126 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_3730 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_3730  LmbE family protein  100 
 
 		 209 aa  435  1e-121  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0416  LmbE family protein  68.9 
 
 		 210 aa  319  1.9999999999999998e-86  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.448356 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0585  LmbE family protein  39.15 
 
 		 203 aa  129  4.0000000000000003e-29  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  hitchhiker  0.000208418  normal  0.164964 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0425  LmbE family protein  32.73 
 
 		 218 aa  103  2e-21  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0619658  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0634  LmbE family protein  35.05 
 
 		 257 aa  102  3e-21  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0198717  normal  0.0139118 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1918  hypothetical protein  31.02 
 
 		 302 aa  92.8  4e-18  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.551545 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0211  putative LmbE-like protein  30.4 
 
 		 227 aa  89  5e-17  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4697  LmbE family protein  31.25 
 
 		 233 aa  88.2  9e-17  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1269  response regulator receiver protein  33.92 
 
 		 359 aa  88.2  9e-17  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.324523 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0661  putative LmbE-like protein  29.07 
 
 		 222 aa  86.3  3e-16  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0532448  normal  0.938153 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4793  response regulator receiver protein  31.95 
 
 		 350 aa  85.9  4e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_22640  response regulator with CheY-like receiver, AAA-type ATPase, and DNA-binding domains  31.19 
 
 		 358 aa  85.5  5e-16  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.484771  normal  0.800771 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3646  LmbE family protein  31.56 
 
 		 221 aa  83.2  0.000000000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.746983  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0492  LmbE family protein  30.63 
 
 		 221 aa  83.2  0.000000000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1118  hypothetical protein  28.38 
 
 		 225 aa  81.6  0.000000000000007  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_19030  uncharacterized LmbE-like protein  29.91 
 
 		 308 aa  77.4  0.0000000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.248574  normal  0.129794 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0426  putative GlcNAc-PI de-N-acetylase  31.67 
 
 		 223 aa  77  0.0000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0386  putative GlcNAc-PI de-N-acetylase  31.67 
 
 		 223 aa  76.6  0.0000000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3264  LmbE family protein  31.67 
 
 		 223 aa  76.6  0.0000000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0392  putative GlcNAc-PI de-N-acetylase  31.67 
 
 		 223 aa  76.6  0.0000000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.138175  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0922  LmbE family protein  29.28 
 
 		 231 aa  75.9  0.0000000000005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1698  LmbE family protein  26.34 
 
 		 237 aa  75.5  0.0000000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.958754  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0277  putative GlcNAc-PI de-N-acetylase  31.67 
 
 		 223 aa  75.1  0.0000000000007  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0338  response regulator receiver protein  33.92 
 
 		 358 aa  73.2  0.000000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.35024  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0835  LmbE family protein  25.71 
 
 		 209 aa  72.8  0.000000000004  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.335446  normal  0.172446 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4580  LmbE family protein  27.65 
 
 		 228 aa  72  0.000000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2223  LmbE-like protein  30.09 
 
 		 227 aa  72  0.000000000006  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2850  LmbE family protein  28.63 
 
 		 225 aa  72  0.000000000006  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000195512 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1249  LmbE-like protein  29.09 
 
 		 223 aa  71.2  0.00000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.975053  normal  1 
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5673  LmbE family protein  28.19 
 
 		 225 aa  69.3  0.00000000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.467342  normal  0.0103265 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02910  putative LmbE-like protein  28.25 
 
 		 225 aa  68.2  0.00000000008  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00798316  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4717  LmbE family protein  26.58 
 
 		 238 aa  67  0.0000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1324  LmbE-like protein  27.56 
 
 		 223 aa  65.9  0.0000000004  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.0060113  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1444  hypothetical protein  26.01 
 
 		 234 aa  65.5  0.0000000006  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.140604  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1416  hypothetical protein  26.01 
 
 		 234 aa  65.5  0.0000000006  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.812012  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1557  hypothetical protein  26.01 
 
 		 234 aa  65.5  0.0000000006  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1583  LmbE family protein  26.79 
 
 		 225 aa  65.5  0.0000000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.383068  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1701  hypothetical protein  26.01 
 
 		 234 aa  65.5  0.0000000006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00454663  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1628  hypothetical protein  26.01 
 
 		 234 aa  65.5  0.0000000006  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.148873 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1663  hypothetical protein  26.01 
 
 		 234 aa  65.1  0.0000000007  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1417  hypothetical protein  26.01 
 
 		 234 aa  64.3  0.000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.490751  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0239  LmbE family protein  26.07 
 
 		 207 aa  64.3  0.000000001  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.817384  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12528  hypothetical protein  27.27 
 
 		 238 aa  64.3  0.000000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1195  LmbE family protein  24.32 
 
 		 270 aa  64.3  0.000000001  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1460  LmbE family protein  26.48 
 
 		 234 aa  63.9  0.000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0532009  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0232  LmbE family protein  25.97 
 
 		 238 aa  64.3  0.000000001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.894745  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1457  LmbE family protein  27.35 
 
 		 223 aa  62.4  0.000000004  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2964  LmbE family protein  29.89 
 
