155 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rcas_0492 on replicon NC_009767
Organism: Roseiflexus castenholzii DSM 13941



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009767  Rcas_0492  LmbE family protein  100 
 
 		 221 aa  448  1e-125  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3646  LmbE family protein  84.55 
 
 		 221 aa  389  1e-107  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.746983  normal  1 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0425  LmbE family protein  41.55 
 
 		 218 aa  208  4e-53  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0619658  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4580  LmbE family protein  42.86 
 
 		 228 aa  175  4e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2223  LmbE-like protein  37.17 
 
 		 227 aa  172  1.9999999999999998e-42  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5673  LmbE family protein  40.36 
 
 		 225 aa  173  1.9999999999999998e-42  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.467342  normal  0.0103265 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2850  LmbE family protein  41.07 
 
 		 225 aa  170  1e-41  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000195512 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0211  putative LmbE-like protein  41.13 
 
 		 227 aa  167  1e-40  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0661  putative LmbE-like protein  40.37 
 
 		 222 aa  166  2e-40  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0532448  normal  0.938153 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1583  LmbE family protein  40 
 
 		 225 aa  166  4e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.383068  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1118  hypothetical protein  42.48 
 
 		 225 aa  160  1e-38  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1457  LmbE family protein  42.66 
 
 		 223 aa  156  3e-37  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2173  LmbE family protein  38.39 
 
 		 227 aa  148  5e-35  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1249  LmbE-like protein  38.91 
 
 		 223 aa  145  7.0000000000000006e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.975053  normal  1 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1324  LmbE-like protein  34.51 
 
 		 223 aa  141  9e-33  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.0060113  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2248  hypothetical protein  40.55 
 
 		 225 aa  136  2e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00736622 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02910  putative LmbE-like protein  33.33 
 
 		 225 aa  130  1.0000000000000001e-29  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00798316  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2820  LmbE family protein  38.46 
 
 		 230 aa  130  2.0000000000000002e-29  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1232  LmbE-like protein  28.99 
 
 		 223 aa  129  3e-29  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.00000113124  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0611  LmbE family protein  32.9 
 
 		 569 aa  123  2e-27  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0634  LmbE family protein  39.27 
 
 		 257 aa  110  1.0000000000000001e-23  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0198717  normal  0.0139118 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_19030  uncharacterized LmbE-like protein  35.48 
 
 		 308 aa  100  1e-20  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.248574  normal  0.129794 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1918  hypothetical protein  30 
 
 		 302 aa  88.2  8e-17  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.551545 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3730  LmbE family protein  30.63 
 
 		 209 aa  83.2  0.000000000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0416  LmbE family protein  27.93 
 
 		 210 aa  83.2  0.000000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.448356 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4793  response regulator receiver protein  35.71 
 
 		 350 aa  82.4  0.000000000000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_22640  response regulator with CheY-like receiver, AAA-type ATPase, and DNA-binding domains  32.22 
 
 		 358 aa  80.9  0.00000000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.484771  normal  0.800771 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0168  hypothetical protein  28.88 
 
 		 237 aa  79.3  0.00000000000005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0585  LmbE family protein  29.22 
 
 		 203 aa  78.6  0.00000000000006  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  hitchhiker  0.000208418  normal  0.164964 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1269  response regulator receiver protein  33.52 
 
 		 359 aa  76.3  0.0000000000004  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.324523 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5396  LmbE family protein  30.21 
 
 		 237 aa  74.3  0.000000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.910627  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0338  response regulator receiver protein  34.08 
 
 		 358 aa  73.9  0.000000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.35024  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0264  LmbE family protein  31.36 
 
 		 240 aa  73.2  0.000000000003  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.0328102  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1304  LmbE family protein  29.47 
 
 		 207 aa  71.2  0.00000000001  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.528408  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1745  LmbE family protein  32.02 
 
 		 221 aa  70.9  0.00000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.785028  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0922  LmbE family protein  28.83 
 
 		 231 aa  68.6  0.00000000007  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2445  hypothetical protein  30.51 
 
 		 236 aa  68.2  0.0000000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.122432  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0426  putative GlcNAc-PI de-N-acetylase  32.89 
 
 		 223 aa  67.8  0.0000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0277  putative GlcNAc-PI de-N-acetylase  32.89 
 
 		 223 aa  67.8  0.0000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3594  LmbE family protein  34.72 
 
 		 246 aa  67.4  0.0000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0386  putative GlcNAc-PI de-N-acetylase  32.89 
 
 		 223 aa  67.4  0.0000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3264  LmbE family protein  32.89 
 
 		 223 aa  67.4  0.0000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0392  putative GlcNAc-PI de-N-acetylase  32.89 
 
 		 223 aa  67.4  0.0000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.138175  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1698  LmbE family protein  29.2 
 
 		 237 aa  66.6  0.0000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.958754  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0835  LmbE family protein  25.76 
 
 		 209 aa  65.1  0.0000000008  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.335446  normal  0.172446 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4697  LmbE family protein  33.78 
 
 		 233 aa  65.1  0.0000000009  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2964  LmbE family protein  28.31 
 
 		 250 aa  63.5  0.000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1800  LmbE-like protein  28.5 
 
