More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_1883 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_1883  peptide deformylase  100 
 
 		 178 aa  361  3e-99  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0735735 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1813  peptide deformylase  78.53 
 
 		 177 aa  284  4e-76  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.442339  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2590  peptide deformylase  73.74 
 
 		 179 aa  268  2e-71  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.232767 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1677  peptide deformylase  71.59 
 
 		 177 aa  268  4e-71  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0206244  normal  0.0509785 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2460  peptide deformylase  71.59 
 
 		 177 aa  266  8.999999999999999e-71  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00644557  hitchhiker  0.000321995 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5333  peptide deformylase  69.32 
 
 		 177 aa  265  2.9999999999999995e-70  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.816635  normal  0.462892 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1342  peptide deformylase  71.59 
 
 		 177 aa  264  4e-70  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.256728 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1885  peptide deformylase  73.3 
 
 		 177 aa  263  8.999999999999999e-70  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0792012  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1818  peptide deformylase  73.18 
 
 		 179 aa  262  2e-69  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2295  peptide deformylase  73.18 
 
 		 179 aa  261  2e-69  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.758676  normal  0.0432981 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1579  peptide deformylase  73.18 
 
 		 179 aa  261  2e-69  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1337  peptide deformylase  72.16 
 
 		 177 aa  260  6e-69  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.318744  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1273  peptide deformylase  72.16 
 
 		 177 aa  260  6e-69  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.15052 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2023  peptide deformylase  70.45 
 
 		 177 aa  258  2e-68  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.802716  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2056  peptide deformylase  67.05 
 
 		 177 aa  257  8e-68  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.302964  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2498  peptide deformylase  69.89 
 
 		 177 aa  255  2e-67  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1399  peptide deformylase  71.02 
 
 		 177 aa  255  2e-67  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1559  peptide deformylase  69.89 
 
 		 177 aa  255  2e-67  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.523571  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2587  peptide deformylase  69.89 
 
 		 177 aa  255  2e-67  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.368495  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1429  peptide deformylase  69.32 
 
 		 177 aa  255  2e-67  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00135089 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3612  peptide deformylase  69.83 
 
 		 186 aa  255  2e-67  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.303714  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2441  peptide deformylase  69.89 
 
 		 177 aa  255  2e-67  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.126413  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2061  peptide deformylase  69.89 
 
 		 177 aa  255  2e-67  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.203959  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1333  peptide deformylase  69.32 
 
 		 177 aa  254  4e-67  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0465999  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3250  peptide deformylase  69.32 
 
 		 177 aa  254  4e-67  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6054  peptide deformylase  70.45 
 
 		 177 aa  251  6e-66  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0930556  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2023  peptide deformylase  70.45 
 
 		 177 aa  251  6e-66  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.688574  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2043  peptide deformylase  70.45 
 
 		 177 aa  251  6e-66  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1466  peptide deformylase  64.97 
 
 		 177 aa  248  3e-65  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.103074 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2948  peptide deformylase  74.3 
 
 		 179 aa  247  6e-65  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.212222  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4855  peptide deformylase  71.51 
 
 		 179 aa  245  2e-64  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1253  peptide deformylase  68.18 
 
 		 177 aa  243  6.999999999999999e-64  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00990122  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3633  peptide deformylase  67.82 
 
 		 174 aa  242  1.9999999999999999e-63  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1925  peptide deformylase  67.05 
 
 		 177 aa  242  3e-63  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.591473  normal  0.128447 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2202  peptide deformylase  70.43 
 
 		 186 aa  238  2.9999999999999997e-62  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.113404  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4247  peptide deformylase  64.61 
 
 		 179 aa  236  1e-61  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3102  peptide deformylase  70.39 
 
 		 200 aa  234  6e-61  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0798593  normal  0.280796 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49870  peptide deformylase  64.04 
 
 		 179 aa  233  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1330  peptide deformylase  65.54 
 
 		 178 aa  232  3e-60  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.290852 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3859  peptide deformylase  63.28 
 
 		 178 aa  230  6e-60  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2132  formylmethionine deformylase  63.37 
 
 		 204 aa  228  2e-59  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  4.8462e-16  decreased coverage  0.0000656702 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4066  peptide deformylase  64.41 
 
 		 178 aa  228  3e-59  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4559  peptide deformylase  63.28 
 
 		 178 aa  227  8e-59  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.865436  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4349  peptide deformylase  63.48 
 
 		 179 aa  226  1e-58  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0780  peptide deformylase  63.84 
 
 		 177 aa  226  2e-58  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.667825  normal  0.561124 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1477  peptide deformylase  61.49 
 
 		 181 aa  224  3e-58  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0651  peptide deformylase  62.94 
 
 		 177 aa  224  5.0000000000000005e-58  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.321715  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3780  peptide deformylase  60.67 
 
 		 179 aa  222  3e-57  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.873393  normal  0.0533041 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1598  polypeptide deformylase  60.11 
 
 		 179 aa  218  3.9999999999999997e-56  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.331513  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02433  peptide deformylase  59.04 
 
