227 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_1774 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011060  Ppha_1774  LmbE family protein  100 
 
 		 249 aa  515  1.0000000000000001e-145  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1596  hypothetical protein  68.57 
 
 		 247 aa  365  1e-100  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0902  LmbE family protein  69.39 
 
 		 245 aa  365  1e-100  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0824  LmbE family protein  67.61 
 
 		 250 aa  362  2e-99  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000104846  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0942  LmbE family protein  65.04 
 
 		 270 aa  357  9.999999999999999e-98  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1530  LmbE family protein  65.98 
 
 		 245 aa  340  9e-93  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.276807  normal  0.0194959 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1419  hypothetical protein  65.31 
 
 		 249 aa  333  1e-90  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4717  LmbE family protein  41.88 
 
 		 238 aa  205  5e-52  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1776  hypothetical protein  42.49 
 
 		 243 aa  198  9e-50  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.0204994 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0232  LmbE family protein  42.8 
 
 		 238 aa  197  9e-50  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.894745  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3083  LmbE family protein  41.88 
 
 		 243 aa  197  1.0000000000000001e-49  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.110434  normal  0.0323718 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0661  LmbE family protein  41.53 
 
 		 239 aa  196  2.0000000000000003e-49  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.152774 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12528  hypothetical protein  42.31 
 
 		 238 aa  196  3e-49  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1208  LmbE family protein  39.83 
 
 		 238 aa  194  9e-49  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.306871 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0084  LmbE family protein  40.42 
 
 		 242 aa  174  1.9999999999999998e-42  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.809273 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0672  LmbE family protein  42.41 
 
 		 266 aa  171  7.999999999999999e-42  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2324  LmbE family protein  36.17 
 
 		 242 aa  159  3e-38  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2122  LmbE family protein  37.18 
 
 		 236 aa  154  1e-36  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.674571  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1275  LmbE family protein  36.64 
 
 		 237 aa  150  2e-35  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.634359  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0497  LmbE family protein  38.1 
 
 		 236 aa  150  3e-35  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1258  LmbE family protein  36.49 
 
 		 234 aa  148  9e-35  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.274401  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1444  hypothetical protein  36.49 
 
 		 234 aa  147  1.0000000000000001e-34  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.140604  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1416  hypothetical protein  36.49 
 
 		 234 aa  147  1.0000000000000001e-34  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.812012  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1557  hypothetical protein  36.49 
 
 		 234 aa  147  1.0000000000000001e-34  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1628  hypothetical protein  36.49 
 
 		 234 aa  147  1.0000000000000001e-34  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.148873 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1701  hypothetical protein  36.49 
 
 		 234 aa  147  1.0000000000000001e-34  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00454663  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1663  hypothetical protein  36.49 
 
 		 234 aa  147  2.0000000000000003e-34  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1590  hypothetical protein  36.49 
 
 		 234 aa  147  2.0000000000000003e-34  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1417  hypothetical protein  36.49 
 
 		 234 aa  146  3e-34  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.490751  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3755  hypothetical protein  36.49 
 
 		 234 aa  146  3e-34  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1460  LmbE family protein  36.04 
 
 		 234 aa  146  3e-34  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0532009  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3596  LmbE family protein  37.66 
 
 		 248 aa  142  4e-33  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3433  LmbE-like protein  37.23 
 
 		 251 aa  138  7.999999999999999e-32  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2813  LmbE family protein  35.45 
 
 		 225 aa  120  3e-26  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.140975 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2305  LmbE-like protein protein  32.33 
 
 		 248 aa  118  7e-26  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3950  LmbE family protein  30.8 
 
 		 240 aa  98.6  9e-20  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3624  LmbE family protein  30.38 
 
 		 261 aa  89  7e-17  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0585  LmbE family protein  28.57 
 
 		 203 aa  84.3  0.000000000000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  hitchhiker  0.000208418  normal  0.164964 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2396  LmbE family protein  27.13 
 
 		 261 aa  78.6  0.00000000000009  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.629965  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3436  LmbE family protein  33.33 
 
 		 277 aa  78.2  0.0000000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.550746  normal  0.108927 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1608  LmbE family protein  31.18 
 
 		 277 aa  77.4  0.0000000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1995  LmbE family protein  27.27 
 
 		 276 aa  77.4  0.0000000000002  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.0990731 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2964  LmbE family protein  31.53 
 
 		 250 aa  76.3  0.0000000000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1745  LmbE family protein  28.27 
 
 		 221 aa  75.9  0.0000000000006  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.785028  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2070  LmbE family protein  27.46 
 
 		 250 aa  75.9  0.0000000000006  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.229324  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1152  LmbE family protein  27.23 
 
 		 298 aa  74.7  0.000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.370679  normal  0.107811 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0048  LmbE family protein  28 
 
 		 249 aa  73.9  0.000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0833  LmbE family protein  32.43 
 
 		 213 aa  73.6  0.000000000003  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0446  LmbE family protein  29.67 
 
 		 221 aa  72.8  0.000000000004  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2607  LmbE family protein  31.11 
 
 		 250 aa  72.4  0.000000000006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1195  LmbE family protein  35.46 
 
 		 270 aa  72  0.000000000009  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2445  hypothetical protein  28.99 
 
