90 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_2637 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_2637  LmbE family protein  100 
 
 		 250 aa  496  1e-139  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.338459  normal  0.600261 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3258  LmbE family protein  86.06 
 
 		 251 aa  402  1e-111  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2503  LmbE family protein  86.06 
 
 		 251 aa  402  1e-111  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2653  LmbE family protein  76.49 
 
 		 251 aa  364  1e-100  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.327123  normal  0.817849 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3132  hypothetical protein  49.61 
 
 		 257 aa  222  4e-57  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.226704  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2999  LmbE-like protein  48.05 
 
 		 257 aa  220  9.999999999999999e-57  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2542  LmbE-like protein  47.83 
 
 		 252 aa  217  1e-55  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.439463 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2539  LmbE-like protein  43.5 
 
 		 253 aa  185  5e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.448814 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5872  LmbE family protein  45.67 
 
 		 252 aa  157  1e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.359965 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1800  LmbE-like protein  35 
 
 		 286 aa  150  2e-35  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.14671 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4069  LmbE-like protein  40.96 
 
 		 260 aa  149  3e-35  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.64995  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0201  LmbE family protein  38.81 
 
 		 277 aa  131  1.0000000000000001e-29  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.910977  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3271  LmbE family protein  39.2 
 
 		 462 aa  120  1.9999999999999998e-26  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000861736  hitchhiker  0.0000637715 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0511  LmbE family protein  35.86 
 
 		 464 aa  113  2.0000000000000002e-24  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.211712  decreased coverage  0.000000388452 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_20100  uncharacterized LmbE-like protein  34.62 
 
 		 502 aa  113  3e-24  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.153307  normal  0.245779 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0020  LmbE family protein  39.35 
 
 		 255 aa  109  5e-23  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.128438  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0556  LmbE family protein  35.84 
 
 		 464 aa  101  1e-20  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1388  LmbE family protein  36.28 
 
 		 245 aa  100  2e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0664971  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0797  LmbE family protein  36.89 
 
 		 244 aa  99.8  4e-20  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.34049  normal  0.5646 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1227  LmbE family protein  36.73 
 
 		 245 aa  99.4  5e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.986351 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0576  LmbE-like protein  38.16 
 
 		 261 aa  98.2  1e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.627816  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3594  LmbE family protein  35.48 
 
 		 246 aa  97.1  2e-19  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4099  LmbE-like protein  34.53 
 
 		 246 aa  96.3  4e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.149754  normal  0.14336 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1164  LmbE family protein  36.28 
 
 		 245 aa  93.2  4e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.147674  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0336  LmbE family protein  32.89 
 
 		 471 aa  90.9  2e-17  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3660  LmbE family protein  35.45 
 
 		 245 aa  87.8  1e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.364651  normal  0.122228 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2568  LmbE family protein  36.32 
 
 		 427 aa  84.7  0.000000000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.219184  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5977  LmbE family protein  35.42 
 
 		 447 aa  80.5  0.00000000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2921  LmbE family protein  31.53 
 
 		 264 aa  73.6  0.000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0905  hypothetical protein  33.52 
 
 		 236 aa  72.8  0.000000000005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_01090  uncharacterized LmbE-like protein  34.64 
 
 		 708 aa  71.6  0.00000000001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1304  LmbE family protein  29.38 
 
 		 207 aa  68.6  0.00000000009  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.528408  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0697  LmbE family protein  27.6 
 
 		 193 aa  68.6  0.0000000001  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2160  LmbE family protein  28.12 
 
 		 292 aa  65.1  0.0000000009  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_10890  uncharacterized LmbE-like protein  34.42 
 
 		 234 aa  63.2  0.000000004  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0375606  normal  0.400819 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3114  LmbE family protein  28.18 
 
 		 260 aa  63.2  0.000000004  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0137  LmbE family protein  27.78 
 
 		 265 aa  61.6  0.00000001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.295286  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4346  LmbE-like protein  29.22 
 
 		 302 aa  60.8  0.00000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3570  LmbE-like protein  24.79 
 
 		 265 aa  57.4  0.0000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.839683  decreased coverage  0.00474608 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_193  LmbE  25.56 
 
 		 265 aa  56.2  0.0000005  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.599254  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0216  hypothetical protein  25.94 
 
 		 277 aa  54.3  0.000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3769  hypothetical protein  25.51 
 
 		 227 aa  52.8  0.000005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000222568 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3888  hypothetical protein  25.51 
 
 		 226 aa  52.8  0.000006  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.764104  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3602  hypothetical protein  25.51 
 
