2445  hypothetical protein  32.28 
 
 		 236 aa  60.5  0.00000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.122432  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_10890  uncharacterized LmbE-like protein  31.58 
 
 		 234 aa  59.7  0.00000004  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0375606  normal  0.400819 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0137  LmbE family protein  24.76 
 
 		 265 aa  60.1  0.00000004  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.295286  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3554  LmbE family protein  40 
 
 		 337 aa  59.3  0.00000006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2850  LmbE family protein  26.42 
 
 		 225 aa  58.2  0.0000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000195512 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3428  LmbE family protein  35.44 
 
 		 227 aa  57.4  0.0000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0528866 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1264  LmbE-like protein protein  28.79 
 
 		 322 aa  57  0.0000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.0430129 
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5673  LmbE family protein  27.69 
 
 		 225 aa  56.6  0.0000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.467342  normal  0.0103265 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0814  LmbE family protein  26.71 
 
 		 316 aa  56.2  0.0000004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.629684 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1028  LmbE family protein  27.24 
 
 		 300 aa  56.6  0.0000004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.912842  normal  0.457472 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0881  LmbE family protein  30.69 
 
 		 229 aa  55.8  0.0000005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.683362  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1001  hypothetical protein  37.21 
 
 		 237 aa  55.8  0.0000007  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.000144261  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0402  LmbE family protein  30.85 
 
 		 217 aa  55.5  0.0000007  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_873  hypothetical protein  26.7 
 
 		 237 aa  55.5  0.0000008  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.0000209898  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1116  hypothetical protein  32.98 
 
 		 289 aa  55.1  0.000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.364515  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1285  LmbE family protein  31.66 
 
 		 217 aa  55.1  0.000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1145  LmbE family protein  34.18 
 
 		 227 aa  54.3  0.000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.95917  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0889  LmbE family protein  26.7 
 
 		 237 aa  53.5  0.000003  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000000133747  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2062  LmbE family protein  36.9 
 
 		 288 aa  53.1  0.000004  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0833  LmbE family protein  32.74 
 
 		 213 aa  52.8  0.000005  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2813  LmbE family protein  31.72 
 
 		 225 aa  52  0.000008  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.140975 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2305  LmbE-like protein protein  34.88 
 
 		 248 aa  52  0.000009  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4580  LmbE family protein  31.79 
 
 		 228 aa  52  0.000009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0661  putative LmbE-like protein  26.92 
 
 		 222 aa  51.6  0.00001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0532448  normal  0.938153 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0634  LmbE family protein  26.74 
 
 		 257 aa  51.6  0.00001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0198717  normal  0.0139118 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2029  glucosamine-6-phosphate deaminase-like protein  23.17 
 
 		 637 aa  51.6  0.00001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.458898  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1232  LmbE-like protein  23.64 
 
 		 223 aa  51.2  0.00001  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.00000113124  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_01090  uncharacterized LmbE-like protein  33.33 
 
 		 708 aa  51.6  0.00001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2689  LmbE-like protein  28.7 
 
 		 285 aa  50.8  0.00002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0425  LmbE family protein  28 
 
 		 218 aa  50.8  0.00002  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0619658  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3646  LmbE family protein  29.41 
 
 		 221 aa  50.1  0.00003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.746983  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3596  LmbE family protein  26.15 
 
 		 248 aa  50.1  0.00003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1324  LmbE-like protein  24.09 
 
 		 223 aa  50.4  0.00003  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.0060113  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0048  LmbE family protein  28.36 
 
 		 249 aa  49.7  0.00004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0838  LmbE family protein  31.52 
 
 		 254 aa  49.3  0.00005  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1583  LmbE family protein  27.71 
 
 		 225 aa  49.7  0.00005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.383068  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1275  LmbE family protein  26.04 
 
 		 237 aa  48.9  0.00008  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.634359  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1017  LmbE-like protein  32.2 
 
 		 316 aa  48.1  0.0001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0374  LmbE family protein  41.46 
 
 		 243 aa  48.1  0.0001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2194  LmbE family protein  25 
 
 		 220 aa  48.1  0.0001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.646145  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7997  LmbE family protein  29.5 
 
 		 239 aa  47.4  0.0002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0211  putative LmbE-like protein  51.22 
 
 		 227 aa  47.4  0.0002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3467  hypothetical protein  27.33 
 
 		 220 aa  47.8  0.0002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.251038  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1782  hypothetical protein  27.33 
 
 		 220 aa  47.4  0.0002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.612234  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_11830  uncharacterized LmbE-like protein  33.96 
 
 		 268 aa  47  0.0003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.263602  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0239  LmbE family protein  25.27 
 
 		 207 aa  46.6  0.0003  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.817384  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0922  LmbE family protein  31.25 
 
 		 231 aa  46.6  0.0003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1118  hypothetical protein  29.53 
 
 		 225 aa  46.6  0.0004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0492  LmbE family protein  30.15 
 
 		 221 aa  46.2  0.0004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0837  LmbE family protein  40.23 
 
 		 237 aa  46.2  0.0004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_26080  uncharacterized LmbE-like protein  39.76 
 
 		 369 aa  45.8  0.0006  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3858  hypothetical protein  25 
 
 		 227 aa  45.8  0.0006  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2706  LmbE family protein  32.52 
 
 		 256 aa  45.8  0.0007  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.871669 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1157  LmbE family protein  38.96 
 
 		 302 aa  45.4  0.0008  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.103463  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1249  LmbE-like protein  27.18 
 
 		 223 aa  44.7  0.001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.975053  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1457  LmbE family protein  27.54 
 
 		 223 aa  45.1  0.001  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3179  LmbE family protein  26.67 
 
 		 220 aa  44.7  0.001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0036405  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1395  LmbE family protein  31.21 
 
 		 239 aa  44.7  0.001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.067563  normal  0.604637 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0168  hypothetical protein  33.9 
 
 		 237 aa  43.9  0.002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>