123 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_4099 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_4099  LmbE-like protein  100 
 
 		 246 aa  497  1e-140  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.149754  normal  0.14336 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0576  LmbE-like protein  71.43 
 
 		 261 aa  367  1e-101  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.627816  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0797  LmbE family protein  44.63 
 
 		 244 aa  194  1e-48  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.34049  normal  0.5646 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1388  LmbE family protein  44.03 
 
 		 245 aa  194  1e-48  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0664971  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1227  LmbE family protein  43.21 
 
 		 245 aa  192  4e-48  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.986351 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1164  LmbE family protein  44.03 
 
 		 245 aa  187  1e-46  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.147674  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3660  LmbE family protein  45.89 
 
 		 245 aa  183  2.0000000000000003e-45  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.364651  normal  0.122228 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3594  LmbE family protein  40.24 
 
 		 246 aa  166  2.9999999999999998e-40  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5977  LmbE family protein  41.47 
 
 		 447 aa  147  1.0000000000000001e-34  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2921  LmbE family protein  35.22 
 
 		 264 aa  117  1.9999999999999998e-25  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2637  LmbE family protein  33.78 
 
 		 250 aa  94.4  2e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.338459  normal  0.600261 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3271  LmbE family protein  38.36 
 
 		 462 aa  93.6  3e-18  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000861736  hitchhiker  0.0000637715 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3114  LmbE family protein  32.34 
 
 		 260 aa  92.4  6e-18  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3570  LmbE-like protein  28.51 
 
 		 265 aa  91.7  9e-18  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.839683  decreased coverage  0.00474608 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0201  LmbE family protein  31.66 
 
 		 277 aa  87  2e-16  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.910977  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2542  LmbE-like protein  31.98 
 
 		 252 aa  86.3  5e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.439463 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1800  LmbE-like protein  31.84 
 
 		 286 aa  84  0.000000000000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.14671 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2160  LmbE family protein  28.57 
 
 		 292 aa  84  0.000000000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2503  LmbE family protein  32.34 
 
 		 251 aa  83.6  0.000000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0556  LmbE family protein  33.89 
 
 		 464 aa  82.8  0.000000000000005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_20100  uncharacterized LmbE-like protein  32.39 
 
 		 502 aa  82  0.000000000000007  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.153307  normal  0.245779 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3258  LmbE family protein  31.91 
 
 		 251 aa  81.6  0.00000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_193  LmbE  28 
 
 		 265 aa  80.9  0.00000000000002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.599254  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0511  LmbE family protein  34.09 
 
 		 464 aa  80.9  0.00000000000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.211712  decreased coverage  0.000000388452 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2653  LmbE family protein  32.76 
 
 		 251 aa  80.9  0.00000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.327123  normal  0.817849 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3132  hypothetical protein  33.85 
 
 		 257 aa  77.4  0.0000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.226704  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2999  LmbE-like protein  32.81 
 
 		 257 aa  76.3  0.0000000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4069  LmbE-like protein  33.33 
 
 		 260 aa  75.9  0.0000000000005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.64995  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0336  LmbE family protein  31.34 
 
 		 471 aa  74.7  0.000000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0216  hypothetical protein  27.54 
 
 		 277 aa  73.6  0.000000000003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0697  LmbE family protein  28.5 
 
 		 193 aa  72.8  0.000000000004  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0020  LmbE family protein  34.71 
 
 		 255 aa  72.8  0.000000000004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.128438  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0137  LmbE family protein  27.18 
 
 		 265 aa  72  0.000000000008  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.295286  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5872  LmbE family protein  32.93 
 
 		 252 aa  66.2  0.0000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.359965 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1304  LmbE family protein  25.4 
 
 		 207 aa  65.9  0.0000000006  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.528408  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1275  LmbE family protein  28.12 
 
 		 237 aa  65.5  0.0000000007  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.634359  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_01090  uncharacterized LmbE-like protein  34.46 
 
 		 708 aa  63.2  0.000000003  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2568  LmbE family protein  32.28 
 
 		 427 aa  63.2  0.000000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.219184  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0881  LmbE family protein  29.08 
 
 		 229 aa  59.3  0.00000006  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.683362  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_10890  uncharacterized LmbE-like protein  34.69 
 
 		 234 aa  58.5  0.00000009  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0375606  normal  0.400819 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4346  LmbE-like protein  24.89 
 
 		 302 aa  57.8  0.0000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2324  LmbE family protein  30.41 
 
 		 242 aa  57  0.0000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3596  LmbE family protein  28 
 
 		 248 aa  57  0.0000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1195  LmbE family protein  34.65 
 
 		 270 aa  56.6  0.0000004  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0814  LmbE family protein  29.15 
 
 		 316 aa  56.2  0.0000004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.629684 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2539  LmbE-like protein  28.16 
 
 		 253 aa  55.1  0.000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.448814 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1286  LmbE family protein  28.57 
 
 		 264 aa  53.9  0.000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.636367  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1001  hypothetical protein  29.47 
 
 		 237 aa  53.5  0.000003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.000144261  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0889  LmbE family protein  28.99 
 
 		 237 aa  53.5  0.000003  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000000133747  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2062  LmbE family protein  37.04 
 
