120 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_5872 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010002  Daci_5872  LmbE family protein  100 
 
 		 252 aa  495  1e-139  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.359965 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3132  hypothetical protein  51.23 
 
 		 257 aa  212  4.9999999999999996e-54  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.226704  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2999  LmbE-like protein  48.77 
 
 		 257 aa  210  2e-53  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2542  LmbE-like protein  46.83 
 
 		 252 aa  210  2e-53  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.439463 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1800  LmbE-like protein  39.04 
 
 		 286 aa  196  4.0000000000000005e-49  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.14671 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4069  LmbE-like protein  46.96 
 
 		 260 aa  175  8e-43  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.64995  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3271  LmbE family protein  44.49 
 
 		 462 aa  167  1e-40  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000861736  hitchhiker  0.0000637715 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2637  LmbE family protein  45.67 
 
 		 250 aa  165  8e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.338459  normal  0.600261 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3258  LmbE family protein  45.82 
 
 		 251 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2503  LmbE family protein  45.82 
 
 		 251 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2653  LmbE family protein  44.08 
 
 		 251 aa  161  1e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.327123  normal  0.817849 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2539  LmbE-like protein  37.55 
 
 		 253 aa  160  2e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.448814 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0201  LmbE family protein  37.1 
 
 		 277 aa  147  1.0000000000000001e-34  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.910977  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0020  LmbE family protein  42.45 
 
 		 255 aa  147  2.0000000000000003e-34  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.128438  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0511  LmbE family protein  40.74 
 
 		 464 aa  146  4.0000000000000006e-34  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.211712  decreased coverage  0.000000388452 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_20100  uncharacterized LmbE-like protein  35.21 
 
 		 502 aa  132  6e-30  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.153307  normal  0.245779 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0556  LmbE family protein  35.48 
 
 		 464 aa  108  6e-23  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0336  LmbE family protein  36.99 
 
 		 471 aa  108  1e-22  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3594  LmbE family protein  34.69 
 
 		 246 aa  99.4  5e-20  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2568  LmbE family protein  35 
 
 		 427 aa  97.1  3e-19  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.219184  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0797  LmbE family protein  36.94 
 
 		 244 aa  95.5  8e-19  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.34049  normal  0.5646 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4346  LmbE-like protein  40.67 
 
 		 302 aa  87.8  1e-16  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2921  LmbE family protein  32.21 
 
 		 264 aa  88.2  1e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3660  LmbE family protein  34.65 
 
 		 245 aa  87.4  2e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.364651  normal  0.122228 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0576  LmbE-like protein  32.67 
 
 		 261 aa  84.7  0.000000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.627816  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1164  LmbE family protein  32.92 
 
 		 245 aa  84  0.000000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.147674  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_01090  uncharacterized LmbE-like protein  34.38 
 
 		 708 aa  84.3  0.000000000000002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5977  LmbE family protein  31.72 
 
 		 447 aa  84  0.000000000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1388  LmbE family protein  32.39 
 
 		 245 aa  82.8  0.000000000000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0664971  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1227  LmbE family protein  32.39 
 
 		 245 aa  82.4  0.000000000000007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.986351 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4099  LmbE-like protein  32.93 
 
 		 246 aa  77  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.149754  normal  0.14336 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2160  LmbE family protein  30.85 
 
 		 292 aa  77  0.0000000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1304  LmbE family protein  29.03 
 
 		 207 aa  74.7  0.000000000001  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.528408  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0697  LmbE family protein  29.67 
 
 		 193 aa  73.2  0.000000000004  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0905  hypothetical protein  28.33 
 
 		 236 aa  70.9  0.00000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3114  LmbE family protein  32.26 
 
 		 260 aa  70.5  0.00000000003  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1010  LmbE family protein  25.71 
 
 		 469 aa  66.6  0.0000000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3570  LmbE-like protein  25.11 
 
 		 265 aa  64.7  0.000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.839683  decreased coverage  0.00474608 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2069  LmbE family protein  33.85 
 
 		 283 aa  61.2  0.00000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.512905  hitchhiker  0.00938181 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0008  LmbE family protein  31.87 
 
 		 240 aa  60.1  0.00000004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00173009  normal  0.123538 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_10890  uncharacterized LmbE-like protein  29.73 
 
 		 234 aa  59.7  0.00000004  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0375606  normal  0.400819 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2445  hypothetical protein  30.08 
 
 		 236 aa  58.5  0.00000009  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.122432  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0368  LmbE-like protein protein  26.18 
 
 		 218 aa  58.2  0.0000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0453  LmbE-like protein  24.14 
 
 		 693 aa  54.7  0.000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1324  LmbE-like protein  21.58 
 
 		 223 aa  55.1  0.000001  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.0060113  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1017  LmbE-like protein  35 
 
 		 316 aa  53.9  0.000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0441  LmbE family protein  32.98 
 
 		 285 aa  54.7  0.000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.152989  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0446  LmbE family protein  29.1 
 
 		 221 aa  52.4  0.000007  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3561  conserved hypothetical protein LmbE  28.37 
 
