93 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_4069 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_4069  LmbE-like protein  100 
 
 		 260 aa  510  1e-144  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.64995  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0201  LmbE family protein  43.5 
 
 		 277 aa  172  5.999999999999999e-42  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.910977  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3132  hypothetical protein  45.02 
 
 		 257 aa  167  2e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.226704  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5872  LmbE family protein  46.56 
 
 		 252 aa  166  2e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.359965 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2999  LmbE-like protein  44.49 
 
 		 257 aa  155  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2637  LmbE family protein  40.96 
 
 		 250 aa  152  5e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.338459  normal  0.600261 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2542  LmbE-like protein  42.04 
 
 		 252 aa  150  1e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.439463 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_20100  uncharacterized LmbE-like protein  38.13 
 
 		 502 aa  145  7.0000000000000006e-34  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.153307  normal  0.245779 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3258  LmbE family protein  40.98 
 
 		 251 aa  142  6e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2503  LmbE family protein  40.98 
 
 		 251 aa  142  7e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0020  LmbE family protein  43.72 
 
 		 255 aa  140  1.9999999999999998e-32  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.128438  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2653  LmbE family protein  42.25 
 
 		 251 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.327123  normal  0.817849 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1800  LmbE-like protein  33.47 
 
 		 286 aa  132  3.9999999999999996e-30  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.14671 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0511  LmbE family protein  42.06 
 
 		 464 aa  132  5e-30  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.211712  decreased coverage  0.000000388452 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3271  LmbE family protein  40.32 
 
 		 462 aa  131  1.0000000000000001e-29  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000861736  hitchhiker  0.0000637715 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0556  LmbE family protein  38.8 
 
 		 464 aa  125  6e-28  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0336  LmbE family protein  34.39 
 
 		 471 aa  119  3.9999999999999996e-26  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2539  LmbE-like protein  35.29 
 
 		 253 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.448814 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0905  hypothetical protein  35.27 
 
 		 236 aa  101  1e-20  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3594  LmbE family protein  34.78 
 
 		 246 aa  95.1  1e-18  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_01090  uncharacterized LmbE-like protein  36.08 
 
 		 708 aa  91.3  1e-17  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0576  LmbE-like protein  34.72 
 
 		 261 aa  89.7  4e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.627816  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2568  LmbE family protein  35.48 
 
 		 427 aa  89.7  5e-17  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.219184  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0797  LmbE family protein  33.48 
 
 		 244 aa  87.8  2e-16  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.34049  normal  0.5646 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5977  LmbE family protein  34.05 
 
 		 447 aa  86.3  5e-16  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4099  LmbE-like protein  33.33 
 
 		 246 aa  83.6  0.000000000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.149754  normal  0.14336 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1388  LmbE family protein  33.8 
 
 		 245 aa  82  0.00000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0664971  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1227  LmbE family protein  33.33 
 
 		 245 aa  80.9  0.00000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.986351 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4346  LmbE-like protein  35.29 
 
 		 302 aa  78.6  0.00000000000008  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0697  LmbE family protein  29.8 
 
 		 193 aa  74.7  0.000000000001  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1164  LmbE family protein  33.18 
 
 		 245 aa  74.3  0.000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.147674  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2921  LmbE family protein  30.63 
 
 		 264 aa  73.2  0.000000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2160  LmbE family protein  29.81 
 
 		 292 aa  71.2  0.00000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1304  LmbE family protein  29.38 
 
 		 207 aa  70.5  0.00000000003  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.528408  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3114  LmbE family protein  25.42 
 
 		 260 aa  69.3  0.00000000006  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3660  LmbE family protein  31.86 
 
 		 245 aa  64.3  0.000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.364651  normal  0.122228 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3570  LmbE-like protein  28.08 
 
 		 265 aa  60.5  0.00000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.839683  decreased coverage  0.00474608 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_10890  uncharacterized LmbE-like protein  30.95 
 
 		 234 aa  58.2  0.0000001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0375606  normal  0.400819 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0272  LmbE family protein  27.1 
 
 		 244 aa  58.5  0.0000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.733991  normal  0.923307 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2070  LmbE family protein  32.43 
 
 		 250 aa  55.1  0.000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.229324  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0881  LmbE family protein  28.57 
 
 		 229 aa  53.9  0.000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.683362  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1152  LmbE family protein  30.22 
 
 		 298 aa  52.4  0.000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.370679  normal  0.107811 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3646  LmbE family protein  32.41 
 
 		 221 aa  52.4  0.000008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.746983  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1904  LmbE family protein  34.07 
 
 		 271 aa  52  0.000009  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.402308  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2689  LmbE-like protein  28.65 
 
