185 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_0084 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_0084  LmbE family protein  100 
 
 		 242 aa  499  1e-140  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.809273 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1776  hypothetical protein  58.65 
 
 		 243 aa  298  4e-80  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.0204994 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0661  LmbE family protein  57.14 
 
 		 239 aa  288  4e-77  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.152774 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1208  LmbE family protein  58.82 
 
 		 238 aa  288  5.0000000000000004e-77  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.306871 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4717  LmbE family protein  58.26 
 
 		 238 aa  282  4.0000000000000003e-75  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12528  hypothetical protein  58.72 
 
 		 238 aa  274  9e-73  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3083  LmbE family protein  55.6 
 
 		 243 aa  274  1.0000000000000001e-72  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.110434  normal  0.0323718 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0232  LmbE family protein  53.97 
 
 		 238 aa  244  9e-64  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.894745  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0672  LmbE family protein  48.76 
 
 		 266 aa  229  3e-59  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0824  LmbE family protein  41.49 
 
 		 250 aa  184  2.0000000000000003e-45  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000104846  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1596  hypothetical protein  41.6 
 
 		 247 aa  178  7e-44  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0942  LmbE family protein  38.91 
 
 		 270 aa  177  9e-44  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0902  LmbE family protein  41.15 
 
 		 245 aa  177  2e-43  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1419  hypothetical protein  42.8 
 
 		 249 aa  176  3e-43  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1275  LmbE family protein  42.37 
 
 		 237 aa  173  1.9999999999999998e-42  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.634359  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1774  LmbE family protein  40.42 
 
 		 249 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1530  LmbE family protein  38.89 
 
 		 245 aa  167  1e-40  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.276807  normal  0.0194959 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2122  LmbE family protein  37.02 
 
 		 236 aa  144  2e-33  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.674571  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1663  hypothetical protein  35.81 
 
 		 234 aa  140  1.9999999999999998e-32  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1444  hypothetical protein  35.81 
 
 		 234 aa  140  1.9999999999999998e-32  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.140604  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1416  hypothetical protein  35.81 
 
 		 234 aa  140  1.9999999999999998e-32  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.812012  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1557  hypothetical protein  35.81 
 
 		 234 aa  140  1.9999999999999998e-32  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1701  hypothetical protein  35.81 
 
 		 234 aa  140  1.9999999999999998e-32  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00454663  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1628  hypothetical protein  35.81 
 
 		 234 aa  140  1.9999999999999998e-32  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.148873 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1417  hypothetical protein  35.37 
 
 		 234 aa  138  6e-32  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.490751  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2324  LmbE family protein  34.57 
 
 		 242 aa  138  8.999999999999999e-32  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1460  LmbE family protein  34.93 
 
 		 234 aa  135  4e-31  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0532009  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1590  hypothetical protein  35.37 
 
 		 234 aa  135  5e-31  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3755  hypothetical protein  35.37 
 
 		 234 aa  135  6.0000000000000005e-31  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1258  LmbE family protein  34.91 
 
 		 234 aa  132  3e-30  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.274401  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0497  LmbE family protein  36.86 
 
 		 236 aa  132  6.999999999999999e-30  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3433  LmbE-like protein  33.2 
 
 		 251 aa  123  3e-27  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3596  LmbE family protein  33.47 
 
 		 248 aa  122  5e-27  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2813  LmbE family protein  34.32 
 
 		 225 aa  111  1.0000000000000001e-23  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.140975 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2305  LmbE-like protein protein  32.19 
 
 		 248 aa  108  6e-23  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2396  LmbE family protein  32.27 
 
 		 261 aa  102  5e-21  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.629965  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0446  LmbE family protein  34.41 
 
 		 221 aa  90.5  2e-17  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0922  LmbE family protein  28.63 
 
 		 231 aa  82  0.000000000000008  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0651  LmbE family protein  32.35 
 
 		 239 aa  79.3  0.00000000000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.481432 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3950  LmbE family protein  29.32 
 
 		 240 aa  78.2  0.0000000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0837  LmbE family protein  29.29 
 
 		 237 aa  77.8  0.0000000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0634  LmbE family protein  28.38 
 
 		 257 aa  72  0.000000000008  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0198717  normal  0.0139118 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2445  hypothetical protein  28.34 
 
 		 236 aa  70.1  0.00000000003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.122432  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3624  LmbE family protein  27.82 
 
 		 261 aa  70.1  0.00000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1195  LmbE family protein  28.95 
 
 		 270 aa  69.3  0.00000000005  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1698  LmbE family protein  28.33 
 
 		 237 aa  68.9  0.00000000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.958754  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1235  hypothetical protein  30.65 
 
 		 239 aa  68.2  0.0000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000120217 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1995  LmbE family protein  27.23 
 
 		 276 aa  67.8  0.0000000001  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.0990731 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0264  LmbE family protein  28.14 
 
 		 240 aa  68.2  0.0000000001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.0328102  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1152  LmbE family protein  29.23 
 
 		 298 aa  67.4  0.0000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.370679  normal  0.107811 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4336  LmbE family protein  25.42 
 
