57 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_2653 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010501  PputW619_2653  LmbE family protein  100 
 
 		 251 aa  492  9.999999999999999e-139  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.327123  normal  0.817849 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2637  LmbE family protein  76.49 
 
 		 250 aa  377  1e-103  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.338459  normal  0.600261 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3258  LmbE family protein  77.29 
 
 		 251 aa  359  3e-98  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2503  LmbE family protein  77.69 
 
 		 251 aa  359  3e-98  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3132  hypothetical protein  50.78 
 
 		 257 aa  228  6e-59  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.226704  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2999  LmbE-like protein  49.61 
 
 		 257 aa  226  2e-58  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2542  LmbE-like protein  47.83 
 
 		 252 aa  211  1e-53  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.439463 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2539  LmbE-like protein  42.28 
 
 		 253 aa  177  2e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.448814 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5872  LmbE family protein  44.08 
 
 		 252 aa  158  8e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.359965 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1800  LmbE-like protein  34.31 
 
 		 286 aa  145  6e-34  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.14671 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4069  LmbE-like protein  42.25 
 
 		 260 aa  143  2e-33  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.64995  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0511  LmbE family protein  40.89 
 
 		 464 aa  125  6e-28  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.211712  decreased coverage  0.000000388452 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3271  LmbE family protein  40.65 
 
 		 462 aa  123  3e-27  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000861736  hitchhiker  0.0000637715 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0201  LmbE family protein  38.81 
 
 		 277 aa  122  7e-27  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.910977  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0020  LmbE family protein  39.55 
 
 		 255 aa  115  7.999999999999999e-25  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.128438  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_20100  uncharacterized LmbE-like protein  34.87 
 
 		 502 aa  114  2.0000000000000002e-24  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.153307  normal  0.245779 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0556  LmbE family protein  40 
 
 		 464 aa  112  5e-24  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0336  LmbE family protein  37.39 
 
 		 471 aa  103  3e-21  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1388  LmbE family protein  34.07 
 
 		 245 aa  95.9  5e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0664971  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0797  LmbE family protein  33.33 
 
 		 244 aa  94  2e-18  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.34049  normal  0.5646 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1227  LmbE family protein  33.63 
 
 		 245 aa  94  2e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.986351 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4099  LmbE-like protein  35.19 
 
 		 246 aa  91.7  1e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.149754  normal  0.14336 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1164  LmbE family protein  34.36 
 
 		 245 aa  89  6e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.147674  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3594  LmbE family protein  33.49 
 
 		 246 aa  88.2  1e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0576  LmbE-like protein  37.44 
 
 		 261 aa  88.2  1e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.627816  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_01090  uncharacterized LmbE-like protein  36.89 
 
 		 708 aa  84  0.000000000000002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2568  LmbE family protein  36.74 
 
 		 427 aa  82.8  0.000000000000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.219184  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3660  LmbE family protein  33.78 
 
 		 245 aa  81.3  0.00000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.364651  normal  0.122228 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5977  LmbE family protein  35.9 
 
 		 447 aa  78.6  0.00000000000009  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2921  LmbE family protein  31.36 
 
 		 264 aa  74.7  0.000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0905  hypothetical protein  34.12 
 
 		 236 aa  72  0.000000000009  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2160  LmbE family protein  28.8 
 
 		 292 aa  69.3  0.00000000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4346  LmbE-like protein  30.58 
 
 		 302 aa  61.2  0.00000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0697  LmbE family protein  28.46 
 
 		 193 aa  61.6  0.00000001  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_10890  uncharacterized LmbE-like protein  35.06 
 
 		 234 aa  59.7  0.00000004  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0375606  normal  0.400819 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3114  LmbE family protein  27.63 
 
 		 260 aa  58.9  0.00000007  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3554  LmbE family protein  28.48 
 
 		 337 aa  56.2  0.0000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3570  LmbE-like protein  24.89 
 
 		 265 aa  55.8  0.0000006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.839683  decreased coverage  0.00474608 
 
 
-
 
NC_002936  DET0216  hypothetical protein  26.54 
 
 		 277 aa  54.7  0.000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1304  LmbE family protein  27.37 
 
 		 207 aa  54.3  0.000002  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.528408  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_193  LmbE  25.84 
 
 		 265 aa  53.1  0.000004  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.599254  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0137  LmbE family protein  26.58 
 
 		 265 aa  50.4  0.00002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.295286  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0838  LmbE family protein  28.57 
 
 		 254 aa  50.4  0.00003  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0453  LmbE-like protein  50 
 
 		 693 aa  49.3  0.00006  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2062  LmbE family protein  29.63 
 
 		 288 aa  47.8  0.0002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0833  LmbE family protein  31.03 
 
 		 213 aa  46.2  0.0005  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4580  LmbE family protein  30.47 
 
 		 228 aa  45.4  0.0008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0954  LmbE family protein  31.61 
 
 		 231 aa  45.4  0.0009  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.52879  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1145  LmbE family protein  29.11 
 
 		 227 aa  45.4  0.0009  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.95917  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3428  LmbE family protein  29.11 
 
 		 227 aa  45.1  0.001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0528866 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0446  LmbE family protein  23.95 
 
 		 221 aa  45.1  0.001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0425  LmbE family protein  23.98 
 
 		 218 aa  44.3  0.002  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0619658  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4812  glucosamine-6-phosphate deaminase-like protein  36.17 
 
 		 642 aa  44.3  0.002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.116561  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4557  glucosamine-6-phosphate deaminase-like protein  36.17 
 
 		 670 aa  44.7  0.002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.296514  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4142  glucosamine-6-phosphate deaminase-like protein  33.33 
 
 		 639 aa  44.3  0.002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.513919 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1116  hypothetical protein  29.47 
 
 		 289 aa  43.9  0.002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.364515  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0881  LmbE family protein  28.12 
 
 		 229 aa  42  0.009  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.683362  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>