More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Svir_34550 on replicon NC_013159
Organism: Saccharomonospora viridis DSM 43017



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013159  Svir_34550  peptide deformylase  100 
 
 		 183 aa  379  1e-104  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0427  peptide deformylase  76.24 
 
 		 195 aa  295  2e-79  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.62292  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4914  peptide deformylase  66.48 
 
 		 190 aa  259  2e-68  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10434  peptide deformylase  65.96 
 
 		 197 aa  251  4.0000000000000004e-66  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0367345  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0175  peptide deformylase  64.36 
 
 		 197 aa  248  2e-65  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.94792 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0732  peptide deformylase  65.43 
 
 		 197 aa  248  4e-65  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.635565  normal  0.587652 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0581  peptide deformylase  66.49 
 
 		 197 aa  245  3e-64  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.28634  hitchhiker  0.00744017 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0569  peptide deformylase  66.49 
 
 		 197 aa  245  3e-64  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0559  peptide deformylase  66.49 
 
 		 197 aa  245  3e-64  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.489462 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3731  peptide deformylase  63.64 
 
 		 198 aa  241  3.9999999999999997e-63  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.535737  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0660  peptide deformylase  65.26 
 
 		 200 aa  221  3e-57  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2436  peptide deformylase  58.01 
 
 		 190 aa  214  8e-55  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.108704  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_26070  peptide deformylase  56.9 
 
 		 192 aa  204  4e-52  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2186  peptide deformylase  59.12 
 
 		 190 aa  204  7e-52  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000219506 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5192  peptide deformylase  62.5 
 
 		 213 aa  197  7.999999999999999e-50  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0341702  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1726  peptide deformylase  62.42 
 
 		 221 aa  193  1e-48  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5601  Peptide deformylase  62.26 
 
 		 182 aa  189  2e-47  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.131759  normal  0.546444 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0854  peptide deformylase  50.53 
 
 		 215 aa  179  2.9999999999999997e-44  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  decreased coverage  0.0000000749472  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0014  peptide deformylase  57.14 
 
 		 230 aa  178  2.9999999999999997e-44  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1964  peptide deformylase  56.65 
 
 		 219 aa  173  9.999999999999999e-43  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  unclonable  0.0000000418525  hitchhiker  0.000000552794 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5021  peptide deformylase  59.21 
 
 		 225 aa  171  3.9999999999999995e-42  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.106509  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0402  peptide deformylase  53.59 
 
 		 200 aa  166  1e-40  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0978833  normal  0.0252019 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_09550  peptide deformylase  46.96 
 
 		 213 aa  164  5e-40  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.255264  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3885  peptide deformylase  55.19 
 
 		 173 aa  164  6.9999999999999995e-40  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0724077  normal  0.763087 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3001  peptide deformylase  47.67 
 
 		 181 aa  158  5e-38  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00230291  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0358  peptide deformylase  56.29 
 
 		 227 aa  155  2e-37  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0562  peptide deformylase  55.48 
 
 		 185 aa  156  2e-37  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_09360  peptide deformylase  51.45 
 
 		 188 aa  155  2e-37  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2508  peptide deformylase  47.16 
 
 		 168 aa  152  2e-36  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0280865  normal  0.0311982 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1279  peptide deformylase  48.55 
 
 		 180 aa  151  5e-36  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  hitchhiker  0.00526616  normal  0.0870351 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2602  peptide deformylase  47.98 
 
 		 199 aa  150  1e-35  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.280121  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2357  peptide deformylase  46.24 
 
 		 167 aa  148  4e-35  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.408741  normal  0.109738 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0295  peptide deformylase  46.99 
 
 		 184 aa  148  5e-35  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.819909 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2660  peptide deformylase  45.1 
 
 		 230 aa  148  5e-35  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.729564  normal  0.0430884 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0583  peptide deformylase  52.69 
 
 		 178 aa  147  1.0000000000000001e-34  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2143  peptide deformylase  49.03 
 
 		 164 aa  144  7.0000000000000006e-34  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1664  peptide deformylase  48.26 
 
 		 204 aa  144  9e-34  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000323293 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1592  peptide deformylase  51.19 
 
 		 161 aa  143  1e-33  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0439056  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1520  peptide deformylase  47.95 
 
 		 162 aa  142  2e-33  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.420459  normal  0.0828575 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2441  peptide deformylase  48.26 
 
 		 181 aa  142  3e-33  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0409247  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1367  peptide deformylase  47.09 
 
 		 182 aa  141  4e-33  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.561221  normal  0.0670098 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1799  peptide deformylase  50 
 
 		 162 aa  141  5e-33  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.341074  hitchhiker  0.00908048 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1861  peptide deformylase  44.77 
 
 		 186 aa  140  9.999999999999999e-33  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.239464  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7321  Peptide deformylase  46.24 
 
 		 162 aa  140  9.999999999999999e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_14050  peptide deformylase  48.52 
 
 		 162 aa  138  4.999999999999999e-32  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.455853  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3098  peptide deformylase  44.32 
 
 		 188 aa  136  1e-31  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5225  peptide deformylase  44.77 
 
 		 181 aa  136  2e-31  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.240861  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2532  peptide deformylase  48.45 
 
 		 162 aa  136  2e-31  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2824  Peptide deformylase  46.51 
 
 		 182 aa  136  2e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.397492  normal  0.11831 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2574  peptide deformylase  44.19 
 
 		 183 aa  135  2e-31  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.48366  normal  0.0804397 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1868  peptide deformylase  44.77 
 