 		 171 aa  207  6e-53  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.562042  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_19041  peptide deformylase  50.6 
 
 		 181 aa  169  1e-41  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.175105 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2068  peptide deformylase  50 
 
 		 207 aa  160  1e-38  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000000124713 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1044  peptide deformylase  48.8 
 
 		 169 aa  151  4e-36  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3284  peptide deformylase  44.91 
 
 		 176 aa  134  5e-31  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.373391  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5353  peptide deformylase  44.72 
 
 		 176 aa  129  2.0000000000000002e-29  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2078  peptide deformylase  42.48 
 
 		 181 aa  129  3e-29  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.128531  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2486  peptide deformylase  47.93 
 
 		 178 aa  127  6e-29  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.176168  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_5067  formylmethionine deformylase  43.79 
 
 		 179 aa  126  2.0000000000000002e-28  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.456433  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0915  peptide deformylase  42.18 
 
 		 190 aa  125  4.0000000000000003e-28  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0374  peptide deformylase  38.51 
 
 		 209 aa  124  5e-28  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1083  hypothetical protein  39.24 
 
 		 172 aa  123  1e-27  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0975  peptide deformylase  40.52 
 
 		 182 aa  123  1e-27  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.000624614  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1061  hypothetical protein  39.87 
 
 		 172 aa  122  3e-27  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4446  peptide deformylase  40.26 
 
 		 178 aa  121  6e-27  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3241  peptide deformylase  44.3 
 
 		 170 aa  120  7e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00399502  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4508  peptide deformylase  40.26 
 
 		 178 aa  119  1.9999999999999998e-26  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3323  peptide deformylase  43.06 
 
 		 182 aa  119  1.9999999999999998e-26  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_5060  peptide deformylase  39.1 
 
 		 177 aa  119  3e-26  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.239364 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3433  peptide deformylase  42.28 
 
 		 188 aa  113  1.0000000000000001e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3013  peptide deformylase  44.44 
 
 		 181 aa  112  3e-24  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000829932  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3475  peptide deformylase  43.24 
 
 		 185 aa  112  4.0000000000000004e-24  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.000032021  decreased coverage  0.000233702 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2912  peptide deformylase  40.65 
 
 		 168 aa  110  8.000000000000001e-24  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000305712  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0857  peptide deformylase  41.94 
 
 		 154 aa  110  1.0000000000000001e-23  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3401  peptide deformylase  43.67 
 
 		 185 aa  108  4.0000000000000004e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000135447  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2314  peptide deformylase  38.82 
 
 		 164 aa  108  5e-23  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.566498  hitchhiker  0.000541845 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1052  peptide deformylase  41.3 
 
 		 185 aa  107  6e-23  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.771095  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3037  peptide deformylase  45.83 
 
 		 181 aa  107  8.000000000000001e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000308072  normal  0.575591 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3476  peptide deformylase  43.04 
 
 		 185 aa  107  1e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00071133  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0886  peptide deformylase  43.04 
 
 		 185 aa  107  1e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000428038  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0897  peptide deformylase  41.67 
 
 		 155 aa  107  1e-22  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0279496  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3001  peptide deformylase  44.74 
 
 		 181 aa  107  1e-22  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00230291  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0937  peptide deformylase  45.83 
 
 		 181 aa  107  1e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000269089  normal  0.0932727 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4914  peptide deformylase  42.11 
 
 		 190 aa  106  2e-22  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2186  peptide deformylase  41.77 
 
 		 190 aa  106  2e-22  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000219506 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1062  polypeptide deformylase  45.89 
 
 		 181 aa  105  3e-22  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3599  peptide deformylase  42.41 
 
 		 185 aa  105  3e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000000726362  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2648  hypothetical protein  40.13 
 
 		 170 aa  104  6e-22  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2518  hypothetical protein  40.13 
 
 		 170 aa  104  6e-22  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3916  peptide deformylase  37.2 
 
 		 208 aa  103  1e-21  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.511454  normal  0.0468935 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1592  peptide deformylase  41.61 
 
 		 161 aa  103  1e-21  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0439056  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00170  peptide deformylase  39.47 
 
 		 168 aa  102  3e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.221595  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0017  peptide deformylase  39.47 
 
 		 168 aa  102  4e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000267775  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0084  peptide deformylase  41.45 
 
 		 168 aa  101  5e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.669645  decreased coverage  0.00000000000000447721 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0350  peptide deformylase  40.79 
 
 		 171 aa  101  5e-21  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.100367 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1333  peptide deformylase  36.65 
 
 		 156 aa  101  5e-21  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00759572  normal  0.402167 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0900  peptide deformylase  43.75 
 
 		 176 aa  101  5e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000606626  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0055  peptide deformylase  37.89 
 
 		 168 aa  101  6e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2473  peptide deformylase  39.87 
 
 		 169 aa  100  8e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0857  peptide deformylase  40 
 
 		 188 aa  100  8e-21  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.000415124  normal  0.708888 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0087  peptide deformylase  40.79 
 
 		 168 aa  100  9e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.68939  hitchhiker  0.00000133405 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>