168 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RoseRS_3646 on replicon NC_009523
Organism: Roseiflexus sp. RS-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009523  RoseRS_3646  LmbE family protein  100 
 
 		 221 aa  448  1e-125  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.746983  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0492  LmbE family protein  84.55 
 
 		 221 aa  389  1e-107  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0425  LmbE family protein  42.92 
 
 		 218 aa  217  1e-55  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0619658  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4580  LmbE family protein  43.78 
 
 		 228 aa  182  3e-45  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2223  LmbE-like protein  38.6 
 
 		 227 aa  173  1.9999999999999998e-42  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5673  LmbE family protein  41.26 
 
 		 225 aa  172  3.9999999999999995e-42  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.467342  normal  0.0103265 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0211  putative LmbE-like protein  42.79 
 
 		 227 aa  171  9e-42  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2850  LmbE family protein  40.53 
 
 		 225 aa  168  6e-41  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000195512 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1118  hypothetical protein  42.92 
 
 		 225 aa  166  2.9999999999999998e-40  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1583  LmbE family protein  40.17 
 
 		 225 aa  166  2.9999999999999998e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.383068  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0661  putative LmbE-like protein  40.99 
 
 		 222 aa  166  4e-40  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0532448  normal  0.938153 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1457  LmbE family protein  41.74 
 
 		 223 aa  150  2e-35  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1249  LmbE-like protein  39.82 
 
 		 223 aa  147  1.0000000000000001e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.975053  normal  1 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1324  LmbE-like protein  36.77 
 
 		 223 aa  142  4e-33  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.0060113  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2173  LmbE family protein  37.89 
 
 		 227 aa  142  4e-33  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02910  putative LmbE-like protein  36.99 
 
 		 225 aa  140  1.9999999999999998e-32  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00798316  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1232  LmbE-like protein  28.57 
 
 		 223 aa  135  6.0000000000000005e-31  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.00000113124  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2820  LmbE family protein  37.84 
 
 		 230 aa  132  5e-30  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2248  hypothetical protein  37.33 
 
 		 225 aa  126  2.0000000000000002e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00736622 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0611  LmbE family protein  33.91 
 
 		 569 aa  126  2.0000000000000002e-28  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0634  LmbE family protein  38.12 
 
 		 257 aa  117  9.999999999999999e-26  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0198717  normal  0.0139118 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_19030  uncharacterized LmbE-like protein  34.42 
 
 		 308 aa  93.6  2e-18  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.248574  normal  0.129794 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0168  hypothetical protein  32.19 
 
 		 237 aa  92.8  4e-18  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0416  LmbE family protein  31.08 
 
 		 210 aa  88.6  7e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.448356 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3730  LmbE family protein  31.56 
 
 		 209 aa  83.2  0.000000000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0585  LmbE family protein  31.53 
 
 		 203 aa  81.3  0.00000000000001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  hitchhiker  0.000208418  normal  0.164964 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1918  hypothetical protein  28.11 
 
 		 302 aa  80.5  0.00000000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.551545 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1304  LmbE family protein  31.86 
 
 		 207 aa  79.3  0.00000000000004  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.528408  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1269  response regulator receiver protein  31.84 
 
 		 359 aa  77  0.0000000000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.324523 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0338  response regulator receiver protein  31.16 
 
 		 358 aa  75.1  0.0000000000007  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.35024  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4793  response regulator receiver protein  32.22 
 
 		 350 aa  75.1  0.0000000000008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_22640  response regulator with CheY-like receiver, AAA-type ATPase, and DNA-binding domains  31.11 
 
 		 358 aa  71.2  0.00000000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.484771  normal  0.800771 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1698  LmbE family protein  31.76 
 
 		 237 aa  71.2  0.00000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.958754  normal  1 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5396  LmbE family protein  30.77 
 
 		 237 aa  70.1  0.00000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.910627  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2445  hypothetical protein  29 
 
 		 236 aa  69.3  0.00000000004  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.122432  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1745  LmbE family protein  29.68 
 
 		 221 aa  68.9  0.00000000005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.785028  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0922  LmbE family protein  28.82 
 
 		 231 aa  68.9  0.00000000006  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0426  putative GlcNAc-PI de-N-acetylase  30.53 
 
 		 223 aa  67  0.0000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2122  LmbE family protein  25.33 
 
 		 236 aa  67.4  0.0000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.674571  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0277  putative GlcNAc-PI de-N-acetylase  30.53 
 
 		 223 aa  67  0.0000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0386  putative GlcNAc-PI de-N-acetylase  30.53 
 
 		 223 aa  66.6  0.0000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3264  LmbE family protein  30.53 
 
 		 223 aa  66.6  0.0000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0392  putative GlcNAc-PI de-N-acetylase  30.53 
 
 		 223 aa  66.6  0.0000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.138175  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1800  LmbE-like protein  29.53 
 
 		 286 aa  66.2  0.0000000004  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.14671 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0835  LmbE family protein  26.32 
 
 		 209 aa  66.2  0.0000000004  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.335446  normal  0.172446 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0264  LmbE family protein  28.64 
 
 		 240 aa  65.5  0.0000000007  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.0328102  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4697  LmbE family protein  29.96 
 
