164 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_2542 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007492  Pfl01_2542  LmbE-like protein  100 
 
 		 252 aa  506  9.999999999999999e-143  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.439463 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2999  LmbE-like protein  61.48 
 
 		 257 aa  298  8e-80  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3132  hypothetical protein  60.08 
 
 		 257 aa  293  3e-78  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.226704  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2539  LmbE-like protein  55.16 
 
 		 253 aa  271  6e-72  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.448814 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2637  LmbE family protein  47.83 
 
 		 250 aa  212  4.9999999999999996e-54  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.338459  normal  0.600261 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3258  LmbE family protein  49.79 
 
 		 251 aa  207  2e-52  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2503  LmbE family protein  48.62 
 
 		 251 aa  206  4e-52  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1800  LmbE-like protein  41.46 
 
 		 286 aa  203  3e-51  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.14671 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5872  LmbE family protein  46.43 
 
 		 252 aa  198  7e-50  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.359965 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2653  LmbE family protein  47.83 
 
 		 251 aa  197  9e-50  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.327123  normal  0.817849 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4069  LmbE-like protein  42.04 
 
 		 260 aa  142  6e-33  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.64995  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0201  LmbE family protein  39.27 
 
 		 277 aa  134  1.9999999999999998e-30  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.910977  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0020  LmbE family protein  43.11 
 
 		 255 aa  133  3e-30  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.128438  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3271  LmbE family protein  37.5 
 
 		 462 aa  125  5e-28  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000861736  hitchhiker  0.0000637715 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0511  LmbE family protein  38.22 
 
 		 464 aa  124  2e-27  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.211712  decreased coverage  0.000000388452 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1388  LmbE family protein  36.77 
 
 		 245 aa  121  9.999999999999999e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0664971  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1164  LmbE family protein  37.22 
 
 		 245 aa  120  3e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.147674  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1227  LmbE family protein  36.32 
 
 		 245 aa  119  3.9999999999999996e-26  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.986351 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0797  LmbE family protein  37.23 
 
 		 244 aa  119  4.9999999999999996e-26  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.34049  normal  0.5646 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2568  LmbE family protein  37.26 
 
 		 427 aa  112  4.0000000000000004e-24  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.219184  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0576  LmbE-like protein  35.91 
 
 		 261 aa  105  5e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.627816  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_20100  uncharacterized LmbE-like protein  30.45 
 
 		 502 aa  101  1e-20  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.153307  normal  0.245779 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3660  LmbE family protein  36.77 
 
 		 245 aa  101  1e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.364651  normal  0.122228 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3594  LmbE family protein  35.27 
 
 		 246 aa  98.2  1e-19  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0336  LmbE family protein  33.33 
 
 		 471 aa  96.7  4e-19  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0556  LmbE family protein  31.82 
 
 		 464 aa  95.9  6e-19  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2921  LmbE family protein  31.56 
 
 		 264 aa  95.5  8e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4099  LmbE-like protein  31.98 
 
 		 246 aa  86.3  5e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.149754  normal  0.14336 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0905  hypothetical protein  33.84 
 
 		 236 aa  80.5  0.00000000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5977  LmbE family protein  33.19 
 
 		 447 aa  80.1  0.00000000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_01090  uncharacterized LmbE-like protein  33.93 
 
 		 708 aa  79.7  0.00000000000004  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2160  LmbE family protein  33.52 
 
 		 292 aa  79.3  0.00000000000006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0697  LmbE family protein  34.13 
 
 		 193 aa  78.2  0.0000000000001  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1304  LmbE family protein  28.11 
 
 		 207 aa  76.3  0.0000000000004  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.528408  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3114  LmbE family protein  29.33 
 
 		 260 aa  73.6  0.000000000003  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0137  LmbE family protein  27.51 
 
 		 265 aa  68.6  0.00000000009  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.295286  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4346  LmbE-like protein  33.94 
 
 		 302 aa  68.6  0.0000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0216  hypothetical protein  27.04 
 
 		 277 aa  67  0.0000000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_193  LmbE  26.18 
 
 		 265 aa  67  0.0000000003  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.599254  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3570  LmbE-like protein  24.77 
 
 		 265 aa  65.9  0.0000000006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.839683  decreased coverage  0.00474608 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1010  LmbE family protein  36.46 
 
 		 469 aa  63.9  0.000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0634  LmbE family protein  35.17 
 
 		 257 aa  61.2  0.00000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0198717  normal  0.0139118 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2029  glucosamine-6-phosphate deaminase-like protein  20.94 
 
 		 637 aa  61.6  0.00000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.458898  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1918  hypothetical protein  29.49 
 
 		 302 aa  60.5  0.00000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.551545 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2069  LmbE family protein  33.5 
 
 		 283 aa  60.1  0.00000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.512905  hitchhiker  0.00938181 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_10890  uncharacterized LmbE-like protein  29.19 
 
 		 234 aa  58.5  0.0000001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0375606  normal  0.400819 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_22640  response regulator with CheY-like receiver, AAA-type ATPase, and DNA-binding domains  33.82 
 
 		 358 aa  57.4  0.0000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.484771  normal  0.800771 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0833  LmbE family protein  26.9 
 