 		 288 aa  53.9  0.000003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2122  LmbE family protein  30.61 
 
 		 236 aa  53.1  0.000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.674571  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4580  LmbE family protein  32.83 
 
 		 228 aa  52.8  0.000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_873  hypothetical protein  29.56 
 
 		 237 aa  52.8  0.000006  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.0000209898  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0453  LmbE-like protein  25.98 
 
 		 693 aa  52.8  0.000006  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1370  LmbE-like protein  25.81 
 
 		 204 aa  51.6  0.00001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.525647  n/a   
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5673  LmbE family protein  24.24 
 
 		 225 aa  51.6  0.00001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.467342  normal  0.0103265 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2445  hypothetical protein  22.61 
 
 		 236 aa  51.2  0.00002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.122432  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0416  LmbE family protein  27.72 
 
 		 210 aa  49.3  0.00006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.448356 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0425  LmbE family protein  22.84 
 
 		 218 aa  48.9  0.00007  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0619658  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1249  LmbE-like protein  26.04 
 
 		 223 aa  48.9  0.00008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.975053  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3554  LmbE family protein  35.92 
 
 		 337 aa  48.9  0.00008  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2850  LmbE family protein  22.56 
 
 		 225 aa  48.5  0.00009  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000195512 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1444  hypothetical protein  24.63 
 
 		 234 aa  48.1  0.0001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.140604  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1416  hypothetical protein  24.63 
 
 		 234 aa  48.1  0.0001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.812012  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1557  hypothetical protein  24.63 
 
 		 234 aa  48.1  0.0001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0637  putative deacetylase  30.86 
 
 		 225 aa  48.1  0.0001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1583  LmbE family protein  25.25 
 
 		 225 aa  48.1  0.0001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.383068  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1701  hypothetical protein  24.63 
 
 		 234 aa  48.1  0.0001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00454663  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1628  hypothetical protein  24.63 
 
 		 234 aa  48.1  0.0001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.148873 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1904  LmbE family protein  30.36 
 
 		 271 aa  48.1  0.0001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.402308  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1609  LmbE family protein  27 
 
 		 297 aa  48.5  0.0001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1663  hypothetical protein  24.75 
 
 		 234 aa  47.4  0.0002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3903  LmbE-like protein  33.99 
 
 		 300 aa  47.4  0.0002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.704498  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3561  conserved hypothetical protein LmbE  28.45 
 
 		 276 aa  47.4  0.0002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.532852  normal  0.20928 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0590  hypothetical protein  23.83 
 
 		 221 aa  47.8  0.0002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.522052  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0604  hypothetical protein  23.83 
 
 		 221 aa  47.8  0.0002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.211484  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1460  LmbE family protein  24.14 
 
 		 234 aa  47.4  0.0002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0532009  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3528  LmbE family protein  26.13 
 
 		 226 aa  47.4  0.0002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3755  hypothetical protein  25.62 
 
 		 234 aa  47.4  0.0002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1417  hypothetical protein  24.14 
 
 		 234 aa  46.6  0.0003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.490751  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2689  LmbE-like protein  24.87 
 
 		 285 aa  46.6  0.0003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3730  LmbE family protein  25.95 
 
 		 209 aa  47  0.0003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1886  LmbE family protein  32 
 
 		 328 aa  46.2  0.0004  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.63571 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0833  LmbE family protein  32.43 
 
 		 213 aa  46.6  0.0004  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0868  LmbE family protein  30.41 
 
 		 287 aa  46.2  0.0005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00918813 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1264  LmbE-like protein protein  36.56 
 
 		 322 aa  45.8  0.0006  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.0430129 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0925  LmbE family protein  29.73 
 
 		 287 aa  45.8  0.0007  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0643281  normal  0.488564 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1639  mycothiol conjugate amidase Mca  29.8 
 
 		 299 aa  45.8  0.0007  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0981  LmbE family protein  29.82 
 
 		 309 aa  45.4  0.0008  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.955127  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4142  glucosamine-6-phosphate deaminase-like protein  20.25 
 
 		 639 aa  45.4  0.0009  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.513919 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3098  mycothiol conjugate amidase Mca  31.25 
 
 		 293 aa  44.7  0.001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.955525  normal  0.203495 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2412  LmbE family protein  26.4 
 
 		 277 aa  45.1  0.001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.146443 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3145  mycothiol conjugate amidase Mca  30.41 
 
 		 288 aa  44.7  0.001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.37  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3858  hypothetical protein  24.62 
 
 		 227 aa  44.7  0.001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_23070  mycothiol conjugate amidase Mca  31.85 
 
 		 303 aa  45.1  0.001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1995  LmbE family protein  26.26 
 
 		 276 aa  44.7  0.001  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.0990731 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4793  response regulator receiver protein  25.21 
 
 		 350 aa  44.7  0.002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0449  hypothetical protein  30.34 
 
 		 290 aa  44.3  0.002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.869172  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4036  hypothetical protein  26.09 
 
 		 276 aa  43.9  0.002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.489025 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_19030  uncharacterized LmbE-like protein  29.44 
 
 		 308 aa  43.9  0.002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.248574  normal  0.129794 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>