191 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cthe_2223 on replicon NC_009012
Organism: Clostridium thermocellum ATCC 27405



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009012  Cthe_2223  LmbE-like protein  100 
 
 
227 aa  471  1e-132  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1118  hypothetical protein  45.33 
 
 
225 aa  218  3.9999999999999997e-56  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2850  LmbE family protein  45.95 
 
 
225 aa  212  3.9999999999999995e-54  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000195512 
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5673  LmbE family protein  45.95 
 
 
225 aa  211  1e-53  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.467342  normal  0.0103265 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0211  putative LmbE-like protein  49.56 
 
 
227 aa  208  5e-53  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0661  putative LmbE-like protein  47.77 
 
 
222 aa  202  4e-51  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0532448  normal  0.938153 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1324  LmbE-like protein  48.23 
 
 
223 aa  200  9.999999999999999e-51  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.0060113  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0611  LmbE family protein  42.92 
 
 
569 aa  194  1e-48  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1249  LmbE-like protein  43.44 
 
 
223 aa  180  2e-44  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.975053  normal 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0425  LmbE family protein  39.91 
 
 
218 aa  178  4.999999999999999e-44  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0619658  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2173  LmbE family protein  40.99 
 
 
227 aa  176  2e-43  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3646  LmbE family protein  38.6 
 
 
221 aa  173  1.9999999999999998e-42  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.746983  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0492  LmbE family protein  37.17 
 
 
221 aa  172  2.9999999999999996e-42  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4580  LmbE family protein  37.05 
 
 
228 aa  152  4e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1457  LmbE family protein  36.04 
 
 
223 aa  152  4e-36  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02910  putative LmbE-like protein  37.05 
 
 
225 aa  150  2e-35  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00798316  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2248  hypothetical protein  37.12 
 
 
225 aa  147  1.0000000000000001e-34  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00736622 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1583  LmbE family protein  34.07 
 
 
225 aa  129  5.0000000000000004e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.383068  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2820  LmbE family protein  33.48 
 
 
230 aa  124  8.000000000000001e-28  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1232  LmbE-like protein  32.88 
 
 
223 aa  118  9e-26  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.00000113124  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1918  hypothetical protein  32.88 
 
 
302 aa  105  8e-22  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.551545 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_22640  response regulator with CheY-like receiver, AAA-type ATPase, and DNA-binding domains  31.53 
 
 
358 aa  103  2e-21  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.484771  normal  0.800771 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1269  response regulator receiver protein  31.53 
 
 
359 aa  100  2e-20  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.324523 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0634  LmbE family protein  28.57 
 
 
257 aa  95.9  4e-19  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0198717  normal  0.0139118 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4793  response regulator receiver protein  29.52 
 
 
350 aa  91.3  1e-17  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0168  hypothetical protein  27.9 
 
 
237 aa  90.5  2e-17  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0338  response regulator receiver protein  30.63 
 
 
358 aa  84.7  0.000000000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.35024  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_19030  uncharacterized LmbE-like protein  26.46 
 
 
308 aa  84.3  0.000000000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.248574  normal  0.129794 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0585  LmbE family protein  28.76 
 
 
203 aa  81.6  0.00000000000001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  hitchhiker  0.000208418  normal  0.164964 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0416  LmbE family protein  29.6 
 
 
210 aa  81.3  0.00000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.448356 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5396  LmbE family protein  27.9 
 
 
237 aa  78.6  0.00000000000008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.910627  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2445  hypothetical protein  27.64 
 
 
236 aa  77  0.0000000000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.122432  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0922  LmbE family protein  28.02 
 
 
231 aa  73.2  0.000000000004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3730  LmbE family protein  30.09 
 
 
209 aa  72  0.000000000007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1056  LmbE family protein  31.43 
 
 
239 aa  70.5  0.00000000002  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7997  LmbE family protein  25.41 
 
 
239 aa  67.4  0.0000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1444  hypothetical protein  27.63 
 
 
234 aa  66.6  0.0000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.140604  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1416  hypothetical protein  27.63 
 
 
234 aa  66.6  0.0000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.812012  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1557  hypothetical protein  27.63 
 
 
234 aa  66.6  0.0000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1590  hypothetical protein  27.63 
 
 
234 aa  66.6  0.0000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1628  hypothetical protein  27.63 
 
 
234 aa  66.6  0.0000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.148873 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1701  hypothetical protein  27.63 
 
 
234 aa  66.6  0.0000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00454663  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1663  hypothetical protein  27.63 
 
 
234 aa  66.2  0.0000000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1285  LmbE family protein  27.6 
 
 
217 aa  66.2  0.0000000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4697  LmbE family protein  26.07 
 
 
233 aa  65.9  0.0000000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1460  LmbE family protein  28.07 
 
 
234 aa  65.5  0.0000000006  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0532009  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3755  hypothetical protein  27.19 
 
 
234 aa  65.1  0.0000000008  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1208  LmbE family protein  25.43 
 
 
238 aa  64.3  0.000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.306871 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1417  hypothetical protein  27.19 
 
 
234 aa  64.7  0.000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.490751  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1258  LmbE family protein  26.43 
 