 		 186 aa  135  3.0000000000000003e-31  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.647129  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_10790  peptide deformylase  53.5 
 
 		 191 aa  135  3.0000000000000003e-31  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  hitchhiker  0.00525841  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1670  peptide deformylase  47.67 
 
 		 197 aa  134  7.000000000000001e-31  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.140138  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1718  peptide deformylase  44.77 
 
 		 183 aa  134  7.000000000000001e-31  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0107997  hitchhiker  0.00219347 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2433  peptide deformylase  44.77 
 
 		 185 aa  133  9.999999999999999e-31  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2158  peptide deformylase  48.26 
 
 		 162 aa  132  3e-30  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_27860  peptide deformylase  41.86 
 
 		 166 aa  127  8.000000000000001e-29  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.0522307 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1468  peptide deformylase  44.65 
 
 		 164 aa  127  1.0000000000000001e-28  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0116921  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3146  peptide deformylase  42.44 
 
 		 171 aa  122  2e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.107781  normal  0.346577 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0049  peptide deformylase  43.21 
 
 		 178 aa  123  2e-27  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.84969  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_666  peptide deformylase  41.94 
 
 		 167 aa  122  4e-27  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0240694  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0402  N-formylmethionyl-tRNA deformylase  43.27 
 
 		 162 aa  121  5e-27  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  hitchhiker  0.00108273  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0760  peptide deformylase  41.29 
 
 		 167 aa  121  6e-27  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0435683  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2648  hypothetical protein  40.68 
 
 		 170 aa  121  6e-27  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2518  hypothetical protein  40.68 
 
 		 170 aa  121  6e-27  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2985  peptide deformylase  43.6 
 
 		 181 aa  120  9e-27  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2568  peptide deformylase  42.44 
 
 		 180 aa  120  9e-27  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.126543  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0687  peptide deformylase  41.94 
 
 		 167 aa  120  9e-27  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.132535  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0811  peptide deformylase  40.59 
 
 		 162 aa  120  9.999999999999999e-27  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4287  peptide deformylase  40.46 
 
 		 170 aa  119  1.9999999999999998e-26  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1715  peptide deformylase  40.52 
 
 		 147 aa  118  3.9999999999999996e-26  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2628  peptide deformylase  38.46 
 
 		 178 aa  118  3.9999999999999996e-26  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.790989  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1035  peptide deformylase  38.46 
 
 		 187 aa  117  9.999999999999999e-26  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0976  peptide deformylase  38.46 
 
 		 187 aa  117  9.999999999999999e-26  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.428714  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_16790  N-formylmethionyl-tRNA deformylase  41.82 
 
 		 163 aa  116  1.9999999999999998e-25  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0288836  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09890  peptide deformylase  37.82 
 
 		 154 aa  116  1.9999999999999998e-25  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2273  peptide deformylase  42.77 
 
 		 177 aa  116  1.9999999999999998e-25  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00664016 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1997  peptide deformylase  40.52 
 
 		 147 aa  116  1.9999999999999998e-25  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1340  peptide deformylase  38.67 
 
 		 192 aa  115  3.9999999999999997e-25  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.457747  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1344  peptide deformylase  36.52 
 
 		 175 aa  114  8.999999999999998e-25  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1636  peptide deformylase  39.53 
 
 		 171 aa  112  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.171966  normal  0.104834 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1918  peptide deformylase  39.53 
 
 		 171 aa  112  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.232205  normal  0.101143 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0607  peptide deformylase  38.73 
 
 		 189 aa  112  2.0000000000000002e-24  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00000000152788  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0084  peptide deformylase  39.88 
 
 		 168 aa  111  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.669645  decreased coverage  0.00000000000000447721 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1818  peptide deformylase  43.67 
 
 		 179 aa  112  4.0000000000000004e-24  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1688  peptide deformylase  42.29 
 
 		 164 aa  111  6e-24  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1598  peptide deformylase  39.53 
 
 		 171 aa  111  6e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.24157  normal  0.0664949 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0142  peptide deformylase  41.51 
 
 		 173 aa  111  7.000000000000001e-24  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00942793  normal  0.794986 
 
 
-
 
NC_002978  WD0165  peptide deformylase  38.33 
 
 		 179 aa  110  8.000000000000001e-24  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0072  peptide deformylase  38.73 
 
 		 171 aa  110  8.000000000000001e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1952  peptide deformylase  39.74 
 
 		 157 aa  110  8.000000000000001e-24  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0087  peptide deformylase  38.73 
 
 		 168 aa  110  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.68939  hitchhiker  0.00000133405 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2323  peptide deformylase  37.29 
 
 		 169 aa  110  1.0000000000000001e-23  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.180908  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0055  peptide deformylase  38.15 
 
 		 171 aa  110  1.0000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0323144 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1501  peptide deformylase  40.4 
 
 		 174 aa  110  1.0000000000000001e-23  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.965854  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2314  peptide deformylase  40.26 
 
 		 164 aa  110  1.0000000000000001e-23  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.566498  hitchhiker  0.000541845 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0055  peptide deformylase  38.73 
 
 		 168 aa  110  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0068  peptide deformylase  39.31 
 
 		 168 aa  109  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.00204301  unclonable  0.00000040176 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3120  peptide deformylase  43.41 
 
 		 177 aa  109  2.0000000000000002e-23  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.235772  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3305  peptide deformylase  38.46 
 
 		 172 aa  109  2.0000000000000002e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0514769  normal  0.598206 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>