228 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_1698 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_1698  LmbE family protein  100 
 
 		 237 aa  490  9.999999999999999e-139  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.958754  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0048  LmbE family protein  37.5 
 
 		 249 aa  126  3e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1160  LmbE family protein  31.08 
 
 		 271 aa  109  4.0000000000000004e-23  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1995  LmbE family protein  33.33 
 
 		 276 aa  100  2e-20  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.0990731 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0634  LmbE family protein  36.81 
 
 		 257 aa  99  5e-20  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0198717  normal  0.0139118 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0585  LmbE family protein  32.14 
 
 		 203 aa  98.6  8e-20  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  hitchhiker  0.000208418  normal  0.164964 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4697  LmbE family protein  32.73 
 
 		 233 aa  95.5  7e-19  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1195  LmbE family protein  32.47 
 
 		 270 aa  93.6  2e-18  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0922  LmbE family protein  33.33 
 
 		 231 aa  93.2  3e-18  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1525  LmbE family protein  33.33 
 
 		 244 aa  92.4  6e-18  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.75357  normal  0.0331193 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3403  LmbE family protein  33.05 
 
 		 245 aa  89.7  3e-17  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.987117  normal  0.336236 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12528  hypothetical protein  30.52 
 
 		 238 aa  90.1  3e-17  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1608  LmbE family protein  32.61 
 
 		 277 aa  87.8  1e-16  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3436  LmbE family protein  30.71 
 
 		 277 aa  87.8  1e-16  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.550746  normal  0.108927 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0661  LmbE family protein  30.08 
 
 		 239 aa  87.4  2e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.152774 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3083  LmbE family protein  27.84 
 
 		 243 aa  85.9  6e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.110434  normal  0.0323718 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0651  LmbE family protein  31.09 
 
 		 239 aa  83.2  0.000000000000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.481432 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0837  LmbE family protein  30.89 
 
 		 237 aa  82.4  0.000000000000006  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2964  LmbE family protein  30.91 
 
 		 250 aa  82  0.000000000000007  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1337  LmbE family protein  31.78 
 
 		 234 aa  81.6  0.000000000000009  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000443128 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1152  LmbE family protein  28.26 
 
 		 298 aa  80.9  0.00000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.370679  normal  0.107811 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1235  hypothetical protein  28.69 
 
 		 239 aa  80.5  0.00000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000120217 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1269  response regulator receiver protein  32.04 
 
 		 359 aa  80.5  0.00000000000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.324523 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3428  LmbE family protein  30.74 
 
 		 227 aa  80.5  0.00000000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0528866 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0264  LmbE family protein  31.31 
 
 		 240 aa  79  0.00000000000006  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.0328102  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2122  LmbE family protein  31.58 
 
 		 236 aa  78.6  0.00000000000007  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.674571  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0232  LmbE family protein  26.78 
 
 		 238 aa  77.8  0.0000000000001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.894745  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0374  LmbE family protein  30.67 
 
 		 243 aa  77.8  0.0000000000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1918  hypothetical protein  27.75 
 
 		 302 aa  75.5  0.0000000000006  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.551545 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3730  LmbE family protein  26.34 
 
 		 209 aa  75.5  0.0000000000006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_873  hypothetical protein  31.77 
 
 		 237 aa  75.5  0.0000000000006  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.0000209898  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1001  hypothetical protein  31.77 
 
 		 237 aa  75.5  0.0000000000007  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.000144261  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2445  hypothetical protein  26.38 
 
 		 236 aa  75.5  0.0000000000007  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.122432  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1217  LmbE family protein  32.98 
 
 		 298 aa  75.5  0.0000000000007  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0824  LmbE family protein  28.8 
 
 		 250 aa  75.5  0.0000000000007  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000104846  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1145  LmbE family protein  29.44 
 
 		 227 aa  75.1  0.0000000000008  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.95917  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0211  putative LmbE-like protein  30.47 
 
 		 227 aa  75.1  0.000000000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0416  LmbE family protein  25.78 
 
 		 210 aa  74.7  0.000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.448356 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4717  LmbE family protein  24.9 
 
 		 238 aa  74.7  0.000000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0889  LmbE family protein  30.73 
 
 		 237 aa  74.7  0.000000000001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000000133747  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0942  LmbE family protein  26.09 
 
 		 270 aa  74.7  0.000000000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2249  LmbE family protein  30.05 
 
 		 272 aa  73.9  0.000000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.909086  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1460  LmbE family protein  26.69 
 
 		 234 aa  74.3  0.000000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0532009  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0902  LmbE family protein  27.16 
 
 		 245 aa  72.8  0.000000000004  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3918  LmbE family protein  31.9 
 
 		 242 aa  72.8  0.000000000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_22640  response regulator with CheY-like receiver, AAA-type ATPase, and DNA-binding domains  31.67 
 
 		 358 aa  72  0.000000000008  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.484771  normal  0.800771 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1417  hypothetical protein  25.5 
 
 		 234 aa  71.6  0.00000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.490751  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2740  LmbE family protein  29.13 
 
 		 258 aa  71.2  0.00000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.384192  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3646  LmbE family protein  31.76 
 
 		 221 aa  71.2  0.00000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.746983  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1663  hypothetical protein  25.51 
 
