More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_2202 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_2202  peptide deformylase  100 
 
 		 186 aa  377  1e-104  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.113404  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1818  peptide deformylase  76.88 
 
 		 179 aa  296  2e-79  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2590  peptide deformylase  75.81 
 
 		 179 aa  294  6e-79  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.232767 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2948  peptide deformylase  75.81 
 
 		 179 aa  269  1e-71  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.212222  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3612  peptide deformylase  73.12 
 
 		 186 aa  268  2.9999999999999997e-71  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.303714  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2295  peptide deformylase  69.89 
 
 		 179 aa  260  6.999999999999999e-69  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.758676  normal  0.0432981 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1579  peptide deformylase  69.89 
 
 		 179 aa  260  6.999999999999999e-69  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4855  peptide deformylase  74.19 
 
 		 179 aa  258  3e-68  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1813  peptide deformylase  71.35 
 
 		 177 aa  253  9e-67  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.442339  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1677  peptide deformylase  67.93 
 
 		 177 aa  250  1e-65  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0206244  normal  0.0509785 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2460  peptide deformylase  68.11 
 
 		 177 aa  249  1e-65  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00644557  hitchhiker  0.000321995 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2023  peptide deformylase  66.3 
 
 		 177 aa  248  5e-65  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.802716  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1342  peptide deformylase  67.93 
 
 		 177 aa  247  8e-65  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.256728 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2441  peptide deformylase  66.3 
 
 		 177 aa  246  1e-64  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.126413  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1559  peptide deformylase  66.3 
 
 		 177 aa  246  1e-64  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.523571  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2498  peptide deformylase  66.3 
 
 		 177 aa  246  1e-64  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2061  peptide deformylase  66.3 
 
 		 177 aa  246  1e-64  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.203959  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2587  peptide deformylase  66.3 
 
 		 177 aa  246  1e-64  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.368495  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5333  peptide deformylase  64.67 
 
 		 177 aa  246  1e-64  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.816635  normal  0.462892 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1337  peptide deformylase  69.57 
 
 		 177 aa  246  1e-64  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.318744  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1273  peptide deformylase  68.48 
 
 		 177 aa  245  3e-64  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.15052 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3250  peptide deformylase  65.76 
 
 		 177 aa  244  4e-64  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1333  peptide deformylase  65.76 
 
 		 177 aa  244  4e-64  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0465999  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2056  peptide deformylase  64.13 
 
 		 177 aa  244  6.999999999999999e-64  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.302964  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1399  peptide deformylase  66.85 
 
 		 177 aa  241  6e-63  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1477  peptide deformylase  64.29 
 
 		 181 aa  239  1e-62  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1429  peptide deformylase  65.76 
 
 		 177 aa  239  2e-62  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00135089 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3102  peptide deformylase  67.2 
 
 		 200 aa  238  2.9999999999999997e-62  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0798593  normal  0.280796 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1883  peptide deformylase  70.43 
 
 		 178 aa  237  5.999999999999999e-62  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0735735 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1598  polypeptide deformylase  63.98 
 
 		 179 aa  233  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.331513  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3780  peptide deformylase  62.9 
 
 		 179 aa  232  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.873393  normal  0.0533041 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1330  peptide deformylase  65.05 
 
 		 178 aa  232  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.290852 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4247  peptide deformylase  67.2 
 
 		 179 aa  232  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1885  peptide deformylase  65.76 
 
 		 177 aa  231  4.0000000000000004e-60  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0792012  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0651  peptide deformylase  66.85 
 
 		 177 aa  231  6e-60  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.321715  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3859  peptide deformylase  62.7 
 
 		 178 aa  229  2e-59  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4066  peptide deformylase  64.52 
 
 		 178 aa  229  2e-59  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4559  peptide deformylase  63.44 
 
 		 178 aa  228  3e-59  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.865436  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1466  peptide deformylase  62.22 
 
 		 177 aa  228  3e-59  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.103074 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6054  peptide deformylase  65.22 
 
 		 177 aa  228  6e-59  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0930556  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49870  peptide deformylase  65.59 
 
 		 179 aa  227  6e-59  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2023  peptide deformylase  65.22 
 
 		 177 aa  228  6e-59  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.688574  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2043  peptide deformylase  65.22 
 
 		 177 aa  228  6e-59  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2132  formylmethionine deformylase  64.44 
 
 		 204 aa  227  9e-59  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  4.8462e-16  decreased coverage  0.0000656702 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1925  peptide deformylase  63.59 
 
 		 177 aa  226  2e-58  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.591473  normal  0.128447 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1253  peptide deformylase  64.13 
 
 		 177 aa  224  4e-58  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00990122  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4349  peptide deformylase  63.44 
 
 		 179 aa  224  5.0000000000000005e-58  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3633  peptide deformylase  64.84 
 
 		 174 aa  223  1e-57  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0780  peptide deformylase  63.44 
 
 		 177 aa  215  2.9999999999999998e-55  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.667825  normal  0.561124 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02433  peptide deformylase  58.62 
 
 		 171 aa  203  1e-51  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.562042  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_19041  peptide deformylase  49.43 
 