 		 233 aa  64.3  0.000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1823  LmbE family protein  35.21 
 
 		 258 aa  63.9  0.000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.318027  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0697  LmbE family protein  39.5 
 
 		 193 aa  62.4  0.000000005  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0048  LmbE family protein  28.75 
 
 		 249 aa  62.4  0.000000006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3114  LmbE family protein  28.08 
 
 		 260 aa  60.8  0.00000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1285  LmbE family protein  26.29 
 
 		 217 aa  60.5  0.00000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1776  hypothetical protein  25.83 
 
 		 243 aa  60.8  0.00000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.0204994 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2570  LmbE family protein  25.57 
 
 		 236 aa  60.5  0.00000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0137  LmbE family protein  31.6 
 
 		 265 aa  60.8  0.00000002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.295286  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2558  glycosyl transferase, group 2 family protein  30.35 
 
 		 492 aa  60.1  0.00000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1525  LmbE family protein  31.65 
 
 		 244 aa  60.1  0.00000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.75357  normal  0.0331193 
 
 
-
 
NC_002936  DET0216  hypothetical protein  28.23 
 
 		 277 aa  59.3  0.00000005  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0672  LmbE family protein  28.63 
 
 		 266 aa  59.3  0.00000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3594  LmbE family protein  32.12 
 
 		 246 aa  58.9  0.00000006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1195  LmbE family protein  26.77 
 
 		 270 aa  58.5  0.00000007  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0368  LmbE-like protein protein  28.8 
 
 		 218 aa  57.8  0.0000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1208  LmbE family protein  25.53 
 
 		 238 aa  58.2  0.0000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.306871 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3570  LmbE-like protein  27.14 
 
 		 265 aa  57  0.0000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.839683  decreased coverage  0.00474608 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0837  LmbE family protein  28.09 
 
 		 237 aa  56.6  0.0000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2252  hypothetical protein  24 
 
 		 209 aa  56.6  0.0000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.960737  hitchhiker  0.007979 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0402  LmbE family protein  27.78 
 
 		 217 aa  56.6  0.0000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3403  LmbE family protein  29.54 
 
 		 245 aa  56.2  0.0000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.987117  normal  0.336236 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2964  LmbE family protein  26.94 
 
 		 250 aa  55.8  0.0000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0651  LmbE family protein  28.57 
 
 		 239 aa  55.8  0.0000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.481432 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3433  LmbE-like protein  25.2 
 
 		 251 aa  54.3  0.000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3428  LmbE family protein  26.99 
 
 		 227 aa  53.5  0.000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0528866 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0661  LmbE family protein  24.69 
 
 		 239 aa  53.5  0.000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.152774 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2813  LmbE family protein  27.78 
 
 		 225 aa  53.9  0.000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.140975 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2921  LmbE family protein  26.13 
 
 		 264 aa  53.5  0.000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0239  LmbE family protein  25.11 
 
 		 207 aa  52.8  0.000004  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.817384  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1295  LmbE family protein  30 
 
 		 241 aa  52.8  0.000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.566146 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1235  hypothetical protein  30.64 
 
 		 239 aa  52.4  0.000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000120217 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0637  putative deacetylase  29.96 
 
 		 225 aa  52  0.000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1145  LmbE family protein  26.55 
 
 		 227 aa  52  0.000007  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.95917  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0942  LmbE family protein  24.58 
 
 		 270 aa  52  0.000008  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3083  LmbE family protein  28.93 
 
 		 243 aa  51.6  0.00001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.110434  normal  0.0323718 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1275  LmbE family protein  25.96 
 
 		 237 aa  50.8  0.00002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.634359  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3596  LmbE family protein  27.51 
 
 		 248 aa  50.1  0.00003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2324  LmbE family protein  26.79 
 
 		 242 aa  49.7  0.00003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1258  LmbE family protein  23.68 
 
 		 234 aa  49.7  0.00003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.274401  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1001  hypothetical protein  26.7 
 
 		 237 aa  49.7  0.00004  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.000144261  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2568  LmbE family protein  34.45 
 
 		 427 aa  49.7  0.00004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.219184  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0889  LmbE family protein  27.23 
 
 		 237 aa  49.7  0.00004  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000000133747  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1460  LmbE family protein  21.28 
 
 		 234 aa  49.7  0.00004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0532009  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0902  LmbE family protein  24.78 
 
 		 245 aa  49.3  0.00004  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0008  LmbE family protein  27.54 
 
 		 240 aa  49.7  0.00004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00173009  normal  0.123538 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2305  LmbE-like protein protein  33.9 
 
 		 248 aa  49.3  0.00005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2160  LmbE family protein  31.82 
 
 		 292 aa  48.9  0.00005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_873  hypothetical protein  26.7 
 
 		 237 aa  49.3  0.00005  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.0000209898  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1663  hypothetical protein  21.28 
 
 		 234 aa  48.9  0.00006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1444  hypothetical protein  21.28 
 
 		 234 aa  48.9  0.00006  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.140604  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1557  hypothetical protein  21.28 
 
 		 234 aa  48.9  0.00006  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1701  hypothetical protein  21.28 
 
 		 234 aa  48.9  0.00006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00454663  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1590  hypothetical protein  21.93 
 
 		 234 aa  48.9  0.00006  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>