 		 236 aa  71.6  0.00000000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.122432  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_19030  uncharacterized LmbE-like protein  37.07 
 
 		 308 aa  70.9  0.00000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.248574  normal  0.129794 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1160  LmbE family protein  27.27 
 
 		 271 aa  71.2  0.00000000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2249  LmbE family protein  25.42 
 
 		 272 aa  70.9  0.00000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.909086  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1217  LmbE family protein  29.61 
 
 		 298 aa  70.9  0.00000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1971  LmbE-like protein protein  27.6 
 
 		 249 aa  69.3  0.00000000005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.671199 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1698  LmbE family protein  27.47 
 
 		 237 aa  69.3  0.00000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.958754  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1235  hypothetical protein  27.69 
 
 		 239 aa  68.9  0.00000000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000120217 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_873  hypothetical protein  30.39 
 
 		 237 aa  68.2  0.0000000001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.0000209898  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0709  mycothiol conjugate amidase Mca  31.67 
 
 		 293 aa  68.2  0.0000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.416669  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1001  hypothetical protein  30.17 
 
 		 237 aa  67.8  0.0000000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.000144261  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1918  hypothetical protein  31.15 
 
 		 302 aa  67.4  0.0000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.551545 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2463  LmbE family protein  27.75 
 
 		 259 aa  67.4  0.0000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000204581 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2740  LmbE family protein  32.84 
 
 		 258 aa  67.4  0.0000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.384192  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1963  LmbE family protein  27.23 
 
 		 245 aa  67.8  0.0000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0119223  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1056  LmbE family protein  24.5 
 
 		 239 aa  67  0.0000000003  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0416  LmbE family protein  25.63 
 
 		 210 aa  66.6  0.0000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.448356 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0426  putative GlcNAc-PI de-N-acetylase  26.87 
 
 		 223 aa  66.6  0.0000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0386  putative GlcNAc-PI de-N-acetylase  26.87 
 
 		 223 aa  66.6  0.0000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1337  LmbE family protein  26.72 
 
 		 234 aa  67  0.0000000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000443128 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3264  LmbE family protein  26.87 
 
 		 223 aa  66.6  0.0000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0392  putative GlcNAc-PI de-N-acetylase  26.87 
 
 		 223 aa  66.6  0.0000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.138175  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0889  LmbE family protein  29.61 
 
 		 237 aa  66.2  0.0000000004  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000000133747  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2080  LmbE family protein  32.54 
 
 		 281 aa  65.5  0.0000000008  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0263313  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0634  LmbE family protein  26.79 
 
 		 257 aa  65.5  0.0000000008  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0198717  normal  0.0139118 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0277  putative GlcNAc-PI de-N-acetylase  25.99 
 
 		 223 aa  65.5  0.0000000008  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0941  mycothiol conjugate amidase Mca  32.22 
 
 		 295 aa  64.3  0.000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0837  LmbE family protein  25.21 
 
 		 237 aa  63.5  0.000000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0922  LmbE family protein  26.41 
 
 		 231 aa  63.5  0.000000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5532  LmbE family protein  28.8 
 
 		 280 aa  63.2  0.000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.674853  normal  0.207869 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4793  response regulator receiver protein  35.59 
 
 		 350 aa  63.2  0.000000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1269  response regulator receiver protein  34.69 
 
 		 359 aa  62.8  0.000000006  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.324523 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3428  LmbE family protein  27.42 
 
 		 227 aa  62.4  0.000000006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0528866 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_22640  response regulator with CheY-like receiver, AAA-type ATPase, and DNA-binding domains  32.03 
 
 		 358 aa  62.4  0.000000007  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.484771  normal  0.800771 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_31790  mycothiol conjugate amidase Mca  30.9 
 
 		 303 aa  62  0.000000008  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0697  LmbE family protein  32.84 
 
 		 193 aa  62  0.000000009  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0925  LmbE family protein  30.77 
 
 		 287 aa  62  0.00000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0643281  normal  0.488564 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0264  LmbE family protein  26.42 
 
 		 240 aa  61.2  0.00000001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.0328102  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1145  LmbE family protein  26.88 
 
 		 227 aa  61.2  0.00000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.95917  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3903  LmbE-like protein  29.44 
 
 		 300 aa  60.1  0.00000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.704498  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3098  mycothiol conjugate amidase Mca  28.8 
 
 		 293 aa  60.1  0.00000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.955525  normal  0.203495 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8537  conserved hypothetical protein LmbE  28.81 
 
 		 294 aa  59.7  0.00000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.997476 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0651  LmbE family protein  30.83 
 
 		 239 aa  59.7  0.00000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.481432 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0868  LmbE family protein  30.22 
 
 		 287 aa  59.3  0.00000005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00918813 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3145  mycothiol conjugate amidase Mca  28.12 
 
 		 288 aa  59.3  0.00000006  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.37  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4022  LmbE family protein  27.04 
 
 		 238 aa  59.3  0.00000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0251604 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0449  hypothetical protein  26.18 
 
 		 290 aa  58.2  0.0000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.869172  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4142  LmbE-like protein  27.72 
 
 		 290 aa  57.8  0.0000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.149147  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4373  LmbE family protein  27.72 
 
 		 290 aa  57.8  0.0000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.529434  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>