195 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_4346 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_4346  LmbE-like protein  100 
 
 		 302 aa  602  1.0000000000000001e-171  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2160  LmbE family protein  32.22 
 
 		 292 aa  126  5e-28  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5977  LmbE family protein  35.04 
 
 		 447 aa  101  2e-20  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3114  LmbE family protein  28.87 
 
 		 260 aa  97.8  2e-19  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3570  LmbE-like protein  34.84 
 
 		 265 aa  96.7  4e-19  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.839683  decreased coverage  0.00474608 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1304  LmbE family protein  30.88 
 
 		 207 aa  92.8  6e-18  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.528408  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0697  LmbE family protein  28.97 
 
 		 193 aa  92.4  8e-18  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3660  LmbE family protein  33.74 
 
 		 245 aa  82.8  0.000000000000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.364651  normal  0.122228 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3271  LmbE family protein  34.05 
 
 		 462 aa  82  0.00000000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000861736  hitchhiker  0.0000637715 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3594  LmbE family protein  35.33 
 
 		 246 aa  81.3  0.00000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0797  LmbE family protein  30.08 
 
 		 244 aa  81.3  0.00000000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.34049  normal  0.5646 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1286  LmbE family protein  30.82 
 
 		 264 aa  80.1  0.00000000000004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.636367  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2062  LmbE family protein  34.65 
 
 		 288 aa  78.6  0.0000000000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2921  LmbE family protein  29.44 
 
 		 264 aa  77  0.0000000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0336  LmbE family protein  37.82 
 
 		 471 aa  76.6  0.0000000000005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0556  LmbE family protein  31.3 
 
 		 464 aa  76.6  0.0000000000005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1285  LmbE family protein  36.99 
 
 		 217 aa  76.3  0.0000000000006  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5872  LmbE family protein  37.58 
 
 		 252 aa  76.3  0.0000000000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.359965 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_20100  uncharacterized LmbE-like protein  29.39 
 
 		 502 aa  75.5  0.000000000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.153307  normal  0.245779 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_193  LmbE  35.57 
 
 		 265 aa  75.5  0.000000000001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.599254  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4069  LmbE-like protein  35.29 
 
 		 260 aa  74.7  0.000000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.64995  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0137  LmbE family protein  33.77 
 
 		 265 aa  73.9  0.000000000003  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.295286  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1800  LmbE-like protein  25.9 
 
 		 286 aa  73.2  0.000000000005  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.14671 
 
 
-
 
NC_002936  DET0216  hypothetical protein  31.33 
 
 		 277 aa  71.6  0.00000000001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0201  LmbE family protein  34.19 
 
 		 277 aa  72  0.00000000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.910977  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3132  hypothetical protein  31.03 
 
 		 257 aa  70.9  0.00000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.226704  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1264  LmbE-like protein protein  27.73 
 
 		 322 aa  70.5  0.00000000004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.0430129 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0511  LmbE family protein  38.67 
 
 		 464 aa  69.3  0.00000000007  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.211712  decreased coverage  0.000000388452 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2542  LmbE-like protein  29.51 
 
 		 252 aa  69.3  0.00000000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.439463 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1164  LmbE family protein  31.51 
 
 		 245 aa  68.9  0.00000000009  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.147674  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1017  LmbE-like protein  38.52 
 
 		 316 aa  68.6  0.0000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3858  hypothetical protein  31.06 
 
 		 227 aa  68.9  0.0000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1078  LmbE family protein  39.01 
 
 		 258 aa  67.8  0.0000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0142184  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3602  hypothetical protein  30.43 
 
 		 226 aa  67.4  0.0000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3888  hypothetical protein  30.43 
 
 		 226 aa  67.4  0.0000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.764104  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2568  LmbE family protein  34.39 
 
 		 427 aa  67.4  0.0000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.219184  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3769  hypothetical protein  30.43 
 
 		 227 aa  67  0.0000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000222568 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3528  LmbE family protein  31.58 
 
 		 226 aa  67.4  0.0000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3183  hypothetical protein  33.58 
 
 		 220 aa  67  0.0000000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000002506  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0312  LmbE family protein  26.18 
 
 		 487 aa  67  0.0000000004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0402  LmbE family protein  31.1 
 
 		 217 aa  66.6  0.0000000005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4580  LmbE family protein  36.13 
 
 		 228 aa  65.9  0.0000000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0881  LmbE family protein  34.78 
 
 		 229 aa  65.9  0.0000000009  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.683362  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0814  LmbE family protein  28.64 
 
 		 316 aa  65.5  0.0000000009  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.629684 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3479  hypothetical protein  32.85 
 
 		 220 aa  65.1  0.000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3268  hypothetical protein  32.85 
 
 		 220 aa  65.5  0.000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000000289968  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3496  hypothetical protein  32.85 
 
 		 220 aa  65.1  0.000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.388946  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3241  hypothetical protein  32.85 
 
 		 220 aa  65.5  0.000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000243018  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1370  LmbE-like protein  30.6 
 
 		 204 aa  65.1  0.000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.525647  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3524  hypothetical protein  32.85 
 