 
234 aa  64.7  0.000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.274401  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0497  LmbE family protein  26.41 
 
 
236 aa  65.1  0.000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2252  hypothetical protein  28.09 
 
 
209 aa  62.4  0.000000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.960737  hitchhiker  0.007979 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0402  LmbE family protein  27.08 
 
 
217 aa  62  0.000000007  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_873  hypothetical protein  28.5 
 
 
237 aa  61.2  0.00000001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.0000209898  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1525  LmbE family protein  25.85 
 
 
244 aa  61.2  0.00000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.75357  normal  0.0331193 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0426  putative GlcNAc-PI de-N-acetylase  27.47 
 
 
223 aa  61.2  0.00000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0838  LmbE family protein  24.46 
 
 
254 aa  61.2  0.00000001  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2305  LmbE-like protein protein  23.77 
 
 
248 aa  60.8  0.00000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0386  putative GlcNAc-PI de-N-acetylase  27.47 
 
 
223 aa  60.5  0.00000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3264  LmbE family protein  27.47 
 
 
223 aa  60.5  0.00000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0392  putative GlcNAc-PI de-N-acetylase  27.47 
 
 
223 aa  60.5  0.00000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.138175  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4336  LmbE family protein  26.92 
 
 
242 aa  60.5  0.00000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.801422  normal  0.16615 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0837  LmbE family protein  24.38 
 
 
237 aa  60.5  0.00000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0889  LmbE family protein  28.5 
 
 
237 aa  60.1  0.00000003  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000000133747  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1337  LmbE family protein  23.17 
 
 
234 aa  59.7  0.00000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000443128 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0661  LmbE family protein  24.24 
 
 
239 aa  60.1  0.00000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.152774 
 
 
-
 
NC_002936  DET1001  hypothetical protein  28 
 
 
237 aa  59.7  0.00000004  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.000144261  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2122  LmbE family protein  24.15 
 
 
236 aa  59.7  0.00000004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.674571  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1145  LmbE family protein  36.36 
 
 
227 aa  59.7  0.00000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.95917  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1362  LmbE family protein  29.19 
 
 
245 aa  58.9  0.00000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.96633  normal  0.0409957 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1195  LmbE family protein  23.87 
 
 
270 aa  58.9  0.00000007  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3428  LmbE family protein  35.61 
 
 
227 aa  58.5  0.00000008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0528866 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0264  LmbE family protein  24.5 
 
 
240 aa  58.2  0.0000001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.0328102  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2672  LmbE family protein  26.55 
 
 
246 aa  58.2  0.0000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1235  hypothetical protein  24.07 
 
 
239 aa  57.8  0.0000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000120217 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0881  LmbE family protein  28.12 
 
 
229 aa  58.2  0.0000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.683362  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2880  LmbE-like protein  31.86 
 
 
245 aa  57  0.0000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0368  LmbE-like protein protein  24.14 
 
 
218 aa  57  0.0000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0651  LmbE family protein  22.22 
 
 
239 aa  57  0.0000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.481432 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3403  LmbE family protein  26.51 
 
 
245 aa  57.4  0.0000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.987117  normal  0.336236 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0277  putative GlcNAc-PI de-N-acetylase  25.97 
 
 
223 aa  57.4  0.0000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2092  LmbE family protein  31.1 
 
 
247 aa  57  0.0000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3114  LmbE family protein  26.5 
 
 
260 aa  56.2  0.0000004  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4022  LmbE family protein  28.44 
 
 
238 aa  56.2  0.0000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.0251604 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1745  LmbE family protein  26.84 
 
 
221 aa  55.5  0.0000006  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.785028  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5977  LmbE family protein  25.38 
 
 
447 aa  55.1  0.0000008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1370  LmbE-like protein  26 
 
 
204 aa  55.1  0.0000009  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.525647  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1612  LmbE family protein  25.61 
 
 
238 aa  55.1  0.0000009  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0232  LmbE family protein  24.39 
 
 
238 aa  54.7  0.000001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.894745  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0094  GlcNAc-PI de-N-acetylase family  29.19 
 
 
245 aa  54.7  0.000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0093  hypothetical protein  29.19 
 
 
245 aa  54.7  0.000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4120  LmbE family protein  29.19 
 
 
245 aa  54.7  0.000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2463  LmbE family protein  23.24 
 
 
259 aa  54.7  0.000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000204581 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3570  LmbE-like protein  24.5 
 
 
265 aa  53.5  0.000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.839683  decreased coverage  0.00474608 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2740  LmbE family protein  22.27 
 
 
258 aa  53.9  0.000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.384192  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1995  LmbE family protein  23.9 
 
 
276 aa  54.3  0.000002  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.0990731 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0374  LmbE family protein  24.57 
 
 
243 aa  53.1  0.000003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1041  hypothetical protein  25.54 
 
 
212 aa  53.5  0.000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.574529  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2678  LmbE family protein  27.75 
 
 
237 aa  53.1  0.000004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.545275  normal  0.0774255 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4717  LmbE family protein  24.89 
 
 
238 aa  52.8  0.000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>