 		 250 aa  62  0.000000006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2820  LmbE family protein  27.68 
 
 		 230 aa  62  0.000000006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1590  hypothetical protein  25.56 
 
 		 234 aa  60.8  0.00000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3083  LmbE family protein  26.72 
 
 		 243 aa  60.1  0.00000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.110434  normal  0.0323718 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3755  hypothetical protein  25.11 
 
 		 234 aa  59.3  0.00000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2324  LmbE family protein  27.51 
 
 		 242 aa  58.5  0.00000006  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1258  LmbE family protein  25.33 
 
 		 234 aa  57.8  0.0000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.274401  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1530  LmbE family protein  23.04 
 
 		 245 aa  57.8  0.0000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.276807  normal  0.0194959 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0651  LmbE family protein  25.97 
 
 		 239 aa  58.2  0.0000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.481432 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0661  LmbE family protein  23.35 
 
 		 239 aa  56.6  0.0000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.152774 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1145  LmbE family protein  27.78 
 
 		 227 aa  57  0.0000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.95917  normal  1 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1232  LmbE-like protein  25.91 
 
 		 223 aa  57.4  0.0000002  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.00000113124  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1395  LmbE family protein  30.77 
 
 		 239 aa  57  0.0000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.067563  normal  0.604637 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2122  LmbE family protein  25 
 
 		 236 aa  57  0.0000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.674571  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0084  LmbE family protein  26.58 
 
 		 242 aa  57  0.0000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.809273 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2173  LmbE family protein  25.22 
 
 		 227 aa  56.6  0.0000003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0497  LmbE family protein  28.4 
 
 		 236 aa  56.2  0.0000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2542  LmbE-like protein  29.85 
 
 		 252 aa  55.8  0.0000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.439463 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0824  LmbE family protein  23.89 
 
 		 250 aa  55.5  0.0000005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000104846  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2445  hypothetical protein  23.66 
 
 		 236 aa  54.3  0.000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.122432  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2248  hypothetical protein  24.35 
 
 		 225 aa  54.3  0.000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00736622 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0942  LmbE family protein  21.3 
 
 		 270 aa  54.7  0.000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0881  LmbE family protein  25.57 
 
 		 229 aa  54.7  0.000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.683362  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1160  LmbE family protein  25 
 
 		 271 aa  53.9  0.000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2761  LmbE family protein  25.77 
 
 		 228 aa  53.5  0.000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.772282  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3428  LmbE family protein  27.31 
 
 		 227 aa  53.9  0.000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0528866 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1337  LmbE family protein  24.58 
 
 		 234 aa  53.5  0.000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000443128 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3403  LmbE family protein  27.43 
 
 		 245 aa  53.1  0.000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.987117  normal  0.336236 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1745  LmbE family protein  29.94 
 
 		 221 aa  53.1  0.000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.785028  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0783  LmbE family protein  27.06 
 
 		 217 aa  52.8  0.000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.227533 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1774  LmbE family protein  24.79 
 
 		 249 aa  52.8  0.000004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1208  LmbE family protein  24.79 
 
 		 238 aa  52.8  0.000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.306871 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0402  LmbE family protein  23.53 
 
 		 217 aa  52  0.000006  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2813  LmbE family protein  27.31 
 
 		 225 aa  51.6  0.000009  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.140975 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0440  hypothetical protein  30.77 
 
 		 218 aa  50.8  0.00001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.584207  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0576  LmbE-like protein  28.11 
 
 		 261 aa  50.8  0.00001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.627816  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2570  LmbE family protein  23.89 
 
 		 236 aa  51.2  0.00001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3392  LmbE family protein  26.83 
 
 		 218 aa  50.8  0.00001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1304  LmbE family protein  29.37 
 
 		 207 aa  50.1  0.00002  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.528408  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2396  LmbE family protein  24.78 
 
 		 261 aa  49.7  0.00003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.629965  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1596  hypothetical protein  21.74 
 
 		 247 aa  50.1  0.00003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0383  hypothetical protein  29.91 
 
 		 218 aa  49.7  0.00004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.361496  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1285  LmbE family protein  25.67 
 
 		 217 aa  48.1  0.00008  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2252  hypothetical protein  26.19 
 
 		 209 aa  48.1  0.00009  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.960737  hitchhiker  0.007979 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0446  LmbE family protein  27.13 
 
 		 221 aa  47.4  0.0001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1295  LmbE family protein  25.75 
 
 		 241 aa  47.4  0.0001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.566146 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2558  glycosyl transferase, group 2 family protein  26 
 
 		 492 aa  47  0.0002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4099  LmbE-like protein  25.95 
 
 		 246 aa  47  0.0002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.149754  normal  0.14336 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2194  LmbE family protein  23.66 
 
 		 220 aa  46.6  0.0002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.646145  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1525  LmbE family protein  25.65 
 
 		 244 aa  47  0.0002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.75357  normal  0.0331193 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1823  LmbE family protein  29.29 
 
 		 258 aa  47  0.0002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.318027  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1041  hypothetical protein  26.61 
 
 		 212 aa  46.6  0.0003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.574529  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1235  hypothetical protein  24.18 
 
 		 239 aa  46.6  0.0003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000120217 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>