 		 285 aa  50.1  0.00004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3428  LmbE family protein  29.61 
 
 		 227 aa  48.9  0.00008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0528866 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1145  LmbE family protein  29.61 
 
 		 227 aa  47.4  0.0002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.95917  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2069  LmbE family protein  34.13 
 
 		 283 aa  47.8  0.0002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.512905  hitchhiker  0.00938181 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1160  LmbE family protein  28.79 
 
 		 271 aa  47  0.0003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1285  LmbE family protein  32.12 
 
 		 217 aa  47  0.0003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0492  LmbE family protein  32.13 
 
 		 221 aa  47  0.0003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2062  LmbE family protein  26.11 
 
 		 288 aa  47  0.0003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0453  LmbE-like protein  31.73 
 
 		 693 aa  47.4  0.0003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0402  LmbE family protein  30.37 
 
 		 217 aa  46.6  0.0004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7836  LmbE family protein  32.14 
 
 		 273 aa  46.6  0.0004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.224776  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0008  LmbE family protein  26.19 
 
 		 240 aa  46.6  0.0004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00173009  normal  0.123538 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4580  LmbE family protein  29.84 
 
 		 228 aa  45.8  0.0008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_873  hypothetical protein  31.51 
 
 		 237 aa  45.1  0.001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.0000209898  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1017  LmbE-like protein  35.07 
 
 		 316 aa  44.7  0.001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0048  LmbE family protein  41.43 
 
 		 249 aa  44.7  0.001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1010  LmbE family protein  31.58 
 
 		 469 aa  45.1  0.001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1001  hypothetical protein  31.51 
 
 		 237 aa  44.7  0.001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.000144261  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3596  LmbE family protein  24.88 
 
 		 248 aa  44.3  0.002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3602  hypothetical protein  30.5 
 
 		 226 aa  44.3  0.002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1275  LmbE family protein  25 
 
 		 237 aa  43.9  0.002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.634359  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0368  LmbE-like protein protein  36.11 
 
 		 218 aa  44.3  0.002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0889  LmbE family protein  30.14 
 
 		 237 aa  43.9  0.002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000000133747  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2445  hypothetical protein  28.57 
 
 		 236 aa  44.3  0.002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.122432  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1195  LmbE family protein  30.43 
 
 		 270 aa  44.3  0.002  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3888  hypothetical protein  30.5 
 
 		 226 aa  44.3  0.002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.764104  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5532  LmbE family protein  28.57 
 
 		 280 aa  44.7  0.002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.674853  normal  0.207869 
 
 
-
 
NC_002936  DET0216  hypothetical protein  26.81 
 
 		 277 aa  43.5  0.003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1337  LmbE family protein  32.39 
 
 		 234 aa  43.5  0.003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000443128 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3769  hypothetical protein  30.5 
 
 		 227 aa  43.9  0.003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000222568 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3484  hypothetical protein  26.43 
 
 		 220 aa  43.9  0.003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3858  hypothetical protein  30.07 
 
 		 227 aa  43.9  0.003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3268  hypothetical protein  26.43 
 
 		 220 aa  43.9  0.003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000000289968  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3528  LmbE family protein  30.3 
 
 		 226 aa  43.9  0.003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3241  hypothetical protein  26.43 
 
 		 220 aa  43.9  0.003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000243018  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3524  hypothetical protein  26.43 
 
 		 220 aa  43.9  0.003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000000123177  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0630  LmbE family protein  32.26 
 
 		 240 aa  43.1  0.004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0446  LmbE family protein  23.35 
 
 		 221 aa  43.1  0.004  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0651  LmbE family protein  33.08 
 
 		 239 aa  42.7  0.005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.481432 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0168  hypothetical protein  39.66 
 
 		 237 aa  43.1  0.005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0838  LmbE family protein  26.76 
 
 		 254 aa  42.7  0.006  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3183  hypothetical protein  26.28 
 
 		 220 aa  42.4  0.007  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000002506  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1232  LmbE-like protein  24 
 
 		 223 aa  42.7  0.007  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.00000113124  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3179  LmbE family protein  26.28 
 
 		 220 aa  42.4  0.007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0036405  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7629  conserved hypothetical protein LmbE  33.33 
 
 		 263 aa  42.4  0.008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.386225  normal  0.241739 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3554  LmbE family protein  31.37 
 
 		 337 aa  42.4  0.008  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3496  hypothetical protein  26.28 
 
 		 220 aa  42.4  0.008  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.388946  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3479  hypothetical protein  26.28 
 
 		 220 aa  42.4  0.008  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2305  LmbE-like protein protein  31.91 
 
 		 248 aa  42  0.01  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>