 		 276 aa  52.4  0.000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.532852  normal  0.20928 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7836  LmbE family protein  29.49 
 
 		 273 aa  52.4  0.000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.224776  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0272  LmbE family protein  31.33 
 
 		 244 aa  52  0.00001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.733991  normal  0.923307 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0492  LmbE family protein  28.87 
 
 		 221 aa  51.2  0.00001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0814  LmbE family protein  24.77 
 
 		 316 aa  51.6  0.00001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.629684 
 
 
-
 
NC_002936  DET0216  hypothetical protein  28.77 
 
 		 277 aa  50.8  0.00002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1609  LmbE family protein  32.2 
 
 		 297 aa  51.2  0.00002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4036  hypothetical protein  25.67 
 
 		 276 aa  50.1  0.00003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.489025 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2062  LmbE family protein  26.52 
 
 		 288 aa  50.1  0.00003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0168  hypothetical protein  24.24 
 
 		 237 aa  49.7  0.00004  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3646  LmbE family protein  27.32 
 
 		 221 aa  49.3  0.00006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.746983  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1264  LmbE-like protein protein  23.87 
 
 		 322 aa  48.9  0.00007  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.0430129 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0137  LmbE family protein  26.43 
 
 		 265 aa  48.9  0.00008  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.295286  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1275  LmbE family protein  28.57 
 
 		 237 aa  48.9  0.00008  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.634359  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1078  LmbE family protein  33.33 
 
 		 258 aa  48.5  0.0001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0142184  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2813  LmbE family protein  30.83 
 
 		 225 aa  47.8  0.0002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.140975 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4580  LmbE family protein  33.6 
 
 		 228 aa  47.8  0.0002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1823  LmbE family protein  30.71 
 
 		 258 aa  47  0.0003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.318027  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1160  LmbE family protein  30.77 
 
 		 271 aa  47  0.0003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_193  LmbE  27.27 
 
 		 265 aa  47  0.0003  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.599254  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0837  LmbE family protein  26.79 
 
 		 237 aa  46.6  0.0003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2080  LmbE family protein  32.73 
 
 		 281 aa  47  0.0003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0263313  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4793  response regulator receiver protein  28.77 
 
 		 350 aa  46.6  0.0004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2324  LmbE family protein  27.72 
 
 		 242 aa  46.2  0.0005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0426  putative GlcNAc-PI de-N-acetylase  27.59 
 
 		 223 aa  46.2  0.0005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0386  putative GlcNAc-PI de-N-acetylase  27.59 
 
 		 223 aa  46.2  0.0005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3264  LmbE family protein  27.59 
 
 		 223 aa  46.2  0.0005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0392  putative GlcNAc-PI de-N-acetylase  27.59 
 
 		 223 aa  46.2  0.0005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.138175  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3083  LmbE family protein  25.13 
 
 		 243 aa  46.2  0.0005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.110434  normal  0.0323718 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3268  hypothetical protein  27.41 
 
 		 220 aa  45.8  0.0006  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000000289968  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3241  hypothetical protein  27.41 
 
 		 220 aa  45.8  0.0006  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000243018  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3524  hypothetical protein  27.41 
 
 		 220 aa  45.8  0.0006  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000000123177  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3484  hypothetical protein  27.41 
 
 		 220 aa  45.8  0.0006  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0954  LmbE family protein  29.95 
 
 		 231 aa  45.8  0.0006  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.52879  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2070  LmbE family protein  28.99 
 
 		 250 aa  46.2  0.0006  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.229324  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3554  LmbE family protein  31.25 
 
 		 337 aa  45.4  0.001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1195  LmbE family protein  28.06 
 
 		 270 aa  44.7  0.001  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1258  LmbE family protein  21.61 
 
 		 234 aa  45.4  0.001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.274401  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1001  hypothetical protein  23.65 
 
 		 237 aa  44.3  0.002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.000144261  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0213  hypothetical protein  25.36 
 
 		 221 aa  44.3  0.002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2689  LmbE-like protein  24.38 
 
 		 285 aa  44.3  0.002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0048  LmbE family protein  29.13 
 
 		 249 aa  43.9  0.002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3918  LmbE family protein  27.14 
 
 		 242 aa  44.3  0.002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3179  LmbE family protein  27.41 
 
 		 220 aa  44.7  0.002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0036405  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1075  LmbE family protein  28.31 
 
 		 258 aa  43.9  0.002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1776  hypothetical protein  23.26 
 
 		 243 aa  43.5  0.003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.0204994 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_873  hypothetical protein  23.65 
 
 		 237 aa  43.9  0.003  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.0000209898  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0889  LmbE family protein  23.15 
 
 		 237 aa  43.9  0.003  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000000133747  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1460  LmbE family protein  21.67 
 
 		 234 aa  43.5  0.003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0532009  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_19030  uncharacterized LmbE-like protein  29.01 
 
 		 308 aa  43.5  0.003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.248574  normal  0.129794 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1590  hypothetical protein  21.61 
 
 		 234 aa  43.9  0.003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3789  LmbE family protein  26.71 
 
 		 283 aa  43.5  0.003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.728369 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>