85 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_2515 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_2515  hypothetical protein  100 
 
 
258 aa  542  1e-153  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2028  LmbE family protein  99.59 
 
 
244 aa  506  9.999999999999999e-143  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.681353  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3203  LmbE family protein  98.77 
 
 
244 aa  503  9.999999999999999e-143  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.628918  normal  0.0311865 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1362  LmbE family protein  88.75 
 
 
245 aa  457  9.999999999999999e-129  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.96633  normal  0.0409957 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2092  LmbE family protein  83.68 
 
 
247 aa  430  1e-120  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31270  LmbE-like protein  87.24 
 
 
245 aa  430  1e-119  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0093  hypothetical protein  79.67 
 
 
245 aa  425  1e-118  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0094  GlcNAc-PI de-N-acetylase family  79.67 
 
 
245 aa  425  1e-118  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4120  LmbE family protein  79.67 
 
 
245 aa  425  1e-118  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0330  LmbE-like protein  85.29 
 
 
246 aa  415  9.999999999999999e-116  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0698342  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4204  hypothetical protein  63.71 
 
 
245 aa  315  6e-85  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.786164  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1612  LmbE family protein  55.32 
 
 
238 aa  264  8.999999999999999e-70  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_38410  uncharacterized LmbE-like protein  50.2 
 
 
246 aa  252  5.000000000000001e-66  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2678  LmbE family protein  45.8 
 
 
237 aa  211  9e-54  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.545275  normal  0.0774255 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4022  LmbE family protein  44.77 
 
 
238 aa  207  1e-52  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.0251604 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0201  hypothetical protein  44.96 
 
 
239 aa  194  1e-48  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.114045  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1056  LmbE family protein  33.89 
 
 
239 aa  145  7.0000000000000006e-34  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1995  LmbE family protein  29.77 
 
 
276 aa  78.6  0.0000000000001  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.0990731 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1275  LmbE family protein  32.34 
 
 
237 aa  76.6  0.0000000000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.634359  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1698  LmbE family protein  26.8 
 
 
237 aa  72.8  0.000000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.958754  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2570  LmbE family protein  27.81 
 
 
236 aa  72.4  0.000000000007  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0922  LmbE family protein  26.32 
 
 
231 aa  65.5  0.0000000008  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1118  hypothetical protein  31.66 
 
 
225 aa  63.5  0.000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2223  LmbE-like protein  30.33 
 
 
227 aa  59.3  0.00000006  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3083  LmbE family protein  27.31 
 
 
243 aa  57.4  0.0000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.110434  normal  0.0323718 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1160  LmbE family protein  24.15 
 
 
271 aa  56.6  0.0000004  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3428  LmbE family protein  27.12 
 
 
227 aa  55.1  0.000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0528866 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1145  LmbE family protein  25.74 
 
 
227 aa  53.9  0.000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.95917  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1457  LmbE family protein  29.38 
 
 
223 aa  52.8  0.000005  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12528  hypothetical protein  26.42 
 
 
238 aa  52.8  0.000005  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1235  hypothetical protein  24.18 
 
 
239 aa  52.4  0.000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000120217 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2122  LmbE family protein  26.4 
 
 
236 aa  52.4  0.000008  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.674571  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0211  putative LmbE-like protein  26.89 
 
 
227 aa  51.6  0.00001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1395  LmbE family protein  29.75 
 
 
239 aa  51.6  0.00001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.067563  normal  0.604637 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4793  response regulator receiver protein  24.24 
 
 
350 aa  51.6  0.00001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1776  hypothetical protein  27.6 
 
 
243 aa  51.2  0.00002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.0204994 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2820  LmbE family protein  26.9 
 
 
230 aa  50.1  0.00004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0402  LmbE family protein  28.64 
 
 
217 aa  50.1  0.00004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3114  LmbE family protein  29.05 
 
 
260 aa  49.3  0.00006  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0084  LmbE family protein  23.92 
 
 
242 aa  48.9  0.00007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.809273 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2964  LmbE family protein  29.17 
 
 
250 aa  48.9  0.00008  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1971  LmbE-like protein protein  28.57 
 
 
249 aa  48.1  0.0001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.671199 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_19030  uncharacterized LmbE-like protein  26.46 
 
