More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_1429 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007973  Rmet_1429  peptide deformylase  100 
 
 		 177 aa  363  1e-100  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00135089 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1885  peptide deformylase  84.75 
 
 		 177 aa  318  1.9999999999999998e-86  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0792012  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1273  peptide deformylase  81.36 
 
 		 177 aa  305  2.0000000000000002e-82  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.15052 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1337  peptide deformylase  80.23 
 
 		 177 aa  302  2.0000000000000002e-81  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.318744  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1399  peptide deformylase  79.1 
 
 		 177 aa  296  8e-80  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1813  peptide deformylase  74.12 
 
 		 177 aa  269  1e-71  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.442339  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1677  peptide deformylase  71.19 
 
 		 177 aa  265  2e-70  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0206244  normal  0.0509785 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2023  peptide deformylase  70.62 
 
 		 177 aa  265  2.9999999999999995e-70  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.802716  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2056  peptide deformylase  70.06 
 
 		 177 aa  264  4e-70  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.302964  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2460  peptide deformylase  71.19 
 
 		 177 aa  264  5e-70  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00644557  hitchhiker  0.000321995 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1559  peptide deformylase  68.93 
 
 		 177 aa  261  4.999999999999999e-69  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.523571  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2587  peptide deformylase  68.93 
 
 		 177 aa  261  4.999999999999999e-69  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.368495  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5333  peptide deformylase  68.93 
 
 		 177 aa  261  4.999999999999999e-69  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.816635  normal  0.462892 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2061  peptide deformylase  68.93 
 
 		 177 aa  261  4.999999999999999e-69  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.203959  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2441  peptide deformylase  68.93 
 
 		 177 aa  261  4.999999999999999e-69  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.126413  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2498  peptide deformylase  68.93 
 
 		 177 aa  261  4.999999999999999e-69  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1342  peptide deformylase  70.06 
 
 		 177 aa  260  6.999999999999999e-69  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.256728 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3250  peptide deformylase  68.36 
 
 		 177 aa  259  1e-68  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1333  peptide deformylase  68.36 
 
 		 177 aa  259  1e-68  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0465999  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3633  peptide deformylase  68.24 
 
 		 174 aa  249  1e-65  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1818  peptide deformylase  66.67 
 
 		 179 aa  249  2e-65  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1466  peptide deformylase  66.47 
 
 		 177 aa  248  3e-65  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.103074 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2590  peptide deformylase  66.1 
 
 		 179 aa  248  3e-65  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.232767 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49870  peptide deformylase  66.48 
 
 		 179 aa  248  4e-65  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1925  peptide deformylase  70.06 
 
 		 177 aa  247  7e-65  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.591473  normal  0.128447 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1253  peptide deformylase  70.62 
 
 		 177 aa  246  1e-64  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00990122  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3859  peptide deformylase  65.17 
 
 		 178 aa  245  3e-64  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1330  peptide deformylase  67.63 
 
 		 178 aa  244  4.9999999999999997e-64  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.290852 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2043  peptide deformylase  70.06 
 
 		 177 aa  244  4.9999999999999997e-64  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6054  peptide deformylase  70.06 
 
 		 177 aa  244  4.9999999999999997e-64  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0930556  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2023  peptide deformylase  70.06 
 
 		 177 aa  244  4.9999999999999997e-64  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.688574  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4247  peptide deformylase  66.48 
 
 		 179 aa  244  6e-64  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2295  peptide deformylase  67.23 
 
 		 179 aa  243  9.999999999999999e-64  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.758676  normal  0.0432981 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1579  peptide deformylase  67.23 
 
 		 179 aa  243  9.999999999999999e-64  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0651  peptide deformylase  66.86 
 
 		 177 aa  241  3e-63  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.321715  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4066  peptide deformylase  67.05 
 
 		 178 aa  241  6e-63  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2132  formylmethionine deformylase  67.46 
 
 		 204 aa  239  2e-62  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  4.8462e-16  decreased coverage  0.0000656702 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4559  peptide deformylase  64.04 
 
 		 178 aa  238  2.9999999999999997e-62  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.865436  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1883  peptide deformylase  69.32 
 
 		 178 aa  237  5.999999999999999e-62  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0735735 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4349  peptide deformylase  65.92 
 
 		 179 aa  236  9e-62  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1477  peptide deformylase  64.53 
 
 		 181 aa  236  1e-61  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3780  peptide deformylase  63.13 
 
 		 179 aa  234  3e-61  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.873393  normal  0.0533041 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3102  peptide deformylase  66.67 
 
 		 200 aa  230  8.000000000000001e-60  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0798593  normal  0.280796 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1598  polypeptide deformylase  61.45 
 
 		 179 aa  229  1e-59  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.331513  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3612  peptide deformylase  62.71 
 
 		 186 aa  227  9e-59  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.303714  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2948  peptide deformylase  67.23 
 
 		 179 aa  225  2e-58  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.212222  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2202  peptide deformylase  65.76 
 
 		 186 aa  223  9e-58  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.113404  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0780  peptide deformylase  63.69 
 
 		 177 aa  223  1e-57  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.667825  normal  0.561124 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4855  peptide deformylase  63.28 
 
