71 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_2248 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008700  Sama_2248  hypothetical protein  100 
 
 		 225 aa  468  1.0000000000000001e-131  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00736622 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2223  LmbE-like protein  37.12 
 
 		 227 aa  147  1.0000000000000001e-34  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1324  LmbE-like protein  36.65 
 
 		 223 aa  145  7.0000000000000006e-34  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.0060113  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0211  putative LmbE-like protein  36.77 
 
 		 227 aa  138  7e-32  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5673  LmbE family protein  38.57 
 
 		 225 aa  138  7.999999999999999e-32  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.467342  normal  0.0103265 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0492  LmbE family protein  40.55 
 
 		 221 aa  136  2e-31  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2850  LmbE family protein  37.67 
 
 		 225 aa  134  8e-31  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000195512 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0425  LmbE family protein  33.63 
 
 		 218 aa  130  2.0000000000000002e-29  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0619658  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3646  LmbE family protein  37.33 
 
 		 221 aa  126  2.0000000000000002e-28  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.746983  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1118  hypothetical protein  33.63 
 
 		 225 aa  125  4.0000000000000003e-28  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02910  putative LmbE-like protein  33.79 
 
 		 225 aa  122  6e-27  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00798316  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1457  LmbE family protein  34.25 
 
 		 223 aa  121  8e-27  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2820  LmbE family protein  35.71 
 
 		 230 aa  118  7.999999999999999e-26  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0661  putative LmbE-like protein  33.78 
 
 		 222 aa  112  4.0000000000000004e-24  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0532448  normal  0.938153 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2173  LmbE family protein  31.36 
 
 		 227 aa  110  1.0000000000000001e-23  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1583  LmbE family protein  33.03 
 
 		 225 aa  110  1.0000000000000001e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.383068  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1249  LmbE-like protein  34.09 
 
 		 223 aa  108  7.000000000000001e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.975053  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0611  LmbE family protein  33.76 
 
 		 569 aa  108  8.000000000000001e-23  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4580  LmbE family protein  31.51 
 
 		 228 aa  98.2  9e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1232  LmbE-like protein  30.14 
 
 		 223 aa  87  2e-16  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.00000113124  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0168  hypothetical protein  30 
 
 		 237 aa  81.3  0.00000000000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_19030  uncharacterized LmbE-like protein  27.85 
 
 		 308 aa  79  0.00000000000006  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.248574  normal  0.129794 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0585  LmbE family protein  29.77 
 
 		 203 aa  74.7  0.0000000000009  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  hitchhiker  0.000208418  normal  0.164964 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1918  hypothetical protein  24.22 
 
 		 302 aa  72.8  0.000000000004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.551545 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5396  LmbE family protein  27.54 
 
 		 237 aa  67  0.0000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.910627  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4697  LmbE family protein  28.83 
 
 		 233 aa  65.1  0.0000000009  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1295  LmbE family protein  26.75 
 
 		 241 aa  62.4  0.000000006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.566146 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1269  response regulator receiver protein  27.56 
 
 		 359 aa  61.6  0.000000008  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.324523 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0837  LmbE family protein  27.54 
 
 		 237 aa  56.2  0.0000004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2445  hypothetical protein  27.78 
 
 		 236 aa  55.5  0.0000007  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.122432  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0954  LmbE family protein  28.42 
 
 		 231 aa  53.5  0.000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.52879  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0634  LmbE family protein  26.34 
 
 		 257 aa  53.5  0.000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0198717  normal  0.0139118 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3730  LmbE family protein  24.35 
 
 		 209 aa  54.3  0.000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1160  LmbE family protein  27.27 
 
 		 271 aa  52.8  0.000005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2122  LmbE family protein  26.22 
 
 		 236 aa  52.4  0.000005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.674571  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0416  LmbE family protein  23.71 
 
 		 210 aa  52.4  0.000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.448356 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0426  putative GlcNAc-PI de-N-acetylase  26.46 
 
 		 223 aa  51.2  0.00001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0338  response regulator receiver protein  30.93 
 
 		 358 aa  51.2  0.00001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.35024  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0386  putative GlcNAc-PI de-N-acetylase  26.46 
 
 		 223 aa  50.4  0.00002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0922  LmbE family protein  26.72 
 
 		 231 aa  50.4  0.00002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0392  putative GlcNAc-PI de-N-acetylase  26.46 
 
 		 223 aa  50.4  0.00002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.138175  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3264  LmbE family protein  26.46 
 
 		 223 aa  50.4  0.00002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2570  LmbE family protein  23.77 
 
 		 236 aa  49.7  0.00003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0277  putative GlcNAc-PI de-N-acetylase  26.01 
 
 		 223 aa  50.1  0.00003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_22640  response regulator with CheY-like receiver, AAA-type ATPase, and DNA-binding domains  25.11 
 
 		 358 aa  49.7  0.00004  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.484771  normal  0.800771 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4793  response regulator receiver protein  25.97 
 
 		 350 aa  49.3  0.00005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_873  hypothetical protein  27.74 
 
 		 237 aa  48.5  0.00008  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.0000209898  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2964  LmbE family protein  27.03 
 
 		 250 aa  48.5  0.00009  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0651  LmbE family protein  26.23 
 
 		 239 aa  48.1  0.0001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.481432 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_38410  uncharacterized LmbE-like protein  26.05 
 
 		 246 aa  47.8  0.0002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0889  LmbE family protein  27.01 
 
 		 237 aa  47.4  0.0002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000000133747  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1823  LmbE family protein  24.71 
 
 		 258 aa  46.6  0.0003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.318027  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1001  hypothetical protein  26.72 
 
 		 237 aa  46.2  0.0004  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.000144261  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0137  LmbE family protein  26.46 
 
 		 265 aa  46.2  0.0004  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.295286  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1596  hypothetical protein  26.67 
 
 		 247 aa  45.4  0.0007  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0368  LmbE-like protein protein  27.91 
 
 		 218 aa  45.4  0.0007  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1056  LmbE family protein  26.47 
 
 		 239 aa  45.1  0.0008  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0201  hypothetical protein  29.35 
 
 		 239 aa  45.1  0.0009  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.114045  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2252  hypothetical protein  26.99 
 
 		 209 aa  44.3  0.001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.960737  hitchhiker  0.007979 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0446  LmbE family protein  27.41 
 
 		 221 aa  43.9  0.002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3950  LmbE family protein  25.11 
 
 		 240 aa  43.1  0.003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0835  LmbE family protein  22.03 
 
 		 209 aa  42.7  0.004  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.335446  normal  0.172446 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0272  LmbE family protein  27.54 
 
 		 244 aa  43.1  0.004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.733991  normal  0.923307 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2740  LmbE family protein  25.52 
 
 		 258 aa  42.7  0.005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.384192  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2948  LmbE family protein  27.08 
 
 		 299 aa  42.4  0.006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.48208  hitchhiker  0.00495516 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0942  LmbE family protein  23.08 
 
 		 270 aa  42.4  0.006  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3403  LmbE family protein  23.91 
 
 		 245 aa  42  0.007  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.987117  normal  0.336236 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7997  LmbE family protein  26.83 
 
 		 239 aa  42  0.007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1416  LmbE family protein  25.36 
 
 		 276 aa  41.6  0.009  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3428  LmbE family protein  27.2 
 
 		 227 aa  41.6  0.01  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0528866 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1698  LmbE family protein  24.07 
 
 		 237 aa  41.6  0.01  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.958754  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>