74 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyr_2999 on replicon NC_007005
Organism: Pseudomonas syringae pv. syringae B728a



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007005  Psyr_2999  LmbE-like protein  100 
 
 		 257 aa  514  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3132  hypothetical protein  80.93 
 
 		 257 aa  422  1e-117  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.226704  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2542  LmbE-like protein  61.48 
 
 		 252 aa  298  8e-80  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.439463 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2539  LmbE-like protein  52.24 
 
 		 253 aa  259  2e-68  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.448814 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2637  LmbE family protein  48.05 
 
 		 250 aa  212  3.9999999999999995e-54  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.338459  normal  0.600261 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2653  LmbE family protein  49.61 
 
 		 251 aa  212  5.999999999999999e-54  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.327123  normal  0.817849 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3258  LmbE family protein  48.83 
 
 		 251 aa  204  2e-51  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2503  LmbE family protein  48.44 
 
 		 251 aa  202  4e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5872  LmbE family protein  48.36 
 
 		 252 aa  194  9e-49  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.359965 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1800  LmbE-like protein  37.7 
 
 		 286 aa  164  9e-40  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.14671 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4069  LmbE-like protein  44.49 
 
 		 260 aa  148  1.0000000000000001e-34  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.64995  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0201  LmbE family protein  36.24 
 
 		 277 aa  125  6e-28  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.910977  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0511  LmbE family protein  36.65 
 
 		 464 aa  117  9.999999999999999e-26  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.211712  decreased coverage  0.000000388452 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0020  LmbE family protein  41.1 
 
 		 255 aa  118  9.999999999999999e-26  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.128438  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3271  LmbE family protein  39.27 
 
 		 462 aa  115  7.999999999999999e-25  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000861736  hitchhiker  0.0000637715 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_20100  uncharacterized LmbE-like protein  33.88 
 
 		 502 aa  109  4.0000000000000004e-23  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.153307  normal  0.245779 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1227  LmbE family protein  33.19 
 
 		 245 aa  102  5e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.986351 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0556  LmbE family protein  32.31 
 
 		 464 aa  102  5e-21  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0797  LmbE family protein  35.95 
 
 		 244 aa  102  9e-21  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.34049  normal  0.5646 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1164  LmbE family protein  34.87 
 
 		 245 aa  100  2e-20  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.147674  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1388  LmbE family protein  33.19 
 
 		 245 aa  100  2e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0664971  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3594  LmbE family protein  32.52 
 
 		 246 aa  94.7  1e-18  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0576  LmbE-like protein  35.9 
 
 		 261 aa  92.8  5e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.627816  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0336  LmbE family protein  32.62 
 
 		 471 aa  90.5  3e-17  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_01090  uncharacterized LmbE-like protein  35.23 
 
 		 708 aa  90.1  3e-17  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2568  LmbE family protein  33.49 
 
 		 427 aa  86.3  5e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.219184  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5977  LmbE family protein  36.47 
 
 		 447 aa  85.1  0.000000000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2921  LmbE family protein  29.88 
 
 		 264 aa  84  0.000000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2160  LmbE family protein  33.15 
 
 		 292 aa  80.1  0.00000000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4099  LmbE-like protein  32.81 
 
 		 246 aa  76.3  0.0000000000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.149754  normal  0.14336 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3660  LmbE family protein  31.48 
 
 		 245 aa  75.1  0.000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.364651  normal  0.122228 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0697  LmbE family protein  29.49 
 
 		 193 aa  73.2  0.000000000004  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0905  hypothetical protein  30.77 
 
 		 236 aa  66.6  0.0000000004  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1304  LmbE family protein  25.93 
 
 		 207 aa  64.3  0.000000002  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.528408  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3114  LmbE family protein  27.03 
 
 		 260 aa  64.3  0.000000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0216  hypothetical protein  29.05 
 
 		 277 aa  62  0.000000008  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_10890  uncharacterized LmbE-like protein  29.13 
 