 		 179 aa  221  4e-57  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02433  peptide deformylase  61.08 
 
 		 171 aa  217  7e-56  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.562042  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_19041  peptide deformylase  51.22 
 
 		 181 aa  172  1.9999999999999998e-42  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.175105 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2068  peptide deformylase  51.18 
 
 		 207 aa  166  1e-40  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000000124713 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1044  peptide deformylase  51.88 
 
 		 169 aa  163  1.0000000000000001e-39  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3284  peptide deformylase  47.85 
 
 		 176 aa  143  1e-33  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.373391  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0915  peptide deformylase  43.87 
 
 		 190 aa  136  2e-31  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_5067  formylmethionine deformylase  41.83 
 
 		 179 aa  130  1.0000000000000001e-29  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.456433  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1061  hypothetical protein  44.03 
 
 		 172 aa  129  2.0000000000000002e-29  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4446  peptide deformylase  42.48 
 
 		 178 aa  129  2.0000000000000002e-29  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4508  peptide deformylase  41.83 
 
 		 178 aa  127  9.000000000000001e-29  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1083  hypothetical protein  41.51 
 
 		 172 aa  127  1.0000000000000001e-28  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5353  peptide deformylase  42.86 
 
 		 176 aa  127  1.0000000000000001e-28  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2078  peptide deformylase  39.87 
 
 		 181 aa  121  5e-27  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.128531  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0374  peptide deformylase  39.88 
 
 		 209 aa  120  9e-27  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0975  peptide deformylase  38.96 
 
 		 182 aa  119  1.9999999999999998e-26  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.000624614  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3323  peptide deformylase  39.46 
 
 		 182 aa  114  6e-25  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3916  peptide deformylase  40.72 
 
 		 208 aa  110  8.000000000000001e-24  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.511454  normal  0.0468935 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_5060  peptide deformylase  36.77 
 
 		 177 aa  110  8.000000000000001e-24  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.239364 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2486  peptide deformylase  42.51 
 
 		 178 aa  110  1.0000000000000001e-23  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.176168  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00200  peptide deformylase  43.33 
 
 		 168 aa  110  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0942846  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4914  peptide deformylase  44.65 
 
 		 190 aa  108  4.0000000000000004e-23  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0177  polypeptide deformylase  40.88 
 
 		 168 aa  107  7.000000000000001e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3013  peptide deformylase  40.69 
 
 		 181 aa  107  7.000000000000001e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000829932  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0020  peptide deformylase  42.67 
 
 		 168 aa  107  7.000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.139599  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1279  peptide deformylase  44.81 
 
 		 180 aa  107  7.000000000000001e-23  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  hitchhiker  0.00526616  normal  0.0870351 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0019  peptide deformylase  40.88 
 
 		 168 aa  107  9.000000000000001e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3241  peptide deformylase  37.13 
 
 		 170 aa  107  9.000000000000001e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00399502  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0055  peptide deformylase  40.88 
 
 		 168 aa  106  2e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1664  peptide deformylase  44.03 
 
 		 204 aa  106  2e-22  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000323293 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3475  peptide deformylase  42.04 
 
 		 185 aa  106  2e-22  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.000032021  decreased coverage  0.000233702 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0017  peptide deformylase  42 
 
 		 168 aa  105  3e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000267775  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5225  peptide deformylase  38.99 
 
 		 181 aa  105  3e-22  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.240861  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0416  peptide deformylase  40.14 
 
 		 167 aa  105  5e-22  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34550  peptide deformylase  42.24 
 
 		 183 aa  104  8e-22  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3433  peptide deformylase  38.93 
 
 		 188 aa  103  1e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3001  peptide deformylase  42 
 
 		 181 aa  102  2e-21  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00230291  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0084  peptide deformylase  44 
 
 		 168 aa  102  3e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.669645  decreased coverage  0.00000000000000447721 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1718  peptide deformylase  41.51 
 
 		 183 aa  102  3e-21  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0107997  hitchhiker  0.00219347 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0087  peptide deformylase  44 
 
 		 168 aa  102  4e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.68939  hitchhiker  0.00000133405 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0011  peptide deformylase  40.36 
 
 		 172 aa  102  4e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.196831  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1052  peptide deformylase  36.11 
 
 		 185 aa  101  4e-21  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.771095  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1704  peptide deformylase  39.33 
 
 		 152 aa  101  4e-21  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0068  peptide deformylase  44 
 
 		 168 aa  101  7e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.00204301  unclonable  0.00000040176 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0084  peptide deformylase  44 
 
 		 168 aa  101  7e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.424252 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0043  peptide deformylase  41.06 
 
 		 167 aa  100  1e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2441  peptide deformylase  42.77 
 
 		 181 aa  100  1e-20  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0409247  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0632  peptide deformylase  40.37 
 
 		 181 aa  99.4  2e-20  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1440  peptide deformylase  36.67 
 
 		 153 aa  99.4  2e-20  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0029  peptide deformylase  38.75 
 
 		 171 aa  99.4  3e-20  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2314  peptide deformylase  38.67 
 
 		 164 aa  99.4  3e-20  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.566498  hitchhiker  0.000541845 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0898  peptide deformylase  39.74 
 
 		 167 aa  99  3e-20  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>