 		 220 aa  65.5  0.000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000000123177  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2445  hypothetical protein  28.07 
 
 		 236 aa  65.1  0.000000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.122432  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3484  hypothetical protein  32.85 
 
 		 220 aa  65.5  0.000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1075  LmbE family protein  39.01 
 
 		 258 aa  64.7  0.000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0008  LmbE family protein  29.63 
 
 		 240 aa  64.7  0.000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00173009  normal  0.123538 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1782  hypothetical protein  32.85 
 
 		 220 aa  65.1  0.000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.612234  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3467  hypothetical protein  32.85 
 
 		 220 aa  64.3  0.000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.251038  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3179  LmbE family protein  32.85 
 
 		 220 aa  65.1  0.000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0036405  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0837  LmbE family protein  33.33 
 
 		 237 aa  64.7  0.000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_19030  uncharacterized LmbE-like protein  34.11 
 
 		 308 aa  63.5  0.000000004  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.248574  normal  0.129794 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4099  LmbE-like protein  24.89 
 
 		 246 aa  61.6  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.149754  normal  0.14336 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4435  LmbE family protein  33.33 
 
 		 244 aa  62  0.00000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2194  LmbE family protein  31.39 
 
 		 220 aa  61.2  0.00000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.646145  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_873  hypothetical protein  32.58 
 
 		 237 aa  61.2  0.00000002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.0000209898  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0020  LmbE family protein  32.96 
 
 		 255 aa  60.5  0.00000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.128438  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1010  LmbE family protein  28.9 
 
 		 469 aa  60.8  0.00000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2999  LmbE-like protein  27.98 
 
 		 257 aa  60.1  0.00000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0374  LmbE family protein  33.33 
 
 		 243 aa  60.5  0.00000004  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0889  LmbE family protein  31.82 
 
 		 237 aa  60.1  0.00000005  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000000133747  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1001  hypothetical protein  31.82 
 
 		 237 aa  59.3  0.00000008  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.000144261  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0213  hypothetical protein  30.43 
 
 		 221 aa  59.3  0.00000008  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0576  LmbE-like protein  26.92 
 
 		 261 aa  59.3  0.00000008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.627816  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_10890  uncharacterized LmbE-like protein  29.76 
 
 		 234 aa  59.3  0.00000008  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0375606  normal  0.400819 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1388  LmbE family protein  29.49 
 
 		 245 aa  58.9  0.0000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0664971  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0590  hypothetical protein  30.88 
 
 		 221 aa  58.5  0.0000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.522052  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0604  hypothetical protein  30.88 
 
 		 221 aa  58.5  0.0000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.211484  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1337  LmbE family protein  36.96 
 
 		 234 aa  58.2  0.0000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000443128 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5396  LmbE family protein  31.51 
 
 		 237 aa  57.8  0.0000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.910627  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1227  LmbE family protein  29.06 
 
 		 245 aa  58.2  0.0000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.986351 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0264  LmbE family protein  32.37 
 
 		 240 aa  57.4  0.0000003  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.0328102  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1118  hypothetical protein  37.68 
 
 		 225 aa  57  0.0000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2070  LmbE family protein  33.85 
 
 		 250 aa  57  0.0000004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.229324  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0272  LmbE family protein  26.71 
 
 		 244 aa  56.6  0.0000005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.733991  normal  0.923307 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0651  LmbE family protein  34.06 
 
 		 239 aa  56.6  0.0000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.481432 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2637  LmbE family protein  29.22 
 
 		 250 aa  56.6  0.0000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.338459  normal  0.600261 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1583  LmbE family protein  28.26 
 
 		 225 aa  56.6  0.0000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.383068  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0630  LmbE family protein  26.27 
 
 		 240 aa  56.2  0.0000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0368  LmbE-like protein protein  35.25 
 
 		 218 aa  55.8  0.0000008  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2086  LmbE-like protein  29.5 
 
 		 262 aa  55.5  0.000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.689615  normal  0.197926 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1668  LmbE family protein  33.33 
 
 		 423 aa  55.1  0.000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2653  LmbE family protein  29.75 
 
 		 251 aa  55.5  0.000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.327123  normal  0.817849 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1275  LmbE family protein  25.45 
 
 		 237 aa  55.1  0.000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.634359  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2463  LmbE family protein  33.33 
 
 		 259 aa  54.7  0.000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000204581 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1918  hypothetical protein  27.13 
 
 		 302 aa  54.7  0.000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.551545 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0453  LmbE-like protein  28.26 
 
 		 693 aa  54.7  0.000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3596  LmbE family protein  32.81 
 
 		 248 aa  54.7  0.000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2430  LmbE family protein  28.48 
 
 		 274 aa  53.9  0.000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0168  hypothetical protein  31.65 
 
 		 237 aa  53.9  0.000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1868  LmbE family protein  27.62 
 
 		 292 aa  54.3  0.000003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.584409 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7997  LmbE family protein  26.79 
 
 		 239 aa  53.9  0.000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1134  LmbE family protein  28.78 
 
 		 361 aa  53.5  0.000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0281137 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>