160 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_2820 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013093  Amir_2820  LmbE family protein  100 
 
 		 230 aa  455  1e-127  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0211  putative LmbE-like protein  43.04 
 
 		 227 aa  158  6e-38  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1324  LmbE-like protein  32.14 
 
 		 223 aa  145  6e-34  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.0060113  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2850  LmbE family protein  37.05 
 
 		 225 aa  144  1e-33  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000195512 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1118  hypothetical protein  41.15 
 
 		 225 aa  143  2e-33  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5673  LmbE family protein  37.05 
 
 		 225 aa  144  2e-33  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.467342  normal  0.0103265 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0425  LmbE family protein  31.53 
 
 		 218 aa  140  1.9999999999999998e-32  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0619658  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1249  LmbE-like protein  39.56 
 
 		 223 aa  137  1e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.975053  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0661  putative LmbE-like protein  36.07 
 
 		 222 aa  135  6.0000000000000005e-31  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0532448  normal  0.938153 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3646  LmbE family protein  37.84 
 
 		 221 aa  132  5e-30  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.746983  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0492  LmbE family protein  38.46 
 
 		 221 aa  130  2.0000000000000002e-29  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2173  LmbE family protein  37.61 
 
 		 227 aa  130  2.0000000000000002e-29  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1457  LmbE family protein  41.82 
 
 		 223 aa  130  3e-29  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2223  LmbE-like protein  33.48 
 
 		 227 aa  124  8.000000000000001e-28  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4580  LmbE family protein  36.7 
 
 		 228 aa  121  8e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2248  hypothetical protein  35.71 
 
 		 225 aa  118  7.999999999999999e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00736622 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0611  LmbE family protein  31.08 
 
 		 569 aa  114  8.999999999999998e-25  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1583  LmbE family protein  32.44 
 
 		 225 aa  114  1.0000000000000001e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.383068  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02910  putative LmbE-like protein  29.86 
 
 		 225 aa  109  4.0000000000000004e-23  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00798316  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1232  LmbE-like protein  27.01 
 
 		 223 aa  107  2e-22  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.00000113124  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4697  LmbE family protein  34.56 
 
 		 233 aa  80.5  0.00000000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1918  hypothetical protein  27.6 
 
 		 302 aa  77.8  0.0000000000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.551545 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_19030  uncharacterized LmbE-like protein  31.51 
 
 		 308 aa  77.4  0.0000000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.248574  normal  0.129794 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1337  LmbE family protein  31.03 
 
 		 234 aa  72.8  0.000000000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000443128 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0585  LmbE family protein  26.46 
 
 		 203 aa  72  0.000000000007  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  hitchhiker  0.000208418  normal  0.164964 
 
 
-
 
NC_002936  DET0216  hypothetical protein  27.55 
 
 		 277 aa  70.9  0.00000000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0137  LmbE family protein  26.02 
 
 		 265 aa  68.6  0.00000000007  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.295286  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0922  LmbE family protein  30.64 
 
 		 231 aa  68.2  0.0000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2964  LmbE family protein  29.03 
 
 		 250 aa  68.2  0.0000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1698  LmbE family protein  28.51 
 
 		 237 aa  66.6  0.0000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.958754  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2445  hypothetical protein  32.31 
 
 		 236 aa  65.5  0.0000000006  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.122432  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0426  putative GlcNAc-PI de-N-acetylase  31.22 
 
 		 223 aa  65.5  0.0000000007  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0386  putative GlcNAc-PI de-N-acetylase  31.22 
 
 		 223 aa  65.1  0.0000000008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3264  LmbE family protein  31.22 
 
 		 223 aa  65.1  0.0000000008  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0392  putative GlcNAc-PI de-N-acetylase  31.22 
 
 		 223 aa  65.1  0.0000000008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.138175  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0168  hypothetical protein  28.09 
 
 		 237 aa  64.7  0.000000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0277  putative GlcNAc-PI de-N-acetylase  28.57 
 
 		 223 aa  65.1  0.000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3403  LmbE family protein  30.99 
 
 		 245 aa  63.5  0.000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.987117  normal  0.336236 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1995  LmbE family protein  30.53 
 
 		 276 aa  63.9  0.000000002  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.0990731 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0634  LmbE family protein  30.77 
 
 		 257 aa  62.8  0.000000004  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0198717  normal  0.0139118 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3428  LmbE family protein  32.62 
 
 		 227 aa  62.4  0.000000006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0528866 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3730  LmbE family protein  27.68 
 
 		 209 aa  62  0.000000007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0239  LmbE family protein  24.88 
 
 		 207 aa  60.8  0.00000002  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.817384  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1145  LmbE family protein  31.76 
 
 		 227 aa  60.5  0.00000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.95917  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0446  LmbE family protein  27.72 
 
 		 221 aa  60.1  0.00000003  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4793  response regulator receiver protein  28.73 
 
 		 350 aa  60.1  0.00000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0338  response regulator receiver protein  33.15 
 
 		 358 aa  59.3  0.00000005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.35024  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0835  LmbE family protein  22.97 
 
 		 209 aa  58.9  0.00000007  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.335446  normal  0.172446 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1525  LmbE family protein  31.3 
 
