60 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_2539 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007492  Pfl01_2539  LmbE-like protein  100 
 
 		 253 aa  516  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.448814 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2542  LmbE-like protein  55.16 
 
 		 252 aa  288  6e-77  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.439463 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3132  hypothetical protein  52.24 
 
 		 257 aa  274  1.0000000000000001e-72  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.226704  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2999  LmbE-like protein  52.24 
 
 		 257 aa  272  3e-72  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2637  LmbE family protein  43.5 
 
 		 250 aa  188  7e-47  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.338459  normal  0.600261 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3258  LmbE family protein  43.5 
 
 		 251 aa  176  4e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2653  LmbE family protein  42.28 
 
 		 251 aa  173  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.327123  normal  0.817849 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2503  LmbE family protein  43.21 
 
 		 251 aa  173  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1800  LmbE-like protein  32.79 
 
 		 286 aa  164  1.0000000000000001e-39  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.14671 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5872  LmbE family protein  37.55 
 
 		 252 aa  155  5.0000000000000005e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.359965 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4069  LmbE-like protein  35.16 
 
 		 260 aa  120  1.9999999999999998e-26  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.64995  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0511  LmbE family protein  34.22 
 
 		 464 aa  107  1e-22  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.211712  decreased coverage  0.000000388452 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0201  LmbE family protein  33.79 
 
 		 277 aa  107  3e-22  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.910977  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3271  LmbE family protein  30.92 
 
 		 462 aa  96.7  3e-19  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000861736  hitchhiker  0.0000637715 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2568  LmbE family protein  34.91 
 
 		 427 aa  96.3  4e-19  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.219184  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0020  LmbE family protein  32.41 
 
 		 255 aa  95.9  6e-19  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.128438  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0797  LmbE family protein  33.96 
 
 		 244 aa  95.5  7e-19  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.34049  normal  0.5646 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1388  LmbE family protein  31.07 
 
 		 245 aa  89.7  4e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0664971  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3594  LmbE family protein  30.4 
 
 		 246 aa  88.2  1e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1164  LmbE family protein  31.1 
 
 		 245 aa  87.4  2e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.147674  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1227  LmbE family protein  30.58 
 
 		 245 aa  87  3e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.986351 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0556  LmbE family protein  30.91 
 
 		 464 aa  85.9  5e-16  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_20100  uncharacterized LmbE-like protein  26.71 
 
 		 502 aa  85.9  6e-16  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.153307  normal  0.245779 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0697  LmbE family protein  27.23 
 
 		 193 aa  83.2  0.000000000000004  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0576  LmbE-like protein  33.33 
 
 		 261 aa  79  0.00000000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.627816  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2921  LmbE family protein  27.68 
 
 		 264 aa  73.2  0.000000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1304  LmbE family protein  26.27 
 
 		 207 aa  68.2  0.0000000001  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.528408  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3660  LmbE family protein  29.17 
 
 		 245 aa  68.6  0.0000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.364651  normal  0.122228 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0336  LmbE family protein  29.03 
 
 		 471 aa  67  0.0000000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5977  LmbE family protein  30.13 
 
 		 447 aa  66.6  0.0000000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_01090  uncharacterized LmbE-like protein  30.42 
 
 		 708 aa  65.9  0.0000000006  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2160  LmbE family protein  29.27 
 
 		 292 aa  64.7  0.000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4099  LmbE-like protein  28.16 
 
 		 246 aa  63.5  0.000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.149754  normal  0.14336 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1010  LmbE family protein  31.63 
 
 		 469 aa  59.3  0.00000005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0905  hypothetical protein  27.65 
 
 		 236 aa  57  0.0000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3114  LmbE family protein  26.34 
 
 		 260 aa  53.9  0.000003  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4346  LmbE-like protein  28.39 
 
 		 302 aa  53.5  0.000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0137  LmbE family protein  26.57 
 
 		 265 aa  53.9  0.000003  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.295286  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0216  hypothetical protein  27.86 
 
 		 277 aa  52.8  0.000005  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3570  LmbE-like protein  24.26 
 
 		 265 aa  50.1  0.00003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.839683  decreased coverage  0.00474608 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0833  LmbE family protein  27.43 
 
 		 213 aa  48.9  0.00007  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3789  LmbE family protein  28.49 
 
 		 283 aa  48.5  0.0001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.728369 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3554  LmbE family protein  28.85 
 
 		 337 aa  47.8  0.0002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_193  LmbE  25.49 
 
 		 265 aa  46.6  0.0004  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.599254  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1995  LmbE family protein  30.77 
 
 		 276 aa  46.2  0.0005  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.0990731 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1698  LmbE family protein  31.2 
 
 		 237 aa  46.2  0.0005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.958754  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2062  LmbE family protein  27.27 
 
 		 288 aa  45.4  0.0009  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1152  LmbE family protein  29.1 
 
 		 298 aa  44.7  0.001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.370679  normal  0.107811 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0838  LmbE family protein  23.67 
 
 		 254 aa  44.7  0.001  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2850  LmbE family protein  23.95 
 
 		 225 aa  44.7  0.002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000195512 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1324  LmbE-like protein  22.46 
 
 		 223 aa  43.5  0.003  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.0060113  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2412  LmbE family protein  30.86 
 
 		 277 aa  43.5  0.003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.146443 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2445  hypothetical protein  28.36 
 
 		 236 aa  43.9  0.003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.122432  n/a   
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5673  LmbE family protein  23.65 
 
 		 225 aa  43.9  0.003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.467342  normal  0.0103265 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0008  LmbE family protein  28.02 
 
 		 240 aa  43.5  0.003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00173009  normal  0.123538 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3052  LmbE family protein  26.11 
 
 		 269 aa  42.7  0.006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000237793 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1530  LmbE family protein  25.34 
 
 		 245 aa  42.7  0.006  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.276807  normal  0.0194959 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_10890  uncharacterized LmbE-like protein  25.74 
 
 		 234 aa  42.4  0.007  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0375606  normal  0.400819 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12528  hypothetical protein  26 
 
 		 238 aa  42.4  0.008  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0446  LmbE family protein  24.81 
 
 		 221 aa  42  0.01  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>