 		 213 aa  56.6  0.0000003  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0838  LmbE family protein  26.42 
 
 		 254 aa  57  0.0000003  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0446  LmbE family protein  31.3 
 
 		 221 aa  56.6  0.0000004  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0492  LmbE family protein  31.37 
 
 		 221 aa  55.8  0.0000006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1195  LmbE family protein  34.75 
 
 		 270 aa  55.8  0.0000007  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3730  LmbE family protein  29.85 
 
 		 209 aa  55.8  0.0000007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_19030  uncharacterized LmbE-like protein  31.37 
 
 		 308 aa  55.5  0.0000008  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.248574  normal  0.129794 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1041  hypothetical protein  27.42 
 
 		 212 aa  55.5  0.0000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.574529  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2412  LmbE family protein  26.46 
 
 		 277 aa  54.3  0.000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.146443 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0651  LmbE family protein  30.43 
 
 		 239 aa  54.3  0.000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.481432 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0426  putative GlcNAc-PI de-N-acetylase  29.12 
 
 		 223 aa  54.3  0.000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0386  putative GlcNAc-PI de-N-acetylase  29.12 
 
 		 223 aa  54.3  0.000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3264  LmbE family protein  29.12 
 
 		 223 aa  54.3  0.000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0392  putative GlcNAc-PI de-N-acetylase  29.12 
 
 		 223 aa  54.3  0.000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.138175  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0453  LmbE-like protein  33.96 
 
 		 693 aa  53.5  0.000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4793  response regulator receiver protein  28.05 
 
 		 350 aa  53.5  0.000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2062  LmbE family protein  26.05 
 
 		 288 aa  53.5  0.000003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1324  LmbE-like protein  23.57 
 
 		 223 aa  53.5  0.000003  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.0060113  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2445  hypothetical protein  28.03 
 
 		 236 aa  53.1  0.000004  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.122432  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1264  LmbE-like protein protein  27.31 
 
 		 322 aa  52.4  0.000006  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.0430129 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0922  LmbE family protein  29.71 
 
 		 231 aa  52  0.000009  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3554  LmbE family protein  33.01 
 
 		 337 aa  52  0.000009  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5532  LmbE family protein  30.16 
 
 		 280 aa  52  0.000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.674853  normal  0.207869 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3428  LmbE family protein  33.58 
 
 		 227 aa  52  0.000009  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0528866 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1963  LmbE family protein  27.75 
 
 		 245 aa  51.2  0.00001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0119223  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1995  LmbE family protein  31.01 
 
 		 276 aa  52  0.00001  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.0990731 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1208  LmbE family protein  29.69 
 
 		 238 aa  51.2  0.00002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.306871 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0374  LmbE family protein  28.26 
 
 		 243 aa  50.8  0.00002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1583  LmbE family protein  30.71 
 
 		 225 aa  51.2  0.00002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.383068  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0277  putative GlcNAc-PI de-N-acetylase  27.62 
 
 		 223 aa  51.2  0.00002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1275  LmbE family protein  30.83 
 
 		 237 aa  51.2  0.00002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.634359  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3789  LmbE family protein  29.86 
 
 		 283 aa  50.8  0.00002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.728369 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5396  LmbE family protein  27.75 
 
 		 237 aa  50.4  0.00003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.910627  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1776  hypothetical protein  30.66 
 
 		 243 aa  50.4  0.00003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.0204994 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12528  hypothetical protein  26.17 
 
 		 238 aa  50.1  0.00003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4580  LmbE family protein  32.35 
 
 		 228 aa  50.4  0.00003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1145  LmbE family protein  32.12 
 
 		 227 aa  50.4  0.00003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.95917  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0837  LmbE family protein  29.5 
 
 		 237 aa  50.1  0.00004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0416  LmbE family protein  25.93 
 
 		 210 aa  50.1  0.00004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.448356 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0368  LmbE-like protein protein  32.12 
 
 		 218 aa  49.3  0.00006  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0084  LmbE family protein  26.13 
 
 		 242 aa  49.3  0.00006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.809273 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0441  LmbE family protein  32.83 
 
 		 285 aa  48.9  0.00007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.152989  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1232  LmbE-like protein  25.55 
 
 		 223 aa  48.9  0.00007  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.00000113124  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2070  LmbE family protein  32.39 
 
 		 250 aa  48.1  0.0001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.229324  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1160  LmbE family protein  30.37 
 
 		 271 aa  48.1  0.0001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0634  LmbE family protein  30.25 
 
 		 260 aa  48.5  0.0001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1028  LmbE family protein  27.31 
 
 		 300 aa  47.4  0.0002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.912842  normal  0.457472 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2463  LmbE family protein  28.99 
 
 		 259 aa  47.8  0.0002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000204581 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5415  glucosamine-6-phosphate isomerase  20.49 
 
 		 657 aa  47.8  0.0002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.700694  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0272  LmbE family protein  31.13 
 
 		 244 aa  47.8  0.0002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.733991  normal  0.923307 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2813  LmbE family protein  31.58 
 
 		 225 aa  47.8  0.0002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.140975 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1416  LmbE family protein  29.08 
 
 		 276 aa  47.8  0.0002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3218  LmbE family protein  27.01 
 
 		 304 aa  47.8  0.0002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>