 		 244 aa  58.5  0.00000008  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.75357  normal  0.0331193 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0651  LmbE family protein  29.9 
 
 		 239 aa  57.8  0.0000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.481432 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_193  LmbE  24.74 
 
 		 265 aa  57.4  0.0000002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.599254  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1235  hypothetical protein  31.63 
 
 		 239 aa  57.4  0.0000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000120217 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0402  LmbE family protein  28.65 
 
 		 217 aa  56.2  0.0000004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_22640  response regulator with CheY-like receiver, AAA-type ATPase, and DNA-binding domains  29.89 
 
 		 358 aa  55.8  0.0000005  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.484771  normal  0.800771 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0942  LmbE family protein  26.02 
 
 		 270 aa  55.5  0.0000007  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0368  LmbE-like protein protein  26.7 
 
 		 218 aa  55.1  0.0000008  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2062  LmbE family protein  36.89 
 
 		 288 aa  54.3  0.000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1745  LmbE family protein  29.69 
 
 		 221 aa  53.9  0.000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.785028  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1160  LmbE family protein  35 
 
 		 271 aa  53.9  0.000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1269  response regulator receiver protein  31 
 
 		 359 aa  53.5  0.000003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.324523 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1823  LmbE family protein  33.83 
 
 		 258 aa  53.5  0.000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.318027  normal  1 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5396  LmbE family protein  27.54 
 
 		 237 aa  52.8  0.000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.910627  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12528  hypothetical protein  27.27 
 
 		 238 aa  52.8  0.000004  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4204  hypothetical protein  29.9 
 
 		 245 aa  52.8  0.000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.786164  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_38410  uncharacterized LmbE-like protein  27.83 
 
 		 246 aa  52.8  0.000005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0416  LmbE family protein  24.78 
 
 		 210 aa  52.8  0.000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.448356 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1195  LmbE family protein  28.95 
 
 		 270 aa  52  0.000007  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0697  LmbE family protein  23.53 
 
 		 193 aa  51.6  0.00001  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1217  LmbE family protein  29.17 
 
 		 298 aa  51.2  0.00001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1596  hypothetical protein  27.92 
 
 		 247 aa  51.6  0.00001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31270  LmbE-like protein  27.96 
 
 		 245 aa  51.6  0.00001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2194  LmbE family protein  25.27 
 
 		 220 aa  51.2  0.00001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.646145  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3183  hypothetical protein  26.34 
 
 		 220 aa  50.4  0.00002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000002506  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1285  LmbE family protein  27.81 
 
 		 217 aa  50.4  0.00002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2070  LmbE family protein  28.79 
 
 		 250 aa  50.4  0.00002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.229324  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0374  LmbE family protein  34.59 
 
 		 243 aa  50.8  0.00002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0881  LmbE family protein  25.66 
 
 		 229 aa  50.4  0.00002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.683362  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3479  hypothetical protein  26.34 
 
 		 220 aa  50.1  0.00003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3268  hypothetical protein  26.34 
 
 		 220 aa  50.1  0.00003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000000289968  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3241  hypothetical protein  26.34 
 
 		 220 aa  50.1  0.00003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000243018  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3524  hypothetical protein  26.34 
 
 		 220 aa  50.1  0.00003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000000123177  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2816  LmbE family protein  33.33 
 
 		 271 aa  49.7  0.00003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.0595539 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2122  LmbE family protein  27.64 
 
 		 236 aa  49.7  0.00003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.674571  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3496  hypothetical protein  26.34 
 
 		 220 aa  50.1  0.00003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.388946  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3484  hypothetical protein  26.34 
 
 		 220 aa  50.1  0.00003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0589  LmbE family protein  35.88 
 
 		 265 aa  49.7  0.00004  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.154611  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2667  LmbE family protein  31.54 
 
 		 272 aa  49.3  0.00005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.353123  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0232  LmbE family protein  24.9 
 
 		 238 aa  49.3  0.00006  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.894745  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1131  1D-myo-inosityl-2-acetamido-2-deoxy-alpha-D- gluc opyranosidedeacetylase  33.54 
 
 		 297 aa  49.3  0.00006  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1295  LmbE family protein  28.81 
 
 		 241 aa  48.9  0.00006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.566146 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0637  putative deacetylase  32.65 
 
 		 225 aa  48.9  0.00007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2252  hypothetical protein  26.99 
 
 		 209 aa  48.9  0.00007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.960737  hitchhiker  0.007979 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1304  LmbE family protein  29.23 
 
 		 207 aa  48.9  0.00007  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.528408  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0756  1D-myo-inosityl-2-acetamido-2-deoxy-alpha-D- glucopyranoside deacetylase  33.54 
 
 		 323 aa  48.5  0.00008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.717354 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2921  LmbE family protein  26.67 
 
 		 264 aa  48.5  0.00008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3467  hypothetical protein  25.81 
 
 		 220 aa  48.5  0.00009  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.251038  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2740  LmbE family protein  27.23 
 
 		 258 aa  47.8  0.0001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.384192  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0497  LmbE family protein  26.64 
 
 		 236 aa  48.1  0.0001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1782  hypothetical protein  25.27 
 
 		 220 aa  48.1  0.0001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.612234  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3950  LmbE family protein  29.26 
 
 		 240 aa  47.4  0.0002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>