 
308 aa  48.1  0.0001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.248574  normal  0.129794 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2194  LmbE family protein  25 
 
 
220 aa  48.1  0.0001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.646145  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3570  LmbE-like protein  25.99 
 
 
265 aa  47.4  0.0002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.839683  decreased coverage  0.00474608 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3646  LmbE family protein  25.87 
 
 
221 aa  47.4  0.0002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.746983  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0837  LmbE family protein  25.49 
 
 
237 aa  47.4  0.0002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1208  LmbE family protein  26.42 
 
 
238 aa  47.8  0.0002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.306871 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0881  LmbE family protein  27.27 
 
 
229 aa  47  0.0003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.683362  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_22640  response regulator with CheY-like receiver, AAA-type ATPase, and DNA-binding domains  30.25 
 
 
358 aa  47.4  0.0003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.484771  normal  0.800771 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0661  LmbE family protein  26.4 
 
 
239 aa  46.2  0.0005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.152774 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1530  LmbE family protein  22.93 
 
 
245 aa  46.2  0.0005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.276807  normal  0.0194959 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0661  putative LmbE-like protein  27.89 
 
 
222 aa  46.2  0.0005  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0532448  normal  0.938153 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2761  LmbE family protein  26.28 
 
 
228 aa  46.2  0.0005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.772282  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1663  hypothetical protein  25.31 
 
 
234 aa  45.1  0.001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1416  hypothetical protein  24.9 
 
 
234 aa  44.7  0.001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.812012  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1557  hypothetical protein  24.9 
 
 
234 aa  44.7  0.001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0264  LmbE family protein  26.34 
 
 
240 aa  44.7  0.001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.0328102  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1701  hypothetical protein  24.9 
 
 
234 aa  44.7  0.001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00454663  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2249  LmbE family protein  25.13 
 
 
272 aa  45.1  0.001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.909086  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1444  hypothetical protein  24.9 
 
 
234 aa  44.7  0.001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.140604  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1460  LmbE family protein  23.17 
 
 
234 aa  44.7  0.001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0532009  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5532  LmbE family protein  25.64 
 
 
280 aa  44.7  0.001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.674853  normal  0.207869 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1628  hypothetical protein  24.9 
 
 
234 aa  44.7  0.001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.148873 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1918  hypothetical protein  25.26 
 
 
302 aa  44.7  0.002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.551545 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3950  LmbE family protein  29.53 
 
 
240 aa  43.9  0.002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2445  hypothetical protein  28.57 
 
 
236 aa  44.3  0.002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.122432  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2070  LmbE family protein  27 
 
 
250 aa  43.5  0.003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.229324  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1285  LmbE family protein  26.03 
 
 
217 aa  43.9  0.003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0492  LmbE family protein  25.25 
 
 
221 aa  43.9  0.003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1324  LmbE-like protein  26.8 
 
 
223 aa  43.9  0.003  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.0060113  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2948  LmbE family protein  29.49 
 
 
299 aa  43.9  0.003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.48208  hitchhiker  0.00495516 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1295  LmbE family protein  25.78 
 
 
241 aa  43.1  0.004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.566146 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1417  hypothetical protein  24.48 
 
 
234 aa  43.1  0.004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.490751  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0672  LmbE family protein  22.17 
 
 
266 aa  43.1  0.005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0232  LmbE family protein  25.39 
 
 
238 aa  43.1  0.005  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.894745  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7997  LmbE family protein  25.7 
 
 
239 aa  42.7  0.005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2850  LmbE family protein  25.51 
 
 
225 aa  43.1  0.005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000195512 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0697  LmbE family protein  32.56 
 
 
193 aa  43.1  0.005  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2607  LmbE family protein  28.66 
 
 
250 aa  42.7  0.006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5673  LmbE family protein  26.53 
 
 
225 aa  42.7  0.006  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.467342  normal  0.0103265 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1590  hypothetical protein  23.17 
 
 
234 aa  42.7  0.006  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11100  mycothiol conjugate amidase mca  32.53 
 
 
288 aa  42.4  0.007  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  6.24323e-19  normal  0.150174 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1608  LmbE family protein  23.76 
 
 
277 aa  42.4  0.008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3755  hypothetical protein  23.17 
 
 
234 aa  42.4  0.008  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>