 		 234 aa  60.5  0.00000003  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0375606  normal  0.400819 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4346  LmbE-like protein  29.94 
 
 		 302 aa  59.7  0.00000004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3570  LmbE-like protein  22.81 
 
 		 265 aa  56.2  0.0000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.839683  decreased coverage  0.00474608 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_193  LmbE  26.97 
 
 		 265 aa  55.8  0.0000007  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.599254  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2069  LmbE family protein  34.85 
 
 		 283 aa  55.5  0.0000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.512905  hitchhiker  0.00938181 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0137  LmbE family protein  30 
 
 		 265 aa  55.5  0.0000009  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.295286  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3554  LmbE family protein  31.43 
 
 		 337 aa  53.9  0.000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1776  hypothetical protein  28.15 
 
 		 243 aa  51.6  0.00001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.0204994 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1010  LmbE family protein  33.68 
 
 		 469 aa  52  0.00001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7836  LmbE family protein  31.21 
 
 		 273 aa  50.8  0.00002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.224776  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2445  hypothetical protein  26.71 
 
 		 236 aa  49.7  0.00004  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.122432  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0008  LmbE family protein  31.48 
 
 		 240 aa  48.5  0.00009  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00173009  normal  0.123538 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2062  LmbE family protein  29.86 
 
 		 288 aa  48.9  0.00009  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1264  LmbE-like protein protein  24.08 
 
 		 322 aa  47.8  0.0002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.0430129 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1152  LmbE family protein  29.51 
 
 		 298 aa  47.4  0.0002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.370679  normal  0.107811 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2070  LmbE family protein  33.33 
 
 		 250 aa  47.4  0.0003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.229324  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0838  LmbE family protein  28.97 
 
 		 254 aa  46.6  0.0004  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4580  LmbE family protein  26.9 
 
 		 228 aa  45.8  0.0006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0392  putative GlcNAc-PI de-N-acetylase  32.05 
 
 		 223 aa  45.8  0.0008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.138175  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0426  putative GlcNAc-PI de-N-acetylase  32.05 
 
 		 223 aa  45.8  0.0008  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0386  putative GlcNAc-PI de-N-acetylase  32.05 
 
 		 223 aa  45.8  0.0008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3264  LmbE family protein  32.05 
 
 		 223 aa  45.8  0.0008  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3646  LmbE family protein  30.08 
 
 		 221 aa  44.7  0.001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.746983  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2086  LmbE-like protein  27.1 
 
 		 262 aa  44.7  0.001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.689615  normal  0.197926 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3052  LmbE family protein  26.67 
 
 		 269 aa  44.7  0.002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000237793 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2820  LmbE family protein  32.58 
 
 		 230 aa  44.3  0.002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5532  LmbE family protein  29.85 
 
 		 280 aa  44.3  0.002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.674853  normal  0.207869 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1145  LmbE family protein  31.16 
 
 		 227 aa  43.5  0.003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.95917  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0634  LmbE family protein  28.4 
 
 		 260 aa  43.5  0.004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0446  LmbE family protein  27.27 
 
 		 221 aa  43.1  0.005  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1918  hypothetical protein  24.82 
 
 		 302 aa  42.7  0.005  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.551545 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0922  LmbE family protein  28.67 
 
 		 231 aa  42.7  0.006  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3428  LmbE family protein  30.43 
 
 		 227 aa  42.7  0.006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0528866 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1995  LmbE family protein  25.95 
 
 		 276 aa  42.4  0.007  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.0990731 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0441  LmbE family protein  32.49 
 
 		 285 aa  42.4  0.008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.152989  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0277  putative GlcNAc-PI de-N-acetylase  31.41 
 
 		 223 aa  42.4  0.008  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1195  LmbE family protein  27.01 
 
 		 270 aa  42  0.009  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0833  LmbE family protein  29.25 
 
 		 213 aa  42  0.01  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>