 		 226 aa  52.8  0.000006  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3858  hypothetical protein  24.61 
 
 		 227 aa  51.6  0.00001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0453  LmbE-like protein  27.75 
 
 		 693 aa  50.8  0.00002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1995  LmbE family protein  25.89 
 
 		 276 aa  50.1  0.00003  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.0990731 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0838  LmbE family protein  26.02 
 
 		 254 aa  50.1  0.00003  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1337  LmbE family protein  31.84 
 
 		 234 aa  48.9  0.00007  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000443128 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1275  LmbE family protein  27.5 
 
 		 237 aa  48.9  0.00008  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.634359  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2062  LmbE family protein  29.23 
 
 		 288 aa  48.5  0.0001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3528  LmbE family protein  27.46 
 
 		 226 aa  48.5  0.0001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3554  LmbE family protein  34.48 
 
 		 337 aa  48.1  0.0001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2412  LmbE family protein  32.69 
 
 		 277 aa  48.1  0.0001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.146443 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0954  LmbE family protein  32.31 
 
 		 231 aa  47.8  0.0002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.52879  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0881  LmbE family protein  30 
 
 		 229 aa  47  0.0003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.683362  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1116  hypothetical protein  30.11 
 
 		 289 aa  47  0.0003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.364515  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2463  LmbE family protein  27.32 
 
 		 259 aa  47  0.0003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000204581 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0756  1D-myo-inosityl-2-acetamido-2-deoxy-alpha-D- glucopyranoside deacetylase  26.11 
 
 		 323 aa  46.2  0.0005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.717354 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4580  LmbE family protein  33.33 
 
 		 228 aa  45.8  0.0007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2194  LmbE family protein  25.96 
 
 		 220 aa  45.4  0.0008  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.646145  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3179  LmbE family protein  25.9 
 
 		 220 aa  45.4  0.0008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0036405  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1010  LmbE family protein  23.47 
 
 		 469 aa  45.4  0.0009  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3183  hypothetical protein  25.9 
 
 		 220 aa  45.4  0.0009  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000002506  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1152  LmbE family protein  26.77 
 
 		 298 aa  45.1  0.001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.370679  normal  0.107811 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3496  hypothetical protein  25.9 
 
 		 220 aa  45.1  0.001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.388946  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3950  LmbE family protein  27.69 
 
 		 240 aa  44.7  0.001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3479  hypothetical protein  25.9 
 
 		 220 aa  45.1  0.001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0008  LmbE family protein  25.24 
 
 		 240 aa  44.3  0.002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00173009  normal  0.123538 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1904  LmbE family protein  33.33 
 
 		 271 aa  43.9  0.002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.402308  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3241  hypothetical protein  26.09 
 
 		 220 aa  44.7  0.002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000243018  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0213  hypothetical protein  25.51 
 
 		 221 aa  44.3  0.002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3524  hypothetical protein  26.09 
 
 		 220 aa  44.7  0.002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000000123177  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3268  hypothetical protein  26.09 
 
 		 220 aa  44.7  0.002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000000289968  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1160  LmbE family protein  29.1 
 
 		 271 aa  43.9  0.002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0651  LmbE family protein  28.15 
 
 		 239 aa  43.9  0.002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.481432 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3484  hypothetical protein  26.09 
 
 		 220 aa  44.7  0.002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1782  hypothetical protein  25.9 
 
 		 220 aa  44.3  0.002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.612234  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3467  hypothetical protein  25.9 
 
 		 220 aa  43.9  0.002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.251038  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2689  LmbE-like protein  24.12 
 
 		 285 aa  42.7  0.005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1235  hypothetical protein  30.5 
 
 		 239 aa  43.1  0.005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000120217 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1028  LmbE family protein  26 
 
 		 300 aa  42.7  0.005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.912842  normal  0.457472 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0833  LmbE family protein  25.87 
 
 		 213 aa  43.1  0.005  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0837  LmbE family protein  30.34 
 
 		 237 aa  42.4  0.006  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1195  LmbE family protein  27.31 
 
 		 270 aa  42.7  0.006  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3428  LmbE family protein  28.71 
 
 		 227 aa  42.7  0.006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0528866 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1583  LmbE family protein  24.26 
 
 		 225 aa  42.7  0.006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.383068  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0446  LmbE family protein  28.46 
 
 		 221 aa  42  0.009  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0374  LmbE family protein  27 
 
 		 243 aa  42  0.01  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0425  LmbE family protein  23.48 
 
 		 218 aa  42  0.01  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0619658  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>