 		 181 aa  173  9.999999999999999e-43  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.175105 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2068  peptide deformylase  45 
 
 		 207 aa  139  1.9999999999999998e-32  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000000124713 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1044  peptide deformylase  45.4 
 
 		 169 aa  139  1.9999999999999998e-32  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0374  peptide deformylase  41.76 
 
 		 209 aa  126  2.0000000000000002e-28  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3284  peptide deformylase  43.1 
 
 		 176 aa  126  2.0000000000000002e-28  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.373391  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2486  peptide deformylase  44.89 
 
 		 178 aa  125  4.0000000000000003e-28  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.176168  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0915  peptide deformylase  40.51 
 
 		 190 aa  114  6.9999999999999995e-25  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0975  peptide deformylase  39.51 
 
 		 182 aa  114  1.0000000000000001e-24  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.000624614  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_5067  formylmethionine deformylase  39.75 
 
 		 179 aa  112  3e-24  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.456433  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5353  peptide deformylase  39.75 
 
 		 176 aa  111  6e-24  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4914  peptide deformylase  43.12 
 
 		 190 aa  108  4.0000000000000004e-23  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2648  hypothetical protein  41.88 
 
 		 170 aa  108  6e-23  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2518  hypothetical protein  41.88 
 
 		 170 aa  108  6e-23  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3241  peptide deformylase  42.33 
 
 		 170 aa  107  7.000000000000001e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00399502  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4446  peptide deformylase  38.51 
 
 		 178 aa  106  2e-22  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2186  peptide deformylase  41.92 
 
 		 190 aa  106  2e-22  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000219506 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2078  peptide deformylase  36.02 
 
 		 181 aa  105  3e-22  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.128531  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3916  peptide deformylase  38.95 
 
 		 208 aa  105  5e-22  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.511454  normal  0.0468935 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2357  peptide deformylase  41.18 
 
 		 167 aa  104  6e-22  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.408741  normal  0.109738 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4508  peptide deformylase  38.51 
 
 		 178 aa  104  6e-22  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34550  peptide deformylase  39.38 
 
 		 183 aa  103  1e-21  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2436  peptide deformylase  42.17 
 
 		 190 aa  103  1e-21  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.108704  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1664  peptide deformylase  40.83 
 
 		 204 aa  103  2e-21  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000323293 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2628  peptide deformylase  42.5 
 
 		 178 aa  103  2e-21  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.790989  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3323  peptide deformylase  38.82 
 
 		 182 aa  102  2e-21  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0084  peptide deformylase  43.83 
 
 		 168 aa  102  3e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.669645  decreased coverage  0.00000000000000447721 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00200  peptide deformylase  40.12 
 
 		 168 aa  102  3e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0942846  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3001  peptide deformylase  41.88 
 
 		 181 aa  102  4e-21  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00230291  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0854  peptide deformylase  40.59 
 
 		 215 aa  102  4e-21  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  decreased coverage  0.0000000749472  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2314  peptide deformylase  36.31 
 
 		 164 aa  102  4e-21  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.566498  hitchhiker  0.000541845 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0014  peptide deformylase  39.29 
 
 		 230 aa  102  4e-21  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1083  hypothetical protein  35.58 
 
 		 172 aa  101  5e-21  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1061  hypothetical protein  36.81 
 
 		 172 aa  101  7e-21  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1726  peptide deformylase  40.74 
 
 		 221 aa  100  9e-21  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0664  Peptide deformylase  41.4 
 
 		 223 aa  100  1e-20  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.106067  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0020  peptide deformylase  39.51 
 
 		 168 aa  100  1e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.139599  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0087  peptide deformylase  43.21 
 
 		 168 aa  100  1e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.68939  hitchhiker  0.00000133405 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2508  peptide deformylase  40.37 
 
 		 168 aa  99.4  3e-20  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0280865  normal  0.0311982 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0017  peptide deformylase  41.25 
 
 		 181 aa  99  3e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.746118  normal  0.214252 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0068  peptide deformylase  42.59 
 
 		 168 aa  99  4e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.00204301  unclonable  0.00000040176 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0084  peptide deformylase  42.59 
 
 		 168 aa  99  4e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.424252 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00170  peptide deformylase  40.74 
 
 		 168 aa  98.6  5e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.221595  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7321  Peptide deformylase  39.66 
 
 		 162 aa  98.2  6e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0427  peptide deformylase  40.62 
 
 		 195 aa  98.2  7e-20  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.62292  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0017  peptide deformylase  38.65 
 
 		 168 aa  97.4  9e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000267775  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0030  peptide deformylase  37.99 
 
 		 184 aa  97.4  1e-19  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5601  Peptide deformylase  39.24 
 
 		 182 aa  97.1  1e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.131759  normal  0.546444 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_666  peptide deformylase  38.75 
 
 		 167 aa  97.4  1e-19  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0240694  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0011  peptide deformylase  39.53 
 
 		 172 aa  97.4  1e-19  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.196831  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5192  peptide deformylase  40.72 
 
 		 213 aa  96.3  2e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0341702  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>