 		 234 aa  70.9  0.00000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3755  hypothetical protein  26.69 
 
 		 234 aa  70.9  0.00000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1444  hypothetical protein  25.5 
 
 		 234 aa  70.5  0.00000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.140604  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1416  hypothetical protein  25.5 
 
 		 234 aa  70.5  0.00000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.812012  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1557  hypothetical protein  25.5 
 
 		 234 aa  70.5  0.00000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1701  hypothetical protein  25.5 
 
 		 234 aa  70.5  0.00000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00454663  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1628  hypothetical protein  25.5 
 
 		 234 aa  70.5  0.00000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.148873 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2570  LmbE family protein  26.29 
 
 		 236 aa  70.9  0.00000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0446  LmbE family protein  30.27 
 
 		 221 aa  70.5  0.00000000002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0661  putative LmbE-like protein  27.75 
 
 		 222 aa  70.1  0.00000000003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0532448  normal  0.938153 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1590  hypothetical protein  26.29 
 
 		 234 aa  69.7  0.00000000004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1774  LmbE family protein  27.47 
 
 		 249 aa  69.3  0.00000000005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0084  LmbE family protein  28.33 
 
 		 242 aa  68.9  0.00000000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.809273 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4793  response regulator receiver protein  28.02 
 
 		 350 aa  67.8  0.0000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1776  hypothetical protein  27.27 
 
 		 243 aa  68.2  0.0000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.0204994 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1324  LmbE-like protein  24.12 
 
 		 223 aa  67.8  0.0000000001  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.0060113  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_19030  uncharacterized LmbE-like protein  28.25 
 
 		 308 aa  67.8  0.0000000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.248574  normal  0.129794 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7997  LmbE family protein  30.1 
 
 		 239 aa  68.2  0.0000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2092  LmbE family protein  27.04 
 
 		 247 aa  67.4  0.0000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0672  LmbE family protein  27.81 
 
 		 266 aa  67  0.0000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_38410  uncharacterized LmbE-like protein  27.66 
 
 		 246 aa  66.6  0.0000000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2820  LmbE family protein  28.51 
 
 		 230 aa  66.6  0.0000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2080  LmbE family protein  29.25 
 
 		 281 aa  66.2  0.0000000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0263313  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0094  GlcNAc-PI de-N-acetylase family  26.56 
 
 		 245 aa  66.2  0.0000000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0492  LmbE family protein  29.2 
 
 		 221 aa  66.6  0.0000000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0093  hypothetical protein  26.56 
 
 		 245 aa  66.2  0.0000000004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4120  LmbE family protein  26.56 
 
 		 245 aa  66.2  0.0000000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1596  hypothetical protein  32.68 
 
 		 247 aa  66.2  0.0000000005  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2324  LmbE family protein  27.66 
 
 		 242 aa  65.9  0.0000000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1056  LmbE family protein  26.42 
 
 		 239 aa  65.9  0.0000000005  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10120  uncharacterized LmbE-like protein  29.03 
 
 		 245 aa  65.9  0.0000000005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.427532  normal  0.625188 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1612  LmbE family protein  26.8 
 
 		 238 aa  65.1  0.0000000008  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02910  putative LmbE-like protein  30.38 
 
 		 225 aa  64.7  0.000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00798316  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1258  LmbE family protein  25.9 
 
 		 234 aa  64.7  0.000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.274401  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0697  LmbE family protein  32.76 
 
 		 193 aa  63.9  0.000000002  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1362  LmbE family protein  25.52 
 
 		 245 aa  64.3  0.000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.96633  normal  0.0409957 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2761  LmbE family protein  31.48 
 
 		 228 aa  63.9  0.000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.772282  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0589  LmbE family protein  36.13 
 
 		 265 aa  63.5  0.000000003  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.154611  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0425  LmbE family protein  25.71 
 
 		 218 aa  62.8  0.000000005  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0619658  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1419  hypothetical protein  27.56 
 
 		 249 aa  62.4  0.000000006  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0426  putative GlcNAc-PI de-N-acetylase  28.76 
 
 		 223 aa  62  0.000000008  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2515  hypothetical protein  26.8 
 
 		 258 aa  61.6  0.000000009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1295  LmbE family protein  28.03 
 
 		 241 aa  61.2  0.00000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.566146 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1304  LmbE family protein  24.34 
 
 		 207 aa  61.6  0.00000001  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.528408  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2878  LmbE family protein  31.07 
 
 		 246 aa  61.2  0.00000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.147925  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1530  LmbE family protein  24.24 
 
 		 245 aa  60.5  0.00000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.276807  normal  0.0194959 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0201  hypothetical protein  28.19 
 
 		 239 aa  60.8  0.00000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.114045  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0338  response regulator receiver protein  29.83 
 
 		 358 aa  60.8  0.00000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.35024  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0833  LmbE family protein  30.28 
 
 		 213 aa  60.8  0.00000002  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4220  conserved hypothetical protein LmbE  27.78 
 
 		 273 aa  60.8  0.00000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0270991  hitchhiker  0.000751351 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1275  LmbE family protein  27.98 
 
 		 237 aa  60.8  0.00000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.634359  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>