64 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_3258 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3258  LmbE family protein  100 
 
 		 251 aa  493  9.999999999999999e-139  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2503  LmbE family protein  99.2 
 
 		 251 aa  490  9.999999999999999e-139  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2637  LmbE family protein  86.06 
 
 		 250 aa  413  1e-114  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.338459  normal  0.600261 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2653  LmbE family protein  77.29 
 
 		 251 aa  367  1e-100  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.327123  normal  0.817849 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3132  hypothetical protein  50.39 
 
 		 257 aa  223  2e-57  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.226704  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2542  LmbE-like protein  49.01 
 
 		 252 aa  223  2e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.439463 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2999  LmbE-like protein  48.83 
 
 		 257 aa  218  8.999999999999998e-56  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2539  LmbE-like protein  43.5 
 
 		 253 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.448814 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5872  LmbE family protein  45.82 
 
 		 252 aa  163  3e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.359965 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1800  LmbE-like protein  35 
 
 		 286 aa  150  2e-35  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.14671 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4069  LmbE-like protein  40.98 
 
 		 260 aa  148  8e-35  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.64995  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0201  LmbE family protein  41.55 
 
 		 277 aa  137  1e-31  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.910977  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0511  LmbE family protein  37.05 
 
 		 464 aa  122  8e-27  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.211712  decreased coverage  0.000000388452 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3271  LmbE family protein  40.65 
 
 		 462 aa  121  9.999999999999999e-27  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000861736  hitchhiker  0.0000637715 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0020  LmbE family protein  40.08 
 
 		 255 aa  119  4.9999999999999996e-26  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.128438  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_20100  uncharacterized LmbE-like protein  33.88 
 
 		 502 aa  117  1.9999999999999998e-25  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.153307  normal  0.245779 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0556  LmbE family protein  38.16 
 
 		 464 aa  107  1e-22  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0336  LmbE family protein  36.04 
 
 		 471 aa  101  1e-20  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1227  LmbE family protein  35.96 
 
 		 245 aa  99.4  5e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.986351 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0797  LmbE family protein  38.22 
 
 		 244 aa  99.4  5e-20  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.34049  normal  0.5646 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1388  LmbE family protein  35.96 
 
 		 245 aa  98.2  1e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0664971  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1164  LmbE family protein  36.84 
 
 		 245 aa  95.5  7e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.147674  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0576  LmbE-like protein  37.82 
 
 		 261 aa  90.5  2e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.627816  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3594  LmbE family protein  34.56 
 
 		 246 aa  90.1  3e-17  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4099  LmbE-like protein  31.91 
 
 		 246 aa  87.8  1e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.149754  normal  0.14336 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3660  LmbE family protein  33.03 
 
 		 245 aa  82.8  0.000000000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.364651  normal  0.122228 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2568  LmbE family protein  38.07 
 
 		 427 aa  82  0.000000000000008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.219184  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5977  LmbE family protein  33.48 
 
 		 447 aa  80.9  0.00000000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_01090  uncharacterized LmbE-like protein  36.89 
 
 		 708 aa  80.1  0.00000000000003  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0905  hypothetical protein  32.11 
 
 		 236 aa  71.6  0.00000000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2921  LmbE family protein  30.59 
 
 		 264 aa  69.7  0.00000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0697  LmbE family protein  30.77 
 
 		 193 aa  68.9  0.00000000008  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2160  LmbE family protein  28.65 
 
 		 292 aa  65.5  0.0000000007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_10890  uncharacterized LmbE-like protein  33.33 
 
 		 234 aa  63.2  0.000000004  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0375606  normal  0.400819 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4346  LmbE-like protein  28.22 
 
 		 302 aa  61.2  0.00000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1304  LmbE family protein  29.02 
 
 		 207 aa  60.8  0.00000002  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.528408  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0137  LmbE family protein  28.57 
 
 		 265 aa  59.7  0.00000005  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.295286  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3114  LmbE family protein  27.68 
 
 		 260 aa  55.8  0.0000006  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3570  LmbE-like protein  24.79 
 
 		 265 aa  54.3  0.000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.839683  decreased coverage  0.00474608 
 
 
-
 
NC_002936  DET0216  hypothetical protein  27.64 
 
 		 277 aa  53.5  0.000003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_193  LmbE  25.82 
 
 		 265 aa  52.4  0.000007  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.599254  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0838  LmbE family protein  28 
 
 		 254 aa  52  0.000009  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0453  LmbE-like protein  35.62 
 
 		 693 aa  48.5  0.00009  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1337  LmbE family protein  31.03 
 
 		 234 aa  48.5  0.0001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000443128 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1995  LmbE family protein  25.89 
 
 		 276 aa  48.5  0.0001  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.0990731 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2412  LmbE family protein  43.28 
 
 		 277 aa  47  0.0003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.146443 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1160  LmbE family protein  29.1 
 
 		 271 aa  45.4  0.0008  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0954  LmbE family protein  32.31 
 
 		 231 aa  44.7  0.001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.52879  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0008  LmbE family protein  27.62 
 
 		 240 aa  45.1  0.001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00173009  normal  0.123538 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3602  hypothetical protein  27.04 
 
 		 226 aa  45.4  0.001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3888  hypothetical protein  27.04 
 
 		 226 aa  45.4  0.001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.764104  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3554  LmbE family protein  32.18 
 
 		 337 aa  45.4  0.001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0833  LmbE family protein  26.85 
 
 		 213 aa  44.7  0.001  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3769  hypothetical protein  27.04 
 
 		 227 aa  45.1  0.001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000222568 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3858  hypothetical protein  25.93 
 
 		 227 aa  44.7  0.001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3561  conserved hypothetical protein LmbE  28.7 
 
 		 276 aa  44.3  0.002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.532852  normal  0.20928 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2062  LmbE family protein  27.48 
 
 		 288 aa  43.9  0.002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1145  LmbE family protein  29.35 
 
 		 227 aa  43.5  0.004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.95917  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1116  hypothetical protein  31.18 
 
 		 289 aa  43.1  0.005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.364515  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3428  LmbE family protein  29.35 
 
 		 227 aa  42.7  0.005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0528866 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2069  LmbE family protein  31.47 
 
 		 283 aa  42.4  0.007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.512905  hitchhiker  0.00938181 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0453  LmbE family protein  30.26 
 
 		 238 aa  42.4  0.008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3950  LmbE family protein  26.73 
 
 		 240 aa  42  0.009  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5532  LmbE family protein  28.14 
 
 		 280 aa  42  0.009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.674853  normal  0.207869 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>