 		 286 aa  63.5  0.000000003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.14671 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0651  LmbE family protein  32.16 
 
 		 239 aa  63.2  0.000000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.481432 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3114  LmbE family protein  28 
 
 		 260 aa  61.6  0.000000008  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2558  glycosyl transferase, group 2 family protein  30.3 
 
 		 492 aa  61.2  0.00000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0837  LmbE family protein  30.43 
 
 		 237 aa  61.2  0.00000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2252  hypothetical protein  26.87 
 
 		 209 aa  58.9  0.00000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.960737  hitchhiker  0.007979 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2813  LmbE family protein  28.09 
 
 		 225 aa  58.9  0.00000006  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.140975 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1823  LmbE family protein  26.56 
 
 		 258 aa  58.2  0.00000009  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.318027  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0216  hypothetical protein  26.73 
 
 		 277 aa  57.4  0.0000001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0368  LmbE-like protein protein  26.98 
 
 		 218 aa  57.8  0.0000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2122  LmbE family protein  23.81 
 
 		 236 aa  57  0.0000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.674571  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0137  LmbE family protein  29.13 
 
 		 265 aa  57.4  0.0000002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.295286  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1525  LmbE family protein  28.81 
 
 		 244 aa  57.4  0.0000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.75357  normal  0.0331193 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2921  LmbE family protein  27.41 
 
 		 264 aa  57.4  0.0000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0239  LmbE family protein  25.11 
 
 		 207 aa  57.4  0.0000002  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.817384  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3403  LmbE family protein  29.24 
 
 		 245 aa  57  0.0000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.987117  normal  0.336236 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7997  LmbE family protein  31.61 
 
 		 239 aa  56.2  0.0000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2542  LmbE-like protein  31.37 
 
 		 252 aa  55.8  0.0000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.439463 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1776  hypothetical protein  25.21 
 
 		 243 aa  55.8  0.0000005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.0204994 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0672  LmbE family protein  26.92 
 
 		 266 aa  55.5  0.0000007  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1295  LmbE family protein  32.13 
 
 		 241 aa  55.5  0.0000007  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.566146 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2570  LmbE family protein  25.34 
 
 		 236 aa  55.1  0.0000009  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1195  LmbE family protein  25.89 
 
 		 270 aa  54.7  0.000001  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0889  LmbE family protein  28.42 
 
 		 237 aa  54.7  0.000001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000000133747  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0697  LmbE family protein  32.26 
 
 		 193 aa  53.9  0.000002  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_873  hypothetical protein  28.57 
 
 		 237 aa  54.3  0.000002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.0000209898  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2672  LmbE family protein  29.38 
 
 		 246 aa  54.3  0.000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1001  hypothetical protein  28.04 
 
 		 237 aa  53.1  0.000003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.000144261  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1285  LmbE family protein  25.33 
 
 		 217 aa  53.1  0.000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0661  LmbE family protein  24.79 
 
 		 239 aa  52.8  0.000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.152774 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1208  LmbE family protein  25.53 
 
 		 238 aa  52.8  0.000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.306871 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3428  LmbE family protein  26.67 
 
 		 227 aa  52.4  0.000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0528866 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1235  hypothetical protein  30.61 
 
 		 239 aa  52  0.000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000120217 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3271  LmbE family protein  34.15 
 
 		 462 aa  51.6  0.000009  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000861736  hitchhiker  0.0000637715 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1145  LmbE family protein  26.22 
 
 		 227 aa  51.2  0.00001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.95917  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0402  LmbE family protein  26.18 
 
 		 217 aa  50.8  0.00001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1337  LmbE family protein  28.02 
 
 		 234 aa  51.6  0.00001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000443128 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1995  LmbE family protein  25.12 
 
 		 276 aa  50.4  0.00002  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.0990731 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3570  LmbE-like protein  23.62 
 
 		 265 aa  49.3  0.00005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.839683  decreased coverage  0.00474608 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3083  LmbE family protein  27.98 
 
 		 243 aa  48.9  0.00005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.110434  normal  0.0323718 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2568  LmbE family protein  32.81 
 
 		 427 aa  48.9  0.00006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.219184  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1423  LmbE family protein  28.85 
 
 		 234 aa  48.5  0.00007  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10328  hypothetical protein  32.76 
 
 		 223 aa  48.5  0.00009  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0374  LmbE family protein  30.17 
 
 		 243 aa  48.1  0.0001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2405  LmbE family protein  26.46 
 
 		 222 aa  47.8  0.0001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.140634  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3660  LmbE family protein  39.51 
 
 		 245 aa  47.8  0.0001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.364651  normal  0.122228 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4346  LmbE-like protein  32.54 
 
 		 302 aa  47.8  0.0002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1134  LmbE family protein  33.54 
 
 		 361 aa  47  0.0002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0281137 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1010  LmbE family protein  27.37 
 
 		 469 aa  47  0.0002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2324  LmbE family protein  29.82 
 
 		 242 aa  46.6  0.0003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0528  LmbE family protein  31.58 
 
 		 311 aa  46.6  0.0003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.477232  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0902  LmbE family protein  23.48 
 
 		 245 aa  46.6  0.0003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2878  LmbE family protein  32.88 
 
 		 246 aa  46.6  0.0003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.147925  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>