 		 242 aa  66.6  0.0000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.801422  normal  0.16615 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2607  LmbE family protein  25.79 
 
 		 250 aa  67  0.0000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0838  LmbE family protein  26.07 
 
 		 254 aa  64.7  0.000000001  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4697  LmbE family protein  28.57 
 
 		 233 aa  64.3  0.000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_873  hypothetical protein  29.38 
 
 		 237 aa  63.5  0.000000003  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.0000209898  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_22640  response regulator with CheY-like receiver, AAA-type ATPase, and DNA-binding domains  31.19 
 
 		 358 aa  63.2  0.000000004  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.484771  normal  0.800771 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0889  LmbE family protein  29.53 
 
 		 237 aa  63.2  0.000000004  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000000133747  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1001  hypothetical protein  29.53 
 
 		 237 aa  62.8  0.000000005  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.000144261  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1160  LmbE family protein  29.53 
 
 		 271 aa  62.8  0.000000005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1337  LmbE family protein  25.61 
 
 		 234 aa  62.4  0.000000006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000443128 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0697  LmbE family protein  28.27 
 
 		 193 aa  62.4  0.000000007  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0881  LmbE family protein  30.57 
 
 		 229 aa  62  0.000000007  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.683362  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1745  LmbE family protein  26.67 
 
 		 221 aa  61.2  0.00000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.785028  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0211  putative LmbE-like protein  27.35 
 
 		 227 aa  61.2  0.00000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_19030  uncharacterized LmbE-like protein  26.41 
 
 		 308 aa  61.2  0.00000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.248574  normal  0.129794 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1217  LmbE family protein  31.61 
 
 		 298 aa  60.5  0.00000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2570  LmbE family protein  26.49 
 
 		 236 aa  60.8  0.00000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2761  LmbE family protein  33.57 
 
 		 228 aa  60.5  0.00000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.772282  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0661  putative LmbE-like protein  25.32 
 
 		 222 aa  60.1  0.00000003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0532448  normal  0.938153 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0585  LmbE family protein  27.31 
 
 		 203 aa  60.1  0.00000003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  hitchhiker  0.000208418  normal  0.164964 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1918  hypothetical protein  25.27 
 
 		 302 aa  59.7  0.00000004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.551545 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2964  LmbE family protein  31.38 
 
 		 250 aa  59.3  0.00000006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2070  LmbE family protein  27.55 
 
 		 250 aa  58.9  0.00000007  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.229324  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0048  LmbE family protein  22.98 
 
 		 249 aa  57.8  0.0000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2880  LmbE-like protein  31.19 
 
 		 245 aa  57  0.0000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2249  LmbE family protein  22.83 
 
 		 272 aa  56.6  0.0000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.909086  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4793  response regulator receiver protein  29.47 
 
 		 350 aa  56.6  0.0000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3528  LmbE family protein  27.72 
 
 		 226 aa  56.6  0.0000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3730  LmbE family protein  26.58 
 
 		 209 aa  57  0.0000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7997  LmbE family protein  30.05 
 
 		 239 aa  56.2  0.0000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2740  LmbE family protein  26.13 
 
 		 258 aa  55.8  0.0000005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.384192  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0425  LmbE family protein  26.23 
 
 		 218 aa  55.8  0.0000006  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0619658  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2604  LmbE family protein  28.14 
 
 		 241 aa  55.8  0.0000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.849278 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0416  LmbE family protein  27.16 
 
 		 210 aa  55.5  0.0000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.448356 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5532  LmbE family protein  25.71 
 
 		 280 aa  54.7  0.000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.674853  normal  0.207869 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1395  LmbE family protein  30.38 
 
 		 239 aa  54.7  0.000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.067563  normal  0.604637 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1963  LmbE family protein  30.92 
 
 		 245 aa  54.7  0.000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0119223  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0680  LmbE family protein  25.77 
 
 		 234 aa  54.7  0.000001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1285  LmbE family protein  27.08 
 
 		 217 aa  54.3  0.000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1269  response regulator receiver protein  28.37 
 
 		 359 aa  53.9  0.000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.324523 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0833  LmbE family protein  25.52 
 
 		 213 aa  54.3  0.000002  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1232  LmbE-like protein  29.32 
 
 		 223 aa  53.1  0.000003  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.00000113124  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0374  LmbE family protein  29.65 
 
 		 243 aa  53.1  0.000004  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2706  LmbE family protein  25.1 
 
 		 256 aa  52.8  0.000005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.871669 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3403  LmbE family protein  28.57 
 
 		 245 aa  52.8  0.000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.987117  normal  0.336236 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1056  LmbE family protein  27.88 
 
 		 239 aa  52  0.000008  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1304  LmbE family protein  22.73 
 
 		 207 aa  52  0.000008  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.528408  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0084  hypothetical protein  34.51 
 
 		 243 aa  51.6  0.00001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10120  uncharacterized LmbE-like protein  31.82 
 
 		 245 aa  51.6  0.00001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.427532  normal  0.625188 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1378  LmbE family protein  32.35 
 
 		 811 aa  51.2  0.00001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.455016 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>